Configuration rapide de l’imagerie des microréseaux de tissus et des zones en mosaïque sur le microscope d’imagerie à faisceau d’ions multiplexé à l’aide de l’interface Tile/SED/Array

Résumé

L’imagerie par faisceau d’ions multiplexés (MIBI) est souvent utilisée pour imager des microréseaux de tissus et des zones de tissus contiguës en mosaïques, mais les logiciels actuels pour mettre en place ces expériences sont lourds. L’interface tile/SED/array est un outil graphique intuitif et interactif développé pour simplifier et accélérer considérablement la configuration de l’exécution MIBI.

Résumé

L’imagerie par faisceau d’ions multiplexés (MIBI) est une technique de microscopie basée sur la spectrométrie de masse de nouvelle génération qui génère 40+ images plex de l’expression des protéines dans les tissus histologiques, permettant une dissection détaillée des phénotypes cellulaires et de l’organisation histoarchitecturale. Un goulot d’étranglement clé dans le fonctionnement se produit lorsque les utilisateurs sélectionnent les emplacements physiques sur le tissu pour l’imagerie. À mesure que l’échelle et la complexité des expériences MIBI ont augmenté, l’interface fournie par le fabricant et les outils tiers sont devenus de plus en plus difficiles à manier pour l’imagerie de grandes puces à tissus et de zones de tissus en mosaïque. Ainsi, une couche d’interface graphique interactive basée sur le Web, basée sur le Web, est ce que vous obtenez (WYSIWYG) - l’interface TILE/SED/array (TSAI) - a été développée pour que les utilisateurs puissent définir des emplacements d’imagerie à l’aide de gestes de souris familiers et intuitifs tels que le glisser-déposer, le cliquer-glisser et le dessin de polygones. Écrit selon les normes Web déjà intégrées dans les navigateurs Web modernes, il ne nécessite aucune installation de programmes externes, d’extensions ou de compilateurs. D’intérêt pour les centaines d’utilisateurs actuels de MIBI, cette interface simplifie et accélère considérablement la configuration d’exécutions MIBI volumineuses et complexes.

Introduction

L’imagerie par faisceau d’ions multiplexés (MIBI) est une technique permettant d’imager simultanément 40+ protéines sur des coupes de tissus histologiques à^{une résolution allant} jusqu’à 250 nm ^1,2,3. Après la coloration d’une coupe de tissu histologique à l’aide d’anticorps marqués avec des métaux élémentaires isotopiquement purs, l’instrument MIBI effectue une spectrométrie de masse d’ions secondaires pour quantifier simultanément tous les isotopes - et donc l’expression de tous les antigènes 40+ - à des endroits individuels du tissu. Réalis....

Protocole

1. Chargement de TSAI

1. Exécutez TSAI en ouvrant https://tsai.stanford.edu/research/mibi_tsai dans le navigateur Web de l’ordinateur de contrôle de l’utilisateur MIBI.
   1. Cette instance de TSAI contient des préréglages personnalisés qui ne s’appliquent pas à tous les instruments. Lorsque vous l’utilisez, construisez des tuiles uniquement à partir du ou des FOV du modèle, comme généré ci-dessous à l’étape 2.6. TSAI s’exécute localement dans le navigateur Web, et aucune image, .json ou nom de fichier n’est envoyée ou stockée sur le serveur.
2. Vous pouvez également configurer TSAI sur n’im....

Discussion

L’imagerie par faisceau d’ions multiplexés (MIBI) est une technique puissante pour disséquer des phénotypes cellulaires détaillés et l’histoarchitecture tissulaire 5,6,7,8,9,10,11. Les efforts de calcul autour de MIBI se sont largement concentrés.......

matériels

Name	Company	Catalog Number	Comments
MIBI computer	Ionpath
MIBIcontrol (software)	Ionpath
MIBIscope	Ionpath		Multiplexed Ion Beam Imaging (MIBI) microscope
MIBIslide	Ionpath	567001	Conductive slide for MIBI
Tile/SED/Array Interface (TSAI) (software)		https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai/