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  • Discussão
  • Divulgações
  • Agradecimentos
  • Materiais
  • Referências
  • Reimpressões e Permissões

Resumo

A imagem de feixe de íons multiplexada (MIBI) é frequentemente usada para obter imagens de microarrays de tecido e áreas de tecido contíguas lado a lado, mas o software atual para configurar esses experimentos é complicado. A interface tile/SED/array é uma ferramenta gráfica intuitiva e interativa desenvolvida para simplificar e acelerar drasticamente a configuração de execução do MIBI.

Resumo

A imagem de feixe de íons multiplexada (MIBI) é uma técnica de microscopia baseada em espectrometria de massa de última geração que gera imagens 40+ plex da expressão de proteínas em tecidos histológicos, permitindo a dissecção detalhada dos fenótipos celulares e da organização histoarquitetônica. Um gargalo importante na operação ocorre quando os usuários selecionam os locais físicos no tecido para geração de imagens. À medida que a escala e a complexidade dos experimentos MIBI aumentaram, a interface fornecida pelo fabricante e as ferramentas de terceiros tornaram-se cada vez mais difíceis de manejar para obter imagens de grandes microarrays de tecido e áreas de tecido lado a lado. Assim, uma camada de interface gráfica interativa baseada na web - a interface tile/SED/array (TSAI) - foi desenvolvida para que os usuários definam locais de imagem usando gestos familiares e intuitivos do mouse, como arrastar e soltar, clicar e arrastar e desenho de polígono. Escrito de acordo com os padrões da web já incorporados aos navegadores modernos, não requer a instalação de programas, extensões ou compiladores externos. De interesse para as centenas de usuários atuais do MIBI, essa interface simplifica e acelera drasticamente a configuração de execuções de MIBI grandes e complexas.

Introdução

A imagem por feixe de íons multiplexado (MIBI) é uma técnica para obter imagens de proteínas 40+ simultaneamente em seções histológicas de tecido com resolução de até 250 nm 1,2,3. Depois que uma seção de tecido histológico é corada usando anticorpos marcados com metais elementares isotopicamente puros, o instrumento MIBI realiza espectrometria de massa de íons secundários para quantificar simultaneamente todos os isótopos - e, portanto, a expressão de todos os antígenos 40+ - em pontos individuais do tecido. Realizadas em grades de milhões de manchas, as imagens 40+ plex resultantes da expressão de proteínas permitem o delineamento dos limites celulares e a identificação de tipos específicos de células, preservando o contexto espacial 1,2,3,4. Essa técnica tem sido usada por centenas de usuários em cerca de 20 locais para estudar a composição celular, perfis metabólicos e / ou arquitetura de dezenas de tipos de tecidos como parte do exame da resposta imune a tumores, inflamação tecidual causada por agentes infecciosos, neuropatologia da demência e tolerância imunológica na gravidez 5,6,7,8,9, 10,11.

Um gargalo importante na operação do instrumento MIBI é a configuração de campos de visão (FOVs) - áreas de 200 x 200 μm2 a 800 x 800 μm2 do tecido - para geração de imagens. O MIBI cria imagens de um FOV por vez, até 800 x 800 μm2, portanto, a imagem de áreas maiores requer a junção de vários FOVs. A imagem de um microarray de tecido (por exemplo, oito tecidos circulares na Figura 1A) envolve a colocação de vários FOVs espaçados. Para configurar FOVs, a interface do fabricante fornece 1) uma imagem de câmera óptica da lâmina com uma cruz que corresponde aproximadamente à coordenada de imagem especificada (Figura 1A) e 2) uma imagem de detector de elétrons secundário (SED) que mostra a área exata na coordenada, supostamente com precisão de 0,1 μm (Figura 1B). Primeiro, o usuário posiciona aproximadamente um único FOV usando a imagem óptica. Como a resolução da imagem é de apenas cerca de 60 μm por pixel, se o posicionamento estiver desativado em dois pixels (2 pixels x 60 μm por pixel), um FOV padrão de 400 μm será desativado em 30%. Assim, o usuário deve usar a imagem SED para ajustar a posição - uma sequência tediosa de uma dúzia de etapas envolvendo várias janelas pop-up, digitando coordenadas em caixas de texto, cutucando lentamente o SED com botões de controle direcional e, muitas vezes, até anotando coordenadas no papel (Figura Suplementar 1). Este processo deve ser repetido para cada ponto de um microarray de tecido central (TMA) 100+. Algumas ferramentas de terceiros podem ajudar com o posicionamento inicialaproximado 12. No entanto, eles ainda exigem algum conhecimento de programação, e o posicionamento final ainda é feito por meio do processo de doze etapas. Também é altamente problemático posicionar grades de FOVs adjacentes, que serão posteriormente costuradas em uma imagem panorâmica lado a lado.

Assim, a interface bloco/SED/matriz (TSAI) foi desenvolvida com o objetivo de permitir que os usuários posicionem rapidamente um grande número de FOVs usando uma interface gráfica intuitiva e interativa. O TSAI consiste em dois componentes principais: 1) Uma interface gráfica de usuário baseada na web (web UI) para colocar rapidamente pontos TMA e ladrilhos de tecido e 2) Integrações na interface de controle do usuário MIBI para gerar uma imagem SED lado a lado e ajustar as posições do FOV. Se usar apenas a imagem óptica, muitos FOVs podem ser posicionados aproximadamente e rapidamente ajustados usando as ferramentas de navegação/ajuste de FOV (Figura 2, TSAI, ramo esquerdo). No entanto, se o mosaico SED for executado, os FOVs podem ser posicionados com precisão na imagem SED lado a lado sem a necessidade de ajustes adicionais no modo SED (Figura 2, TSAI, ramo direito). De interesse geral para centenas de usuários atuais do MIBI, essas ferramentas tornam o posicionamento lado a lado e o TMA muito simples, mesmo para iniciantes, e reduzem as configurações complexas de execução do MIBI de várias horas para algumas dezenas de minutos.

Protocolo

1. Carregamento de TSAI

  1. Execute o TSAI abrindo https://tsai.stanford.edu/research/mibi_tsai no navegador da Web do computador de controle de usuário MIBI.
    1. Esta instância do TSAI contém predefinições personalizadas que não se aplicam a todos os instrumentos. Ao usá-lo, crie blocos somente a partir de FOV(s) de modelo, conforme gerado abaixo na etapa 2.6. O TSAI é executado localmente no navegador da Web e nenhum dado de imagem, .json ou nome de arquivo é enviado ou armazenado no servidor.
  2. Como alternativa, configure o TSAI em qualquer site com predefinições personalizadas para qualquer instrumento.
    1. Vá para https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai e baixe o diretório mibi_tsai_standalone. Como alternativa, baixe o arquivo de .zip Arquivo de Codificação Suplementar 1 e descompacte o conteúdo em um diretório intitulado mibi_tsai_standalone.
    2. Abra mibi_tsai_standalone/_resources/index.js em qualquer editor de texto.
    3. Se necessário, edite o tamanho do FOV, a escolha de tempo/tempo de permanência, o tamanho do raster, o FOV JSON e as configurações predefinidas recomendadas no index.js para corresponder às configurações do instrumento. Isso se aplica principalmente a instrumentos personalizados, mas os pares de escolha de tempo de permanência/tempo devem ser verificados independentemente. Economize index.js.
    4. Faça upload mibi_tsai_standalone para qualquer servidor da Web acessível pela Internet, por exemplo, um site de laboratório ou site hospedado por uma universidade.
    5. Abra mibi_tsai_standalone/index.html no navegador da Web do computador de controle de usuário MIBI.

2. Carregando o slide MIBI e criando um arquivo de modelo

  1. Faça login no rastreador de experimentos MIBI (interface da Web fornecida pelo fabricante para gerenciar metadados relacionados à verificação) no navegador da Web.
  2. Na guia Slides , adicione um novo slide e adicione uma nova seção (Figura Suplementar 2A-B). Na guia Recursos , selecione ou crie um painel de marcadores (Figura Suplementar 2C).
  3. Na guia Seções , adicione a nova seção ao painel (Figura Suplementar 2D).
  4. Faça login na interface de controle do usuário MIBI no web navegador. Carregue o slide MIBI clicando em Trocar Amostra e selecionando o novo slide (Figura Suplementar 3A).
  5. Crie um modelo de FOV clicando em Adicionar FOV (Figura Suplementar 3B) e definindo as dimensões do quadro, o tamanho do FOV, o tempo de permanência, o modo de imagem e o ID da seção.
  6. Exporte (baixe) a lista de FOV para um arquivo .json (Figura 3C suplementar). Faça o download da imagem óptica como um arquivo .png (Figura 3D suplementar).

3. Co-registro óptico do motor de estágio de imagem

  1. Abra a interface do usuário da Web do TSAI no navegador da Web. Se o co-registro não tiver sido realizado anteriormente, o menu de corregistro óptico deve abrir automaticamente. Se tiver sido realizado e for adequado, não repita essas etapas.
  2. Abra o menu Corregistro Óptico. Clique em Copiar código de corregistro automático para a área de transferência (Figura 4A suplementar).
  3. Abra a interface de controle do usuário MIBI no web navegador. Pressione Ctrl+Shift+J para abrir o console do navegador ou clique com o botão direito do mouse na página e clique em Inspecionar e, em seguida, abra a guia Console (Figura Suplementar 4B).
  4. Cole o código no console e pressione Enter. Clique no link gerado no console (Figura Suplementar 4C). Isso carregará o co-registro na interface do usuário da Web do TSAI e o salvará como um cookie, para que persista e não precise ser repetido, a menos que haja uma alteração no hardware do instrumento.

4. Varredura SED lado a lado

  1. Carregue a imagem óptica .png e .json files da etapa 2.6 arrastando e soltando-os no TSAI web UI.
  2. Abra o menu SED Tiler e clique em uma caixa de texto na linha superior (Figura Suplementar 5A).
  3. Clique (± arraste) na imagem óptica para selecionar o canto superior esquerdo para a varredura SED (Figura Suplementar 5B).
  4. Pressione a tecla D ou clique em uma caixa de texto na segunda linha do menu SED Tiler.
  5. Clique (± arraste) na imagem óptica para selecionar o canto inferior direito da varredura SED.
  6. No menu SED Tiler , clique em Copiar código de correção de varredura e deslocamento de SED para a área de transferência (Figura 5C suplementar).
  7. Abra a interface de controle do usuário MIBI no web navegador. Cole o código no console e pressione Enter (Figura 5D suplementar).
  8. Coloque o MIBI no modo SED na configuração QC - 300 μm, mova-se para uma área que não será adquirida e ajuste o ganho, o foco e a estigmatização.
    1. Ajuste o brilho e o contraste da imagem SED sem alterar o ganho. Pressione B para aumentar o brilho ou Shift+B para diminuí-lo. Pressione C para aumentar o contraste ou Shift+C para diminuí-lo. Pressione Shift+V para redefinir o brilho e o contraste.
  9. Pressione Shift+T para iniciar a varredura SED lado a lado.
  10. Quando terminar, ele deve salvar automaticamente um novo arquivo .png da imagem SED lado a lado (Figura 3). Os caracteres podem ser adicionados ao início do nome do arquivo, mas não modificam nenhuma outra parte do nome do arquivo.
  11. Se blocos específicos estiverem fora de foco ou digitalizados incorretamente, digitalize-os novamente.
    1. Pressione Shift+R para adicionar um bloco à fila de nova análise. Uma caixa de diálogo será aberta, solicitando ao usuário a linha e a coluna do bloco. Os números são indexados a zero, inserindo assim 8,0 filas na nona linha, a primeira coluna.
    2. Depois de adicionar todos os blocos relevantes à fila, pressione Shift+T para verificar novamente. Quando terminar, ele deve salvar automaticamente um novo arquivo .png da imagem SED lado a lado.
  12. Etapa crítica: Inspecione a varredura SED lado a lado quanto a grandes desalinhamentos (Figura 3C-D). Se houver, entre em contato com o suporte do fabricante para ajustar o motor e o feixe de imagem ou tente a correção manual do software usando os controles do teclado nas etapas 4.12.1 a 4.12.9 (Figura Suplementar 6A).
    1. Para verificar o alinhamento do motor do estágio SED, vá para uma área da lâmina sem tecido. Pressione Shift+5 para gravar cinco FOVs de 400 μm em um padrão quadriculado (Figura Suplementar 6B-C) ou Shift+9 para queimar um padrão 3 x 3 de FOVs de 400 μm (Figura Suplementar 6D-E).
    2. Se as colunas de campo de visão estiverem muito distantes, pressione 1 e defina o valor x f(x) como um decimal negativo, normalmente entre -0,0025 e -0,1.
    3. Se os FOVs da terceira linha forem deslocados para a esquerda em relação aos FOVs da primeira linha, pressione 2 e defina o valor x f(y) como um decimal positivo, normalmente entre 0,0025 e 0,1.
    4. Se os FOVs da terceira coluna forem deslocados para baixo em relação aos FOVs da primeira coluna, pressione 3 e defina o valor y f(x) como um decimal negativo, normalmente entre -0,0025 e -0,1.
    5. Se as linhas do campo de visão estiverem muito distantes, pressione 4 e defina o valor y f(y) como um decimal negativo, normalmente entre -0,0025 e -0,1.
    6. Repita iterativamente as etapas 4.12.1 a 4.12.5 até que o tabuleiro de xadrez e os padrões 3 x 3 formem uma grade aproximadamente reta (Figura Suplementar 6C, E).
    7. Pressione S para salvar uma imagem .png do padrão com os valores de correção no nome do arquivo.
    8. Arraste e solte esse arquivo .png na interface do usuário da Web do TSAI para carregar os valores e salvá-los no cookie do navegador.
    9. Execute varreduras SED lado a lado para verificar os coeficientes. Com base nos mesmos princípios das etapas 4.12.2 a 4.12.5, faça ajustes adicionais nos coeficientes para corrigir quaisquer desalinhamentos nas imagens SED lado a lado.
  13. Se o SED lado a lado for adequado, pressione Escape. Retorne à interface do usuário da Web do TSAI.
  14. Arraste e solte o arquivo de .png SED lado a lado na interface do usuário da Web do TSAI (Figura 5E suplementar).
  15. Clique na guia SED e ajuste o zoom (Figura Suplementar 5F).
  16. Para ajustar o brilho e o contraste da imagem e/ou opções de desenho, como espessura da linha e tamanho do cursor, use o menu de opções do slide acima da imagem SED.
  17. Os atalhos de teclado estão disponíveis e a maioria é mostrada ao lado dos controles de imagem: Pressione Z para aumentar o zoom e Shift + Z para diminuir o zoom. Pressione B para aumentar o brilho ou Shift+B para diminuí-lo. Pressione C para aumentar o contraste ou Shift+C para diminuí-lo. Pressione Shift+V para redefinir o brilho e o contraste. Pressione L para alternar os rótulos acima dos blocos. Pressione O para alternar círculos de raio de 5 mm desenhados em torno dos locais de foco.

5. Microarray de tecido (TMA)

  1. Se estiver definindo FOVs para uma grade de pontos de TMA, primeiro defina o padrão de FOVs a serem replicados. No bloco relevante da coluna Blocos, ajuste as colunas e linhas (Figura 4A) e marque/desmarque as caixas no mapa (Figura 4B), bem como ajuste outras configurações de FOV conforme necessário.
  2. No bloco relevante, clique em TMA para abrir o menu de opções do TMA (Figura 4C). Defina o número de linhas e colunas de pontos TMA (Figura 4D). Se necessário, adicione um prefixo de nomenclatura (Figura 4E) e edite a numeração inicial da linha e da coluna (Figura 4F).
  3. Na imagem do slide, clique nos quatro cantos do TMA (Figura 4G-J). Clique e arraste os cantos circulados para ajustar o posicionamento da mira para que eles correspondam melhor aos pontos TMA.
  4. Clique em Build TMA no menu de opções do TMA (Figura 4K).
  5. Passe o mouse sobre cada bloco na coluna de blocos para verificar seu posicionamento. Para ajustar, clique em Mover (Figura 4L). Em seguida, clique e arraste na imagem do slide ou pressione as teclas de seta do teclado.
    1. Mantenha pressionada a tecla Shift enquanto pressiona as teclas de seta para se mover uma distância maior. Mantenha pressionada a tecla Alt (Windows) ou Opt (Mac) enquanto pressiona as teclas de seta para mover uma distância menor.
    2. Quando mover estiver selecionado, pressione T para desmarcar a caixa de seleção ao lado do nome do bloco, removê-lo da exibição e omiti-lo de todos os arquivos .json gerados posteriormente. Como alternativa, desmarque a caixa de seleção diretamente com o mouse (Figura 4M) ou remova-a totalmente clicando em Excluir.
    3. Quando mover for selecionado, pressione 2, 4 ou 8 para definir o tamanho do FOV para 200 μm, 400 μm ou 800 μm, respectivamente, e as dimensões do raster serão dimensionadas proporcionalmente para que a resolução da imagem permaneça inalterada.
    4. Quando mover estiver selecionado, pressione A para ir para o bloco anterior ou pressione D para ir para o próximo bloco.
    5. Para ajustar outras configurações de bloco, clique no botão ≡ para expandir o menu de configurações se ele não estiver visível.

6. Bloco de área/polígono

  1. Se estiver configurando FOVs para cobrir uma área contígua de tecido, primeiro ajuste as configurações de FOV conforme necessário no bloco relevante da coluna Blocos.
  2. No bloco relevante, clique em Polígono (Figura 5A). Clique na imagem do slide para definir os vértices/cantos da área a ser ladrilhada (Figura 5B-C). Clique duas vezes para fechar o polígono e cobrir a área com FOVs (Figura 5D).
  3. Role até a parte inferior da coluna Tiles e clique no botão ≡ (^ quando expandido, Figura 5E) no novo bloco de polígono para ver o mapa de blocos.
  4. Ative ou desative blocos individuais clicando no mapa de blocos (Figura 5F) ou clicando em Clicker (Figura 5G) e clicando nos FOVs lado a lado na imagem do slide.
  5. Para desativar vários FOVs, clique em Borracha e, em seguida, clique e arraste os FOVs lado a lado na imagem do slide (Figura 5H).
  6. Para ativar vários FOVs, clique em Clicker (Figura 5G) e, em seguida, clique e arraste as áreas vazias na imagem do slide cobertas pelo mapa de blocos.
  7. Para inserir as linhas acima, clique no botão ▲ (Figura 5I). Para inserir colunas à esquerda, clique no botão ◄ (Figura 5J).
  8. Para ajustar o posicionamento do ladrilho, clique em Mover (Figura 5K). Em seguida, clique e arraste na imagem do slide, pressione as teclas de seta do teclado ou use outros controles descritos nas etapas 5.5.1 a 5.5.5.

7. Navegação e ajuste do FOV

  1. Se o lado a lado SED estiver desalinhado ou a mira da imagem óptica não refletir o stage posição real do motor, ajuste as posições do FOV no modo SED na interface de controle do usuário MIBI com o auxílio dos controles do teclado abaixo.
  2. Abra o menu de navegação/ajuste do FOV abaixo da imagem do slide (óptico ou SED). Clique em Copiar Código de Navegação FOV para a Área de Transferência.
  3. Abra a interface de controle do usuário MIBI no web navegador. Coloque o MIBI no modo SED e ajuste o ganho, o foco e a estigmatização.
  4. Pressione Ctrl+Shift+J para abrir o console do navegador ou clique com o botão direito do mouse na página e clique em Inspecionar e, em seguida, abra a guia Console.
  5. Cole o código no console e pressione Enter. O código navegará automaticamente para o primeiro FOV e o posicionamento exato do FOV exibido na imagem SED da interface de controle do usuário MIBI.
  6. Ajuste o brilho e o contraste da imagem SED sem alterar o ganho. Pressione B para aumentar o brilho ou Shift+B para diminuí-lo. Pressione C para aumentar o contraste ou Shift+C para diminuí-lo. Pressione Shift+V para redefinir o brilho e o contraste.
  7. Para ajustar a ampliação do SED, pressione as teclas M (200 μm), , (400 μm), . (800 μm) ou / (máximo).
  8. Para mover o campo de visão, pressione as teclas de seta do teclado. Salve a posição pressionando W. Mantenha pressionada a tecla Shift enquanto pressiona as teclas de seta para se mover uma distância maior. Mantenha pressionada a tecla Alt (Windows) ou Opt (Mac) enquanto pressiona as teclas de seta para mover uma distância menor. Observe que apenas R1C1 de qualquer bloco pode ser movido.
  9. Para ativar ou desativar um FOV, pressione T. Para alterar o tamanho do FOV, pressione 2 (200 μm), 4 (400 μm) ou 8 (800 μm). As dimensões raster serão dimensionadas proporcionalmente para que a resolução da imagem permaneça a mesma.
  10. Para salvar um arquivo de imagem da imagem SED e da mira sobreposta, pressione S. Para salvar um rascunho dos ajustes em um arquivo .txt, pressione X.
  11. Quando estiver satisfeito, pressione D para ir para o próximo FOV ou A para voltar ao FOV anterior. Repita as etapas 7.6 a 7.11 para todos os FOVs.
  12. Quando terminar com todos os FOVs, pressione X ou Escape. Os ajustes serão salvos em um arquivo .txt e copiados para a área de transferência.
  13. Retorne à interface do usuário da Web do TSAI. Arraste e solte o arquivo .txt na interface do usuário da Web do TSAI ou cole os ajustes na caixa de texto no menu de navegação/ajuste do FOV.
  14. Clique em Ajustar para aplicar ajustes aos blocos na coluna Blocos.

8. JSON geração e importação de arquivos

  1. Abaixo da coluna Blocos, em Saída, verifique a lista de blocos e o tempo de execução estimado (Figura Suplementar 7A).
  2. Em Grupo, selecione uma opção para agrupamento de FOV (Figura Suplementar 7B). O agrupamento não tem efeito sobre o arquivo .json ordenado sequencialmente.
    1. Para o arquivo .json aleatório, agrupar FOVs por bloco ordenará os FOVs de forma que todos os FOVs em um determinado bloco permaneçam juntos, mesmo que os blocos estejam em ordem aleatória.
    2. Para o arquivo de .json aleatório, não agrupe os FOVs que ordenarão aleatoriamente os FOVs de forma que os FOVs de diferentes blocos sejam misturados.
    3. Se o foco automático em execução tiver sido especificado, os FOVs serão agrupados automaticamente pelo local de foco automático mais próximo.
  3. Em dividir, selecione uma opção para dividir em vários arquivos .json (Figura Suplementar 7C).
    1. Não dividir manterá todos os FOVs em apenas um arquivo .json.
    2. Dividir por cada # FOVs dividirá os FOVs em vários arquivos .json, em que cada arquivo contém o número especificado de FOVs.
    3. Dividido a cada # horas # minutos dividirá os FOVs em vários arquivos .json, em que o tempo de execução estimado de cada arquivo é aproximadamente a quantidade de tempo especificada.
  4. Visualize e reorganize a ordem dos FOVs nos arquivos .json abrindo o menu Reorganizar (Figura Suplementar 7D). Para mover um FOV, clique e arraste-o para a posição desejada. Os outros FOVs serão reorganizados interativamente em torno do FOV arrastado.
  5. Para salvar o(s) arquivo(s) .json, clique no(s) botão(ões) FOVs abaixo do menu de reorganização. O .json sequencial coloca os FOVs em ordem por bloco, linha e coluna (Figura 7E suplementar). O .json aleatório randomiza os FOVs dentro dos grupos, conforme selecionado na etapa 8.2 (Figura Suplementar 7F).
  6. Para salvar uma imagem do tecido com os FOVs e as opções de exibição aplicadas (rótulos de ladrilhos, brilho, contraste etc.), clique em Salvar imagem lado a lado (Figura 7G suplementar). Isso geralmente é útil para manutenção de registros e compartilhamento com colaboradores.
  7. Retorne à interface de controle do usuário MIBI. Clique em Importar FOVs e selecione o arquivo .json gerado. Ajuste o foco, a estigmatização e a corrente conforme necessário e clique em Iniciar execução.

Resultados

O TSAI fornece dois métodos para configurar FOVs (Figura 2). Utiliza-se apenas a imagem óptica (Figura 2, TASAI, ramo esquerdo), semelhante a outros métodos existentes. O segundo método - gerar uma imagem SED lado a lado - é exclusivo do TSAI (Figura 2, TSAI, ramo direito). O TSAI desenha FOVs com precisão nesta imagem, eliminando a necessidade de passar horas empurrando os FOVs para o lugar n...

Discussão

A imagem de feixe de íons multiplexado (MIBI) é uma técnica poderosa para dissecar fenótipos celulares detalhados e histoarquitetura tecidual 5,6,7,8,9,10,11. Os esforços computacionais em torno do MIBI se concentraram principalmente no processamento do...

Divulgações

Os autores declaram não haver conflitos de interesse.

Agradecimentos

H. Piyadasa foi apoiado pela bolsa de estudos do Canadian Institutes of Health Research (CIHR) (MFE-176490). B. Oberlton foi apoiado pela National Science Foundation (NSF) Fellowship (2020298220). A. Tsai foi apoiado por uma bolsa da Damon Runyon Cancer Research Foundation (DRCRF) (DRG-118-16), pelo Departamento de Patologia de Stanford, pelo Fundo Annelies Gramberg e pelo NIH 1U54HL165445-01. Agradecimentos adicionais vão para o Dr. Avery Lam, Dr. Davide Franchina e Mako Goldston por ajudar a testar e depurar o programa.

Materiais

NameCompanyCatalog NumberComments
MIBI computerIonpath
MIBIcontrol (software)Ionpath
MIBIscopeIonpathMultiplexed Ion Beam Imaging (MIBI) microscope
MIBIslideIonpath567001Conductive slide for MIBI
Tile/SED/Array Interface (TSAI) (software)https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai/

Referências

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  2. Keren, L., et al. MIBI-TOF: A multiplexed imaging platform relates cellular phenotypes and tissue structure. Sci Adv. 5 (10), 1-16 (2019).
  3. Elhanani, O., Keren, L., Angelo, M. High-Dimensional Tissue Profiling by Multiplexed Ion Beam Imaging. Methods Mol Biol. 2386, 147-156 (2022).
  4. Greenwald, N. F., et al. Whole-cell segmentation of tissue images with human-level performance using large-scale data annotation and deep learning. Nat Biotechnol. 40 (4), 555-565 (2022).
  5. Risom, T., et al. Transition to invasive breast cancer is associated with progressive changes in the structure and composition of tumor stroma. Cell. 185 (2), 299.e18-310.e18 (2022).
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  7. Greenbaum, S., et al. A spatially resolved timeline of the human maternal–fetal interface. Nature. 619 (7970), 595-605 (2023).
  8. Hartmann, F. J., et al. Single-cell metabolic profiling of human cytotoxic T cells. Nat Biotechnol. 39 (2), 186-197 (2021).
  9. Patwa, A., et al. Multiplexed imaging analysis of the tumor-immune microenvironment reveals predictors of outcome in triple-negative breast cancer. Commun Biol. 4 (1), 852 (2021).
  10. Keren, L., et al. A Structured Tumor-Immune Microenvironment in Triple Negative Breast Cancer Revealed by Multiplexed Ion Beam Imaging. Cell. 174 (6), 1373.e19-1387.e19 (2018).
  11. Vijayaragavan, K., et al. Single-cell spatial proteomic imaging for human neuropathology. Acta Neuropathol. Commun. 10 (1), 158 (2022).
  12. . GitHub - angelolab/toffy: Scripts for interacting with and generating data from the commercial MIBIScope. (n.d.) Available from: https://github.com/angelolab/toffy (2023)
  13. . HTML Living Standard Available from: https://html.spec.whatwg.org/multipage (2023)
  14. . ECMAScript 2022 Language Specification Available from: https://www.ecma-international.org/publications-and-standards/standards/ecma-262 (2023)
  15. . Cascading Style Sheets (CSS) Available from: https://www.w3.org/Style/CSS/Overview.en.html (2023)

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