Schnelle Einrichtung von Gewebe-Microarrays und Tiled-Area-Imaging auf dem Multiplex-Ionenstrahl-Bildgebungsmikroskop über die Kachel-/SED-/Array-Schnittstelle

Zusammenfassung

Multiplexed Ion Beam Imaging (MIBI) wird häufig verwendet, um Gewebe-Microarrays und gekachelte, zusammenhängende Gewebebereiche abzubilden, aber die derzeitige Software für die Einrichtung dieser Experimente ist umständlich. Die Kachel-/SED-/Array-Schnittstelle ist ein intuitives, interaktives grafisches Tool, das entwickelt wurde, um die Einrichtung von MIBI-Läufen drastisch zu vereinfachen und zu beschleunigen.

Zusammenfassung

Multiplexed Ion Beam Imaging (MIBI) ist eine auf Massenspektrometrie basierende Mikroskopietechnik der nächsten Generation, die 40+ komplexe Bilder der Proteinexpression in histologischen Geweben erzeugt und so eine detaillierte Aufschlüsselung zellulärer Phänotypen und histoarchitektonischer Organisation ermöglicht. Ein wesentlicher Engpass im Betrieb tritt auf, wenn der Benutzer die physischen Stellen auf dem Gewebe für die Bildgebung auswählt. Mit zunehmendem Umfang und zunehmender Komplexität von MIBI-Experimenten sind die vom Hersteller bereitgestellte Schnittstelle und die Tools von Drittanbietern für die Bildgebung großer Gewebe-Microarrays und gekachelter Gewebebereiche immer unhandlicher geworden. Aus diesem Grund wurde eine webbasierte, interaktive WYSIWYG-Grafikoberfläche (What-you-see-is-what-you-get) - das Tile/SED/Array Interface (TSAI) - entwickelt, mit dem Benutzer Bildpositionen mit vertrauten und intuitiven Mausgesten wie Drag-and-Drop, Click-and-Drag und Polygonzeichnen festlegen können. Es wurde nach Webstandards geschrieben, die bereits in modernen Webbrowsern integriert sind, und erfordert keine Installation externer Programme, Erweiterungen oder Compiler. Diese Schnittstelle, die für Hunderte von aktuellen MIBI-Benutzern interessant ist, vereinfacht und beschleunigt die Einrichtung großer, komplexer MIBI-Läufe erheblich.

Einleitung

Multiplexed Ion Beam Imaging (MIBI) ist eine Technik zur gleichzeitigen Abbildung von 40+ Proteinen in histologischen Gewebeschnitten mit einer Auflösung von bis zu 250 nm ^1,2,3. Nachdem ein histologischer Gewebeschnitt mit Antikörpern gefärbt wurde, die mit isotopenreinen Elementarmetallen markiert sind, führt das MIBI-Instrument eine sekundäre Ionen-Massenspektrometrie durch, um gleichzeitig alle Isotope - und damit die Expression aller 40+ Antigene - an einzelnen Stellen im Gewebe zu quantifizieren. Die resultierenden 40+ Plex-Bilder der Proteinexpression, die über Gitter von Millionen von Spots durchgeführt werden, ermöglichen die Abgrenzung von Zellgrenzen und die Identifizierung spezifischer Zelltypen unter Beibehaltung des räumlichen Kontexts 1,2,3,4. Diese Technik wurde von Hunderten von Anwendern an etwa 20 Standorten verwendet, um die zelluläre Zusammensetzung, die Stoffwechselprofile und/oder die Architektur von Dutzenden von Gewebetypen im Rahmen der Untersuchung der Immunantwort auf Tumore, der durch Infektionserreger verursachten Gewebeentzündung, der Neuropathologie der Demenz und der Immuntoleranz in der Schwangerschaft^{zu untersuchen} 5,6,7,8,9, ^10,11.

Ein wesentlicher Engpass bei der Bedienung von MIBI-Instrumenten ist die Einrichtung von Sichtfeldern (FOVs) - 200 x 200 μm² bis 800 x 800 μm² Bereiche des Gewebes - für die Bildgebung. Das MIBI bildet ein FOV nach dem anderen ab, bis zu 800 x 800 μm², so dass für die Bildgebung größerer Bereiche mehrere FOVs zusammengefügt werden müssen. Bei der Bildgebung eines Gewebe-Microarrays (z. B. acht kreisförmiger Gewebe in Abbildung 1A) werden mehrere FOVs im Abstand voneinander platziert. Zum Einrichten von FOVs bietet die Herstellerschnittstelle 1) ein optisches Kamerabild des Objektträgers mit einem Fadenkreuz, das in etwa der angegebenen Bildkoordinate entspricht (Abbildung 1A) und 2) ein Bild eines Sekundärelektronendetektors (SED), das die genaue Fläche an der Koordinate zeigt, angeblich auf 0,1 μm genau (Abbildung 1B). Zunächst positioniert der Benutzer anhand des optischen Bildes grob ein einzelnes FOV. Da die Bildauflösung nur etwa 60 μm pro Pixel beträgt, wird ein standardmäßiges Sichtfeld von 400 μm um 30 % verschoben, wenn die Platzierung um zwei Pixel (2 Pixel x 60 μm pro Pixel) verschoben wird. Daher muss der Benutzer das SED-Bild verwenden, um die Position zu verfeinern - eine mühsame Abfolge von einem Dutzend Schritten, die mehrere Popup-Fenster umfassen, das Eintippen von Koordinaten in Textfelder, das langsame Anschieben des SED mit Richtungstasten und oft sogar das Notieren von Koordinaten auf Papier umfassen (Ergänzende Abbildung 1). Dieser Vorgang muss für jeden Spot eines 100+ Core Tissue Microarrays (TMA) wiederholt werden. Einige Tools von Drittanbietern können bei der anfänglichen groben Positionierung helfen¹². Sie erfordern jedoch noch einige Programmierkenntnisse, und die endgültige Positionierung erfolgt immer noch durch den Dutzend-Schritt-Prozess. Es ist auch sehr mühsam, Raster benachbarter Sichtfelder zu positionieren, die später zu einem gekachelten Panoramabild zusammengefügt werden.

Daher wurde das Tile/SED/Array Interface (TSAI) mit dem Ziel entwickelt, den Anwendern die schnelle Positionierung einer großen Anzahl von FOVs über eine intuitive, interaktive grafische Oberfläche zu ermöglichen. TSAI besteht aus zwei Hauptkomponenten: 1) einer webbasierten grafischen Benutzeroberfläche (Web-UI) zum schnellen Platzieren von TMA-Punkten und Gewebekacheln und 2) Integrationen in die MIBI-Benutzersteuerungsschnittstelle zum Generieren eines gekachelten SED-Bildes und zum Anpassen von FOV-Positionen. Wenn nur das optische Bild verwendet wird, können viele FOVs grob positioniert und dann mit den FOV-Navigations-/Anpassungswerkzeugen schnell angepasst werden (Abbildung 2, TSAI, linker Zweig). Wenn jedoch die SED-Kachelung durchgeführt wird, können die FOVs genau auf dem gekachelten SED-Bild positioniert werden, ohne dass im SED-Modus weitere Anpassungen erforderlich sind (Abbildung 2, TSAI, rechter Zweig). Diese Tools sind für Hunderte von aktuellen MIBI-Benutzern von allgemeinem Interesse und machen das Kacheln und die TMA-Positionierung selbst für Anfänger sehr einfach und reduzieren die komplexe Einrichtung von MIBI-Durchläufen von mehreren Stunden auf einige Dutzend Minuten.

Protokoll

1. Laden von TSAI

1. Führen Sie TSAI aus, indem Sie https://tsai.stanford.edu/research/mibi_tsai im Webbrowser des MIBI-Benutzersteuerungscomputers öffnen.
   1. Diese Instanz von TSAI enthält benutzerdefinierte Presets, die nicht für alle Instrumente gelten. Wenn Sie es verwenden, erstellen Sie Kacheln nur aus Vorlagen-FOVs, wie unten in Schritt 2.6 generiert. TSAI wird lokal im Webbrowser ausgeführt, und es werden keine Bild-, .json- oder Dateinamendaten an den Server gesendet oder auf dem Server gespeichert.
2. Alternativ können Sie TSAI auf einer beliebigen Website mit benutzerdefinierten Voreinstellungen für jedes Instrument einrichten.
   1. Wechseln Sie zu https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai und laden Sie das mibi_tsai_standalone Verzeichnis herunter. Alternativ können Sie die Datei Supplementary Coding File 1 .zip herunterladen und den Inhalt in ein Verzeichnis mit dem Namen mibi_tsai_standalone entpacken.
   2. Öffnen Sie mibi_tsai_standalone/_resources/index.js in einem beliebigen Texteditor.
   3. Bearbeiten Sie bei Bedarf die FOV-Größe, die Verweilzeit/die Timing-Auswahl, die Rastergröße, das FOV-JSON und die empfohlenen Voreinstellungen in index.js, um sie an die Einstellungen des Instruments anzupassen. Dies gilt hauptsächlich für kundenspezifische Instrumente, aber die Verweilzeit-/Timing-Auswahlpaare sollten unabhängig davon überprüft werden. Speichern Sie index.js.
   4. Laden Sie mibi_tsai_standalone auf einen beliebigen Webserver hoch, auf den über das Internet zugegriffen werden kann, z. B. eine Labor-Website oder eine von der Universität gehostete Website.
   5. Öffnen Sie mibi_tsai_standalone/index.html im Webbrowser des MIBI-Benutzersteuerungscomputers.

2. Laden der MIBI-Folie und Erstellen einer Vorlagendatei

1. Melden Sie sich im Webbrowser beim MIBI Experiment Tracker (vom Hersteller bereitgestellte Webschnittstelle zur Verwaltung scanbezogener Metadaten) an.
2. Fügen Sie auf der Registerkarte Folien eine neue Folie und einen neuen Abschnitt hinzu (Ergänzende Abbildung 2A-B). Wählen Sie auf der Registerkarte Ressourcen ein Markierungsfeld aus oder erstellen Sie ein Markierungsfeld (Ergänzende Abbildung 2C).
3. Fügen Sie auf der Registerkarte Abschnitte den neuen Abschnitt zum Panel hinzu (Ergänzende Abbildung 2D).
4. Melden Sie sich im Webbrowser bei der MIBI-Benutzeroberfläche an. Laden Sie die MIBI-Folie, indem Sie auf Exchange Sample klicken und die neue Folie auswählen (Ergänzende Abbildung 3A).
5. Erstellen Sie ein Vorlagen-FOV, indem Sie auf FOV hinzufügen (Ergänzende Abbildung 3B) klicken und die Rahmenabmessungen, die FOV-Größe, die Verweilzeit, den Bildgebungsmodus und die Schnitt-ID festlegen.
6. Exportieren (Herunterladen) der FOV-Liste in eine .json Datei (Ergänzende Abbildung 3C). Laden Sie das optische Bild als .png Datei herunter (Ergänzende Abbildung 3D).

3. Koregistrierung des Motors im optischen Bildtisch

1. Öffnen Sie die TSAI-Web-UI im Webbrowser. Wenn noch keine Koregistrierung durchgeführt wurde, sollte das Menü für die optische Koregistrierung automatisch geöffnet werden. Wenn er durchgeführt wurde und ausreichend ist, wiederholen Sie diese Schritte nicht.
2. Öffnen Sie das Menü Optische Koregistrierung . Klicken Sie auf Code für die automatische Mitregistrierung in die Zwischenablage kopieren (ergänzende Abbildung 4A).
3. Öffnen Sie die MIBI-Benutzeroberfläche im Webbrowser. Drücken Sie Strg+Umschalt+J , um die Browserkonsole zu öffnen, oder klicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Seite, klicken Sie auf Prüfen, und öffnen Sie dann die Registerkarte Konsole (Ergänzende Abbildung 4B).
4. Fügen Sie den Code in die Konsole ein, und drücken Sie die Eingabetaste. Klicken Sie auf den in der Konsole generierten Link (Ergänzende Abbildung 4C). Dadurch wird die Co-Registrierung in die TSAI-Web-Benutzeroberfläche geladen und als Cookie gespeichert, sodass sie beibehalten wird und nicht wiederholt werden muss, es sei denn, es gibt eine Änderung an der Gerätehardware.

4. Gekachelter SED-Scan

2. Öffnen Sie das Menü SED-Kacheler und klicken Sie auf ein Textfeld in der obersten Zeile (Ergänzende Abbildung 5A).
3. Klicken (± ziehen) Sie auf das optische Bild, um die obere linke Ecke für den SED-Scan auszuwählen (Ergänzende Abbildung 5B).
4. Drücken Sie die Taste D oder klicken Sie auf ein Textfeld in der zweiten Zeile im Menü des SED-Fliesenlegers.
5. Klicken (± ziehen) Sie auf das optische Bild, um die untere rechte Ecke für den SED-Scan auszuwählen.
6. Klicken Sie im Menü SED Tiler auf SED Scan and Shift Correction Code in die Zwischenablage kopieren (Ergänzende Abbildung 5C).
7. Öffnen Sie die MIBI-Benutzeroberfläche im Webbrowser. Fügen Sie den Code in die Konsole ein, und drücken Sie die Eingabetaste (Ergänzende Abbildung 5D).
8. Versetzen Sie die MIBI in den SED-Modus mit der Einstellung QC - 300 μm, bewegen Sie sich in einen Bereich, der nicht erfasst wird, und passen Sie die Verstärkung, den Fokus und die Stigmatisierung an.
   1. Passen Sie die Helligkeit und den Kontrast des SED-Bildes an, ohne die Verstärkung zu ändern. Drücken Sie B , um die Helligkeit zu erhöhen, oder Umschalt+B , um sie zu verringern. Drücken Sie C , um den Kontrast zu erhöhen, oder Umschalt+C , um ihn zu verringern. Drücken Sie Umschalt+V , um sowohl die Helligkeit als auch den Kontrast zurückzusetzen.
9. Drücken Sie Umschalt+T, um den gekachelten SED-Scan zu starten.
10. Wenn der Vorgang abgeschlossen ist, sollte automatisch eine neue .png Datei des gekachelten SED-Bildes gespeichert werden (Abbildung 3). Am Anfang des Dateinamens können Zeichen hinzugefügt werden, der andere Teil des Dateinamens wird jedoch nicht geändert.
11. Wenn bestimmte Kacheln unscharf sind oder aus anderen Gründen nicht ordnungsgemäß gescannt wurden, scannen Sie sie erneut.
    1. Drücken Sie UMSCHALT+R, um der Warteschlange für den erneuten Scan eine Kachel hinzuzufügen. Es wird ein Dialogfeld geöffnet, in dem der Benutzer zur Eingabe der Zeile und Spalte der Kachel aufgefordert wird. Die Nummern sind nullindiziert, d.h. in die neunte Zeile, die erste Spalte, gelangen 8,0 in die Warteschlange.
    2. Nachdem Sie alle relevanten Kacheln zur Warteschlange hinzugefügt haben, drücken Sie Umschalt+T , um den Scan erneut durchzuführen. Wenn Sie fertig sind, sollte es automatisch eine neue .png Datei des gekachelten SED-Bildes speichern.
13. Wenn die gekachelte SED ausreichend ist, drücken Sie die Esc-Taste. Kehren Sie zur TSAI-Web-Benutzeroberfläche zurück.
15. Klicken Sie auf die Registerkarte SED und passen Sie den Zoom an (Ergänzende Abbildung 5F).
16. Um die Helligkeit und den Kontrast des Bildes und/oder die Zeichnungsoptionen wie Linienstärke und Cursorgröße anzupassen, verwenden Sie das Menü "Schiebeoptionen" über dem SED-Bild.
17. Tastenkombinationen sind verfügbar und werden meist neben den Bildsteuerelementen angezeigt: Drücken Sie Z zum Vergrößern und Umschalt+Z zum Verkleinern. Drücken Sie B , um die Helligkeit zu erhöhen, oder Umschalt+B , um sie zu verringern. Drücken Sie C , um den Kontrast zu erhöhen, oder Umschalt+C , um ihn zu verringern. Drücken Sie Umschalt+V , um sowohl die Helligkeit als auch den Kontrast zurückzusetzen. Drücken Sie L , um die Beschriftungen über den Kacheln umzuschalten. Drücken Sie die Taste O , um Kreise mit einem Radius von 5 mm, die um Fokusfelder gezeichnet werden, umzuschalten.

5. Gewebe-Microarray (TMA)

1. Wenn Sie FOVs für ein Raster von TMA-Spots festlegen, legen Sie zuerst das Muster der zu replizierenden FOVs fest. Passen Sie in der entsprechenden Kachel der Spalte Kacheln die Spalten und Zeilen an (Abbildung 4A) und aktivieren bzw. deaktivieren Sie die Kontrollkästchen in der Karte (Abbildung 4B) und passen Sie bei Bedarf andere FOV-Einstellungen an.
2. Klicken Sie in der entsprechenden Kachel auf TMA , um das TMA-Optionsmenü zu öffnen (Abbildung 4C). Legen Sie die Anzahl der Zeilen und Spalten von TMA-Spots fest (Abbildung 4D). Fügen Sie bei Bedarf ein Namenspräfix hinzu (Abbildung 4E), und bearbeiten Sie die Nummerierung der Startzeile und der Spalten (Abbildung 4F).
3. Klicken Sie auf dem Folienbild auf die vier Ecken des TMA (Abbildung 4G-J). Klicken und ziehen Sie die eingekreisten Ecken, um die Positionierung des Fadenkreuzes so anzupassen, dass sie am besten zu den TMA-Spots passen.
4. Klicken Sie im TMA-Optionsmenü auf TMA erstellen (Abbildung 4K).
5. Bewegen Sie den Mauszeiger über jede Kachel in der Kachelspalte, um ihre Positionierung zu überprüfen. Klicken Sie zum Anpassen auf Verschieben (Abbildung 4L). Klicken und ziehen Sie dann auf das Folienbild oder drücken Sie die Pfeiltasten der Tastatur.
   1. Halten Sie die Umschalttaste gedrückt, während Sie die Pfeiltasten drücken, um eine weitere Entfernung zu verschieben. Halten Sie die Alt-Taste (Windows) bzw. die Wahltaste (Mac) gedrückt, während Sie die Pfeiltasten drücken, um eine kürzere Strecke zurückzulegen.
   2. Wenn Verschieben ausgewählt ist, drücken Sie T , um das Kontrollkästchen neben dem Kachelnamen zu deaktivieren, ihn aus der Ansicht zu entfernen und ihn in allen anschließend generierten .json Dateien auszulassen. Alternativ können Sie das Kontrollkästchen direkt mit der Maus deaktivieren (Abbildung 4M) oder es vollständig entfernen, indem Sie auf Löschen klicken.
   3. Wenn Verschieben ausgewählt ist, drücken Sie 2, 4 oder 8 , um die FOV-Größe auf 200 μm, 400 μm bzw. 800 μm festzulegen, und die Rasterabmessungen werden proportional skaliert, sodass die Bildauflösung unverändert bleibt.
   4. Wenn Verschieben ausgewählt ist, drücken Sie A , um zur vorherigen Kachel zu wechseln, oder drücken Sie D , um zur nächsten Kachel zu wechseln.
   5. Um andere Kacheleinstellungen anzupassen, klicken Sie auf die Schaltfläche ≡, um das Einstellungsmenü zu erweitern, wenn es nicht sichtbar ist.

6. Flächen-/Polygonkachel

1. Wenn Sie das Sichtfeld so einstellen, dass es einen angrenzenden Bereich des Gewebes abdeckt, passen Sie zuerst die Sichtfeldeinstellungen nach Bedarf in der entsprechenden Kachel der Spalte Kacheln an.
2. Klicken Sie in der entsprechenden Kachel auf Polygon (Abbildung 5A). Klicken Sie auf das Folienbild, um die Eckpunkte/Ecken des zu kachelnden Bereichs festzulegen (Abbildung 5B-C). Doppelklicken Sie, um das Polygon zu schließen und den Bereich mit FOVs abzudecken (Abbildung 5D).
3. Scrollen Sie zum Ende der Spalte Kacheln, und klicken Sie auf die Schaltfläche ≡ (^ im erweiterten Zustand, Abbildung 5E) in der neuen Polygonkachel, um die Kachelkarte anzuzeigen.
4. Schalten Sie einzelne Kacheln ein oder aus, indem Sie auf die Kachelkarte klicken (Abbildung 5F) oder indem Sie auf den Klicker klicken (Abbildung 5G) und dann auf die gekachelten FOVs im Folienbild klicken.
5. Um mehrere Sichtfelder auszuschalten, klicken Sie auf Radiergummi und klicken und ziehen Sie dann auf die gekachelten Sichtfelder im Folienbild (Abbildung 5H).
6. Um mehrere FOVs zu aktivieren, klicken Sie auf Clicker (Abbildung 5G) und klicken und ziehen Sie dann auf die leeren Bereiche im Folienbild, das von der Kachelkarte abgedeckt wird.
7. Um die obigen Zeilen einzufügen, klicken Sie auf die Schaltfläche ▲ (Abbildung 5I). Um Spalten auf der linken Seite einzufügen, klicken Sie auf die Schaltfläche ◄ (Abbildung 5J).
8. Um die Kachelpositionierung anzupassen, klicken Sie auf Verschieben (Abbildung 5K). Klicken und ziehen Sie dann auf das Folienbild, drücken Sie die Pfeiltasten der Tastatur oder verwenden Sie andere Steuerelemente, die in den Schritten 5.5.1 bis 5.5.5 beschrieben sind.

7. FOV-Navigation und -Einstellung

8. JSON Dateigenerierung und -import

1. Überprüfen Sie unter der Spalte Kacheln unter Ausgabe die Liste der Kacheln und die geschätzte Laufzeit (Ergänzende Abbildung 7A).
2. Wählen Sie unter Gruppe eine Option für die FOV-Gruppierung aus (Ergänzende Abbildung 7B). Die Gruppierung hat keine Auswirkungen auf die sequenziell sortierte .json Datei.
   1. Bei der zufälligen .json Datei werden die FOVs durch das Gruppieren nach Kacheln so angeordnet, dass alle FOVs innerhalb einer bestimmten Kachel zusammenbleiben, auch wenn die Kacheln in zufälliger Reihenfolge angeordnet sind.
   2. Bei der zufälligen .json-Datei werden die FOVs mit der Option "Nicht gruppieren" nach dem Zufallsprinzip so angeordnet, dass die FOVs aus verschiedenen Kacheln miteinander vermischt werden.
   3. Wenn der Autofokus im Lauf angegeben wurde, werden die FOVs automatisch nach der nächstgelegenen Autofokus-Site gruppiert.
3. Wählen Sie unter Teilen eine Option zum Aufteilen in mehrere .json Dateien aus (Ergänzende Abbildung 7C).
   1. Nicht teilen behält alle FOVs in nur einer .json Datei bei.
   2. Geteilt durch alle # FOVs teilt die FOVs auf mehrere .json Dateien auf, wobei jede Datei die angegebene Anzahl von FOVs enthält.
   3. Bei der Aufteilung nach alle # Stunden # Minuten werden die FOVs auf mehrere .json Dateien aufgeteilt, wobei die geschätzte Laufzeit jeder Datei ungefähr der angegebenen Zeitspanne entspricht.
4. Zeigen Sie die Reihenfolge der FOVs in den .json Dateien an und ordnen Sie sie neu an, indem Sie das Menü "Neu anordnen" öffnen (Ergänzende Abbildung 7D). Um ein FOV zu verschieben, klicken Sie darauf und ziehen Sie es an die gewünschte Position. Die anderen FOVs werden interaktiv um das gezogene FOV herum angeordnet.
5. Um die .json Datei(en) zu speichern, klicken Sie auf die Schaltfläche(n) FOVs /n unter dem Menü zum Neuanordnen. Die sequenzielle .json ordnet die FOVs nach Kachel, dann nach Zeile und dann nach Spalte (Ergänzende Abbildung 7E). Die zufällige .json randomisiert die FOVs innerhalb der Gruppen, die in Schritt 8.2 ausgewählt wurden (Ergänzende Abbildung 7F).
6. Um ein Bild des Gewebes mit den FOVs und den angewendeten Anzeigeoptionen (Kachelbeschriftungen, Helligkeit, Kontrast usw.) zu speichern, klicken Sie auf Gekacheltes Bild speichern (Ergänzende Abbildung 7G). Dies ist oft nützlich für die Aufzeichnung und den Austausch mit Mitarbeitern.
7. Kehren Sie zur MIBI-Benutzeroberfläche zurück. Klicken Sie auf FOVs importieren und wählen Sie die generierte .json Datei aus. Passen Sie den Fokus, die Stigmatisierung und die Aktualität nach Bedarf an und klicken Sie auf "Run starten".

Ergebnisse

TSAI bietet zwei Methoden zum Einrichten von FOVs (Abbildung 2). Man verwendet nur das optische Bild (Abbildung 2, TSAI, linker Zweig), ähnlich wie bei anderen bestehenden Methoden. Die zweite Methode, das Generieren eines gekachelten SED-Bildes, ist nur für TSAI verfügbar (Abbildung 2, TSAI, rechter Zweig). TSAI zeichnet FOVs genau auf dieses Bild, so dass die FOVs nicht mehr stundenlang im SED-...

Diskussion

Die Multiplex-Ionenstrahl-Bildgebung (MIBI) ist eine leistungsstarke Technik zur Analyse detaillierter zellulärer Phänotypen und der Gewebehistoarchitektur 5,6,7,8,9,10,11. Die Rechenbemühungen rund um MIBI konzentrierten sich weitgehend auf die Verarbeit...

Materialien

Name	Company	Catalog Number	Comments
MIBI computer	Ionpath
MIBIcontrol (software)	Ionpath
MIBIscope	Ionpath		Multiplexed Ion Beam Imaging (MIBI) microscope
MIBIslide	Ionpath	567001	Conductive slide for MIBI
Tile/SED/Array Interface (TSAI) (software)		https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai/