استخراج الحمض النووي للدياتوم من عينات المياه والأنسجة

Summary

توضح هذه المقالة بروتوكولا لاستخراج الحمض النووي للدياتوم باستخدام مجموعة استخراج الحمض النووي الشائعة المعدلة.

Abstract

اختبار الدياتوم هو وسيلة مساعدة أساسية في ممارسة الطب الشرعي لتحديد ما إذا كانت الجثة قد غرقت في الماء واستنتاج موقع الغرق. اختبار الدياتوم هو أيضا محتوى بحثي مهم في مجال البيئة والعوالق. تعد تقنية اختبار البيولوجيا الجزيئية للدياتوم ، والتي تركز على الحمض النووي للدياتوم ككائن بحثي أساسي ، طريقة جديدة لاختبار الدياتوم. استخراج الحمض النووي للدياتوم هو أساس الاختبار الجزيئي للدياتوم. في الوقت الحاضر ، تعتبر المجموعات المستخدمة بشكل شائع لاستخراج الحمض النووي للدياتوم باهظة الثمن ، مما يزيد من تكلفة إجراء البحوث ذات الصلة. قام مختبرنا بتحسين مجموعة الاستخراج السريع للحمض النووي لجينوم الدم الكامل العام وحصل على تأثير استخراج الحمض النووي للدياتوم بشكل مرض ، وبالتالي توفير حل بديل اقتصادي وبأسعار معقولة لاستخراج الحمض النووي يعتمد على الخرز الزجاجي للأبحاث ذات الصلة. يمكن أن يلبي الحمض النووي للدياتوم المستخرج باستخدام هذا البروتوكول العديد من التطبيقات النهائية ، مثل تفاعل البوليميراز المتسلسل والتسلسل.

Introduction

في ممارسة الطب الشرعي ، يعد تحديد ما إذا كانت الجثة التي تم العثور عليها في الماء تغرق أو ألقيت في الماء بعد الوفاة أمرا ضروريا للحل المناسب للقضية¹. كما أنها واحدة من القضايا الصعبة التي تحتاج إلى حل عاجل في ممارسة الطب^{الشرعي 2}. الدياتومات وفيرة في البيئة الطبيعية (خاصة في الماء)^3,4. في عملية الغرق ، بسبب نقص الأكسجة والاستجابة للإجهاد ، سيكون لدى الناس حركات تنفس مكثفة ويستنشقون كمية كبيرة من سائل الغرق. لذلك ، تدخل الدياتومات الموجودة في الماء إلى الرئة بسائل الغرق ، ويمكن لبعض الدياتومات أن تدخل الدورة الدموية من خلال الحاجز السنخي الشعري وتنتشر إلى الأعضاء ا....

Protocol

تمت الموافقة على هذه الدراسة من قبل لجنة الأخلاقيات بجامعة هاينان الطبية. لا تعتبر عينات الأنسجة المستخدمة في هذه الدراسة دراسات تشمل أشخاصا. تم الحصول على هذه العينات لغرض التشخيص المرضي الشرعي ، وتم استخدام الباقي لاستخراج الحمض النووي للدياتوم في هذه التجربة. لا يمكن للباحثين تحديد الأفراد بسهولة للحصول على موافقة مستنيرة من أصحاب المصلحة المعنيين.

ملاحظة: لضمان التطبيق العام لطريقة البحث المبلغ عنها في هذه التجربة ، اتبعت هذه التجربة بشكل أساسي تعليمات التشغيل الخاصة بالمجموعة المستخدمة ، وتم تعديل بعض الخطوات فقط. أخذت عينات المياه المستخدمة في هذه التجربة عشوائيا من البرك القريبة من المختبر (الشكل التكميلي 1 أ). في هذ....

النتائج

نظرا لأن محلول الحمض النووي المستخرج بواسطة طريقة استخراج الحمض النووي المستخدمة حاليا يحتوي على جميع مكونات الحمض النووي من مصادر مختلفة في العينة ، فإن الحمض النووي الذي تم الحصول عليه بواسطة هذا البروتوكول لم يكن استثناء. لذلك ، لم يكن محلول الحمض النووي مجرد محلول للحمض النووي الجيني.......

Discussion

خلايا المشطورة محمية بجدران الخلايا السيليسية الصلبة¹⁷ ، ويجب تدمير هذا الهيكل لاستخراج الحمض النووي للدياتوم. المجموعات العادية لا تدمر بسهولة القشرة السيليسية للدياتومات ؛ وبالتالي من الصعب استخراج الحمض النووي للدياتوم²¹ بنجاح. قام مختبرنا بتحسين مجموعة است?.......

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
Binding Buffer	BioTeke	B010006022	rapidly lysing cells
ChemoHS qPCR Mix	Monad	00007547-120506	qPCR Mix
D2000 DNA ladder	Real-Times(Beijing) Biotechnology	RTM415	Measure the position of electrophoretic bands
D512	Taihe Biotechnology	TW21109196	forword primer
D978	Taihe Biotechnology	TW21109197	reverse primer
Elution buffer	BioTeke	B010006022	A low-salt elution buffer washes off the DNA
Glass bead	Yingxu Chemical Machinery(Shanghai)	70181000	Special glass beads for dispersing and grinding
Import adsorption column	BioTeke	B2008006022	Adsorption column with silica matrix membrane
Inhibitor Removal Buffer	BioTeke	B010006022	Removal of Inhibitors in DNA Extraction
Isopropanol	BioTeke	B010006022	Precipitate or isolate DNA
MIX-30S Mini Mixer	Miulab	MUC881206	oscillatory action
Proteinase K	BioTeke	B010006022	Inactivation of intracellular nucleases and other proteins
Rotor-Gene Q 5plex HRM	Qiagen	R1116175	real-time fluorescence quantification PCR
Speed Micro-Centrifuge	Scilogex	9013001121	centrifuge
Tanon 3500R Gel Imager	Tanon	16T5553R-455	gel imaging
Taq Mix Pro	Monad	00007808-140534	PCR Mix
Thermo Cycler	Zhuhai Hema	VRB020A	ordinary PCR
Wash Buffer	BioTeke	B010006022	Remove impurities such as cell metabolites