Выделение ДНК диатомовых водорослей из проб воды и тканей

Резюме

В данной статье описан протокол экстракции ДНК диатомовых водорослей с использованием модифицированного общего набора для экстракции ДНК.

Аннотация

Диатомовые водоросли являются важным вспомогательным средством в судебно-медицинской практике для определения того, утонул ли труп в воде, и для определения места утопления. Тестирование диатомовых водорослей также является важным предметом исследований в области окружающей среды и планктона. Технология молекулярно-биологического тестирования диатомовых водорослей, которая фокусируется на ДНК диатомовых водорослей в качестве основного объекта исследования, является новым методом тестирования диатомовых водорослей. Экстракция ДНК диатомовых водорослей является основой молекулярного тестирования диатомовых водорослей. В настоящее время наборы, обычно используемые для экстракции ДНК диатомовых водорослей, стоят дорого, что увеличивает стоимость проведения соответствующих исследований. Наша лаборатория усовершенствовала общий набор для быстрой экстракции геномной ДНК цельной крови и получила удовлетворительный эффект экстракции ДНК диатомовых водорослей, тем самым предоставив альтернативное экономичное и доступное решение для экстракции ДНК на основе стеклянных шариков для соответствующих исследований. ДНК диатомовых водорослей, выделенная с помощью этого протокола, может удовлетворить многие последующие задачи, такие как ПЦР и секвенирование.

Введение

В судебно-медицинской практике определение того, был ли труп, найденный в воде утонувшим или брошенным в воду после смерти, имеет важное значение для надлежащего разрешения дела¹. Это также один из сложных вопросов, которые необходимо срочно решить в судебно-экспертной практике2. Диатомовые водоросли в изобилии встречаются в природной среде (особенно в воде)^3,4. В процессе утопления, из-за гипоксии и реакции на стресс, люди будут иметь интенсивные дыхательные движения и вдыхать большое количество тонущей жидкости. Поэтому диатомовые водоросли, находящиеся в воде,....

протокол

Данное исследование было одобрено Комитетом по этике Хайнаньского медицинского университета. Образцы тканей, использованные в этом исследовании, не считаются исследованиями с участием людей. Эти образцы были получены с целью судебно-медицинской патологоанатомической диагностики, а остальные были использованы для выделения ДНК диатомовых водорослей в данном эксперименте. Исследователи не могут легко идентифицировать людей, чтобы получить информированное согласие от соответствующих заинтересованных сторон.

ПРИМЕЧАНИЕ: Чтобы обеспечить общую применимость метода исследования, представленного в этом эксперименте, этот эксперимент в основном след....

Результаты

Поскольку раствор ДНК, выделенный используемым в настоящее время методом экстракции ДНК, содержит в образце все компоненты ДНК из разных источников, ДНК, полученная по этому протоколу, не стала исключением. Таким образом, раствор ДНК был не просто раствором геномной ДНК диатомовых водо.......

Обсуждение

Клетки диатомовых водорослей защищены твердыми кремнеземистыми клеточными стенками¹⁷, и эта структура должна быть разрушена для извлечения ДНК диатомовых водорослей. Обычные наборы не так легко разрушают кремнистую оболочку диатомовых водорослей; таким образом, трудно у.......

Материалы

Name	Company	Catalog Number	Comments
Binding Buffer	BioTeke	B010006022	rapidly lysing cells
ChemoHS qPCR Mix	Monad	00007547-120506	qPCR Mix
D2000 DNA ladder	Real-Times(Beijing) Biotechnology	RTM415	Measure the position of electrophoretic bands
D512	Taihe Biotechnology	TW21109196	forword primer
D978	Taihe Biotechnology	TW21109197	reverse primer
Elution buffer	BioTeke	B010006022	A low-salt elution buffer washes off the DNA
Glass bead	Yingxu Chemical Machinery(Shanghai)	70181000	Special glass beads for dispersing and grinding
Import adsorption column	BioTeke	B2008006022	Adsorption column with silica matrix membrane
Inhibitor Removal Buffer	BioTeke	B010006022	Removal of Inhibitors in DNA Extraction
Isopropanol	BioTeke	B010006022	Precipitate or isolate DNA
MIX-30S Mini Mixer	Miulab	MUC881206	oscillatory action
Proteinase K	BioTeke	B010006022	Inactivation of intracellular nucleases and other proteins
Rotor-Gene Q 5plex HRM	Qiagen	R1116175	real-time fluorescence quantification PCR
Speed Micro-Centrifuge	Scilogex	9013001121	centrifuge
Tanon 3500R Gel Imager	Tanon	16T5553R-455	gel imaging
Taq Mix Pro	Monad	00007808-140534	PCR Mix
Thermo Cycler	Zhuhai Hema	VRB020A	ordinary PCR
Wash Buffer	BioTeke	B010006022	Remove impurities such as cell metabolites