Extraktion von Diatomeen-DNA aus Wasserproben und Geweben

Zusammenfassung

Dieser Artikel beschreibt ein Protokoll für die DNA-Extraktion von Kieselalgen unter Verwendung eines modifizierten gemeinsamen DNA-Extraktionskits.

Zusammenfassung

Die Untersuchung von Kieselalgen ist ein wesentliches Hilfsmittel in der forensischen Praxis, um festzustellen, ob die Leiche im Wasser ertrunken ist, und um auf den Ertrinkungsort zu schließen. Auch im Bereich Umwelt und Plankton ist die Untersuchung von Kieselalgen ein wichtiger Forschungsinhalt. Die molekularbiologische Testtechnologie für Kieselalgen, die sich auf die Kieselalgen-DNA als primäres Forschungsobjekt konzentriert, ist eine neue Methode der Kieselalgen-Testung. Die DNA-Extraktion von Kieselalgen ist die Grundlage für molekulare Tests von Kieselalgen. Derzeit sind die Kits, die üblicherweise für die DNA-Extraktion von Kieselalgen verwendet werden, teuer, was die Kosten für die Durchführung entsprechender Forschungen erhöht. Unser Labor hat das allgemeine Vollblut-Genom-DNA-Schnellextraktionskit verbessert und einen zufriedenstellenden DNA-Extraktionseffekt für Kieselalgen erzielt, wodurch eine alternative, wirtschaftliche und erschwingliche DNA-Extraktionslösung auf der Basis von Glasperlen für verwandte Forschungen bereitgestellt wird. Die mit diesem Protokoll extrahierte Diatomeen-DNA könnte viele nachgelagerte Anwendungen wie PCR und Sequenzierung erfüllen.

Einleitung

In der forensischen Praxis ist die Feststellung, ob eine im Wasser gefundene Leiche ertrunken ist oder nach dem Tod ins Wasser geworfen wurde, für die ordnungsgemäße Lösung des Falles^{unerlässlich 1}. Es ist auch eines der schwierigen Themen, die in der forensischen Praxis dringend gelöst werden müssen². Kieselalgen sind in der Natur (insbesondere im Wasser) reichlich ^vorhanden3,4. Während des Prozesses des Ertrinkens haben die Menschen aufgrund von Hypoxie und Stressreaktion intensive Atembewegungen und atmen eine große Menge Ertrinkungsflüssigkeit ein. Daher gela....

Protokoll

Diese Studie wurde von der Ethikkommission der Hainan Medical University genehmigt. Die in dieser Studie verwendeten Gewebeproben gelten nicht als Studien mit menschlichen Probanden. Diese Proben wurden für die forensische pathologische Diagnose gewonnen, der Rest wurde für die Extraktion von Kieselalgen-DNA in diesem Experiment verwendet. Forscher können nicht ohne weiteres Personen identifizieren, um die informierte Zustimmung der relevanten Interessengruppen einzuholen.

HINWEIS: Um die allgemeine Anwendbarkeit der in diesem Experiment berichteten Forschungsmethode zu gewährleisten, folgte dieses Experiment im Wesentlichen der Bedienungsa....

Diskussion

Kieselalgenzellen sind durch harte kieselsäurehaltige Zellwände¹⁷ geschützt, und diese Struktur muss zerstört werden, um Kieselalgen-DNA zu extrahieren. Gewöhnliche Kits zerstören die kieselsäurehaltige Schale von Kieselalgen nicht leicht; Daher ist es schwierig, Diatomeen-DNA erfolgreich zu extrahieren²¹. Unser Labor hat das am häufigsten verwendete Blut-DNA-Extraktionskit verbessert, indem es Glasperlen mit unterschiedlichen Durchmessern und unterschiedlichen Mass.......

Materialien

Name	Company	Catalog Number	Comments
Binding Buffer	BioTeke	B010006022	rapidly lysing cells
ChemoHS qPCR Mix	Monad	00007547-120506	qPCR Mix
D2000 DNA ladder	Real-Times(Beijing) Biotechnology	RTM415	Measure the position of electrophoretic bands
D512	Taihe Biotechnology	TW21109196	forword primer
D978	Taihe Biotechnology	TW21109197	reverse primer
Elution buffer	BioTeke	B010006022	A low-salt elution buffer washes off the DNA
Glass bead	Yingxu Chemical Machinery(Shanghai)	70181000	Special glass beads for dispersing and grinding
Import adsorption column	BioTeke	B2008006022	Adsorption column with silica matrix membrane
Inhibitor Removal Buffer	BioTeke	B010006022	Removal of Inhibitors in DNA Extraction
Isopropanol	BioTeke	B010006022	Precipitate or isolate DNA
MIX-30S Mini Mixer	Miulab	MUC881206	oscillatory action
Proteinase K	BioTeke	B010006022	Inactivation of intracellular nucleases and other proteins
Rotor-Gene Q 5plex HRM	Qiagen	R1116175	real-time fluorescence quantification PCR
Speed Micro-Centrifuge	Scilogex	9013001121	centrifuge
Tanon 3500R Gel Imager	Tanon	16T5553R-455	gel imaging
Taq Mix Pro	Monad	00007808-140534	PCR Mix
Thermo Cycler	Zhuhai Hema	VRB020A	ordinary PCR
Wash Buffer	BioTeke	B010006022	Remove impurities such as cell metabolites