التروبومودولين 3 الإفراط في التعبير كعلامة لمقاومة البلاتين والتسلل المناعي في سرطان المبيض

Summary

تمت دراسة تروبومودولين 3 (TMOD3) بشكل متزايد في الأورام في السنوات الأخيرة. هذه الدراسة هي الأولى التي تشير إلى أن TMOD3 يتم التعبير عنه بشكل كبير في سرطان المبيض ويرتبط ارتباطا وثيقا بمقاومة البلاتين وتسلل المناعة. يمكن أن تساعد هذه النتائج في تحسين النتائج العلاجية لسرطان المبيض.

Abstract

يلعب الهيكل الخلوي دورا مهما في مقاومة البلاتين في سرطان المبيض. التروبومودولين 3 (TMOD3) أمر بالغ الأهمية في تطور العديد من الأورام ، لكن دوره في مقاومة الأدوية لسرطان المبيض لا يزال غير مستكشف. من خلال تحليل البيانات من قواعد بيانات Gene Expression Omnibus (GEO) ، وأطلس جينوم السرطان (TCGA) ، واتحاد تحليل الورم البروتيني السريري (CPTAC) ، قارنت هذه الدراسة تعبير TMOD3 في سرطان المبيض والأنسجة الطبيعية ، وفحصت تعبير TMOD3 بعد العلاج البلاتيني في سرطانات المبيض الحساسة للبلاتين والمقاومة للبلاتين. تم استخدام طريقة كابلان ماير لتقييم تأثير TMOD3 على البقاء على قيد الحياة بشكل عام (OS) والبقاء على قيد الحياة بدون تقدم (PFS) في مرضى سرطان المبيض. تم التنبؤ بالحمض النووي الريبي الميكروي (miRNAs) الذي يستهدف TMOD3 باستخدام TargetScan وتحليله باستخدام قاعدة بيانات TCGA. تم استخدام مورد التقدير المناعي للورم (TIMER) وبوابة مستودع متكاملة لتفاعلات الجهاز المناعي للورم (TISIDB) لتحديد العلاقة بين تعبير TMOD3 وتسلل المناعة. تم استكشاف شبكات التعبير المشترك TMOD3 في سرطان المبيض باستخدام LinkedOmics ، وأداة البحث لاسترجاع الجينات / البروتينات المتفاعلة (STRING) ، وقاعدة بيانات التعليقات التوضيحية والتصور والاكتشاف المتكامل (DAVID) المعلوماتية الحيوية. أظهرت النتائج أن TMOD3 تم التعبير عنه بشكل كبير في سرطان المبيض وكان مرتبطا بتصنيف سرطان المبيض وتدريجه وانبثاثه. تم تقليل تعبير TMOD3 بشكل ملحوظ في خلايا سرطان المبيض المعالجة بالبلاتين والمرضى. ومع ذلك ، كان تعبير TMOD3 أعلى في خلايا وأنسجة سرطان المبيض المقاومة للبلاتين مقارنة بالخلايا والأنسجة الحساسة للبلاتين. ارتبط تعبير TMOD3 العالي بشكل كبير بانخفاض نظام التشغيل و PFS في مرضى سرطان المبيض الذين عولجوا بالعلاج الكيميائي القائم على البلاتين. من المحتمل أن يكون تنظيم ما بعد النسخ بوساطة miRNA مسؤولا عن ارتفاع تعبير TMOD3 في سرطان المبيض وأنسجة المبيض المقاومة للبلاتين. ارتبط التعبير عن TMOD3 mRNA بالتسلل المناعي في سرطان المبيض. تشير هذه النتائج إلى أن TMOD3 يتم التعبير عنه بشكل كبير في سرطان المبيض ويرتبط ارتباطا وثيقا بمقاومة البلاتين وتسلل المناعة.

Introduction

سرطان المبيض هو ثاني أعلى معدل في معدل وفيات الأورام النسائية في جميع أنحاء العالم¹. يمكن تصنيفها إلى ثلاثة أنواع بناء على علم أمراض الأنسجة: الخلايا الجرثومية ، اللحمة المتوسطة للغدد التناسلية ، والأورام الظهارية ، منها 90٪ من المرضى يعانون من سرطان المبيض الظهاري. تشمل عوامل الخطر المرتبطة بسرطان المبيض الإباضة المستمرة وزيادة التعرض لموجهة الغدد التناسلية والسيتوكينات الالتهابية². أكثر من 75٪ من حالات سرطان المبيض لا يتم اكتشافها حتى مراحل متقدمة ، مما يؤدي إلى عدم وجود علاج فعال. المرضى الذين يعانون من سرطان المبيض المتقدم لديهم تشخيص سيئ ، مع أقل من 20 ٪ من معدل البقاء على قيد الحيا....

Protocol

1. التعبير الجيني الجامع (GEO)

ملاحظة: تم اشتقاق تعبير TMOD3 في سرطان المبيض ، وفي سرطان المبيض المعالج بأدوية البلاتين ، وفي سرطان المبيض المقاوم للأدوية من مجموعات بيانات GEO. كان نوع الدراسة لجميع مجموعات البيانات هو التنميط التعبيري بواسطة المصفوفة ، وكانت الكائنات الحية هي الإنسان العاقل.

1. انتقل إلى قاعدة بيانات GEO (انظر جدول المواد) ، وأدخل الكلمات الرئيسية مثل TMOD3 ، وسرطان المبيض ، ومقاومة الأدوية أو الانضمام إلى البيانات في مربع البحث (انظر الشكل....

النتائج

تعبير TMOD3 في سرطان المبيض
أولا، أظهرت قاعدة بيانات توقعات البيئة العالمية أن مستويات تعبير الحمض النووي الريبوزي المرسال ل TMOD3 كانت مرتفعة في مجموعات بيانات المصفوفات الدقيقة GSE51088 و GSE66957 (الشكل 1 أ، ب). كما تم التعبير عن TMOD3 بشكل كبير في.......

Discussion

يعتبر الهيكل الخلوي ضروريا في تطور وتطور وعلاج وتشخيص الأورام المختلفة⁵². بالمقارنة مع TMOD1 ، الذي يقتصر على كريات الدم الحمراء ونظام القلب والأوعية الدموية⁵³ ، و TMOD2 ، الذي يقتصر على الجهاز العصبي⁵⁴ ، فإن TMOD3 له توزيع في كل مكان ، مما يج.......

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
cBioportal	Memorial Sloan Kettering Cancer Center		Correlation analysis of  TMOD3 with targeted miRNAs (https://www.cbioportal.org)
CTD database	North Carolina State University		To analyze the relationships between chemistry, genes, phenotype, disease, and environment (https://ctdbase.org/)
Cytoscape	National Institute of General Medical Sciences of the National Institutes of Health		Network Data Integration, Analysis, and Visualization (www.cytoscape.org/)
DAVID	Frederick National Laboratory for Cancer Research		A comprehensive set of functional annotation tools for investigators to understand the biological meaning behind large lists of genes(https://david.ncifcrf.gov/)
GEO	NCBI		Gene expression analysis (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ )
HPA	Knut & Alice Wallenberg foundation		The Human Protein Atlas (HPA) database helped analyze the distribution of TMOD3 in various immune cells (https://www.proteinatlas.org/)
KM-plotter	Department of Bioinformatics of the Semmelweis University		Prognostic Analysis (https://kmplot.com/analysis/)
LinkedOmics	Baylor College of Medicine		A platform for biologists and clinicians to access, analyze and compare cancer multi-omics data within and across tumor types (http://www.linkedomics.org/)
PubChem database	U.S. National Library of Medicine		To determine the definitive molecular structure of the drug
ROC Plotter	Department of Bioinformatics of the Semmelweis University		Validation of the interest gene as a predictive marker (http://www.rocplot.org/)
STRING	Swiss Institute of Bioinformatics		Coexpression networks analysis(https://string-db.org)
TargetScan	Whitehead Institute for Biomedical Research		Prediction of miRNA targets (www.targetscan.org/)
TIMER	Harvard University		Systematical analysis of immune infiltrates across diverse cancer types (https://cistrome.shinyapps.io/timer/)
TISIDB	The University of Hong Kong		A web portal for tumor and immune system interaction(http://cis.hku.hk/TISIDB/)
TNMplot	Department of Bioinformatics of the Semmelweis University		Gene expression analysis (https://www.tnmplot.com/ )
UALCAN	The University of ALabama at Birmingham		Gene expression analysis (http://ualcan.path.uab.edu)