Yumurtalık Kanserinde Platin Direnci ve İmmün İnfiltrasyon için Bir Belirteç Olarak Tropomodulin 3 Aşırı İfadesi

Özet

Tropomodulin 3 (TMOD3) son yıllarda tümörlerde giderek daha fazla çalışılmaktadır. Bu çalışma, TMOD3'ün yumurtalık kanserinde yüksek oranda eksprese olduğunu ve platin direnci ve immün infiltrasyon ile yakından ilişkili olduğunu bildiren ilk çalışmadır. Bu sonuçlar, yumurtalık kanseri için terapötik sonuçların iyileştirilmesine yardımcı olabilir.

Özet

Hücre iskeleti, yumurtalık kanserinde platin direncinde önemli bir rol oynar. Tropomodulin 3 (TMOD3) birçok tümörün gelişiminde kritik öneme sahiptir, ancak yumurtalık kanserinin ilaç direncindeki rolü keşfedilmemiştir. Bu çalışma, Gene Expression Omnibus (GEO), The Cancer Genome Atlas (TCGA) ve Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC) veri tabanlarından gelen verileri analiz ederek, over kanseri ve normal dokularda TMOD3 ekspresyonunu karşılaştırdı ve platine duyarlı ve platine dirençli over kanserlerinde platin tedavisi sonrası TMOD3 ekspresyonunu inceledi. Yumurtalık kanseri hastalarında TMOD3'ün genel sağkalım (OS) ve progresyonsuz sağkalım (PFS) üzerindeki etkisini değerlendirmek için Kaplan-Meier yöntemi kullanıldı. TMOD3'ü hedefleyen mikroRNA'lar (miRNA'lar) TargetScan kullanılarak tahmin edildi ve TCGA veri tabanı kullanılarak analiz edildi. TMOD3 ekspresyonu ile immün infiltrasyon arasındaki ilişkiyi belirlemek için Tümör İmmün Tahmin Kaynağı (TIMER) ve tümör-immün sistem etkileşimleri için entegre bir depo portalı (TISIDB) kullanıldı. Yumurtalık kanserinde TMOD3 koekspresyon ağları, LinkedOmics, Etkileşimli Genlerin/Proteinlerin Alınması için Arama Aracı (STRING) ve Ek Açıklama, Görselleştirme ve Entegre Keşif Veritabanı (DAVID) Biyoinformatik kullanılarak araştırıldı. Sonuçlar, TMOD3'ün yumurtalık kanserinde yüksek oranda eksprese edildiğini ve yumurtalık kanserinin derecelendirilmesi, evrelenmesi ve metastazı ile ilişkili olduğunu gösterdi. Platin ile tedavi edilen yumurtalık kanseri hücrelerinde ve hastalarda TMOD3 ekspresyonu önemli ölçüde azalmıştır. Bununla birlikte, platine dirençli yumurtalık kanseri hücrelerinde ve dokularında TMOD3 ekspresyonu, platine duyarlı olanlara göre daha yüksekti. Platin bazlı kemoterapi ile tedavi edilen yumurtalık kanseri hastalarında daha yüksek TMOD3 ekspresyonu daha düşük OS ve PFS ile anlamlı olarak ilişkiliydi. miRNA aracılı transkripsiyon sonrası düzenleme, yumurtalık kanseri ve platine dirençli yumurtalık dokularında yüksek TMOD3 ekspresyonundan muhtemelen sorumludur. TMOD3 mRNA'nın ekspresyonu, yumurtalık kanserinde immün infiltrasyon ile ilişkilendirildi. Bu bulgular, TMOD3'ün yumurtalık kanserinde yüksek oranda eksprese olduğunu ve platin direnci ve immün infiltrasyon ile yakından ilişkili olduğunu göstermektedir.

Giriş

Over kanseri, dünya çapında jinekolojik tümörlerin ölüm oranında ikinci en yüksek orandır¹. Histopatolojiye göre üç tipe ayrılabilir: germ hücreli, gonadal mezenkimal ve epitel tümörleri, hastaların% 90'ı epitelyal over kanseridir. Yumurtalık kanseri ile ilişkili risk faktörleri arasında kalıcı yumurtlama, artmış gonadotropin maruziyeti ve inflamatuar sitokinler^{bulunur 2}. Yumurtalık kanseri vakalarının %75'inden fazlası ileri evrelere kadar tespit edilmez ve bu da etkili tedavi eksikliğine neden olur. İleri over kanseri olan hastalar, intraperitoneal uygulama ve hedefe yönelik tedavi gib....

Protokol

1. Gen İfadesi Omnibus (GEO)

NOT: Yumurtalık kanserinde, platin ilaçlarla tedavi edilen yumurtalık kanserinde ve ilaca dirençli yumurtalık kanserinde TMOD3 ekspresyonu GEO veri setlerinden türetilmiştir. Tüm veri kümelerinin çalışma türü, diziye göre ifade profili oluşturmaydı ve organizmalar Homo sapiens idi.

1. GEO veritabanına gidin (Materyal Tablosuna bakınız) ve arama kutusuna TMOD3, yumurtalık kanseri ve ilaca dirençli veya veri erişimi gibi anahtar kelimeleri ....

Tartışmalar

Hücre iskeleti, çeşitli tümörlerin gelişimi ve ilerlemesi, tedavisi ve prognozunda gerekli kabul edilmiştir⁵². Eritrositler ve kardiyovasküler sistem⁵³ ile sınırlı olan TMOD1 ve sinir sistemi⁵⁴ ile sınırlı olan TMOD2 ile karşılaştırıldığında, TMOD3 her yerde bulunan bir dağılıma sahiptir, bu da sistemik tümörlerde TMOD3 çalışmasını daha popüler hale getirir 14,15,16,17,18,19

Malzemeler

Name	Company	Catalog Number	Comments
cBioportal	Memorial Sloan Kettering Cancer Center		Correlation analysis of  TMOD3 with targeted miRNAs (https://www.cbioportal.org)
CTD database	North Carolina State University		To analyze the relationships between chemistry, genes, phenotype, disease, and environment (https://ctdbase.org/)
Cytoscape	National Institute of General Medical Sciences of the National Institutes of Health		Network Data Integration, Analysis, and Visualization (www.cytoscape.org/)
DAVID	Frederick National Laboratory for Cancer Research		A comprehensive set of functional annotation tools for investigators to understand the biological meaning behind large lists of genes(https://david.ncifcrf.gov/)
GEO	NCBI		Gene expression analysis (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ )
HPA	Knut & Alice Wallenberg foundation		The Human Protein Atlas (HPA) database helped analyze the distribution of TMOD3 in various immune cells (https://www.proteinatlas.org/)
KM-plotter	Department of Bioinformatics of the Semmelweis University		Prognostic Analysis (https://kmplot.com/analysis/)
LinkedOmics	Baylor College of Medicine		A platform for biologists and clinicians to access, analyze and compare cancer multi-omics data within and across tumor types (http://www.linkedomics.org/)
PubChem database	U.S. National Library of Medicine		To determine the definitive molecular structure of the drug
ROC Plotter	Department of Bioinformatics of the Semmelweis University		Validation of the interest gene as a predictive marker (http://www.rocplot.org/)
STRING	Swiss Institute of Bioinformatics		Coexpression networks analysis(https://string-db.org)
TargetScan	Whitehead Institute for Biomedical Research		Prediction of miRNA targets (www.targetscan.org/)
TIMER	Harvard University		Systematical analysis of immune infiltrates across diverse cancer types (https://cistrome.shinyapps.io/timer/)
TISIDB	The University of Hong Kong		A web portal for tumor and immune system interaction(http://cis.hku.hk/TISIDB/)
TNMplot	Department of Bioinformatics of the Semmelweis University		Gene expression analysis (https://www.tnmplot.com/ )
UALCAN	The University of ALabama at Birmingham		Gene expression analysis (http://ualcan.path.uab.edu)