وأيد العمل في جزء من المعهد الوطني لتعاطي المخدرات مركز (P50 DA 011806) وجيش الولايات المتحدة وزارة الدفاع (W81XWH - 07 - 1 - 0183).

1. طباعة ميكروأرس ميرنا مخصص <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> طباعة ميكروأري الشرائح باستخدام مرفق الخدمات الأساسية ميكروأري في جامعة أو شركة. جودة تصنيع ميكروأري هي واحدة من أهم العوامل الحاسمة لنجاح تجربة ميكروأري. حاول عدد قليل من الخدمات إذا كان ذلك ممكنا. من الناحية المثالية ، فإن المرء 5-10 طباعة الشرائح في وقت واحد ، وجميع الشرائح وسوف تبدو متطابقة مع البقع ، مفصولة تماما الفردية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> للحصول على دعم ميكروأري ، ونحن استخدام الثغرات الشرائح المغلفة الثاني. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحقيقات عن ميرنا ، ونحن نستخدم NCODE متعددة الأنواع ميرنا ميكروأري دقق تعيين V2. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حل جميع [أليغنوكليوتيد] في محكمة أمن الدولة في 10 × 3 ميكرومتر وطباعة quadruply لهم على الشرائح. إصلاح الشرائح بواسطة الأشعة فوق البنفسجية وفقا لتعليمات للشرائح الثاني GAAPS. تسمية الشريحة مع قلم الماس للاحتفال المنطقة وجنب مع التحقيقات المطبوعة. تخزين حتى 22 درجة مئوية. </li></ol> 2. إعداد نموذج <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أي وسيلةأو يمكن استخدامها لعزل الحمض النووي الريبي كاشف ، طالما أنه يحفظ الرناوات الصغيرة. ونحن عموما استخدام Trizol (Invitrogen) لاستخراج الحمض النووي الريبي مجموع ، مع كمية ونوعية مرضية الاستعدادات RNA ، كما يقاس بواسطة A 260nm 280nm وألف قراءات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الحمض النووي الريبي لوضع العلامات ، ومزيج ~ 25 ميكروغرام من الحمض النووي الريبي مجموع مع 0.5 ميكروغرام من 5&#39; - PCU - DY547 - 3 6 &#39;× 1 في المخزن (HEPES 50 مم ، ودرجة الحموضة 7.8 و 20 ملي MgCl 2 و 10 ميكروغرام / مل BSA ، و 10 ٪ DMSO) التي تحتوي على 20 وحدة ~ T4 RNA يغاز 1 ، على أن تستكمل مع ~ DTT 10 مم و ~ 0،02-0،03 الحجم النهائي لل10 × العازلة RNA T4 1 يغاز لاعبي التنس المحترفين. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يسمح وضع العلامات على المضي قدما على الجليد داخل الثلاجة لمدة 2-24 ساعات. يعجل RNA مع 0.3 M خلات الصوديوم و 3 مجلدات من الايثانول. لربط كفاءة وهطول الأمطار ، ويحل الجيش الملكي النيبالي على مجموع أكثر من 2 ملغم / لتر ، والحفاظ على وحدة التخزين في ربط مجموع ميكرولتر 20 ~. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا كانت أقل RNA هو متاح ، وكمية من الحمض النووي الريبي المدخلات و5&#39; - PCU - DY547 - 3 &quot;يمكن أن تخفض &lt;/ لى&gt; <li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا كان الحمض النووي الريبي هو مخفف للغاية ، إضافة الناقل مثل الحمض الريبي النووي النقال الخميرة للمساعدة في هطول الأمطار. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> والجمع بين التسمية في 1 ميكروغرام من مجموع الحمض النووي [أليغنوكليوتيد] إشارة المقابلة إلى مجموعة فرعية من miRNAs الثدييات باستخدام Ulysis اليكسا فلور 647 وصفها كيت 6 الأحماض النووية باعتبارها مراقبة لعملية التهجين. تنقية الحمض النووي المسمى باستخدام عمود CentriSep وحفظها في الظلام على -20 درجة مئوية. </li></ol> 3. ميكروأري التهجين <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لاستخدام الشرائح للمرة الأولى ، قبل هجن الشرائح في حل المصفاة SSC × 3 ، 0.1 ٪ SDS ، 0.2 ٪ لجيش صرب البوسنة 30-60 دقيقة عند 37 درجة مئوية. يغرق في الماء عدة مرات ، ثم في الأيزوبروبانول. تجفيف الشرائح باستخدام جهاز للطرد المركزي مع محول الشريحة في 100 غرام لمدة 5 دقائق الى 22 درجة مئوية. </li></ol> ملاحظة : نحن نستخدم غرف كورنينج التهجين ميكروأري وmSeries إيري العلمية من Lifterslips لأداء ميكروأري التهجين. <ol start="2" style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> شطف لىfterslips في الماء ، ثم في الإيثانول ، وذلك قبل التجفيف في الهواء. مكان شريحة داخل غرفة ميكروأري قاعدة التهجين ، وlifterslip على أعلى الشريحة. سيتم تغطية المنطقة lifterslip التحقيق مع شرائط بيضاء لها بالاتصال الشريحة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في الظلام ، وتدور باستمرار على عجل ، المسمى الحمض النووي الريبي. يغسل مرة واحدة مع الايثانول 70 ٪ ، والهواء الجاف وبيليه. ينبغي أن يكون بيليه المحمر. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يعد حل التهجين التي تحتوي على 400 ملم نا 2 هبو 4 درجة الحموضة 7.0 ، 0.8 ٪ BSA ، و 5 ٪ SDS ، formamide 12 ٪ 6 مع 1/15-1/100 ميكرولتر من المنقى ، وصفت المرجعية الحمض النووي (2.4) لكل عينة الحمض النووي الريبي. كمية من الحمض النووي وأضاف المرجع يتوقف على مدى العديد من المسمى [أليغنوكليوتيد] مختلفة (2.4). إذا كان هناك أكثر من 100 ، ثم هناك حاجة أقل التخفيف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حل جيد مع بيليه RNA ميكرولتر 60 ~ من الحل التهجين. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 20 ميكروليتر من الماء إلى كل من الآبار الرطوبة في قاعدة ميكروأري كورنينج غرفة التهجين. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة رانه مزيج من الحمض النووي الريبي DNA ، وصفت الإشارة إلى الشريحة. استخدام طرف الماصة رقيقة ، وتلمس برفق على حافة lifterslip ، والسماح للحل لدخول الفضاء بين lifterslip والشريحة من خلال الشفط. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مكان الغرفة التهجين تغطي أكثر من قاعدة ، ثم ختم الغرفة مع مقاطع معدنية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع غرفة كاملة داخل كيس من البلاستيك الذي يأتي مع الكاسيت الغرفة من كورنينج. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع كاسيت الغرفة (ق) داخل وعاء مع منشفة ورقية مرطبة ؛ تغطية الحاويات مع غلاف بلاستيكي ووضعه داخل 37 درجة مئوية الرطبة ، خلية ثقافة حاضنة لمدة 24 ساعة ~. هذه الاحتياطات (3.6 ، 3.9 ، 3.10) ضمان أن الحل التهجين لا تجف أثناء الحضانة. </li></ol> 4. بعد تجهيز التهجين <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تفكيك الأشرطة غرفة واحدة تلو الأخرى. يغرق شريحة وlifterslip في محكمة أمن الدولة في 22 × 2 درجة مئوية. سوف lifterslip سقوط بطبيعة الحال خارج الشريحة. وضعه في SSC × 0.8. غسلالشرائح في SSC × 0.8 مرتين ، ثم ثلاث مرات في محكمة أمن الدولة س 0.4 و 1-2 دقيقة في المجموع. تجفيف الشرائح باستخدام جهاز للطرد المركزي مع محول الشريحة. يغسل بالماء وlifterslips إنقاذ لإعادة استخدامها في وقت لاحق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مسح الشرائح مع أي جهاز ماسح ضوئي مناسبة ، على سبيل المثال ، إلمر بيركن ScanArray 5000 أو الجزيئي أجهزة الماسح الضوئي أكسون GenePix ميكروأري 4000B. تفحص في موجات قريبة إلى 547 نانومتر ونانومتر 647 للحصول على ملفات الصور ذات الصلة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام برامج مثل BlueFuse لقياس كثافة بكسل في المدخلات ، وملفات الصور من 4.2). تفقد المواقع الفردية مع برنامج لاستبعاد بقع غير طبيعية على ميكروأرس لمزيد من الدراسة. هذه البقع عادة ما تكون غير طبيعية تنشأ من سوء الطباعة الشريحة أو الشرائح المناولة بعد التهجين. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام برامج مثل GeneSpring و Excel لتحليل البيانات وعرضها. الاعتبارات العامة لتطبيع البيانات ميكروأري تطبيق ، وهي خارج نطاق هذه الورقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مرة واحدة ويتم الحصول على إشارات مرضية AFثالثا 4.3) ، الشريط الشرائح ميكروأري لإعادة استخدامها 7. شطف الشرائح في الماء ، ثم تزج في مرحلة ما قبل حرارة ، هيدروكسيد الصوديوم 1 مم و 0.1 x في محكمة أمن الدولة طبق تلطيخ عند 62 درجة مئوية لمدة 10-20 دقيقة. كرر الحضانة مرة واحدة. غسل جيم الشرائح عدة مرات في الماء لمدة تصل إلى 60 دقيقة مع اهتزاز لطيف في 22 درجة تجفيف الشرائح باستخدام جهاز للطرد المركزي ، وتخزين حتى 22 درجة مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لاستخدام الشرائح مجدد ، فإنه ليس من الضروري قبل هجن إليها مرة أخرى. ببساطة تغسل في ماء تليها الأيزوبروبانول ، والجافة الشرائح الحق قبل التهجين. </li></ol> 5. ممثل النتائج : لدينا إلى حد كبير مع الإجراءات المذكورة إلى المكانة العالمية في التعبير ميرنا الآلاف من العينات ، أي الرنا المعزولة من الزرد لعينة الإنسان في ظل ظروف عديدة ومختلفة. يوضح الشكل 1 صورة ممسوحة ضوئيا لميكروأري لإظهار إشارات التهجين دقيقة جدا وقوية على الشريحة. وبيرسون correlatiعلى معاملات بين التقنية يعيد التهجين ميكروأري ~ هي 0.99 7 ، مشيرا إلى استنساخ ممتازة. <img alt="الشكل 1" src="/files/ftp_upload/3250/3250fig1.jpg" /> الشكل 1 صورة مركب شريحة ميرنا ميكروأري فحصها بعد التهجين. أدى ظهور بقع حمراء من التهجين بواسطة الحمض النووي المرجعية ، البقع الخضراء من عينة الحمض النووي الريبي DY547 المسمى ، في حين أن البقع الصفراء التي كانت من التهجين الحمض النووي الريبي على حد سواء وعلى نفس التحقيقات.

<ol>
	<li>Ambros, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+functions+of+animal+microRNAs.">The functions of animal microRNAs.</a> Nature. 431, 350-355 (2004).</li><li>Friedman, R. C., Farh, K. K., Burge, C. B., Bartel, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Most+mammalian+mRNAs+are+conserved+targets+of+microRNAs.">Most mammalian mRNAs are conserved targets of microRNAs.</a> Genome Res. 19, 92-105 (2009).</li><li>Chekulaeva, M., Filipowicz, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanisms+of+miRNA-mediated+post-transcriptional+regulation+in+animal+cells.">Mechanisms of miRNA-mediated post-transcriptional regulation in animal cells.</a> Curr. Opin. Cell Biol. 21, 452-460 (2009).</li><li>Farazi, T. A., Spitzer, J. I., Morozov, P., Tuschl, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miRNAs+in+human+cancer.">miRNAs in human cancer.</a> J. Pathol. 223, 102-115 (2011).</li><li>Small, E. M., Olson, E. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pervasive+roles+of+microRNAs+in+cardiovascular+biology.">Pervasive roles of microRNAs in cardiovascular biology.</a> Nature. 469, 336-342 (2011).</li><li>Thomson, J. M., Parker, J., Perou, C. M., Hammond, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+custom+microarray+platform+for+analysis+of+microRNA+gene+expression.">A custom microarray platform for analysis of microRNA gene expression.</a> Nat. Methods. 1, 47-53 (2004).</li><li>Zhang, X., Xu, W., Tan, J., Zeng, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stripping+custom+microRNA+microarrays+and+the+lessons+learned+about+probe:slide+interactions.">Stripping custom microRNA microarrays and the lessons learned about probe:slide interactions.</a> Anal. Biochem. 386, 222-227 (2009).</li><li>Griffiths-Jones, S., Saini, H. K., van Dongen, S., Enright, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miRBase:+tools+for+microRNA+genomics.">miRBase: tools for microRNA genomics.</a> Nucl. Acids. Res. 36, D154-D158 (2008).</li><li>Landgraf, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mammalian+microRNA+expression+atlas+based+on+small+RNA+library+sequencing.">A mammalian microRNA expression atlas based on small RNA library sequencing.</a> Cell. 129, 1401-1414 (2007).</li><li>Chiang, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mammalian+microRNAs:+experimental+evaluation+of+novel+and+previously+annotated+genes.">Mammalian microRNAs: experimental evaluation of novel and previously annotated genes.</a> Genes. Dev. 24, 992-1009 (2010).</li></ol>

الإعلان عن أي تضارب في المصالح.

فعلى الرغم من التطورات الأخيرة في تقنيات التسلسل عميق ، ميكروأري يظل خيارا صالحا لتحليل إنتاجية عالية من الحمض النووي والحمض النووي الريبي. مقارنة تسلسل عميق ، والتجارب ميكروأري أرخص ، ومختبر البيولوجيا الجزيئية نموذجية يمكن تنفيذ معظم التجارب وتحليل البيانات في ا...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><th> البنود </th><th> بائع </th><th> فهرس العدد </th><th> تعليقات </th></tr><tr><td> NCODE متعددة الأنواع ميرنا ميكروأري دقق تعيين V2 </td><td> Invitrogen </td><td> MIRMPS201 </td><td> مصممة على أساس النسخة 9.0 miRBase (أكتوبر 2006). ~ أنه يحتوي على 1140 معدلة ، 34-44 [أليغنوكليوتيد] تحقيقات دامت NT ليطير ، ودودة ، الزرد ، الفأر ، الجرذ ، وmiRNAs الإنسان ، وعدد من تحقيقات الرقابة الداخلية مثل snoRNAs. تحقيقات ميرنا وdoublets من متواليات مكملة لmiRNAs ناضجة ، وبالتالي حجم 44 ~ NT. للتحليل يمكن للمرء أن التركيز على miRNAs من جينوم معين (ق) من الفائدة. </td></tr><tr><td> Trizol </td><td> Invitrogen </td><td> 15596018 </td><td> لدينا أيضا استخدام اليورانيوم المخصب وجزء صغير الحمض النووي الريبي لوصفها ، على الرغم من مجموع عينات الحمض النووي الريبي هي أسرع وأسهل لإعداد وتقدير إلى ومناسبة لتطبيقات مثل التحليل المصب مرنا. </td></tr><tr><td> T4 RNA يغاز 1 </td><td> نيو انغلاند بيولأبس </td><td> M0204L </td><td></td></tr><tr><td> Ulysis اليكسا فلور 647 الأحماض النووية وصفها كيت </td><td> Invitrogen </td><td> U21660 </td><td> ويمكن استخدام هذه المجموعة أو منتجات مشابهة لعينات الحمض النووي الريبي تسمية التجريبية أو RNA التحكم (بدلا من الحمض النووي السيطرة) كذلك. </td></tr><tr><td> 5&#39; - PCU - DY547 - 3 &#39; </td><td> Dharmacon </td><td> أدلى مخصص </td><td> يمكن أن تكون صغيرة الحمض النووي الريبي مماثل بواسطة الكسر المسمى الربط. </td></tr><tr><td> أعمدة CentriSep </td><td> فصل برينستون </td><td> CS - 901 </td><td></td></tr><tr><td> GAPSII الشرائح المغلفة </td><td> كورنينج </td><td> 40004 </td><td> قد تكون أنواع أخرى من الشرائح المستخدمة أيضا. </td></tr><tr><td> غرف ميكروأري التهجين </td><td> كورنينج </td><td> 2551 أو 40080 </td><td> وينبغي أن أنواع أخرى من غرف coverslips التهجين والعمل أيضا. ويمكن استخدام آلات التهجين المتاحة تجاريا التهجين تقليل الوقت إلى حد كبير ، على سبيل المثال ، إلى ساعات 2 ~. </td></tr><tr><td> Lifterslips </td><td> الermo / إيري العلمية </td><td> 25X60I - M5439 - 001 - LS </td><td></td></tr><tr><td> BlueFuse </td><td> BlueGenome </td><td></td><td></td></tr><tr><td> GeneSpring </td><td> اجيلنت </td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

performing custom microrna microarray experiments

microRNAs (miRNAs) هي عائلة كبيرة من النيوكليوتيدات 22 ~ (الإقليم الشمالي) لفترة طويلة جزيئات الحمض النووي الريبي التي يتم التعبير عنها على نطاق واسع في حقيقيات النوى 1. الجينوم المعقدة ترميز ما لا يقل عن مئات miRNAs ، التي تمنع في المقام الأول على التعبير عن عدد كبير من الجينات المستهدفة بعد transcriptionally 2 ، 3. miRNAs تحكم طائفة واسعة من العمليات البيولوجية 1. بالإضافة إلى ذلك ، ارتبط تغيير التعبير ميرنا مع الأمراض التي تصيب الإنسان مثل أمراض السرطان وmiRNAs قد تكون بمثابة المؤشرات الحيوية للأمراض والتشخيص 4 ، 5. من المهم ، لذلك ، لفهم التعبير وظائف miRNAs في ظل ظروف عديدة ومختلفة. وقد استخدمت ثلاثة أساليب رئيسية للتعبير ميرنا ل : في الوقت الحقيقي PCR ، ميكروأري ، وتسلسل عميق. تقنية ميكروأري ميرنا وتتميز بأنها عالية الإنتاجية ، وعموما أقل تكلفة ، والأكثر من الخطوات التجريبية والتحليل يمكن كارالعبوات الناسفة في مختبر البيولوجيا الجزيئية في معظم الجامعات والمدارس والمستشفيات الطبية المرتبطة بها. هنا ، نحن تصف طريقة مخصصة لأداء التجارب ميكروأري ميرنا. ستتم طباعة مجموعة التحقيق ميرنا على الشرائح الزجاجية لإنتاج ميكروأرس ميرنا. يتم عزل الحمض النووي الريبي باستخدام أسلوب أو كاشف يحافظ على الأنواع الصغيرة RNA ، وصفت بعد ذلك مع صبغة مضان. كعنصر تحكم ، وصفت أيضا الحمض النووي [أليغنوكليوتيد] إشارة المقابلة إلى مجموعة فرعية من miRNAs مع صبغة مضان مختلفة. والحمض النووي المرجعية خدمة للتدليل على نوعية الشريحة والتهجين وستستخدم أيضا للتطبيع البيانات. تختلط RNA والحمض النووي والمهجنة إلى شريحة تحتوي على ميكروأري تحقيقات لمعظم miRNAs في قاعدة البيانات. بعد الغسيل ، ويتم تفحص الشريحة للحصول على الصور ، وكميا كثافة من البقع الفردية. وسيتم تجهيز هذه الإشارات الخام وتحليلها وكذلك البيانات تعبيرا عن miRNAs المقابلة. Microaيمكن جرد الشرائح rray ومجدد للحد من تكلفة ميكروأرس وتعزيز اتساق التجارب ميكروأري. نفس المبادئ وإجراءات قابلة للتطبيق على أنواع أخرى من التجارب ميكروأري مخصص.

Watch this Scientific Journal Video about Performing Custom MicroRNA Microarray Experiments at JoVE.com

Performing Custom MicroRNA Microarray Experiments

ووصف الإجراء بسيطة مخصصة لأداء التجارب ميكروأري microRNA. وتشمل الخطوات عزل الحمض النووي الريبي ، والحمض النووي الريبي العلامات المرجعية ، التهجين العينات الى ميكروأرس ، ميكروأرس مسح وقياس الاشارات التهجين.

تجارب أداء مخصص ميكروأري MicroRNA

microRNAs (miRNAs) are a large family of &tilde; 22 nucleotides (nt) long RNA molecules that are widely expressed in eukaryotes 1.  Complex genomes encode ...

performing-custom-microrna-microarray-experiments

Research

JoVE Journal

Biology

19.4K Views.  University of Minnesota. ووصف الإجراء بسيطة مخصصة لأداء التجارب ميكروأري microRNA. وتشمل الخطوات عزل الحمض النووي الريبي ، والحمض النووي الريبي العلامات المرجعية ، التهجين العينات الى ميكروأرس ، ميكروأرس مسح وقياس الاشارات التهجين.

Video: Performing Custom MicroRNA Microarray Experiments

Gibberella zeae Ascospore Production and Collection for Microarray Experiments.

Fusarium graminearum Schwabe (teleomorph Gibberella zeae) is a plant pathogen causing scab disease on wheat and barley that reduces crop yield and grain quality. F. graminearum also causes stalk and ear rots of maize and is a producer of mycotoxins such as the trichothecenes that contaminate grain and are harmful to humans and livestock (Goswami and Kistler, 2004).

The fungus produces two types of spores. Ascospores, the propagules resulting from sexual reproduction, are the main source of primary infection.  These spores are forcibly discharged from mature perithecia and dispersed by wind (Francl et al 1999). Secondary infections are mainly caused by macroconidia which are produced by asexual means on the plant surface. To study the developmental processes of ascospores in this fungus, a procedure for their collection in large quantity under sterile conditions was required. Our protocol was filmed in order to generate the highest level of information for understanding and reproducibility; crucial aspects when full genome gene expression profiles are generated and interpreted. In particular, the variability of ascospore germination and biological activity are dependent on the prior manipulation of the material. The use of video for documenting every step in ascospore production is proposed in order to increase standardization, complying with the increasingly stringent requirements for microarray analysis. The procedure requires only standard laboratory equipment. Steps are shown to prevent contamination and favor time synchronization of ascospores.

To study the developmental processes of ascospores in Gibberella zeae, a procedure for collection under sterile conditions is filmed in order to generate the highest level of information for protocol description. This should facilitate the reproducibility of the experiment, a crucial aspect when full genome expression profile tests are implemented.

بوغ زقي zeae Gibberella الإنتاج والتحصيل للتجارب ميكروأري.

Fusarium graminearum Schwabe (teleomorph Gibberella zeae) is a plant pathogen causing scab disease on wheat and barley that reduces crop yield and grain ...

Preparation of Artificial Bilayers for Electrophysiology Experiments

Planar lipid bilayers, also called artificial lipid bilayers, allow you to study ion-conducting channels in a well-defined environment. These bilayers can be used for many different studies, such as the characterization of membrane-active peptides, the reconstitution of ion channels or investigations on how changes in lipid bilayer properties alter the function of bilayer-spanning channels.  Here, we show how to form a planar bilayer and how to isolate small patches from the bilayer, and in a second video  will also demonstrate a procedure for using gramicidin channels to determine changes in lipid bilayer elastic properties.   We also demonstrate the individual steps needed to prepare the bilayer chamber, the electrodes and how to test that the bilayer is suitable for single-channel measurements.

Planar lipid bilayers, also called artificial lipid bilayers, allow you to study ion-conducting channels in a well-defined environment. Here, we demonstrate the individual steps needed to prepare the bilayer chamber, the electrodes and how to test that the bilayer is suitable for single-channel measurements.

إعداد طبقات ثنائية الاصطناعي للتجارب الكهربية

Planar lipid bilayers, also called artificial lipid bilayers, allow you to study ion-conducting channels in a well-defined environment. These bilayers can ...

Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray

PtGen2 is a 26,496 feature cDNA microarray containing amplified loblolly pine ESTs. The array is produced in our laboratory for use by researchers studying gene expression in pine and other conifer species. PtGen2 was developed as a result of our gene discovery efforts in loblolly pine, and is comprised of sequences identified primarily from root tissues, but also from needle and stem.1,2 PtGen2 has been tested by hybridizing different Cy-dye labeled conifer target cDNAs, using both amplified and non-amplified indirect labeling methods, and also tested with a number of hybridization and washing conditions. This video focuses on the handling and processing of slides before and after pre-hybridization, as well as after hybridization, using some modifications to procedures developed previously.3,4 Also included, in text form only, are the protocols used for the generation, labeling and clean up of target cDNA s, as well as information on software used for downstream data processing. 
PtGen2 is printed with a proprietary print buffer that contains high concentrations of salt that can be difficult to remove completely. The slides are washed first in a warm SDS solution prior to pre-hybridization. After pre-hybridization, the slides are washed vigorously in several changes of water to complete removal of remaining salts. LifterSlips&trade; are then cleaned and positioned on the slides and labeled cDNA is carefully loaded onto the microarray by way of capillary action which provides for even distribution of the sample across the slide, and reduces the chance of bubble incorporation. Hybridization of targets to the array is done at 48&deg;C in high humidity conditions. After hybridization, a series of standard washes are done at 53&deg;C and room temperature for extended times. Processing PtGen2 slides using this technique reduces salt and SDS-derived artifacts often seen when the array is processed less rigorously. Hybridizing targets derived from several different conifer RNA sources, this processing protocol yielded fewer artifacts, reduced background, and provided better consistency among different experimental groups of arrays.

The cDNA microarray PtGen2 was developed for gene expression studies in loblolly pine, P. taeda, and other conifer species. Here, we show pre- and post-hybridization handling and washing techniques that can be used with this array to yield better consistency, reduced artifacts, and lower backgrounds.

معالجة Loblolly باين PtGen2 ميكروأري [كدنا]

PtGen2 is a 26,496 feature cDNA microarray containing amplified loblolly pine ESTs.  The array is produced in our laboratory for use by researchers ...

Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray technology is used in numerous biological disciplines in a variety of applications including global gene expression analysis in relation to developmental stage, to a disease state, and in toxic responses. Herein, we include a demonstration of global gene expression analysis using a comprehensive zebrafish-specific oligonucleotide microarray platform. The zebrafish expression microarray platform contains 385,000 probes, 60 base pairs in length, interrogating 37,157 targets with up to 12 probes per target. For this platform, all cDNA and genomic information available for the zebrafish was collected from various genomic databases including Ensembl (http://www.ensembl.org), VEGA (http://vega.sanger.ac.uk), UCSC (http://genome.ucsc.edu), and ZFIN (http://www.zfin.org). As a result this expression array provides complete coverage of the current zebrafish transcriptome. The zebrafish expression microarray was printed by Roche NimbleGen (Madison, WI). This technical demonstration includes the fluorescent labeling of a cDNA product, hybridization of the labeled cDNA product to the microarray platform, and array scanning for signal acquisition using the one color analysis strategy.  

Gene microarrays are powerful tools in gene expression profiling at a genome-wide level. This technology has application in a variety of biological disciplines including developmental biology and toxicology. In this video, we detail a protocol for global gene expression analysis using a comprehensive oligonucleotide microarray platform for the zebrafish.

تحليل التعبير الجيني العالمي باستخدام ميكروأري قليل النوكليوتيد منهاج اسماك الزرد

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray ...

Microarray Analysis for Saccharomyces cerevisiae

In this protocol, gene expression in yeast (Saccharomyces cerevisiae) is changed after exposure to oxidative stress induced by the addition of hydrogen peroxide (H2O2), an oxidizing agent. In the experiment, yeast is grown for 48 hours in 1/2X YPD broth containing 3X glucose. The culture is split into a control and treated group. The experiment culture is treated with 0.5 mM H2O2 in Hanks Buffered Saline (HBSS) for 1 hour. The control culture is treated with HBSS only. Total RNA is extracted from both cultures and is converted to a biotin-labeled cRNA product through a multistep process. The final synthesis product is taken back to the UVM Microarray Core Facility and hybridized to the Affymetrix yeast GeneChips. The resulting gene expression data are uploaded into bioinformatics data analysis software.

Microarray Analysis for Saccharomyces cerevisiae

In this protocol, gene expression in yeast (Saccharomyces cerevisiae) is changed after exposure to oxidative stress induced by the addition of hydrogen peroxide (H2O2), an oxidizing agent.

تحليل لميكروأري السكيراء الجعوية</em

In this protocol, gene expression in yeast (Saccharomyces cerevisiae) is changed after exposure to oxidative stress induced by the addition of hydrogen ...

Genome Editing with CompoZr Custom Zinc Finger Nucleases (ZFNs)

Genome editing is a powerful technique that can be used to elucidate gene function and the genetic basis of disease. Traditional gene editing methods such as chemical-based mutagenesis or random integration of DNA sequences confer indiscriminate genetic changes in an overall inefficient manner and require incorporation of undesirable synthetic sequences or use of aberrant culture conditions, potentially confusing biological study. By contrast, transient ZFN expression in a cell can facilitate precise, heritable gene editing in a highly efficient manner without the need for administration of chemicals or integration of synthetic transgenes.
Zinc finger nucleases (ZFNs) are enzymes which bind and cut distinct sequences of double-stranded DNA (dsDNA). A functional CompoZr ZFN unit consists of two individual monomeric proteins that bind a DNA "half-site" of approximately 15-18 nucleotides (see Figure 1). When two ZFN monomers "home" to their adjacent target sites the DNA-cleavage domains dimerize and create a double-strand break (DSB) in the DNA.1 Introduction of ZFN-mediated DSBs in the genome lays a foundation for highly efficient genome editing. Imperfect repair of DSBs in a cell via the non-homologous end-joining (NHEJ) DNA repair pathway can result in small insertions and deletions (indels). Creation of indels within the gene coding sequence of a cell can result in frameshift and subsequent functional knockout of a gene locus at high efficiency.2 While this protocol describes the use of ZFNs to create a gene knockout, integration of transgenes may also be conducted via homology-directed repair at the ZFN cut site.
The CompoZr Custom ZFN Service represents a systematic, comprehensive, and well-characterized approach to targeted gene editing for the scientific community with ZFN technology. Sigma scientists work closely with investigators to 1) perform due diligence analysis including analysis of relevant gene structure, biology, and model system pursuant to the project goals, 2) apply this knowledge to develop a sound targeting strategy, 3) then design, build, and functionally validate ZFNs for activity in a relevant cell line. The investigator receives positive control genomic DNA and primers, and ready-to-use ZFN reagents supplied in both plasmid DNA and in-vitro transcribed mRNA format. These reagents may then be delivered for transient expression in the investigator&#x2019;s cell line or cell type of choice. Samples are then tested for gene editing at the locus of interest by standard molecular biology techniques including PCR amplification, enzymatic digest, and electrophoresis. After positive signal for gene editing is detected in the initial population, cells are single-cell cloned and genotyped for identification of mutant clones/alleles.

Genome Editing with CompoZr Custom Zinc Finger Nucleases ZFNs

The CompoZr Custom Zinc-Finger Nuclease (ZFN) Service enables precise genome editing in any organism or cell line at any locus defined by the user. This article describes the process for the design, manufacture, validation and implementation of the CompoZr Custom ZFN Service.

الجينوم التحرير مع مخصص Nucleases CompoZr فنجر الزنك (ZFNs)

Genome editing is a powerful technique that can be used to elucidate gene function and the genetic basis of disease. Traditional gene editing methods such ...

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

In this article we describe a method for colorimetric detection of miRNA in the kidney through in situ hybridization with digoxigenin tagged microRNA probes. This protocol, originally developed by Kloosterman and colleagues for broad use with Exiqon miRNA probes1, has been modified to overcome challenges inherent in miRNA analysis in kidney tissues. These include issues such as structure identification and hard to remove residual probe and antibody. Use of relatively thin, 5 mm thick, tissue sections allowed for clear visualization of kidney structures, while a strong probe signal was retained in cells. Additionally, probe concentration and incubation conditions were optimized to facilitate visualization of microRNA expression with low background and nonspecific signal. Here, the optimized protocol is described, covering the initial tissue collection and preparation through the mounting of slides at the end of the procedure. The basic components of this protocol can be altered for application to other tissues and cell culture models.

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

This article describes an in situ hybridization protocol optimized for colormetric detection of microRNA expression in formalin fixed kidney sections.

الرنا الميكروي<em&gt; في الوضع الطبيعي</em&gt; التهجين للأنسجة الكلى الفورمالين الثابتة

In this article we describe a method for colorimetric detection of miRNA in the kidney through in situ hybridization with digoxigenin tagged microRNA ...

In Vivo Nanovector Delivery of a Heart-specific MicroRNA-sponge

MicroRNA (miRNA) is small non-coding RNA which inhibits post-transcriptional messenger RNA (mRNA) expression. Human diseases, such as cancer and cardiovascular disease, have been shown to activate tissue and/or cell-specific miRNA expression associated with disease progression. The inhibition of miRNA expression offers the potential for a therapeutic intervention. However, traditional approaches to inhibit miRNAs, employing antagomir oligonucleotides, affect specific miRNA functions upon global delivery. Herein, we present a protocol for the in vivo cardio-specific inhibition of the miR-181 family in a rat model. A miRNA-sponge construct is designed to include 10 repeated anti-miR-181 binding sequences. The cardio-specific &#945;-MHC promoter is cloned into the pEGFP backbone to drive the cardio-specific miR-181 miRNA-sponge expression. To create a stable cell line expressing the miR-181-sponge, myoblast H9c2 cells are transfected with the &#945;-MHC-EGFP-miR-181-sponge construct and sorted by fluorescence-activated cell sorting (FACs) into GFP positive H9c2 cells which are cultured with neomycin (G418). Following stable growth in neomycin, monoclonal cell populations are established by additional FACs and single cell cloning. The resulting myoblast H9c2-miR-181-sponge-GFP cells exhibit a loss of function of miR-181 family members as assessed through the increased expression of miR-181 target proteins and compared to H9c2 cells expressing a scramble non-functional sponge. In addition, we develop a nanovector for the systemic delivery of the miR-181-sponge construct by complexing positively charged liposomal nanoparticles and negatively charged miR-181-sponge plasmids. In vivo imaging of GFP reveals that multiple tail vein injections of a nanovector over a three-week period are able to promote a significant expression of the miR-181-sponge in a cardio-specific manner. Importantly, a loss of miR-181 function is observed in the heart tissue but not in the kidney or the liver. The miRNA-sponge is a powerful method to inhibit tissue-specific miRNA expression. Driving the miRNA-sponge expression from a tissue-specific promoter provides specificity for the miRNA inhibition, which can be confined to a targeted organ or tissue. Furthermore, combining nanovector and miRNA-sponge technologies permits an effective delivery and tissue-specific miRNA inhibition in vivo.

In Vivo Nanovector Delivery of a Heart-specific MicroRNA-sponge

Tissue-specific microRNA inhibition is a technology that is underdeveloped in the microRNA field. Herein, we describe a protocol to successfully inhibit the miR-181 microRNA family in myoblast cells from the heart. Nanovector technology is used to deliver a microRNA sponge that demonstrates significant in vivo cardio-specific miR-181 family inhibition.

في فيفو نانوفيكتور إيصال اسفنجة ميكرورنا الخاصة بالقلب

MicroRNA (miRNA) is small non-coding RNA which inhibits post-transcriptional messenger RNA (mRNA) expression. Human diseases, such as cancer and ...

CRISPR Gene Editing Tool for MicroRNA Cluster Network Analysis

MicroRNAs (miRNAs) have emerged as important cellular regulators (tumor suppressors, pro-oncogenic factors) of cancer and metastasis. Most published studies focus on a single miRNA when characterizing the role of small RNAs in cancer. However, ~30%&#160;of human miRNA genes are organized in clustered units that are often co-expressed, indicating a complex and coordinated system of noncoding RNA regulation. A clearer understating of how clustered miRNA networks function cooperatively to regulate tumor growth, cancer aggressiveness, and drug resistance is required before translating noncoding small RNAs to the clinic.
The use of a high-throughput clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-mediated gene editing procedure has been employed to study the oncogenic role of a genomic cluster of seven miRNA genes located within a locus spanning ~35,000 bp in length in the context of prostate cancer. For this approach, human cancer cell lines were infected with a lentivirus vector for doxycycline (DOX)-inducible Cas9 nuclease grown in DOX-containing medium for 48 h. The cells were subsequently co-transfected with synthetic trans-activating CRISPR RNA (tracrRNA) complexed with genomic site-specific CRISPR RNA (crRNA) oligonucleotides to allow the rapid generation of cancer cell lines carrying the entire miRNA cluster deletion and individual or combination miRNA gene cluster deletions within a single experiment.
The advantages of this high-throughput gene editing system are the ability to avoid time-consuming DNA vector subcloning, the flexibility in transfecting cells with unique guide RNA combinations in a 24-well format, and the lower-cost PCR genotyping using crude cell lysates. Studies using this streamlined approach promise to uncover functional redundancies and synergistic/antagonistic interactions between miRNA cluster members, which will aid in characterizing the complex small noncoding RNA networks involved in human disease and better inform future therapeutic design.

This protocol describes a high-throughput clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) gene editing workflow for microRNA cluster network analysis that allows the rapid generation of a panel of genetically modified cell lines carrying unique miRNA cluster member deletion combinations as large as 35 kb within a single experiment.

أداة تحرير الجينات كريسبر لتحليل الشبكة العنقودية MicroRNA

MicroRNAs (miRNAs) have emerged as important cellular regulators (tumor suppressors, pro-oncogenic factors) of cancer and metastasis. Most published ...

Performing Muscle Cryoinjury on a Zebrafish

For performing the myomere cryoinjury on zebrafish, use a custom manufactured stainless steel cryoprobe. To avoid frostbite while handling the probe during the procedure, insert the probe handle into a pipette tip and secure it by wrapping it with tape. Before beginning with the cryoinjury procedure, prepare a beaker for the anesthesia working solution, a spoon for handling the fish, a moist sponge, and a tank with system water for post-procedure recovery of the fish.Prepare the anesthesia stock solution following the steps shown on the screen. Then add four milliliters of the prepared stock solution to 100 milliliters of system water in a beaker to prepare the tricaine working solution. To begin the cryoinjury procedure, immerse the probe in liquid nitrogen for a minimum of three minutes.Wet the sponge in system water and place it on a flat surface. Then one to two minutes after transferring a single adult zebrafish into the tricaine working solution, confirm its unresponsiveness by touching the fish gently with the spoon. Place the anesthetized fish onto the wet sponge.Locate the caudal peduncle posterior to the anal fin and anterior to the caudal fin. At this stage, remove the cryoprobe from the liquid nitrogen. Shake the probe gently to ensure no residual liquid nitrogen remains on the tip.Place the edge of the spatula perpendicular to the body on the caudal peduncle. Keep the probe in this position for six seconds without applying pressure, before releasing the cryoprobe from the tissue. Then transfer the fish into the system water in the recovery tank.Monitor the fish while it resumes breathing and swimming after waking up from the anesthesia. If opercular movements do not occur after 30 seconds, stimulate the fish by pipetting system water into the gills until the animal initiates respiration by itself. Video recording of control and cryoinjured fish at one day post-injury or DPCI revealed that although the cryoinjured fish swam less actively, they did not display any abnormal movements, such as swirling, convolution, or reduced equilibrium.In the husbandry system, their position in the tank and food intake was similar to those of the uninjured fish. As observed at 5 DPCI, normal behavior was still persistent indicating the cryoinjury procedure did not severely affect the wellbeing of the animals.