溶酶体是源自高尔基体的膜封闭球形囊。溶酶体最重要的功能是降解在膜运输事件（如分泌、内吞、自噬和吞噬途径）期间释放的大分子和生物聚合物。降解是由在溶酶体腔的酸性环境中活跃的几种水解酶进行的。这些酸性水解酶参与细胞过程，例如细胞信号传导、能量代谢、质膜恢复、计数放电物质。

源自内部高尔基体囊的新形成的溶酶体，称为初级溶酶体，是动态的，可以与大分子、其他亚细胞器和质膜分裂或融合。一旦初级溶酶体与要降解的物质融合，它们就会成为次级溶酶体。根据它们参与的途径，它们会变成吞噬体、内溶酶体、消化液泡和自噬体。除了它们参与不同的膜交通途径外，它们之间没有明显的区别。因此，它们代表了形态多样的细胞器，由降解细胞内物质的共同功能定义。

分泌型溶酶体是一组特殊的溶酶体，具有常规溶酶体和分泌颗粒的特征。因此，它们在某些细胞类型中含量丰富，例如巨噬细胞、造血细胞和黑色素细胞。分泌型溶酶体除溶酶体酶外，还分泌抗菌蛋白和细胞因子。因此，它们参与色素沉着、凝血、伤口修复和免疫功能。

植物细胞包含充满水解酶的液泡，类似于溶酶体，但在功能上是多种多样的。除了降解之外，它们还在储存营养物质和废物以及控制膨胀压力方面发挥作用。