Lizosomy to zamknięte błoną kuliste worki pochodzące z aparatu Golgiego. Najważniejszą funkcją lizosomu jest degradacja makrocząsteczek i polimerów biologicznych, które są uwalniane podczas zdarzeń transportu błonowego, takich jak szlaki wydzielnicze, endocytarne, autofagiczne i fagocytarne. Degradacja jest przeprowadzana przez kilka enzymów hydrolitycznych aktywnych w kwaśnym środowisku światła lizosomalnego. Te kwaśne hydrolazy biorą udział w procesach komórkowych, takich jak sygnalizacja komórkowa, metabolizm energetyczny, odbudowa błony plazmatycznej, liczenie wydzielanych materiałów.

Nowo powstałe lizosomy pochodzące z wewnętrznych worków Golgiego, zwane lizosomami pierwotnymi, są dynamiczne i mogą dzielić się lub łączyć z makrocząsteczkami, innymi organellami subkomórkowymi i błoną plazmatyczną. Gdy lizosomy pierwotne połączą się z substancjami, które mają zostać zdegradowane, stają się lizosomami wtórnymi. W zależności od szlaku, w który są zaangażowane, stają się fagosomami, endolizosomami, wakuolami trawiennymi i autofagosomami. Nie ma między nimi wyraźnej różnicy, poza ich udziałem w różnych szlakach ruchu błonowego. W ten sposób reprezentują zróżnicowane morfologicznie organelle, określone wspólną funkcją degradacji materiału wewnątrzkomórkowego.

Lizosomy wydzielnicze, wyspecjalizowany zestaw lizosomów, mają cechy zarówno konwencjonalnych lizosomów, jak i granulek wydzielniczych. Z tego powodu występują obficie w niektórych typach komórek, takich jak makrofagi, komórki krwiotwórcze i melanocyty. Lizosomy wydzielnicze wydzielają oprócz enzymów lizosomalnych białka przeciwdrobnoustrojowe i cytokiny. W związku z tym biorą udział w pigmentacji, krzepnięciu, gojeniu ran i funkcjach immunologicznych.

Komórki roślinne zawierają wakuole wypełnione enzymami hydrolitycznymi podobnymi do lizosomów, ale są zróżnicowane funkcjonalnie. Oprócz degradacji odgrywają rolę w magazynowaniu zarówno składników odżywczych, jak i produktów przemiany materii oraz kontrolowaniu ciśnienia turgoru.