Лизосомы представляют собой окруженные мембраной сферические мешочки, полученные от аппарата Гольджи. Наиболее важной функцией лизосомы является разложение макромолекул и биологических полимеров, которые высвобождаются во время мембранных транспортных процессов, таких как секреторные, эндоцитарные, аутофагические и фагоцитарные пути. Деградация осуществляется несколькими гидролитическими ферментами, активными в кислой среде лизосомального просвета. Эти кислотные гидролазы участвуют в клеточных процессах, таких как клеточная сигнализация, энергетический обмен, восстановление плазматической мембраны, подсчет высвобождаемых веществ.

Вновь образованные лизосомы, происходящие из внутренних мешочков Гольджи, называемые первичными лизосомами, являются динамичными и могут делиться или сливаться с макромолекулами, другими субклеточными органеллами и плазматической мембраной. Как только первичные лизосомы сливаются с веществами, подлежащими разложению, они становятся вторичными лизосомами. В зависимости от того, в каком пути они участвуют, они становятся фагосомами, эндолизосомами, пищеварительными вакуолями и аутофагосомами. Между ними нет четкого различия, кроме их участия в различных путях мембранного трафика. Таким образом, они представляют собой морфологически разнообразные органеллы, определяемые общей функцией разложения внутриклеточного материала.

Секреторные лизосомы, специализированный набор лизосом, обладают свойствами как обычных лизосом, так и секреторных гранул. Благодаря этому они в изобилии присутствуют в некоторых типах клеток, таких как макрофаги, кроветворные клетки и меланоциты. Секреторные лизосомы секретируют антимикробные белки и цитокины в дополнение к лизосомальным ферментам. Следовательно, они участвуют в пигментации, коагуляции, заживлении ран и иммунологических функциях.

Растительные клетки содержат вакуоли, наполненные гидролитическими ферментами, подобно лизосомам, но функционально разнообразны. Помимо разложения, они играют роль в хранении питательных веществ и продуктов жизнедеятельности, а также в контроле тургорного давления.