I lisosomi sono sacche sferiche racchiuse da una membrana derivate dall'apparato di Golgi. La funzione più importante del lisosoma è la degradazione delle macromolecole e dei polimeri biologici che vengono rilasciati durante gli eventi di traffico di membrana come le vie secretorie, endocitiche, autofagiche e fagocitiche. La degradazione è effettuata da diversi enzimi idrolitici attivi in un ambiente acido del lume lisosomiale. Queste idrolasi acide sono coinvolte in processi cellulari come la segnalazione cellulare, il metabolismo energetico, il ripristino della membrana plasmatica, il conteggio dei materiali scaricati.

I lisosomi di nuova formazione derivati dalle sacche interne del Golgi, chiamati lisosomi primari, sono dinamici e possono dividersi o fondersi con macromolecole, altri organelli subcellulari e la membrana plasmatica. Una volta che i lisosomi primari si fondono con le sostanze da degradare, diventano lisosomi secondari. A seconda del percorso in cui sono coinvolti, diventano fagosomi, endolisosomi, vacuoli digestivi e autofagosomi. Non c'è una chiara distinzione tra loro, a parte il loro coinvolgimento in diverse vie di traffico a membrana. Pertanto, rappresentano organelli morfologicamente diversi, definiti da una funzione comune di degradazione del materiale intracellulare.

I lisosomi secretori, un insieme specializzato di lisosomi, hanno caratteristiche sia dei lisosomi convenzionali che dei granuli secretori. Per questo motivo, sono abbondanti in alcuni tipi di cellule, come i macrofagi, le cellule ematopoietiche e i melanociti. I lisosomi secretori secernono proteine antimicrobiche e citochine oltre agli enzimi lisosomiali. Quindi, sono coinvolti nella pigmentazione, nella coagulazione, nella riparazione delle ferite e nelle funzioni immunologiche.

Le cellule vegetali contengono vacuoli pieni di enzimi idrolitici simili ai lisosomi, ma sono funzionalmente diversi. Oltre alla degradazione, hanno un ruolo nello stoccaggio sia dei nutrienti che dei prodotti di scarto e nel controllo della pressione del turgore.