Os lisossomos são sacos esféricos fechados por membrana derivados do aparelho de Golgi. A função mais importante do lisossomo é degradar macromoléculas e polímeros biológicos que são liberados durante eventos de tráfego de membrana, como as vias secretora, endocítica, autofágica e fagocítica. A degradação é realizada por várias enzimas hidrolíticas ativas em um ambiente ácido do lúmen lisossômico. Essas hidrolases ácidas estão envolvidas em processos celulares, como sinalização celular, metabolismo energético, restauração da membrana plasmática, contagem de materiais descarregados.

Os lisossomos recém-formados derivados dos sacos internos de Golgi, chamados lisossomos primários, são dinâmicos e podem se dividir ou se fundir com macromoléculas, outras organelas subcelulares e a membrana plasmática. Uma vez que os lisossomos primários se fundem com as substâncias a serem degradadas, eles se tornam lisossomos secundários. Dependendo da via em que estão envolvidos, eles se tornam fagossomos, endolisossomo, vacúolos digestivos e autofagossomos. Não há distinção clara entre eles além de seu envolvimento em diferentes vias de tráfego de membrana. Assim, representam organelas morfologicamente diversas, definidas por uma função comum de degradação do material intracelular.

Os lisossomos secretores, um conjunto especializado de lisossomos, têm características tanto dos lisossomos convencionais quanto dos grânulos secretores. Devido a isso, eles são abundantes em alguns tipos de células, como macrófagos, células hematopoiéticas e melanócitos. Os lisossomos secretores secretam proteínas antimicrobianas e citocinas, além de enzimas lisossômicas. Portanto, eles estão envolvidos na pigmentação, coagulação, reparo de feridas e funções imunológicas.

As células vegetais contêm vacúolos cheios de enzimas hidrolíticas semelhantes aos lisossomos, mas são funcionalmente diversas. Além da degradação, eles têm um papel no armazenamento de nutrientes e resíduos e no controle da pressão de turgor.