格拉菲克斯用于检测 糖精 的瞬态相互作用器

摘要

在这里，我们描述了Grafix（梯度固定）的利用，这是一种在交行器面前的甘油梯度离心，用于识别暂时与拼接体复合物结合的拼接因子之间的相互作用。

摘要

mRNA 前拼接是一个非常动态的过程，在组装、RNA 处理和复杂组件的释放过程中涉及许多拼接体子复合物的分子重新排列。甘油梯度离心已用于分离蛋白质或RNP（核蛋白）复合物，用于功能和结构研究。在这里，我们描述了Grafix（梯度固定）的利用，这是首次开发用于净化和稳定单粒子低温电子显微镜的大分子复合物，以识别暂时与拼接体复合物结合的拼接因子之间的相互作用。此方法基于将样品离心到固定试剂的浓度增加，以稳定复合物。在甘油梯度上装载酵母总提取物离心后，通过点斑分析回收的分数，以识别拼接体子复合物并确定单个拼接因子的存在。

引言

拼接是一个高度动态的过程，需要以协调的方式约束和释放多种因素。这些拼接因子包括RNA结合蛋白、ATPases、螺旋酶、蛋白激酶和磷酸盐、无用性韧带等^1、2、3:为了让分子重新排列发生，其中一些因素与拼接体子复杂性非常短暂地结合，使得这些RNP中间复合物的隔离和识别极具挑战性。

在这里， 我们使用Grafix方法^4，5来稳定酵母拼接因子Cwc24与B^行为复合^物6的相互作用，以便识别与该子复合物相关的其他因素，并确定是否 泛素韧带Prp19在Cwc24的结合或释放到19（NTC）复合物和激活前内电的5'端和第一次转录反应中起任何作用地方。使大分子沿着甘油梯度使大分子接触到交叉链接器日益集中的优点是它避免了复合物交叉链路^4、5，从而避免了聚合物的形成。

这种方法被用作蛋白质同位素沉淀和拉下测定的补充，尽管允许对大型复合物进行隔离，但对于在大型动态复合物^7、8中维持瞬态相互作用可能并不可靠。在甘油梯度中使用固定试剂可以稳定这些因素的结合，从而确认特定蛋白质与拼接亚复合物的相互作用。由于所选的交联器在化学上不可逆转，因此在梯度离心后，通过点斑对恢复分数中的蛋白质进行分析。

研究方案

1. 酵母总提取物制备

1. 用适当的氨基酸或核基，将酵母细胞与TAP标签⁹ 融合成1 L YNB-胶质（酵母氮基补充2%m/v葡萄糖）的拼接因子之一， 在这种情况下，腺苷（20 μg/mL）、柳辛（30微克/mL）、色氨酸（30微克/mL），最高可达OD₆₀₀ = 1.0。
2. 在 4 °C 下以 17，000 x g 的 10 分钟在 3 个 500 mL 离心机瓶中离心，从 1 L 培养物中收集细胞，然后用 10 mL 冷无菌水洗两次。
3. 将收集的酵母细胞重新用于冷缓冲器 A 的 1/10 细胞体积 （10 mmol L^-1 HEPES pH = 7.9， 1.5 mmol L^-1 MgCl₂， 50 mmol L^-1 KCl， 5% v/v 甘油， 0.5 mmol L^-1 DTT， EDTA 无蛋白酶抑制剂鸡尾酒）.。
4. 将小滴细胞悬浮液氮冷冻。小滴可以通过管道重用电池溶液和直接将 50 μL 滴入液氮中获得。
   警告:液氮可能会在与皮肤或眼睛接触时造成伤害。使用拨配的安全设备进行处理。
   注:协议可以在此处暂停。电池悬浮液的冻结滴可以存储在 -80 °C 下。
5. 准备酵母细胞解解，在球磨机设备中研磨，以20 Hz/s为6个周期，持续3分钟。
   注:每个周期后，将容器浸入液氮中，以避免熔化。协议可以在此处暂停。冷冻提取物可储存在 -80 °C 下。 酵母拼接提取物也可以使用同质化物解解球体^10，或使用迫击炮和害虫11，12。
6. 将含有这些提取物的管子在室温下放入水中，偶尔摇晃，从而融化提取物。
7. 离心机提取物在 45，000 x g 1 h 在 4 °C.
8. 通过BCA方法¹³量化清除超高纳特的蛋白质含量。
9. 准备提取物的无名小品，快速将其冷冻在液氮中，并储存在 -80 °C 下。
   注:协议可以在此处暂停。

2. 甘油梯度制备

1. 在缓冲区 A 中准备两个甘油溶液，一个包含 10% v/v，另一个包含 30% v/v 甘油。
2. 在 30% v/v 甘油溶液中将交叉链接剂谷胱甘肽添加到 0.1% v/v，并混合以实现均质化。
   注意事项:使用适当的安全设备处理烟罩内的谷胱甘肽。
3. 在 12 mL 离心机管（14 x 89 mm）底部加入 6 mL 的冷 10% v/v 甘油溶液。
4. 加入6 mL的冷30%v/v甘油溶液，辅以谷胱甘肽，将注射器连接到长针上，在管底提供梯度主设备，就在10%v/v甘油溶液下面。
   注意:另外，10% v/v 甘油溶液可以在 30% v/v 甘油/谷胱甘肽溶液的顶部小心地管道。
5. 使用梯度主设备生成连续密度梯度。
   注:在梯度主设备中，管子被放置在一个适当的机架中，并根据制造商关于确定参数（时间/角度/速度）的建议进行短暂旋转。在这项工作中，我们使用: 2:25 分钟/81.5°/11 rpm。
6. 在添加细胞提取物之前，小心地在顶部添加 200 μL 的 7% v/v 甘油/缓冲垫。
   注:垫子的甘油浓度必须低于用于创建线性梯度的浓度较低的甘油溶液。

3. 提取离心机

1. 将大约 2 毫克的总蛋白质加载到每个 12 mL 线性甘油梯度 10%至 30% 谷胱甘肽的顶部，并配有垫子。
2. 将管子放在预冷却的回转桶转子中。
   注意:轻轻处理管子，以避免在超中心处理前混合。
3. 离心机在 194，000 x g 为 16 h 在 4 °C.
4. Aliquot 每个 12 mL 管在 24 500 μL 分数使用适应的 Econosystem 或小心管道。
   注:经过改造的 EconoSystem 由渗透泵、紫外线探测器和连接到管穿孔装置的分数收集器组成。沉降剖面可以通过测量280纳米的吸收度来监测。
5. 使用 40% v/v 甘油溶液通过渗透泵将甘油 10%+30% 梯度从管子推至分数收集器。
   注:协议可以在此处暂停。将分数存储在 -80 °C 下，直到使用。
6. 将每个分数的 50 μL 直接加载到点斑或槽斑点上的硝基纤维素膜上。使用抗体对CBP（1:6，000，检测TAP标签的CBP部分）和与马萝卜过氧化酶（1:15，000）结合的抗兔IgG作为二级抗体，通过免疫膨胀检测蛋白质。

结果

为了分析 Cwc24-TAP 的沉积剖面，并确定 Grafix 方法是否有效稳定其与拼接亚复杂物的结合，我们通过甘油梯度的离心分离了表达 Cwc24-TAP 的细胞的总酵母提取物，无论是否存在谷胱甘肽作为交联剂。然后，通过带抗体对 TAP 标签的 CBP 部分进行带抗体的插槽斑点分析 24 个 500 μL 分数的样本。结果显示，在没有交联器的情况下，Cwc24集中在分数5和13之间（图1B），相对应于约80至20...

讨论

蛋白质蛋白和核糖核酸-蛋白质相互作用可以通过交联剂稳定下来。由此产生的复合物必须稳定，能够承受甘油梯度的超中心化。此外，缓冲条件应允许交互，但必须足够严格，以避免非特定的绑定。在下面显示的实验中，我们使用了已经为体外拼接反应¹⁵建立的缓冲液。

应针对分析的复合物优化离心的速度和时间。我们测试了不同的沉积条件，在 94，000 x

材料

Name	Company	Catalog Number	Comments
Anti-Calmodulin Binding Protein Epitope	Millipore	07-482
ECL anti-Rabbit IgG	GE Healthcare	NA934
EconoSystem	Bio-Rad	1-800-424-6723	Parts of the EconoSystem used: peristaltic pump, the UV detector and the fraction collector
EDTA-free Protease Inhibitor Cocktail	Roche	11873580001
Fraction Recovery System	Beckman Coulter	270-331580	Tube-perforating device that was connected to the parts of the EconoSystem
Gradient Master Model 107ip	Biocomp	107-201M
Mixer Mill MM 200	Retsch	207460001	Ball Mill device
Rotor F12-6x500Lex	Thermo Scientific	096-062375
Sorvall RC 6 Plus Centrifuge	Thermo Scientific	36-101-0816
Swinging Bucket Rotor P40ST	Hitachi
Ultracentrifuge CP 80 NX	Hitachi	901069
Ultra-Clear Centrifuge Tubes (14 x 89 mm)	Beckman Coulter	344059