拟南芥种子表面灭菌的高通量、稳健性和高时间灵活性方法

摘要

提供用于 拟南芥（Arabidopsis） 种子表面灭菌的高通量方案，通过带有真空泵的简单抽吸装置优化液体处理步骤。数百个种子样品可以在一天内进行表面灭菌。

摘要

拟南芥是迄今为止最广泛用于功能研究的植物模型物种。拟南芥种子的表面灭菌是实现这一目标所需的基本步骤。因此，建立高通量拟南芥种子表面灭菌方法以同时处理数十至数百个样品（例如，转基因品系，生态型或突变体）至关重要。本研究提出了一种基于用普通真空泵构成的自制抽吸装置有效消除管中液体的种子表面灭菌方法。通过大大减少劳动密集型的动手时间，这种方法可以在一天内处理数百个样品，而几乎不费吹灰之力。系列时间过程分析进一步表明，通过保持高发芽率，表面灭菌的时间范围高度灵活。该方法可以很容易地适应于其他种类小种子的表面灭菌，只需根据种子大小和消除液体所需的速度对抽吸装置进行简单的定制。

引言

拟南芥是一种二倍体植物，属于芸苔科。其相对较短的生命周期（在长日生长条件下每代两个月），植物体积小，并且每株植物产生数百个种子的自花授粉使其成为第一个基本植物模型物种^1，2。此外，其基因组被完全测序^3，广泛的反向遗传学工具（饱和的T-DNA、转座子和化学诱变的群体）都可用^4、5、6，并且有效的农杆菌介导的转化是建立起来的，以获得足够的转基因品系，用于进一步的下游工作7.因此，在过去的二十年中，使用拟南芥作为模型物种在分子水平上剖析植物生物学的各个方面方面取得了巨大进展，包括自然，遗传和表型变异^8，9。

为了在功能上表征拟南芥感兴趣的基因，种子表面灭菌以消除真菌和细菌污染物是许多需要轴线培养的下游方案的先决条件步骤。遗传转化对于过表达^10、敲低（RNA-I^11）或敲除（基因组编辑^12、13）的基因功能、亚细胞定位^14、启动子活性15、16、蛋白-蛋白¹⁷和蛋白-DNA相互作用^18，仅举出最常见的应用，都需要种子表面的灭菌步骤。因此，尽管相对简单，但种子表面灭菌在许多功能分析中起着重要作用。

到目前为止，已经开发了两大类基于气相或液相灭菌的种子表面灭菌方法^19。虽然气相种子表面灭菌的通量为中到高，但使用有害试剂氯气作为表面杀菌剂阻碍了其广泛应用。相反，基于液相灭菌的方法依赖于较温和的化学品，如乙醇和漂白剂溶液进行表面灭菌，并且尽管它们的吞吐量本质上低于氯熏蒸，但它们的使用范围更广。通常，通常使用两种使用液体试剂的不同方法。一种广泛使用的方法是基于用乙醇和漂白剂以不同的浓度洗涤不同的时间^20，21。另一种方法是基于漂白剂的应用只有^21、22。这两种方法主要应用于小规模的种子表面灭菌。然而，在许多实验中，需要筛选许多源自一次转化的拟南芥转基因品系^15、23或平行筛选由不同转化产生的许多转基因品系24、25。据我们所知，尚未发表基于液体的高通量种子表面灭菌方法，尽管鲜为人知，但这构成了功能基因组学方法的重要瓶颈。因此，开发安全、稳健和高通量的种子表面灭菌方法是同时成功实现许多基因功能表征的必要和关键步骤。

为此，在目前的研究中，提出了一种改进的拟南芥种子表面灭菌方法。这种方法安全、低成本、高稳健性和高通量，允许从种子表面灭菌开始到培养皿中种子播种结束的一小时内处理96条独立生产线。所展示的方法依赖于广泛使用的基本实验室仪器，如真空泵，消耗性玻璃器皿和塑料器皿。这种改进的方法为科学界提供了一种安全，简单且负担得起的方法来简化种子表面灭菌，其吞吐量足以满足拟南芥和其他非模型植物物种的现代功能基因组学方法。

研究方案

1. 试剂和培养基制备

1. 制备70%乙醇溶液:将737毫升95%工业乙醇加入263毫升蒸馏水中。彻底混合。
   注意:在非无菌工作台上准备70%乙醇溶液。
   注意:乙醇高度易燃，会对眼睛造成严重刺激。远离火焰和热源。如果接触眼睛，请用大量清水冲洗。
2. 准备5%漂白剂溶液:将5毫升家用漂白剂（含有约3.5%次氯酸钠，NaClO）加入95毫升无菌蒸馏水中。加入几滴非离子洗涤剂（例如吐温20）并彻底混合。
   注意:在层流罩内准备5%漂白剂溶液。
   注意:次氯酸钠是漂白剂的活性成分，具有高度刺激性。它具有高度腐蚀性，可对胃肠道造成严重损害。如不慎接触，请立即用大量清水冲洗。如果摄入，请致电中毒控制中心或医生寻求治疗建议。
3. 准备半强度的村子和Skoog（1/2 MS）中等^26。
   1. 在800毫升蒸馏水中加入2.2克MS培养基粉末（包括维生素）和10克蔗糖。使用1 M KOH调节溶液的pH值，并使用蒸馏水将体积调高至1 L。将500毫升等分到1升瓶中，加入4克琼脂以制备固体培养基。高压灭菌解决方案。
   2. 高压灭菌后，在水浴中将培养基冷却至50-53°C，然后将其倒入层流罩下的培养皿中。为了制备选择性培养基，向培养基（50-53°C）中加入1000μL / L的50mg / mL卡那霉素储备溶液（将500mg硫酸卡那霉素一水合物混合在10mL蒸馏水中，过滤灭菌并储存在-20°C）。通过旋转混合均匀，并如前所述倒入培养皿中。

2. 吸气器设置

注:仪器设置总结在 图1中。

1. 将真空泵入口连接到合适尺寸的聚乙烯（PE）管的一端。将管的另一端连接到倾析瓶双向盖的出口。用密封膜（材料表）紧紧包裹管道的连接处，以确保气密连接。
2. 将第二根PE管连接到倾析瓶上螺旋盖的入口（突出到瓶子内部的孔）。将管子的另一侧安装到水族箱阀门的出口处。如有必要，请沿连接处用密封膜包裹，以消除漏气。
3. 在使用前，将无菌的200 μL移液器吸头安装到层流罩下方的水族箱过滤器入口处。

图1:用于高通量去除灭菌液的抽吸装置的示意图。为清楚起见，单个零件不会按比例绘制。字母（A）表示真空泵，（B）储存瓶中收集液体（乙醇、漂白剂或无菌水），（C）阀门表示避免液体回流，（D）无菌200μL移液器吸头，以及（E）1.5毫升微量离心管中含有种子和灭菌液。箭头指示气流的方向。请点击此处查看此图的放大版本。

3. 种子高通量液面杀菌

注:图2总结了拟南芥（L.）Heynh野生型（Col-0）（拟南芥）种子与96个独立样品进行表面灭菌所需的整个过程和最短时间。

1. 用永久标记标记两批48 x 1.5 mL微量离心管，并带有渐进编号。
2. 将100-200粒拟南芥种子加入96个无菌1.5mL微量离心管（大约在管锥形端底部上方1-2毫米处）。
3. 使用层流罩内的10 mL无菌血清学移液管（第一批种子，48管）将约1000μL70%乙醇等分到每管中，并小心地关闭盖子。
   注意:分配溶液不需要非常准确，只要分配的体积比种子体积高几倍。或者，在层流罩（非无菌状态）外执行此步骤。
4. 在振荡器中以8.0 Hz的振荡频率摇动管至少3分钟。
5. 从摇摇杯中取出适配器，然后将其转移到台式微量离心机的篮筐中。
6. 使用脉冲功能（存在于大多数台式离心机中）快速旋转种子，达到1880 x g（~15 s）。
   注意:较长的时间或更高的离心力会对种子发芽产生负面影响。
7. 将 48 根管从适配器转移到一个机架上，然后打开层流罩下的所有管子。通过不触摸盖子中适合管子的部分来避免污染。如果盖子彼此离得太近，请将管子分成两个架子，以便于处理。
8. 将无菌的200μL黄色尖端安装到层流罩下自制吸气器的水族箱阀门入口处，然后打开泵。
9. 将黄色尖端插入种子水平上方，以避免在吸吮液体时接触种子。或者，快速将尖端定位在管的底部;如果种子阻挡了液体的吸力，请消除黄色尖端并插入新的尖端。
10. 使用层流罩内的10 mL无菌血清学移液管将等分试样到每管约1000μL5%漂白剂中。
11. 紧紧关闭所有盖子，然后将所有管子放回摇摇床适配器中。在振荡器中以8.0 Hz的振荡频率摇动管至少3分钟。
12. 使用台式离心机的脉冲功能快速旋转种子，所需时间达到1880 x g（~15 s）。
13. 将新的无菌200 μL黄色尖端安装到连接到层流罩下的真空泵的水族箱阀上，然后打开泵。
14. 将黄色尖端插入种子水平上方，以避免在吸入漂白剂溶液时接触种子。
15. 在层流罩中使用10 mL无菌血清学移液器将1000μL灭菌的H₂O等分试样到每管中。
    注意:将两批种子混合在一起，以最大限度地缩短操作时间。
16. 将新的无菌200 μL黄色尖端安装到连接到层流罩下的真空泵的水族箱阀上，然后打开泵。
17. 将黄色尖端插入种子水平的正上方，以避免在吸吮H₂O时接触种子。
18. 使用10 mL无菌血清学移液管将等分试样到每管约500μL灭菌的H₂O中，并关闭层流罩中的所有盖子。种子已经准备好播种了。如果需要，将管子保持在室温下几个小时或4°C过夜。
19. 用适量的水填充用于收集液体的储液瓶并高压灭菌。之后，将液体丢弃到正常的水槽中。
    注意:高压灭菌液体以杀死储液罐内的所有种子。

图2:使用96个独立样品对拟南芥种子进行表面灭菌所需的程序和最小时间概述。 在所提出的实验中，96个独立的样品被处理成两个大小相等的批次。两个批次的整个过程是相同的，并且它们是并行处理的，但与第一批相比，第二批处理的延迟为一步。 请点击此处查看此图的放大版本。

4. 拟南芥在1/2 MS板上的电镀和评分

1. 通过用1000μL移液器轻轻移液，将种子和300-400μL无菌H₂O转移到培养皿中。
2. 转移10管后，将约1.5-2.0 mL熔化的1/2 MS培养基（不含抗生素）倒入每块板中。
   注意:提前熔化，然后将1/2 MS熔化的介质保持在50-53°C的恒温浴中，以避免凝固。确保温度不超过58°C，以避免降低种子的发芽性。
3. 快速旋转盘子，将种子分配到里面。用胶带将板材贴在相对的两侧。
4. 将板包裹在塑料或铝箔中，然后将其置于冰箱（4°C）中，在黑暗中3天以获得均匀发芽。
5. 将板转移到在长时间工作条件下（16小时光照/ 8小时黑暗）下设置在23°C的生长室中，光强度为100-120μmol·m-2·s^-1，相对湿度为60%。
6. 两天后，根据根状茎的存在对植物进行评分。检测胚芽的出现和绿色子叶的形成（两个子叶的完全开放）以评估种子萌发。

5. 统计分析

注意:在这里，Tukey的成对检验用于统计分析。

1. 将低于 0.01 的 P 值视为具有统计显著性。至少用五个生物重复进行所有实验。

结果

为了评估整个种子灭菌过程所需的时间，计算了当前方案中96个样品的液体处理时间差，并与传统移液方法进行了比较。结果表明，当前协议节省了时间，将液体处理时间缩短到传统协议的四分之一（表1）。该表进一步强调，与传统方法相比，当前方案中的液体去除时间节省了更多时间，总体减少了八倍。

种子灭菌时间范围的选择
较长的灭菌步骤...

讨论

种子灭菌是拟南芥功能研究的基本步骤。虽然它经常用于许多不同的目的，但对拟南芥高通量种子表面灭菌的研究有限。

到目前为止，吞吐量最高的方法之一是使用漂白剂与浓缩HCl混合产生的氯气。虽然这种方法需要有限的动手时间，但它使用的气体对人类有剧毒²⁷.此外，必须仔细控制要进行表面灭菌的种子数量和表面种子灭菌的持续时间。如果种子太多?...

材料

Name	Company	Catalog Number	Comments
Aquarium valve	Amazon	B074CYC5SD	Kit including 2 valves and thin-walled tubings. The valve prevents the liquids to go back to the sterile tip
Arabidopsis Col-0 wild-type seeds	Nottingham Arabidopsis Stock Center	N1093	Wild type seeds (sensitive to kanamycin)
Arabidopsis transgenic line AdoIspS-79 seeds	NA	NA	Transgenic line overexpressing an isoprene synthase gene from Arundo donax transformed in the Col-0 background, resistant to kanamycin (Li et al. (2017) Mol. Biol. Evol., 34, 2583–2599). Available on request from the authors
Microcentrifuge	Eppendorf	EP022628188	Benchtop microcentrifuge used for spinning down the seeds
Murashige & Skoog medium including vitamins	Duchefa	M0222	Standard medium for plant sterile culture
Pipette controller	Brand	26300	Used to operate the serological pipette
Polyethylene tube 1	Roth	9591.1	Tube for connection from vacuum pump to decantation bottle (inner diameter: 7 mm; outer diameter: 9 mm)
Polyethylene tube 2	Roth	9587.1	Tube for connection from decantation bottle to the aquarium valve  (inner diameter: 5 mm; outer diameter: 7 mm)
Screw cap with connectors	Roth	PY86.1	2-way dispenser screw cap GL45 in polypropylene for decanting bottle
Serological pipette	Brand	27823	Graduated glass (reusable) serological pipette. Disposable pipettes can be used instead
Shakeret al.	Qiagen	85300	TissueLyser II bead mill used normally for tissue homogenization. Without the addition of beads to the tubes it works as shaker.
Technical ethanol	ITW Reagents (Nova Chimica Srl)	212800	Ethanol 96% v/v partially denatured technical grade
Tween 20	Merck Millipore	655205	Non-ionic detergent acting as surfactant
Universal tubing connectors	Roth	Y523.1	Can be used to improve/simplify tubing connections
Vacuum pump	Merck Millipore	WP6222050	Used for making the suction device