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Method Article
该协议描述了用于构建合成细胞的无细胞蛋白质合成 (CFPS) 系统。它概述了关键阶段,并在不同的微区间中具有代表性结果。该协议旨在为合成细胞社区中的不同实验室建立最佳实践,推动合成细胞开发的进步。
无细胞蛋白质合成 (CFPS) 系统已被广泛用于促进合成细胞的自下而上的组装。它是 Central Dogma 核心机械的宿主,是集成和组装各种人工细胞模拟系统的最佳底盘。尽管 CFPS 系统经常用于合成电池的制造,但为特定应用建立定制且强大的 CFPS 系统仍然是一项艰巨的挑战。在该方法论文中,我们提出了 CFPS 系统的综合方案,通常用于构建合成细胞。该方案包括 CFPS 系统制备的关键阶段,包括细胞提取物、模板制备和利用荧光报告蛋白的常规表达优化。此外,我们通过将 CFPS 系统封装在各种微隔室中来显示代表性结果,例如单层液滴、液囊泡和位于支撑脂质双层顶部的腔室。最后,我们阐明了在不同环境中成功组装这些 CFPS 系统所需的关键步骤和条件。我们预计我们的方法将促进在不断扩大的合成细胞社区内的各个实验室之间建立良好的工作规范,从而加速合成细胞开发领域的进步。
合成或人工细胞的合成已成为跨学科研究的一个非常突出的领域,吸引了合成生物学、化学和生物物理学领域科学家的浓厚兴趣。这些科学家为了构建最小活细胞的共同目标而团结在一起 1,2,3。该领域的快速发展与关键技术的重大进步同步,例如重组 DNA 操作4、仿生材料5 和区室化微纳加工技术6,包括无细胞蛋白质合成 (CFPS) 方法7。CFPS 系统包含用于转录和翻译的基本细胞机制,为多功能人工细胞的开发和集成提供了基础框架。
尽管 CFPS 技术经常用于合成细胞的组装,但为各种合成细胞系统的组装开发强大且量身定制的 CFPS 系统仍然是一项复杂的挑战。目前,有许多 CFPS 系统可用,它们来源于原核生物和真核生物模式生物 8,每种系统都专门用于合成细胞合成中的特定应用。除了在转录和翻译中的核心作用外,CFPS 系统的主要组成部分和相关准备程序也各不相同。这些变化,包括细胞提取物、RNA 聚合酶、模板制备方法和缓冲液组成的差异,主要是由于研究小组追求不同的开发轨迹,这些研究小组已经密集优化了他们的系统以获得最大的蛋白质产量。
在 CFPS 系统的各种组成部分中,细胞提取物是转录和翻译的关键酶库,因此是 CFPS 性能的关键决定因素9。基于大肠杆菌 (E. coli) 的 CFPS 是最常用的系统,因为它是最容易理解的原核生物。此外,Ueda 的研究小组开发了一种由单独纯化的蛋白质和核糖体组成的完全重构的 CFPS 系统,称为 PURE10,特别适用于需要明确背景的应用。今天,即使是基于大肠杆菌的 CFPS 系统也已经多样化,尤其是在 extrac11 的来源菌株和制备方法12,13、RNA 聚合酶14,15、能源16,17 和缓冲系统18,19 方面。最常用的菌株包括 K12 和 B 菌株衍生物,例如 A1920、JM10921、BL21 (DE3)22 和 Rossetta223,以及它们的转基因对应物。
最初,选择具有降低 RNase 和蛋白酶活性的大肠杆菌菌株来增强 mRNA 稳定性和新合成的重组蛋白的稳定性,从而提高最终蛋白产量24。随后,对大肠杆菌提取物进行工程改造以促进特定的翻译后修饰,包括糖基化25、磷酸化26 和脂质化27,以实现上述翻译后修饰。此外,还加入了一系列添加剂,如分子伴侣28 和化学稳定剂,以帮助折叠靶蛋白,有助于 CFPS 系统的多样化。噬菌体 T7 RNA 聚合酶以其高持续合成能力而闻名,主要用于转录,尽管其他聚合酶如 SP629 也被使用。大肠杆菌内源性 RNA 聚合酶已适用于利用sigma 因子 30 的遗传回路原型设计。最后,各种能量前驱体 31,32,33 和不同的盐和缓冲成分 19,34,35 已经过系统优化,以提高生产率。
除了 CFPS 系统本身,封装方法和区室化材料对于合成细胞的成功组装也至关重要。为成功封装 CFPS 反应而开发的各种系统包括表面活性剂稳定的水/油滴、脂质/聚合物及其杂化单层囊泡(直径范围为 50 nm 至几 μm)以及平面支撑的脂质双层。然而,由于 CFPS 系统的复合物分子含量,包埋的成功率取决于具体情况,特别是对于囊泡的形成。为了提高 CFPS 包埋的成功率和效率,已经开发了各种微流体芯片来促进液滴和囊泡的形成36。然而,还需要建立更多的芯片和设备。
该方案描述了利用 BL21(DE3) 菌株的大 肠 杆菌 CFPS 系统,BL21(DE3) 菌株是重组蛋白生产的常用宿主。该方案包括细胞提取物制备、模板制备和使用荧光报告蛋白的标准表达优化的详细说明。此外,我们提出了通过将 CFPS 系统封装在不同的微隔室中实现的示例性结果,包括单层液滴、液囊泡和位于支撑脂质双层顶部的腔室。最后,我们阐述了在不同环境背景下成功建立这些 CFPS 系统的关键程序要素和必要条件。
1. 提取物制备
2. T7 RNA 聚合酶
3. 缓冲液制备
4. 模板设计和准备
5. Mg2+ 和 K+ 优化
6. 封装
对于每批新批次的细胞提取物和 T7 RNA 聚合酶,建议对 Mg2+ 和 K+ 浓度进行基本筛选,以确保 CFPS 系统的最佳性能。超级文件夹 GFP 的荧光可以作为不同条件下 CFPS 系统总产量的指标,如图 1A、B 所示。此外, 图 1C 显示了 CFPS 系统在不同隔室中的平行产量比较,表明在封装的 CFPS 系统中性能一致,尽...
本手稿概述了一种改良的无细胞蛋白质合成 (CFPS) 系统,该系统设计用于合成细胞平台的各种微区室,包括油包水液滴、GUV 和 SLB。我们利用标准的大肠杆菌重组蛋白表达宿主菌株 BL21 (DE3) 作为构建以蛋白质为中心的合成细胞系统的来源提取物。这种方法在不同区室中产生大约 0.5 mg/mL 的蛋白质。虽然可以使用其他定制的提取物来源菌株,但这些系统主要针对?...
作者声明,他们没有已知的竞争性经济利益或个人关系,这些利益或个人关系似乎可能会影响本文报告的工作。
M. Y. 感谢来自中国江苏省研究生研究与实践创新计划的资助(批准号。KYCX22_2803)。L.K. 感谢中国江苏高等院校自然科学研究项目(批准号:17KJB180003)、中国江苏师范大学自然科学基金项目(批准号:17XLR037)、中国江苏高等院校学术优先项目发展和中国江苏省特聘教授项目。
Name | Company | Catalog Number | Comments |
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine(DOPC) | Avanti | 850375P | |
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine (sodium salt)(DOPS) | Avanti | 840035P | |
1,4 dithiothreitol (DTT) | Sigma-Aldrich | 1.11474 | |
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (POPC) | Avanti | 850457P | |
3,5-cyclic AMP (cAMP) | Sigma-Aldrich | A9501 | |
50 mL tubes | Eppendorf | Eppendorf Tubes BioBased | |
50% hydrogen peroxide | Sigma-Aldrich | 516813 | |
Acetate | Sigma-Aldrich | A6283 | |
Agar powder | Sigma-Aldrich | 05040 | |
Alanin | Sigma-Aldrich | A4349 | |
Amicon Stirred Cells | MerckMillipore | UFSC05001 | |
Ammonium acetate (NH4OAc) | Sigma-Aldrich | A7262 | |
Arginin | Sigma-Aldrich | A4474 | |
Asparagin | Sigma-Aldrich | A0884 | |
Aspartat | Sigma-Aldrich | A5474 | |
ATP | Roche | 11140965001 | |
Atto 488 DOPE | Sigma-Aldrich | 67335 | |
Atto 647N DOPE | Sigma-Aldrich | 42247 | |
Baffled Erlenmeyer flask | Shuniu | 250 mL, 1000mL | |
Bovine Serum Albumin(BSA) | Roche | 10711454001 | |
Centrifugetube | Eppendorf | Eppendorf Tubes 3810X | |
Centrifugetube rack | Eppendorf | 0030119819 | |
Chemiluminescence and epifluorescence imaging system | Uvitec | Alliance Q9 Advanced | |
Chloroform | Sigma-Aldrich | 288306 | |
Confocal Laser Scanning Microscopy (LSM) | ZEISS | LSM 780 | |
Countess Cell Counting Chamber Slides | Thermo Fisher Scientific | C10283 | |
Coverslip | Thermo Scientific | Menzel BB02400500A113MNZ0 | |
creatine kinase (CK) | Roche | 10127566001 | |
Creatine phosphate (CP) | Sigma-Aldrich | 10621714001 | |
Culture dish | Huanqiu | 90 mm | |
Cystein | Sigma-Aldrich | C5360 | |
Cytidine 5'-triphosphate disodium salt (CTP) | aladdin | C101487 | |
Dialysis membrane | Spectrum | Standard RC Tubing MWCO: 12-14 kD | |
E.Z.N.A. Cycle Pure Kit | Omega Bio-Tek | D6492-01 | |
Electro-Heating Standing-Temperature Cultivator | Yiheng instrument | DHP-9602 | |
Ethylenediaminetetraacetic acid(EDTA) | Biosharp | 1100027 | |
Fluorescent plate reader | BioTek | Synergy 2 | |
Fluorinated oil | Suzhou CChip scientific instrument | 2%HFE7500 | |
Folinic acid | Sigma-Aldrich | 47612 | |
French Press | G.Heinemann | HTU-DIGI-Press | |
Glucose | Sigma-Aldrich | G7021 | |
Glutamat | Sigma-Aldrich | G5667 | |
Glutamin | Sigma-Aldrich | G5792 | |
Glycerol | Sigma-Aldrich | G5516 | |
Glycin | Sigma-Aldrich | G7126 | |
Guanosine 5'-triphosphate sodium salt hydrate(GTP) | Roche | 10106399001 | |
HEPES | Sigma-Aldrich | H3375 | |
HiPrep Q FF 16/10 | Cytiva | 28936543 | |
Histidin | Sigma-Aldrich | H6034 | |
Isoleucin | Sigma-Aldrich | I5281 | |
Isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) | Sigma-Aldrich | I5502 | |
K2HPO4 | Sigma-Aldrich | P8281 | |
KH2PO4 | Sigma-Aldrich | P5655 | |
Leucin | Sigma-Aldrich | L6914 | |
Lysin | Sigma-Aldrich | L5501 | |
Magnesium acetate tetrahydrate (Mg(OAc)2 ) | Sigma-Aldrich | M5661 | |
Magnesium chloride(MgCl2) | Sigma-Aldrich | M2670 | |
Methionin | Sigma-Aldrich | M8439 | |
Microcentrifuge | Eppendorf | 5424 R | |
Mineral oil | Sigma-Aldrich | M5904 | |
Mini-PROTEAN Tetra Cell Systems | Bio-Rad | 1645050 | |
Multipurpose Centrifuge | Eppendorf | 5810 R | |
NaN3 | Sigma-Aldrich | S2002 | |
Nucleic Acid & Protein UV-Assay Measurements | IMPLEN | NanoPhotometer N60 | |
NucleoBond Xtra Maxi kit for transfection-grade plasmid DNA | MACHEREY-NAGEL | 740414.5 | |
Nunc-Immuno MicroWell 96 well polystyrene plates | Sigma-Aldrich | P8616 | |
PCR Thermal Cycler | Eppendorf | Mastercycler nexus | |
Peptone | Sigma-Aldrich | 83059 | |
Phenylalanin | Sigma-Aldrich | P8740 | |
Phosphoenolpyruvat (PEP) | GLPBIO | GC44635 | |
PMSF | Sigma-Aldrich | PMSF-RO | |
Polyethylene glycol 8000 (PEG 8000) | Sigma-Aldrich | 89510 | |
Potassium Acetate(KOAc) | Sigma-Aldrich | P5708 | |
Potassium chloride(KCl) | Sigma-Aldrich | P9541 | |
Potassium glutamate (K-glutamate) | Sigma-Aldrich | G1501 | |
Potassium hydroxide(KOH) | Sigma-Aldrich | 221473 | |
Prolin | Sigma-Aldrich | P8865 | |
Pyruvate kinase (PK) | Sigma-Aldrich | P9136 | |
Serin | Sigma-Aldrich | S4311 | |
Shaker | Zhichushakers | ZQZY-AF8 | |
Sodium chloride(NaCl) | Sigma-Aldrich | S5886 | |
Sodium hydroxide(NaOH) | Sigma-Aldrich | S5881 | |
Sucrose | aladdin | S112226 | |
Sulfuric acid | Sigma-Aldrich | 339741 | |
Syringe Filters | Jinteng | 0.45 μm | |
Test tube | Shuniu | 20 mL | |
TGX FastCast Acrylamide Kit, 12% | Bio-Rad | #1610175 | |
ThermoMixer | Eppendorf | ThermoMixer C | |
Threonin | Sigma-Aldrich | T8441 | |
Tris base | Sigma-Aldrich | V900483 | |
tRNA | Roche | 10109550001 | |
Tryptone | Sigma-Aldrich | T7293 | |
Tryptophan | Sigma-Aldrich | T8941 | |
Tyrosin | Sigma-Aldrich | T8566 | |
UTP Trisodium salt (UTP) | aladdin | U100365 | |
Vacuum Pump with Circulated Water System | Zhengzhou Greatwall Scientific Industrial and Trade Co.Ltd | SHB-![]() | |
Valin | Sigma-Aldrich | V4638 | |
Vortex Mixers | Kylin-Bell | Vortex QL-861 | |
Water purification system | MerckMillipore | Direct ultrapure water (Type 1) | |
Yeast extract | Sigma-Aldrich | 70161 | |
β-mercaptoethanol | Sigma-Aldrich | 444203 |
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