Peak Calling and Annotation in SCRAP for Small Noncoding RNA: Target RNA Interaction Studies

运行 SCRAP 后，使用指示的脚本命令执行峰值调用。列出包含示例文件夹和适配器文件的目录的完整路径。然后，定义峰检出的标准，包括最小测序读长数，以及识别峰所需的不同测序文库数。

指示峰是否必须由同一家族的 sncRNA 贡献，这与共享种子序列并可与重叠基因靶标结合的 miRNA 相关。然后，指示参考目录的完整路径、MIR 碱基缩写和参考基因组缩写。高峰调用后，运行高峰注解脚本。

提供所得峰的完整路径。床从峰调用到参考目录和所需的物种进行注释。使用 samtools merge 合并所有需要的 bam 文件，以便于组合可视化。

然后，使用 samtools 排序对合并进行逐行排序。BAM 文件。为排序后编制索引。

BAM文件，生成基因组可视化工具所需的二进制SAMToS 格式索引文件。最后，在综合基因组学查看器中，打开排序。BAM 和索引。

按文件。将SCRAP的修改版本应用于先前发表的测序数据集，揭示了miRNA与内含子区域的相互作用减少。在通过与 SCRAP 的峰值调用分离高置信度相互作用后观察到减少。