由于微血管流量因毛细血管而异，并且在几秒钟的运行过程中变化，因此需要一种在整个领域连续定量流动的方法。工作人员可在数小时内对整个显微镜领域的流速进行几乎连续的测量，否则需要几个月的时间才能手动获取。尽管这些过程非常简单，但可视化演示将显著帮助新用户首次导航员工。
若要使用 TrakEM2 定义血管网络，请首先选择"文件"、"新"和"TrakEM2 空白"来设置新的空白 TrakEM2 项目，然后选择包含影片中的单个图像的新文件夹作为项目文件夹。TrakEM2 窗口将打开。右键单击主工作区，然后选择"导入"和"导入图像"。
导航到单个保存的图像并选择图像。再次在主工作区中右键单击并选择"显示"和"自动调整画布/图层集"。然后，在主工作窗口中左键单击。
图像将填满工作区。要选择图像中包含血管网络的区域，请在较小的 TrakEM2 窗口中右键单击模板"任何内容"，然后选择"添加新子级"和"区域列表"。在较小的 TrakEM2 窗口中，将模板"任何内容"拖动到项目对象（无标题项目）上。
然后将模板"任何东西"、区域列表拖到项目对象、无标题项目、"任何东西"上。在"项目对象"（无标题项目）下，"任何"区域列表现在将存在。在 Z 空间选项卡下的主 TrakEM2 窗口中，将创建一个标记为"区域列表"的条形图。
单击以选择列表。在主 TrakEM2 窗口中，选择画笔工具，然后滚动鼠标滚轮时单击 Shift，以选择小于感兴趣血管直径的画笔大小。按控件 S 保存项目。
使用画笔工具绘制血管网络，不包括任何焦点区域之外。标签完成后，在主 TrakEM2 窗口中右键单击并选择"将"导出"和"区域列表作为标签"。在弹出窗口中，选择"缩放"，100% 并导出所有区域列表。
关闭 TrakEM2 窗口并选择"是"以保存项目。"区域列表"图像将打开，并可能显示为空白的黑色图像。在主斐济菜单中，选择"图像、调整"和"亮度/对比度"。
在"亮度和对比度"窗口中，单击"自动"，"区域列表"将变为可见。在主斐济菜单中，选择"图像"、"查找表"和"反转查找表"。将黑色标签的图像保存为白色背景，作为 t-i-f 文件并关闭图像。
打开斐济的标签文件，然后选择插件、骨架和骷髅眼。然后，将骷髅眼图像保存为 t-i-f 文件。若要创建新的员工项目，请选择插件、宏和打开/创建项目，然后按照提示创建或更新配置文件。
从"打开/创建项目"菜单中导航到并选择项目目录输入文件夹和输入影片和骨架文件。输入最大测量速度、映射的最大速度、最小段长度、像素大小和帧速率的值。如果图像具有周期性的背景强度闪烁，请选中"闪烁"校正框，然后单击"确定"。调整参数以获得最佳数据可视化效果。
将"映射的最大速度"设置为包含大约 95% 的数据，以便数据在色度的全范围内映射。要分析骨架，请选择"插件、宏"和分析骨架。骨架文件将打开，兴趣区域管理器将打开并运行。
在"感兴趣区域"管理器中，单击"全部显示"和"标注"，然后单击"确定"。要选择时间间隔，请选择"插件"、"宏"和"编辑时间间隔"，然后等待宏在影片的总时间内从单个段生成 kymograph。使用"控件加号"和"减号"键根据需要增加 kymograph 的大小，并使用矩形选择工具在每个时间间隔周围绘制矩形。按 T 键或单击"添加"按钮录制时间间隔选择，然后根据需要重复选择的时间间隔数。
要评估参数选择，请选择三到四个时间间隔，并仅完成这些间隔的分析。完成时间间隔选择后，单击"确定"。将所选间隔保存在项目文件夹中时，将显示一个弹出窗口。
单击"确定"。要分析流，请选择插件、宏和分析流。"分析流量参数"对话框将打开并显示在"打开/创建项目"步骤中输入的值。如有必要，编辑这些值，然后单击"确定"。"输出文件名"对话框将打开并显示在"打开/创建项目"步骤中输入的名称。
必要时编辑这些名称，然后单击"确定"以开始流分析。当出现一个对话框，指示已分析流时，单击"确定"将分析结果存储在 CSV 电子表格文件中。要生成空间地图，请选择"插件"、"宏"和"生成空间地图"。
将打开"空间贴图参数"窗口，显示在"打开/创建项目"步骤中输入的值。必要时编辑这些值，然后单击"确定"。将生成流速空间贴图的时间序列，每种颜色指示流速。滚动每个间隔生成的一个图像堆栈，以可视化流的空间和时间变化，并保存堆栈作为 a-v-i 文件，以将文件共享为影片。
工作人员分析可生成整个显微镜领域的微血管速度的完整普查，从数秒到分钟的时间。例如，使用小鼠肝脏中微血管网络这个时间序列中的单个图像，使用生成的骨架化图像来定义微血管流的轴，从而可以识别工作人员生成的单个血管段的地图，以便随后进行流量定量。从骨架化图像生成的单个血管段中，可以生成表示随时间变化的各线段强度的 kymgraph。
骨架和用户供应时间间隔可用于将每个段的 kymgraph 分解为单独的段时间间隔。然后，工作人员从每个段时间间隔识别 kymograph 中的主要角度，并提供计算速度测量作为 CSV 数据文件。工作人员 CSV 输出可用于分析整体速度分布，以便绘制各个血管段中的速度。
并且可以可视化为彩色编码速度图图像的堆栈。请注意，来自工作人员的结果取决于图像系列的质量，以及样本稳定性、帧速率、分辨率和信噪比。工作人员速度图输出允许直观地探索空间流动模式，而工作人员 CSV 输出则能够对治疗组内和治疗组之间的流速度进行统计分析。
