Поскольку микрососудистый поток варьируется между капиллярами и изменениями в течение нескольких секунд, необходим метод непрерывной количественной оценки потока по всем полям. Персонал позволяет почти непрерывно измерять скорости потока по всем полям микроскопа, в течение нескольких часов, что в противном случае займет несколько месяцев, чтобы получить вручную. Хотя эти процедуры просты, визуальная демонстрация значительно поможет новым пользователям ориентироваться сотрудников в первый раз.
Чтобы использовать TrakEM2 для определения сосудистой сети, сначала выберите Файл, Новый и TrakEM2 Blank, чтобы настроить новый пустой проект TrakEM2, и выберите новую папку, содержащую одно изображение из фильма в качестве папки проекта. Откроются окна TrakEM2. Нажмите правой кнопкой мыши в основной рабочей области и выберите изображение импорта и импорта.
Перейдите к единственному сохраненное изображение и выберите изображение. Нажмите правой кнопкой мыши в основной рабочей области снова и выберите дисплей и автоматическое resize Canvas/LayerSet. Затем слева щелкните в главном окне работы.
Изображение заполнит рабочую зону. Чтобы выбрать области на изображении, которые содержат сосудистую сеть, в меньшем окне TrakEM2, нажмите правой кнопкой мыши на шаблоне Что-нибудь, и выберите Добавить новый список детей и районов. В меньшем окне TrakEM2 перетащите шаблон Anything на project Objects, без названия проекта.
Затем перетащите шаблон Что-нибудь, список областей, на объекты проекта, без названия проектов, что-нибудь. В рамках проекта Объекты, без названия проекта, список все области теперь будет присутствовать. В главном окне TrakEM2 под вкладкой «Космос» будет создан бар с пометкой Area List.
Нажмите, чтобы выбрать список. В главном окне TrakEM2 выберите инструмент кисти и нажмите Shift во время прокатки колеса мыши, чтобы выбрать размер кисти, который меньше диаметра васкулатуры интереса. Управление прессой S для сохранения проекта.
Используя инструмент кисти, раскрасьте сосудистую сеть, исключая любые вне фокуса регионов. Когда маркировка будет завершена, нажмите правой кнопкой мыши в главном окне TrakEM2 и выберите списки экспорта и зоны в качестве этикеток. Во всплывающем окне выберите Шкалу, 100% и экспорту всей области списка.
Закройте окна TrakEM2 и выберите Да, чтобы сохранить проект. Изображение списка областей откроется и может отображаться как пустое черное изображение. В главном меню Фиджи выберите изображение, настройку и яркость/контрастность.
В окне яркости и контрастности будет видно нажмите Auto и Список областей. В главном меню Фиджи выберите изображение, таблицы для осмотра и таблицу invert Lookup. Сохраните это изображение черных меток на белом фоне в качестве файла t-i-f и закройте изображение.
Откройте файл Этикетки на Фиджи и выберите Плагины, Скелет и Скелет Глаза. Затем сохраните изображение Skeleton Eyes в качестве файла t-i-f. Для создания нового проекта персонала выберите Plugins, Macros и Open/Create Project и следуйте подсказкам для создания или обновления файла конфигурации.
Из меню проекта Open/Create перейдите к папке "Входной файл" и файлам input File и файлу Input Movie и Skeleton. Ввесть значения для максимальной измеренной скорости, максимальной скорости, минимальной длины сегмента, размера пикселей и частоты кадров. Проверьте поле коррекции Flicker, если изображения имеют периодическое мерцание интенсивности фона и нажмите OK. Отрегулируйте параметры для наилучшей визуализации данных.
Установите максимальную скорость, чтобы включить около 95 процентов данных, так что данные отображаются по всему диапазону цветовой шкалы. Для анализа скелета выберите Plugins, Macros и Analyze Skeleton. Файл скелета откроется, и менеджер по региону интересов откроется и запустится.
В менеджере «Регион интересов» щелкните Show All and Label и нажмите OK. Чтобы выбрать интервалы времени, выберите Plugins, Macros и Edit Time Intervals и подождите, пока макрос создаст кимограф из одного сегмента в течение всего времени для фильма. Используйте клавиши Control plus and minus, чтобы увеличить размер кимографа по мере необходимости и использовать инструмент выбора Rectangle, чтобы нарисовать прямоугольник вокруг каждого промежутка времени. Нажмите клавишу T или нажмите кнопку Добавить, чтобы записать выбор интервала времени и повторить выбор столько интервалов времени, сколько пожелает.
Чтобы оценить выбор параметров, выберите три-четыре интервала времени и завершите анализ только для этих интервалов. Нажмите OK, когда выбор интервала времени был завершен. Всплывающее окно появится, когда выбранные интервалы будут сохранены в папке проекта.
Нажмите OK. Для анализа потока выберите Плагины, Макрос и Анализ потока. Диалоговая шкатулка Analyze Flow Parameters откроется и будет отображать значения, введенные в этапе Open/Create Project. При необходимости отредактировать эти значения и нажмите OK. Поле диалоговых имен выходных файлов откроется и будет отображать имена, введенные в шаге Open/Create Project.
Редактировать эти имена по мере необходимости и нажмите OK, чтобы начать анализ потока. Когда появится окно диалога, указывающее на то, что поток был проанализирован, нажмите OK, чтобы хранить результаты анализа в файлах CSV Spreadsheet. Для создания пространственных карт выберите плагины, макросы и создать пространственную карту.
Окно параметров пространственной карты откроет отображение значений, введенных в этапе Open/Create Project. Редактировать эти значения по мере необходимости и нажмите OK. Временная последовательность пространственных карт скоростей потока будет генерироваться с каждым цветом, указывающим скорость потока. Прокрутите сгенерированный стек одного изображения на интервал, чтобы визуализировать пространственные и временные изменения потока и сохранить стек в качестве файла a-v-i, чтобы поделиться файлом как фильмом.
Анализ персонала генерирует полную перепись микрососудистых скоростей во всех областях микроскопа, в течение периодов времени, от нескольких секунд до минут. Например, используя одно изображение в этой серии времени микрососудистой сети в печени мыши, сгенерированное скелетизированное изображение было использовано для определения оси микрососудистого потока, что позволило идентифицировать созданную персоналом карту отдельных сосудистых сегментов для последующей количественной оценки потока. Из отдельных сосудистых сегментов, генерируемых из скелетизированного изображения, можно сгенерировать кимографы, представляющие интенсивность вдоль каждого сегмента линии с течением времени.
Интервалы времени скелета и пользовательских поставок могут быть использованы для разрыва кимографа каждого сегмента на отдельные интервалы времени сегмента. Затем персонал определяет преобладающий угол в кимографе из каждого интервала времени сегмента и предоставляет расчетные измерения скорости в качестве файлов данных CSV. Выход CSV персонала может быть использован для анализа общего распределения скорости, чтобы со временем обеспечить построение скорости в отдельных сосудистых сегментах.
И может быть визуализирована как стопки цветных изображений карты скорости. Обратите внимание, что результаты, которые пришли от персонала зависит от качества серии изображений, в отношении стабильности выборки, частота кадров, разрешение, и соотношение сигнала к шуму. Выходы карты скорости персонала позволяют интуитивно изутовить структуру пространственного потока, в то время как результаты CSV персонала позволяют статистический анализ скоростей потока, как внутри, так и между группами обработки.
