福尔马林固定的石蜡包埋或FFPE组织通常是肿瘤和非肿瘤材料的混合物，其中非肿瘤物质的存在通常是不需要的，并且如果以高比例存在，可以显着影响基因组分析的结果，因此与处理未切除组织相比，宏观解剖的主要优点是可以收集所得的去链化切除组织切片用于RNA和DNA提取， 然后可以放心地将其用于下游基因组分析。知道提取的材料来自肿瘤含量增强的组织，污染非肿瘤组织的贡献最小。该过程的多步骤工作流程将由李·威斯纳先生，布兰登·拉森博士和我本人演示 在准备组织切片时，将石蜡块在冰水中预浸泡10至15分钟。
冷却块会使蜡变硬，而水会使组织湿润，这共同使切割组织更容易。当块在冰上时，请适当地标记显微镜载玻片。将水浴填充并加热至39摄氏度，并将切片机设置为所需的切割厚度。
小心地将刀片装入切片机上。将刀片锁定到位并放置安全防护装置，直到您准备好开始切割块。当安全防护装置就位时，将FFPE块插入切片机卡盘中。
首先，慢慢地切块，直到获得完整的面部分。这称为面向块。一旦实现这一点，块就可以更快地在截面中获得截面的带状物。
切割后，将组织切片的带状物转移到温水浴中。使用镊子将单个组织切片从丝带中分离出来。为此，请将闭合的弯曲镊子的背面放在两个部分之间的接缝处，并让镊子轻轻打开以分隔部分。
在显微镜载玻片上收集分离的组织切片。为避免捕获气泡，请将显微镜载玻片以一定角度插入水中。轻轻摇动载玻片以除去多余的水分，然后放在架子上风干。
干燥后，选择至少一个新鲜切割的组织切片进行苏木精和曙红染色，也称为H和E.一旦染色，提交H和E载玻片进行病理学检查。在病理学检查期间，专家病理学家检查H和E染色载玻片，以确定感兴趣的组织位于每个组织中的位置。病理学家首先检查整个组织，以确定感兴趣的组织位于组织中的位置。
一旦初始组织学和形态学检查完成，病理学家使用载玻片标记笔对每张H和E染色的载玻片进行注释。使用标记，病理学家在感兴趣的组织周围画一个圆圈，排除不感兴趣的组织。然后对项目中的所有H和E染色载玻片重复此审查过程。
设置宏观解剖工作台工作空间，允许按顺序高效处理每个样品。对于每个样品，病理学检查的H和E，相应的未染色载玻片安装的组织切片，以及含有用于组织收集的消化缓冲液的预标记微管。将未染色的滑轨装入机架，然后进入通风橱进行脱蜡。
将载玻片浸入未稀释的 D-柠檬烯或 CitriSolv 的两次连续洗涤中，然后最终在 100% 乙醇中洗涤两分钟，每次洗涤，使载玻片脱蜡。每次洗涤开始时，轻轻搅拌洗涤约5至10秒。为了尽量减少洗涤之间的残留物，让载玻片短暂沥干，然后将架子轻拍在纸巾上。
经过三次洗涤后，组织现在在显微镜载玻片上非常明显。让载玻片风干 10 分钟。干燥后，然后将H和E面朝下放置在工作台上，将脱蜡组织置于顶部，也朝下，将脱蜡组织与H和E对齐。
将现在标记的未染色载玻片浸入3%甘油溶液中，以尽量减少静电并帮助组织收集。慢慢取出浸渍的载玻片，以尽量减少附着在浸渍载玻片上的甘油溶液的量。取出后，擦拭载玻片的背面和载玻片正面的任何无组织区域，以除去多余的甘油。
接下来，使用干净的刀片，用刀片追踪病理标记，以断开感兴趣的组织与其余组织之间的连接。请注意，此步骤可以在甘油浸渍之前完成，特别是如果病理标记很复杂，因为切割干燥组织可能更容易，并且还可以最大限度地降低组织拖曳的风险。病理学标记外的组织不感兴趣。
使用刀片的平边去除这些，确保刀片的角落钩住病理标记的外部。一旦不需要的组织被移除，就使用新的刀片来收集感兴趣的组织。然后使用木棍的平端将收集的组织从刀片中取出，然后转移到带有消化缓冲液的预先标记的微管中，从而完成宏观解剖介导的肿瘤组织富集，现在已准备好进行核酸提取。
为了证明宏观解剖如何影响下游基因组分析，对五个弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的组织切片进行了宏观解剖或非宏观解剖。对收集的组织进行核酸提取，并使用DLBCL90数字基因表达谱分析法检查所得RNA，也称为双打签名测定。DLBCL由三种不同的分子亚型组成，即GCB，ABC及其表示未分类的中间亚型，可以使用DLBCL90测定法测定。
该测定还能够鉴定具有涉及BCL2基因的双重易位的DLBCL肿瘤。DLBCL 90 结果显示于此表中。宏观解剖样品运行两次。
一次使用其RNA储液浓度，一次使用稀释的RNA储液以匹配其各自非宏观解剖对应物的浓度。结果表明，宏观解剖导致五个样本中的三个样本的亚型或双击呼叫变化。样品A的宏观解剖对亚型调用没有影响，但将双重打击调用从阴性更改为未分类，并且无论宏观解剖的样品RNA输入如何，都观察到这种变化。
相反，样品C的宏观解剖对双重打击调用没有影响，但将亚型调用从GCB更改为未分类，无论宏观解剖的样品RNA输入如何，也观察到这一点。与样本A类似，样本E的宏观剖析对子类型调用没有影响，但改变了双击调用。然而，对于样品E，调用从未分类变为阴性，并且无论宏观解剖的样品RNA输入如何，都再次这样做。
值得注意的是，这种呼叫更改为双击阴性具有生物学意义，因为发现样本E是ABC，并且据报道仅在GCB肿瘤中观察到涉及BCL2的双击易位。总之，这些结果强调了肿瘤纯度和基因组测定以及宏观解剖作为实现这一目标的可靠工具的重要性。观看此视频后，您应该更好地了解什么是宏观解剖，病理检查的重要性以及通过将宏观解剖纳入组织处理工作流程而获得的研究益处。
