化学制图方法研究锥虫感染

该协议可用于构建代谢物和寄生虫分布的3D模型。这有助于了解局部组织代谢扰动、寄生虫分布和临床疾病症状之间的关系。该方法的主要优点是它能够实时大规模地绘制代谢物分布与病原体分布及其统计分析。

从理论上讲，化学制图可以通过直接检查负责发病机制和治疗效果的代谢物来探索疾病的发展和对宿主的影响。首先称重并标记试管。系统地切除组织，每管一段。

称量含有组织样品的试管以确定样品重量并记录重量。为了对组织样品进行水基均质化，将一个五毫米不锈钢珠加入到含有组织样品的两毫升微量离心管中。制作一个含有LCMS级水的空白管。

通过加入冷藏的LCMS级水，将体积组成每50毫克样品500微升，然后将样品在25赫兹下匀浆三分钟。样品应彻底匀浆。收集均质体积的1/10，用于DNA提取和其他分析。

将冰冷LCMS级甲醇加入四微摩尔磺胺氯吡嗪到匀浆中。在25赫兹的组织均质机中均质样品3分钟，然后离心10分钟。将等体积的上清液收集到96孔板中，并在收集上清液时将固体残留物保持在冰上。

使用最大速度完全干燥水提取上清液，无需加热。通过每50毫克固体残留样品加入1， 000微升预冷的二氯甲烷甲醇加注两微摩尔磺胺氯吡啶嗪进行有机提取。在25赫兹下匀浆样品5分钟，然后离心10分钟。

将等体积的上清液收集到96孔板中。拍摄感兴趣的器官的照片。单击“文件”，然后单击 SketchUp 软件中的“导入”以导入感兴趣器官的图片。

单击线条工具，然后选择手绘选项。使用铅笔工具跟踪和绘制感兴趣器官的轮廓。选择推/拉工具，然后在着色区域上向上拉，将绘图从 2D 转换为 3D。

通过单击“文件导出”，然后单击“3D模型”以 dae 格式导出文件。要提高模型的真实感，请将模型导入 MeshLab 软件，方法是选择“文件”，然后单击“导入网格”。在顶部菜单中选择“线框”，然后选择“滤镜”，单击“重新划分简化和重建”，然后单击“细分曲面中点”。

将所有值保留为默认值，然后选择“应用”两次。以 sdl 格式导出模型，方法是依次单击“文件”、“将网格体导出为”，然后在文件类型下拉菜单中选择“SDL 文件格式”。保存此内容，然后在下一个弹出菜单中选择“确定”。

打开 Meshmixer 软件并导入在上一步生成的 sdl 文件。使用雕刻，画笔，龙雕，画笔，充气工具拉出需要圆润的模型表面。一旦模型具有所需的外观，请将其保存为sdl格式，方法是单击“文件”和“导出”。

根据需要命名文件，选择 SDL 二进制格式并保存。在 MeshLab 软件中打开 3D 模型。在打开处理后弹出窗口中单击确定。

通过选择拾取点工具获取每个采样点的 X、Y 和 Z 坐标，然后在 3D 模型曲面上以有规律间隔的间隔单击鼠标右键。选择所有所需的坐标后，单击表单弹出窗口中最上面的“保存”按钮。在电子表格软件中，打开在上一步中生成的 pp 文件。

通过单击“数据文本到列”，然后单击“分隔”来调整数据显示。单击“下一步”，然后选择“空间”，然后单击“完成”。重新设置格式，以便只有数值保留在电子表格单元格中，方法是选择“主页查找”和“选择替换”。

在“查找内容”框中，输入“Y 相等涂层”，并将替换框留空。单击“全部替换”，然后单击“确定”。对于 X 相等的涂层和 Z 相等的涂层，以及大于的涂层斜线，重复上述步骤。在电子表格软件表格中，行对应于每个位置，列对应于数据。

将适当的元数据和代谢物特征丰度粘贴到后续电子表格列中。在半径列中，输入要在模型上可视化的采样点的所需大小。根据经验确定半径的值，并以 CSV 格式保存文件。

导航到 ELI 绘图软件，选择“表面”，然后将创建的 3D 模型拖放到浏览器窗口中。将创建的要素表拖放到同一浏览器窗口中。使用右下角的图例将所需的数据列投影到 3D 模型上。

连续选择每个数据列以评估该代谢物特征在3D模型上的分布。此分析生成了包含 5， 502 个要素的表及其 3D 可视化效果。这种方法能够可视化单个动物在高寄生虫负荷位点的高代谢物特征，在组织区域之间具有不同分布的代谢物特征，以及在小肠和大肠中以相当水平发现的代谢物特征。

重要的是要记住只使用LCMS溶剂，并收集所有相邻组织并提取所有收集样品的代谢物，以避免空间图中的间隙。该技术可用于探索锥虫寄生虫组织定植的营养需求，通过比较感染时的3D代谢物分布图来了解疾病发病机制。