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Zeitliche und räumliche Genexpressionsanalysen spielen eine entscheidende Rolle in der funktionellen Genomik. Whole-mount-Hybridisierung In-situ- Ist nützlich für die Bestimmung der Lokalisierung von Transkripten in Geweben und subzellulären Kompartimenten. Hier beschreiben wir eine Hybridisierung In-situ- Protokoll mit Modifikationen für spezifische Zielgewebe in Mücken.
Insektenstiche können für eine vielfältige Reihe von Erregern einschließlich Arboviren, Protozoen und Nematoden. Untersuchung der Transkripte und Genregulatoren, die in Geweben, in denen die Mücke Wirt und Pathogen zu interagieren und in Organen der Fortpflanzung beteiligt sind von großem Interesse für Strategien, um durch Moskitos übertragene Krankheit Übertragung zu verringern und zu stören Ei Entwicklung zum Ausdruck kommen. Eine Reihe von Tools wurden eingesetzt, um Untersuchung und Bestätigung der zeitliche und Gewebe-spezifische Regulation der Genexpression. Hier beschreiben wir Protokolle, die entwickelt wurden, um räumliche Informationen, die unser Verständnis von denen spezifische Gene exprimiert werden und reichern ihre Produkte verstärkt zu erhalten. Die beschriebenen Protokoll wurde verwendet, um die Expression zu verifizieren und festzustellen Akkumulation Muster der Expression in Geweben im Zusammenhang mit Mücken übertragene Erregerübertragung, wie weibliche Speicheldrüsen sowie subzellulären Kompartimenten der Ovarien und Embryonen, die neuspät, um Moskito Fortpflanzung und Entwicklung.
Die folgenden Verfahren stellen eine optimierte Methodik, die die Effizienz der verschiedenen Schritte in dem Protokoll verbessert, ohne Verlust der Ziel-spezifischen Hybridisierungssignale. Richtlinien für die RNA-Sonde der Aufbereitung werden die Dissektion der Weichteile und der allgemeinen Vorschrift zur Fixierung und Hybridisierung in Teil A beschrieben, während die spezifischen Schritte für die Gewinnung, Fixierung, Pre-Hybridisierung und Hybridisierung von Embryonen Mücke in Teil B sind detailliert
A. in situ Hybridisierung für Weichteilgewebe: die Speicheldrüse der Mücke und der Eierstöcke
Rezepte für Lösungen und Puffer für die folgende Arbeitsschritte erforderlich sind in Tabelle 1 dargestellt.
1. RNA-Sonde Vorbereitung und Qualitätsanalyse
2. Dissektion der Speicheldrüse der Mücke und der Eierstöcke
3. Fixierung
4. Hybridisierung
5. RNAse A-Behandlung
6. Antikörperinkubation
7. Alkalische Phosphatase Färbung
8. Glycerin Montage
B. in situ Hybridisierung für Mosquito Embryonen
Lösungen und Puffer für die Hybridisierung in situ für Moskito Embryonen benötigt werden beschrieben (Tabelle 1). Fixierung und Hybridisierung hier vorgestellten Verfahren wurden von thos geändert wordene erste bekannt für Anopheles gambiae, 5,6 Aedes aegypti und Culex quinquefasciatus 7. 8
1. Embryo-Entnahme
2. Dechorionation, Fixierung und Endochoriauf Störung
3. Peeling
4. Klärung von Yolk
5. Fixierung und Hybridisierung in situ
Fixierung und Hybridisierung in situ Verfahren sind identisch mit denen in Abschnitt A beschriebenen Protokoll
C. repräsentative Ergebnisse
Die Hybridisierung in situ hier beschriebene Protokoll, führt farbigen Färbungsmuster, die Anwesenheit und Lokalisierung des gezielten mRNA zeigt. Es ist wichtig zu betonen, dass das relative Niveau der Transkriptanreicherung nicht durch Hybridisierung in situ zu bestimmen. Hybridisierung Ergebnisse sind abhängig von der spezifischen mRNA-Sonde für die Hybridisierung verwendet Verfahren, die Häufigkeit der Ziel-mRNA in der hybridisierten Gewebe, wie auch durch die Konzentration und Hybridisierungstemperatur. Vergleich von Geweben mit Antisense-hybridisiert und entsprechenden Sense-mRNA-Sonden ermöglichen die genaue Interpretation der Färbungsmuster.
Hybridisierung in situ von whole-mount Speicheldrüsen der weiblichen Aedes aegypti mit mRNA-Sonden, dass Ziel amylase1 (AAEL006719), D7s2 (AAEL006423) und D7L2 (AAEL006424) Akkumulation dieser Transkripte in proximal-lateral, distal-lateral zeigen, und distal- lateralen / medialen Lappen (Abbildung 8). 1 whole-mount Eierstöcke von drei Mückenarten wurden mit mRNA-Sonden, die spezifisch auf die jeweiligen orthologen Transkripte von Oskar (Abbildung 9) hybridisiert. 7,8 Hybridisierung in situ von whole-mount Embryonen von Ae. aegypti, ein. gambiae und Cx. quinquefasciatus wurde unter Verwendung von Antisense-RNA-Sonden gezielt die jeweiligen Moskito Oskar orthologen Transkripte (Abbildung 10). 7,8
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Abbildung 1. Schematische Darstellung der Post-Hybridisierung Montage-Set-up.
Abbildung 2. Vorbereitung der Probe während Kimwipe Mopp verwendet Montage. Ein Kimwipe Gewebe fest mit einem spitzen Mopp, um überschüssiges Eindeckmedium aus den Proben und Rutsche absorbieren produzieren verdreht.
Abbildung 3. Schematische Darstellung der Saatilene Mesh dechorionation Klinke Rohr. A) Der Boden eines 50 ml konischen Röhrchen Polystyrol wird eine hohle Röhre 4,5 cm in der Länge, an beiden Enden offen zu ergeben geschnitten. Eine kreisförmige Öffnung aus dem konischen Rohr Deckel zu ermöglichen, dass Flüssigkeit durch eine 6,5 cm 2 quadratischen Stück Saatilene Mesh gewaschen werden geschnitten. Die 330 Fäden pro Zoll, behält 34 Mikron Durchmesser Gewinde Maschensieb die Mücke Embryonen. B) Assembled fangen Rohr.
4. Aedes aegypti und Anopheles gambiae Eier, vor und nach dechorionation. A) Aedes aegypti Eier vor dechorionation. Die netzartige exochorion liegt oberhalb des schwarzen endochorion und gibt dem Ei eine strukturierte Aussehen (Einschub Erweiterung). Nach dem Entfernen des exochorion, bleibt nur der glatte und polierte endochorion (B-und Einschub-Erweiterung). C) Eier von Anopheles gambiae vor dechorionation. Exochorion Strukturen wie Schwimmer sind sichtbar (Pfeile). D) Die glatte und polierte Oberfläche des endochorion ist sichtbar nach dechorionation. Bar = 100 um.
Abbildung 5. Eine Reihe von aufeinander folgenden Schritten zur Fixierung und endochorion Unterbrechung der Ae. aegypti Eier. A) Slanted-Frontalansichtund B) lateral-Blick auf Szintillationsgefäße mit Ae. aegypti Eier während der aufeinanderfolgenden Schritte Fixierung und endochorion Störung. 1) Die Embryonen in destilliertem Wasser. 2) Die Embryonen schweben in der Interphase zwischen der oberen Heptan-Phase und die untere wässrige Phase. 3) Nach der Fixierung die Embryonen packen zusammen in einer runden Masse. Embryonen bleiben in der Interphase zwischen Heptan und Fixierlösung Phasen. 4) Nach der Behandlung mit kochendem Wasser und Inkubation auf Eis, wird die Heptan-Phase leicht trübe. 5) Die Embryonen mit einer gestörten endochorions sind in der Interphase zwischen einem opaken und transparenten Heptanphase Methanol-Phase gezeigt.
Abbildung 6. Endochorion Unterbrechung der festen Ae. aegypti Eier. A) unmittelbar nach energetischer Verwirbelung Heptan und Methanol Phasen kann die Bildung von Blasen und die Störung des endochorion visualisiert werden. B) following fünf Minuten Inkubation bei Raumtemperatur.
Abbildung 7. Mosquito Eier nach Unterbrechung und Entfernung des endochorion. Eier von Ae. aegypti (A), ein. gambiae (B) und Cx. quinquefasciatus (C) folgende Fixierung und Störung des endochorion. Weiß, durchscheinend Embryonen können innerhalb des gerissenen endochorion gesehen werden. Nach dem Entfernen des endochorion die transluzenten Embryonen von Ae. aegypti (D), ein. gambiae (E) und Cx. quinquefasciatus (F) sind deutlich sichtbar. Bar = 100 um.
8. In situ Hybridisierungen für drei Gene in verschiedenen Lappen der whole-mount, weiblich Ae ausgedrückt. aegypti Speicheldrüsen. Die Färbung ist ein Hinweis auf Lokalisation und Akkumulation von amylase1 (AAE L006719) (A), D7s2 (AAEL006423) (B) und D7L2 (AAEL006424) (B). Bar = 100 um.
Abbildung 9. In-situ-Hybridisierung für Moskito Oskar Antisense-RNA-Sonden, um whole-mount Moskito Eizellen und Nährzellen. Stadium IV Oozyten (OOC) aus Eierstöcken von Ein seziert. gambiae (A), Ae. aegypti (B) und Cx. quinquefasciatus (C) und mit RNA-Sonden Targeting jeweiligen Moskito oskar mRNAs hybridisiert. Primärfollikel orientieren sich mit vorderen auf der linken Seite. Die Färbung am hinteren Pol (blaue Pfeilspitze) zeigen Oskar mRNAs angesammelt. Sekundäre (f2) und tertiäre (F3) Follikel werden gezeigt und Färbung (schwarz Pfeilspitze) zeigen Anhäufung von oskar mRNA im Zytoplasma Krankenschwester (NCC). Die Färbung wird von der Krankenschwester Zellkerne (NCN) ausgeschlossen. Bar = 50 um.
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Abbildung 10. In-situ-Hybridisierung für Moskito Oskar Antisense-RNA-Sonden, um whole-mount Moskito Embryonen. Embryonen sind ausgerichtet auf der linken vorderen. Cellular Blastodermstadium Embryonen der. gambiae (A) und Cx. quinquefasciatus (C) mit jeweiligen Mückenarten-spezifischen oskar RNA-Sonden hybridisiert. B) Ein Syncytial Blastodermstadium Ae. aegypti Embryo mit RNA-Sonden hybridisiert Targeting Ae. aegypti oskar Transkripts. Die Färbung ist in den hinteren Pol Zellen aller Embryonen erkennbar, was darauf hinweist Lokalisation und Akkumulation von Moskito oskar mRNA in diesen Zellen. Bar = 50 um.
Tabelle 1. Lösungen und Puffer für Formaldehyd-Gelelektrophorese, Fixierung und Hybridisierung in situ.
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Tabelle 2. Entwicklungsbiologie Ereignisse und morphologische Beobachtungen entsprechend aufeinander folgenden Stufen während der Embryogenese Mücke.
Tabelle 3. Zusammenfassung der wesentlichen Unterschiede in der Vor-Hybridisierung Schritte für verschiedene Gewebearten.
Die Hybridisierung in situ und kolorimetrischen Färbeprotokoll präsentiert hier für whole-mount Moskito Gewebe und Embryonen ist eine nützliche Technik für die Lokalisierung von spezifischen Transkripte in Organen und Zelltypen. Diese Verfahren sind eine Verbesserung gegenüber den bereits zuvor gemeldeten Methoden, die beide bei der Straffung umfangreiche Waschschritte und zusätzliche technische Details und Reagenz Quellen.
Nach unserer Erfahrung ist kolorimetrischen Nachweis der Hybridisierungssignale überlegen in der Empfindlichkeit und Klarheit der Hybridisierung Signal im Vergleich zu Fluoreszenz-basierte Erkennung Systeme. Außerdem kolorimetrischen Nachweis umgeht Probleme mit Signal Diskriminierung in Embryonen, die von Natur aus Auto-Fluoreszenz assoziiert sind. Einschränkungen bei der Aufdeckung von Hybridisierungssignale auftreten, wenn Low-Transkripte Fülle ausgerichtet sind und Hintergrundfärbung ist evident. Eine Erhöhung der Hybridisierungstemperatur auf 65 ° C wurde gefunden, zurück zu verringernBoden Hybridisierungssignale, ist aber nicht eine vorgeschlagene Ersatz für die Planung von einzigartigen Ziel-spezifischen RNA-Sonden.
Dieses Protokoll wurde verwendet, um in situ Hybridisierung von Gesamt-Halterung Speicheldrüsen von Aedes aegypti und der Eierstöcke und Embryonen von Anopheles gambiae, Anopheles stephensi, Ae durchzuführen. aegypti und Culex quinquefasciatus. Dieses Verfahren ist auch auf andere Gewebe Moskitos, und vermutlich auch von anderen Insekten. Zusätzlich haben wir zum ersten Mal vergleichenden Leitlinien für die Inszenierung der embryonalen Entwicklung in drei Vektor-Mücken, Ae zusammengestellt. aegypti, ein. gambiae und Cx. fatigans. Die Beobachtungen wurden für spezifische Stämme von diesen drei Arten, unter diskret Haltungsbedingungen berichtet worden. Es ist wichtig zu beachten, dass die Entwicklungszeit natürlich können verschiedene Stämme von Stechmückenarten und unter verschiedenen Haltungsbedingungen variieren. In situ Hybridisierungen Ergänzung der laufenden Bemühungen um die analysieren die Transkriptome Mücken und anderen Arthropoden, und kann ein besseres Bild von der Regulation der Genexpression in diesen Organismen bieten.
Die Autoren haben keinerlei Angaben.
Die Autoren bedanken sich bei Marika Walters für Beratung bei der Entwicklung von in-situ-Hybridisierung danken Methoden für Weichteile und Yury Goltsev für die Diskussion von Protokollen für die Hybridisierung in situ von Anopheles gambiae Embryonen, die anschließend angepasst und wurden modifiziert, um die hier beschriebene Protokoll für die Hybridisierung in Entwicklung situ von Aedes und Culex Embryonen. Wir erkennen auch hilfreiche Empfehlungen von Adam Paré und David Kosman gegeben. Wir bedanken uns bei Osvaldo Marinotti für wissenschaftliche Diskussion und Bearbeitung der Text-Protokoll.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Name des Reagenzes | Firma | Katalog-Nummer | Kommentare (optional) |
0,5 M EDTA | Ambion | AM9261 | |
1 M Tris-HCl | Ambion | AM9855G | pH 8,0 |
10X PBS | Ambion | AM9625 | |
20X SSC | Ambion | AM9763 | |
1,5 ml Mikrozentrifugenröhrchen | Ambion | AM12400 | Weniger undurchsichtig als herkömmliche Röhren; Hilfsmittel bei der Visualisierung von Proben |
Deionisiertem Formamid | Ambion | AM9342 | Lagerung bei 4 ° C |
DEPC-Wasser | Ambion | AM9932 | |
Proteinase K | Ambion | AM2546 | |
5,25% Natriumhypochlorit | Austins | A-1 Marke | |
T3-RNA-Polymerase-Plus | Ambion | AM2733 | Lagerung bei -20 ° C |
T7-RNA-Polymerase | Ambion | AM2082 | Lagerung bei -20 ° C |
95% Ethanol | Fisher Scientific | AC61511-0040 | |
Fisherbrand Einweg-Polyethylen Transferpipetten | Fisher Scientific | 13 bis 711-7M | |
37% Formaldehyd | Fisher Scientific | F79-500 | |
HPLC-Methanol | Fisher Scientific | A452-1 | |
Magnesiumchlorid | Fisher Scientific | M87-500 | |
Mikroskop Deckglas | Fisher Scientific | 12-542A | 18 x18 mm |
N-Heptan | Fisher Scientific | H350-1 | |
P-Xylol | Fisher Scientific | O5082-500 | |
Pyrex-9-und Tüpfelplatte | Fisher Scientific | 13-748b | 100x85 mm |
Kochsalz | Fisher Scientific | AC32730-0025 | |
Natriumhydroxid | Fisher Scientific | SS255-1 | |
Superfrost / Plus Objektträger | Fisher Scientific | 12-550-15 | 25x75x1.0 mm |
Davlyn Red Clear-Liner Toupee Tape | Hair Direct | RED-75R12 | Poly / Haut-Basismaterial in 0,75 x 12 m Klebebandrolle |
TOPOTA Cloning Kit für Sequening mit One Shot Top10 chemisch-kompetente E. coli | Invitrogen | K457501 K457540 | 20 Reaktionen 40 Reaktionen |
Beschallte Lachssperma-DNA | Invitrogen | 15632-011 | Lagerung bei -20 ° C |
Anti-Digoxigenin-AP Fab-Fragmente | Roche Applied Science | 1093274 | Lagerung bei 4 ° C |
DIG RNA Labeling Mix | Roche Applied Science | 1277073 | Lagerung bei -20 ° C |
NBT / BCIP-Stammlösung | Roche Applied Science | 1681451 | Lagerung bei 4 ° C |
Western Blocking Reagent | Roche Applied Science | 11921673001 | Lagerung bei 4 ° C |
Saatilene Hitech Polyester-Mesh (330,130) | Saati Drucken | 330,34 UO PW | 330 Fäden / inch, 34 Mikron Gewindedurchmesser, Farbe orange |
Glycerin | Sigma | G6279-1 | 70% in PBT |
Heparin-Natrium-Salz | Sigma | H3393 | |
Tween 20 | Sigma | P1379-500 | |
37% Formaldehyd | Ted Pella | 18508 | 10 ml-Portionen in Ampullen Bernstein |
16 Unzen Solo Papier Behälter mit Deckel | Das Paper Company | SOLOKH16AJ8000 | |
Borosilikatglas scintillatIonen-Flasche mit Schraubverschluss ungebunden | VWR International | 66022-128 | 20 ml Fall von 500 |
Sealed Air Luftpolsterfolie celluar Polstermaterial | VWR International | 500018-081 | 10-Fuß-/ Rolle 0,188 Zoll dick |
Hühnerserum | Vollblut wurde entweder vom Flügel Vene oder durch Herzpunktion aus einer juvenilen Hühnern gesammelt. Das Blut wurde bei 37 ° C für 1 h bis koaguliert und dann auf Eis für 30 min inkubiert angeordnet. Das Serum wurde gesammelt und bei 3000 × g für 10 Minuten zentrifugiert. Der resultierende Überstand (geklärte Serum) wurde gesammelt und bei -20 ° C bis zur Verwendung. |
Tabelle 4. Tabelle Reagenzien und Ausrüstung für die in situ Hybridisierung.
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