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시간적 및 공간적 유전자 발현 분석은 기능 유전체학에 중요한 역할을합니다. 전체 마운트 하이브리드화 현장에서 조직 및 subcellular 구획 내에서 성적의 지방화를 결정하는 데 유용합니다. 여기 하이브 리다이 제이션을 설명 현장에서 프로토콜.
모기 arboviruses, protozoan 기생충 및 nematodes 포함한 병원균의 다양한 집합에 대한 벡터입니다. 재생에 관련된 모기 호스트와 병원체 상호 작용, 그리고 장기에이 모기 질병일 전송을 줄이고 달걀 개발을 중단하는 전략에 대해 큰 관심되는 티슈로 표현되는 성적 증명서 및 유전자 규제 당국의 조사. 도구의 숫자는 유전자 발현의 시간적 및 조직 관련 규정을 연구하고 검증 고용되었습니다. 여기서는 특정 유전자가 표현하고 그들의 제품이 축적되는 곳이 우리의 이해를 향상시켜 공간적 정보를 얻기 위해 개발되었습니다 프로토콜을 설명합니다. 설명한 프로토콜은 다시하는 표현을 확인하고 이러한 여성 침샘뿐만 아니라 난소와 배아의 subcellular 구획 등 모기 매개로 병원체 전송에 관련된 조직에 성적 축적 패턴을 결정하는 데 사용되었습니다모기 복제 및 개발에 늦었어.
다음 절차는 대상 특정 하이브리드화 신호의 손실없이 프로토콜의 여러 단계의 효율성을 향상 최적화된 방법론을 나타냅니다. 수집, 고정, 사전 하이브리드화 및 모기 배아의 하이브 리다이 제이션을위한 구체적인 단계는 부품 B.에 상세히하는 동안 RNA 프로브 준비에 대한 지침은 부드러운 조직 및 고정과 하이브 리다이 제이션을위한 일반적인 절차의 해부는 부분에 설명되어 있습니다
부드러운 티슈에 대한 원래의 장소에 답변 하이브리드화 : 모기 침샘과 난소
다음 절차에 필요한 솔루션과 버퍼를위한 조리법은 표 1에 요약되어 있습니다.
1. RNA 프로브 준비 및 품질 분석
2. 모기 침샘과 난소의 해부
3. 응시
4. 이종 교잡
5. RNAse 치료
6. 항체 보육
7. 알칼리 인산 분해 효소의 염색법
8. 글리세롤은 마운트
모기 배아의 현장에서 바실러스 하이브리드화
모기 배아의 현장에서 하이브 리다이 제이션에 필요한 솔루션 및 버퍼는 (표 1)에 설명되어 있습니다. 여기에 제시된 고정 및 하이브리드화 절차 도스에서 수정되었습니다전자 먼저 아노 펠 레스 gambiae, 5,6 Aedes aegypti 7 Culex quinquefasciatus에 대해 보고된 8.
1. 배아 컬렉션
2. Dechorionation, 고정 및 Endochori장애에 대한
3. 필링
4. 노른자의 해명
5. 원래의 장소에 고정 및 하이브리드화
원위치 절차에 고정과 하이브리드화 프로토콜이 섹션 A에서 설명된 것과 동일합니다
C. 대표 결과
원위치 프로토콜의 하이브리드화, 여기서 존재하는 타겟 mRNA의 지방화를 나타내는 색깔 염색법 패턴의 결과를 설명했다. 그것은 성적의 풍요의 상대적인 수준을 원래의 장소에 하이브 리다이 제이션에 의해 결정될 수 없다는 것을 강조하는 것이 중요합니다. 하이브 리다이 제이션 결과 하이브 리다이 제이션 절차에 사용되는 특정 mRNA 프로브, hybridized 조직의 표적 mRNA뿐만 아니라, 프로브 농도와 하이브리드화 온도의 풍부에 의존합니다. 조직의 비교는 안티 센스와 hybridized 및 해당 감각 mRNA 프로브는 염색법 패턴의 정확한 해석이 가능합니다.
대상 amylase1 (AAEL006719), D7s2 (AAEL006423) 및 D7L2 (AAEL006424)는 근위-가로, 말초-측면에서 이러한 성적 증명서 축적을 나타내는 것이 mRNA 프로브와 암컷 Aedes aegypti 전체 마운트 침샘의 현장에서 하이브 리다이 제이션, 그리고 말초- 각각 가로 / 중간 엽 (叶), (그림 8). 세 모기 종 1 전체 마운트 난소는 특히 오스카의 각 orthologous 녹취록 (그림 9)를 대상으로 mRNA 프로브에 hybridized되었다. 7,8 하이브 리다이 제이션은 전체 마운트 배아의 현장에서 애니다. aegypti,. gambiae 및 CX. quinquefasciatus은 각 모기 오스카 orthologous 성적 증명서 (그림 10)을 대상으로 안티 센스 RNA 프로브를 사용하여 수행되었다. 7,8
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1 그림. 이후 하이브 리다이 제이션의 개략도는 설정 장착.
그림 2. Kimwipe 걸레의 준비 장착 샘플 중에 사용. Kimwipe 조직은 샘플 및 슬라이드에서 초과 장착 매체를 흡수하는 미세 스쳐지나 걸레를 생성하기 위해 긴밀하게 왜곡하고 있습니다.
그림 3. Saatilene 메쉬 dechorionation 캐치 관의 개략도.) 50 ML의 폴리스티렌 원뿔 튜브의 아래쪽은 양쪽 길이 4.5 cm, 오픈 속이 빈 튜브를 양보하기 위해 차단됩니다. 원형 개구부는 Saatilene 메쉬의 6.5 cm 두 사각형 조각을 통해 세탁하는 액체 허용하는 원뿔 튜브 뚜껑 밖으로 절단된다. 인치 당 330 스레드, 34 마이크론 직경 스레드 메쉬 화면 모기 배아를 보유합니다. B) 엉덩이튜브를 잡아 embled.
4. Aedes aegypti과 아노 펠 레스 gambiae 달걀, dechorionation 전후.) Aedes aegypti 달걀 전에 dechorionation에 그림. 메쉬 같은 exochorion는 검은색 endochorion 위에 놓여와 계란에게 질감 모양 (삽입된 페이지 확대)를 제공합니다. exochorion을 제거 후, 전용 부드럽고 광택 endochorion은 (B 및 삽입된 페이지 확대) 남아 있습니다. C) dechorionation 이전 아노 펠 레스 gambiae의 계란. 같은 수레 같은 Exochorion 구조는 (화살표) 볼 수 있습니다. D) endochorion의 부드럽고 광택 표면은 dechorionation 후 볼 수 있습니다. 바 = 100 μm의.
그림 5. 고정 및 애의 endochorion 장애에 대한 순차적인 단계 시리즈. aegypti 달걀.) 한쪽으로 치우 쳤던-전두엽보기애를 포함하는 섬광 튜브와 B) 측면 뷰. 고정 및 endochorion 장애의 연속적인 단계 동안 aegypti 달걀. 증류수 1) 태아. 2) 태아는 상단 헵탄 단계와 낮은 수성 단계 사이의 계면에 떠. 3) 다음과 같은 고정 배아는 둥근 덩어리에 함께 포장. 태아는 헵탄 및 정착액 솔루션 단계 사이의 계면에 남아 있습니다. 4) 얼음에 물을 끓여과 부화로 치료 후, 헵탄 위상이 약간 불투명이됩니다. 5) 교란 endochorions있는 태아도 불투명 헵탄 위상과 투명한 메탄올 단계 사이의 계면에 표시됩니다.
6 그림. 고정 애의 Endochorion 장애. aegypti 달걀. ) 직후는 정력 헵탄과 메탄올의 단계로 소용돌이, 거품의 형성과 endochorion의 장애는 시각이 될 수 있습니다. B) Followi상온에서 부화로 NG가 5 분.
그림 7. 장애 및 endochorion의 제거에 따라 모기 계란. 애의 계란. aegypti (A). gambiae (B)와 CX. quinquefasciatus (C) 다음과 같은 고정 및 endochorion의 혼란. 흰색, 반투명 배아는 금이 endochorion 내에서 볼 수 있습니다. 후 endochorion의 제거, 애의 반투명 배아. aegypti (D). gambiae (E)와 CX. quinquefasciatus (F)는 명확하게 볼 수 있습니다. 바 = 100 μm의.
그림 8. 전체 마운트, 여자 애의 다른 엽 (叶)으로 표현 세 유전자에 대한 원래의 장소에 Hybridizations. aegypti 침샘. 염색법은 amylase1의 국산화 및 축적 (AAE는 지표이다 L006719) (), D7s2 (AAEL006423) (B)와 D7L2 (AAEL006424) (B). 바 = 100 μm의.
9 그림. 전체 마운트 모기 oocytes와 간호사 세포에 모기 오스카 안티 센스 RNA 프로브에 대한 현장의 하이브 리다이 제이션. 단계 IV는 oocytes (ooc)는의 난소에서 해부 했어요. gambiae (), 애. aegypti (B)와 CX. quinquefasciatus (C)하고 각 모기 오스카의 mRNAs을 대상으로 RNA 프로브에 hybridized. 기본 모공이 왼쪽 앞부분과 지향합니다. 후부 극 (파란색 화살촉)에서 염색법 것은 오스카의 mRNAs을 축적 나타냅니다. 차 (F2)와 차 (F3) 모공이 표시 및 염색법 (블랙 화살촉)는 간호사 세포 세포질 (NCC)의 오스카 mRNA의 축적을 표시하고 있습니다. 염색법은 간호사 세포 핵 (ncn)에서 제외됩니다. 바 = 50 μm의.
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10 그림. 전체 마운트 모기 배아에 모기 오스카 안티 센스 RNA 프로브에 대한 현장의 하이브 리다이 제이션. 태아는 왼쪽 앞부분과 지향합니다. 의 셀룰러 배반엽 단계의 배아. gambiae ()와 CX. quinquefasciatus은 (C) 각 모기 종 특정 오스카 RNA 프로브에 hybridized있다. B) syncytial 배반엽의 무대 애. aegypti의 배아는 애을 대상으로 RNA 프로브에 hybridized. aegypti 오스카 성적 증명서. 염색법은 이러한 세포의 모기 오스카의 mRNA의 국산화 및 축적을 나타내는 모든 배아의 사후 극 세포에 분명하다. 바 = 50 μm의.
표 1. 현장의 포름 알데히드 겔 전기 영동, 고정 및 하이브 리다이 제이션을위한 솔루션 및 버퍼.
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표 2. 모기 embryogenesis 동안 연속적인 단계에 해당하는 발달 이벤트 및 형태학의 일이었습니다.
표 3. 다양한 조직 유형에 대한 사전 하이브 리다이 제이션 단계의 주요 차이점을 요약.
현장과 colorimetric 염색법 프로토콜의 하이브 리다이 제이션은 전체 마운트 모기 조직 및 배아를 보시려면 여기를 제시하는 것은 특정 장기 및 세포 유형 내에서 성적의 지방화를위한 유용한 기술입니다. 이러한 절차는 우리 이전에 보고된 방법을 통해 모두 광범위한 세차 단계를 능률화 및 추가 기술적인 세부 사항 및 시약 소스를 제공하는 개선입니다.
우리의 경험에서 하이브 리다이 제이션 신호 colorimetric 감지 형광 기반의 탐지 방식에 비해 하이브리드화 신호의 감도와 선명도에서 우수합니다. 또한 colorimetric 감지 본질적 자동 형광 있습니다 배아에서 신호 차별과 관련된 문제를 circumvents. 낮은 풍부 성적이 타겟으로하는 경우 하이브리드화 신호 검출에 한계가 발생 배경 염색법은 분명하다. 65 하이브리드화 온도를 높이면 ° C는 다시 감소하는 것으로 확인되었습니다지상 하이브리드화 신호, 독특 대상 특정 RNA 프로브를 설계를위한 제안 대체할 수 없습니다.
이 프로토콜은 전체 마운트 타액 Aedes aegypti의 분비와 난소 및 아노 펠 레스 gambiae, 아노 펠 레스 stephensi, 애의 배아의 현장에서 하이브 리다이 제이션을 수행하는 데 사용되었습니다. aegypti 및 Culex quinquefasciatus. 이 방법은 또한 다른 모기 조직에 적용, 그리고 아마도 다른 곤충 분들입니다. 또한, 세 벡터 모기, 애의 배아 발달의 준비에 대해 처음으로 비교 지침에 대해 컴파일된. aegypti,. gambiae 및 CX. fatigans. 관찰은 신중하고 양육 조건이 세 종류의 특정 변종을 위해보고되었습니다. 그것은 발달 시간 코스 모기 종의 서로 다른 변종과 다른 양육 조건 하에서 다를 수 있습니다하는 것이 중요합니다. 현장 보충제의 Hybridizations 아나에 노력을에 지속적모기와 다른 arthropods의 transcriptomes을 lyze, 이러한 생물의 유전자 발현의 조절의 더 나은 사진을 제공할 수 있습니다.
저자는 전혀 공개가 없습니다.
저자들은 이후 적응과에서 하이브 리다이 제이션을 위해 여기에서 설명한 프로토콜을 개발하기 위해 수정된 아노 펠 레스 gambiae의 배아의 현장에서 하이브 리다이 제이션을위한 프로토콜의 논의 부드러운 조직 및 유리 제품 Goltsev위한 원위치 방법으로 개발 하이브 리다이 제이션의 조언 마리카 월터스 감사드립니다 Aedes과 Culex의 배아의 현장. 또한 아담 정지와 데이빗 Kosman 준 유용한 권장 사항을 인정합니다. 우리는 과학적 논의 Osvaldo Marinotti 감사 및 프로토콜 텍스트 편집.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
시약의 이름 | 회사 | 카탈로그 번호 | 댓글 (옵션) |
0.5 M EDTA (에틸렌 다이아 민 테트라 초산) | Ambion | AM9261 | |
1M 트리스-HCL | Ambion | AM9855G | pH8.0 |
10X PBS | Ambion | AM9625 | |
20X SSC | Ambion | AM9763 | |
1.5 ML의 microfuge 튜브 | Ambion | AM12400 | 샘플 영상에서 에이즈, 이하 표준 튜브보다 불투명 |
Deionized 포름 아미드 | Ambion | AM9342 | 4에 보관 ° C |
DEPC 물 | Ambion | AM9932 | |
Proteinase K | Ambion | AM2546 | |
5.25 %의 나트륨 차아 염소 산염 | 오스틴의 | A-1 브랜드 | |
T3 RNA 중합 효소 플러스 | Ambion | AM2733 | -20 ° C에서 보관 |
T7 RNA 중합 효소의 | Ambion | AM2082 | -20 ° C에서 보관 |
95 % 에탄올 | 피셔 과학 | AC61511-0040 | |
Fisherbrand 일회용 폴리에틸렌 전송 pipettes | 피셔 과학 | 13-711-7M | |
37%의 포름 알데히드 | 피셔 과학 | F79-500 | |
HPLC 등급의 메탄올 | 피셔 과학 | A452-1 | |
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닭 혈청 | 전체 혈액 중 날개 정맥이나 소년 닭의 심장 주사에 의해 수집되었다. 혈액은 coagulated 후 30 분 동안 얼음에 배치 때까지 1 H에 대해 37 ° C에서 incubated되었다. 혈청 10 분 3,000 XG에서 수집된 및 centrifuged되었다. 결과 뜨는가 (혈청을 명확히) 사용하기 전까지 수집 및 -20 ° C에 보관되었다. |
표 4. 현장에서 하이브 리다이 제이션을위한 특정 시약 및 장비의 표.
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