Biobanken sind wesentliche Ressourcen für die translationale und klinische Grundlagenforschung, aber sie fungieren auch als Schlüsselakteure, die akademische Forschung und die Pharma-Biotech-Industrie verbinden. Dieses Protokoll stellt die Standardarbeitsanweisungen der Biobank bei der IAO vor, einer vollständig zertifizierten Biobank, die nach dem neuesten Standard für Biotechnologie, Biobanking und allgemeinen Anforderungen an Biobanken arbeitet. Die Verfügbarkeit hochwertiger Bioproben von Krebspatienten ist entscheidend für die Entwicklung von Diagnoseinstrumenten der nächsten Generation, und Therapeuten passen sie an einzelne Patienten an.
Biobanking von biologischem Material von Krebspatienten erfordert spezialisiertes Personal und zahlreiche Zertifizierungen. Das Personal muss ständig geschult und aktualisiert werden. Dieses Protokoll muss daher der Ausgangspunkt für diejenigen sein, die eine Biobank einrichten wollen.
Um zu beginnen, senden Sie ein pädagogisches Cartoon-Video in Wartezimmern, um die Patienten über die Bedeutung der Auswirkungen von RPA zu informieren. Stellen Sie allen Patienten Gadget-Lesezeichen zur Verfügung. Verwenden Sie die LIMS-Software, um alle biologischen Proben zu verfolgen.
Identifizieren Sie Patienten mithilfe von Codes. Weisen Sie jeder Person einen eindeutigen Code zu, der mit der Krankenaktennummer übereinstimmt. Überprüfen Sie, ob der Patient an einer klinischen Studie oder einem bestimmten genehmigten Forschungsprojekt teilnimmt, indem Sie das Studienprojektfeld in jedem Patientenprofil korrekt ausfüllen.
Informieren Sie Techniker, wenn das Infektionsrisiko unbekannt ist. Verwerfen Sie Proben mit positivem Ergebnis oder unbekannten Risiken. Für frische Proben registrieren Sie die Blutproben in der Biobank-Software.
Beschriften Sie die Staubsauger mit dem Biobank-ID-Code und liefern Sie sie an die autorisierten Benutzer aus. Für gefrorene Proben, die in der Biobank gelagert werden, bereiten Sie zwei Kryobank 2D-beschichtete Röhrchen mit jeweils 900 Mikrolitern Blut vor. Registrieren Sie die Aliquots in der Biobank-Software.
Legen Sie sie auf eine bestimmte Barcode-Platte und lagern Sie sie bei minus 80 Grad Celsius, um eine konstante Temperatur zu gewährleisten. Gießen Sie das Blut aus den EDTA-Sammelröhrchen in das leere sterile 50-Milliliter-Konikegelröhrchen und verdünnen Sie es mit sterilem 1X PBS. Verwenden Sie das PBS, um den Blutschlauch zu spülen.
Zentrifugieren Sie die Röhrchen bei 400 RCF für 30 Minuten bei 20 Grad Celsius und verarbeiten Sie die Röhrchen unter einer Biohazard-Haube. Gewinnen Sie die mittlere weiße Schicht mit PBMCs mit einer Pasteur-Pipette zurück und legen Sie sie in ein neues steriles 50-Milliliter-Konusröhrchen. Fügen Sie bis zu 45 Milliliter PBS hinzu, um die PBMCs zu waschen.
Mischen und zentrifugieren bei 400 RCF für 10 Minuten bei vier Grad Celsius. Das Pellet wird zurückgewonnen und in PBS resuspendiert. Dann zählen Sie die Zellen mit Einweg-Burker-Kammern.
Wiederholen Sie die PBS-Wäsche für PBMCs wie im Textmanuskript beschrieben. Verdünnen Sie die PBMCs im Gefriermedium und bereiten Sie 2D-beschichtete Kryobank-Röhrchen vor, indem Sie einen Milliliter resuspendierter Zellen in jedes Kryoröhrchen geben. Legen Sie die Proben in eine spezielle Kryobox und lagern Sie sie so schnell wie möglich bei minus 80 Grad Celsius.
Zentrifugieren Sie den Staubsauger mit den Vollblutproben bei 2.000 G für 10 Minuten bei vier Grad Celsius. Entfernen Sie die obere Schicht des Plasmas mit einer drei Milliliter Pasteur-Pipette und geben Sie sie in ein steriles 15-Milliliter-Konikusröhrchen. Dann zentrifugieren Sie bei 16.000 RCF für 10 Minuten bei vier Grad Celsius, um kontaminierende Blutzellen zu beseitigen.
Übertragen Sie das Plasma in eine Milliliter Kryobank 2D-beschichtete Röhrchen. Registrieren Sie die Aliquots in der Biobank-Software. Legen Sie sie auf eine bestimmte Barcode-Platte und lagern Sie sie bei minus 80 Grad, um eine konstante Temperatur zu gewährleisten.
Lassen Sie Gewebeproben von einem Pathologen untersuchen, um festzustellen, ob das Material, das für diagnostische Verfahren nicht erforderlich ist, für Forschungszwecke ausreicht. Wenn möglich, sammeln Sie auch das nicht-pathologische Gegenstück des pathologischen Gewebes. Legen Sie die Proben in sterile Zellkultur-Petrischale, die als P und NP gekennzeichnet sind. Halten Sie das Gewebe bei vier Grad Celsius auf dem Eis und teilen Sie es in jeweils drei Teile.
A, B und C, wenn genügend Material verfügbar ist. Für frische Gewebeproben, die als A gekennzeichnet sind, legen Sie die frischen Aliquots von P- und NP-Gewebe in Röhrchen mit dem entsprechenden Kulturmedium, das in jedem spezifischen Protokoll definiert ist, und senden Sie sie an externe Forschungseinheiten. Für OCT-Gewebeproben, die als B gekennzeichnet sind, füllen Sie sie mit OCT-Harz und legen Sie sie sofort in einen Flash-Freeze-Apparat bei minus 80 Grad Celsius.
Für Gewebeproben, die als C markiert sind, legen Sie die verbleibenden Gewebeproben in Kryobank 2D-beschichtete Röhrchen in die Flash-Freeze-Vorrichtung. Lagern Sie die Teller bei minus 80 Grad Celsius. Von April 2012 bis Dezember 2021 wurden insgesamt 38.446 annotierte biologische Flüssigbiopsien und 10.205 Gewebeproben entnommen.
Die Anzahl der entnommenen Proben, insbesondere von Geweben, nahm von 2020 bis 2021 aufgrund der COVID-19-Pandemie und der damit verbundenen Verringerung der onkologischen Verfahren ab. Die gesammelten Proben aus den Abteilungen Urologie, Gynäkologie, Sonologie und den Abteilungen Kopf-Hals-, Bauch-, Becken- und Thoraxchirurgie wurden detailliert analysiert. Die meisten Gewebeproben wurden von Brusttumoren gesammelt.
Die Sammlung anderer biologischer Proben wie Urin, Stuhl und Wangenschleimhautabstriche hat aufgrund der Nachfrage im Laufe der Jahre deutlich zugenommen. Diese Option bietet eine grundlegende Plattform für die Lagerung biologischer Proben und verbessert die Reproduzierbarkeit von Krebsforschungsprogrammen. Diese Proben können für verschiedene Forschungsanwendungen wie Next-Generation-Sequenzierung oder Massenspektrometrie verwendet werden.
Unsere Plattform ist in der Lage, neue Algorithmen der künstlichen Intelligenz in die translationale Forschung zu implementieren, die das Potenzial haben, die Art und Weise, wie Krebspatienten behandelt werden, zu verändern.
