El estudio fue apoyado en parte por el Programa de Investigación Intramural de los Institutos Nacionales de Salud, Instituto Nacional del Cáncer, el Centro para la Investigación del Cáncer.

El protocolo descrito se emplea de acuerdo con las normas de NIH sobre el uso de muestras de tejidos humanos. 1. Preparación de Tejido <ol><li> Antes de comenzar, obtener muestras de tejidos humanos de acuerdo a la Junta de Revisión Institucional (IRB) protocolos. </li><li> Elija el tipo de bloque de tejido / célula y el correspondiente método de procesamiento [fijado en formol e incluido en parafina (FFPE), congelados, o etanol-fijo incluido en parafina (EFPE)]. La fijación en formol proporciona histología óptimo, seguido por la fijación de etanol y flash congelado. Sin embargo, los métodos de procesamiento de fijación y tejidos pueden afectar el ADN, el ARN y cantidad de las proteínas y de calidad para el análisis molecular de aguas abajo y se deben considerar. </li><li> Corte las secciones de bloque de tejido / célula en el tipo de diapositiva (vidrio, vidrio de la membrana o membrana estructura de metal) de su elección. Análisis SIVQ funciona igual de bien en los tres tipos de diapositivas. Tenga en cuenta que el método de pseudo-cubreobjetos (descrito más adelante) con xilenos y ethanol no se puede realizar en las diapositivas de la membrana estructura metálica ya que el deslizamiento debe ser invertido en el escenario. </li><li> Seleccionar una mancha de tejido química-o basado en IHC para identificar las células de interés desde el fondo. Tenga en cuenta que los métodos de tinción también pueden afectar el ADN, ARN, y la calidad y cantidad de la proteína de tejido. Pruebe el tejido después de la tinción para evaluar la calidad de línea de base de biomoléculas antes de proceder con el protocolo. SIVQ-LCM se ha realizado en portaobjetos de tejido / citología teñidas con: inmunohistoquímica (IHC) con DAB 15, inmunofluorescencia, rojo rápido, de novo rojo, azul de toluidina, y hematoxilina y eosina (H &amp; E) (datos no publicados). </li></ol> 2. Espécimen Imaging <ol><li> Carga se desliza sobre la etapa motorizada del instrumento microdisección y lanzar el software relacionado. Seleccione las casillas de verificación para designar las posiciones de las diapositivas cargadas y asegurar los archivos de imágenes capturadas se guardan en formato JPEG. </li><li> Optimizar el imcalidad edad ajustando el brillo y enfoque de la imagen en la pantalla, usando la ruedecilla de enfoque manual o por medio de software del instrumento de disección. <ol><li> El uso de la caja de herramientas de imagen dentro del software del instrumento de disección, establezca adecuadamente la ganancia de brillo de la lámpara y la cámara. Los valores de ejemplo son el brillo = 60 y la ganancia = 220, con el difusor. </li><li> Enfoque manualmente o con la función de enfoque automático en el software. </li></ol></li><li> Captura de una imagen de visión en miniatura de la diapositiva para proporcionar una hoja de ruta para el proceso de disección. <ol><li> Para obtener una calidad óptima de la imagen de una diapositiva uncoverslipped, utilizar el difusor por debajo del condensador en el instrumento, o bien, añadir una pequeña cantidad (~ 30 l) de etanol o xileno para mejorar el índice refractario (pseudo-cubreobjetos). Al utilizar xilenos, ser conscientes de que están deben utilizar medidas de seguridad tóxicos y adecuados, incluyendo el uso de una campana de humos y bata de laboratorio protectora, gafas protectoras y guantes. </li><li> NO coloque el tapón LCM en la diapositiva hasta que la solución de etanol o xilenos ha desaparecido por completo o el polímero de la tapa será distorsionada. </li></ol></li><li> Navegar por el tobogán y capturar imágenes de las áreas a ser diseccionados a 10X, 20X o 40X. Si es necesario, mejorar la imagen con software como Autocorrección (en Microsoft Office Picture Manager) como se ha descrito previamente 22. Las imágenes deben ser capturadas en formato jpeg para que puedan volver a ser adquiridos por el software de selección automatizado. </li></ol> 3. Análisis del algoritmo de la Imagen <ol><li> Transferencia de imágenes capturadas desde el instrumento microdisección a la carpeta SIVQ. Instale y abra los paquetes de software ArcturusXT, AutoScan y SIVQ en el ordenador conectado al instrumento de disección. Para el acceso al software SIVQ, por favor póngase en contacto con el Dr. Ulises Balis (ulysses@med.umich.edu). </li><li> Abrir SIVQ y cargar la imagen capturada (jpeg) de interés. &lt;/ Li&gt; <li> Navega hasta el área de interés y / o ajustar el tamaño de las ventanas de exhibición (Visor 5 y 6). En el software SIVQ, Viewport 5 muestra la imagen pre-procesamiento y Viewport 6 muestra la imagen post-procesamiento 16. </li><li> Elija el tamaño del vector del anillo y el número de anillos que se utilizarán. </li><li> Seleccione la función de imagen de predicado para ser capturado por clic derecho sobre él en Viewport 6. </li><li> Haga clic en &quot;Scan&quot; para analizar la imagen. </li><li> Ajustar la probabilidad estadística de imagen coincidente utilizando las dos barras deslizantes. La barra superior ajusta la especificidad global de vectores, y se utiliza para excluir el área de la exploración inicial (con una sensibilidad tal como se define por la variable &quot;Estadística&quot; seleccionado) que puede representar área incluida excesiva. Por el contrario, la corredera inferior se utiliza para aumentar la sensibilidad, después se lleva a cabo una exploración, con la intención de aumentar la superficie que se clasifica como un partido. Estos dos controles deslizantes UTIlizar la variable &quot;Stat&quot; como el umbral inicial de sensibilidad de referencia. </li><li> Para guardar la imagen, haga clic en &quot;guardar como jpeg&quot; (imagen se guarda en c :/ vq_test carpeta / fotos). </li><li> Analizar la imagen con el algoritmo. La salida del algoritmo de análisis debe resultar en una imagen anotado para que sea utilizado en SIVQ-LCM. En la actualidad, la versión actual del núcleo del motor SIVQ está en fase beta de pruebas versión con la expectativa de que la versión de producción completo (Q1 disponibles 2014) incorporará un kit de desarrollo de software completo (SDK) y la interfaz de programación de aplicaciones (API) para la integración simplificada de filtros espaciales generados por el usuario y las etapas de procesamiento de datos de flujo de trabajo corriente abajo con el motor de juego de anillo central. Este SDK se distribuye con un conjunto completo de la documentación. <ol><li> Asegúrese de que el mapa de calor SIVQ se cambia a un color rojo uniforme. </li></ol></li><li> Exportar la imagen. Es esencial volver a insertar las coordenadas de posición en el post-análisis de imágenes jpeg con un editor hexadecimal para pegar en la cabecera del archivo de la imagen original de instrumento de disección. Los datos correspondientes se pueden encontrar entre &quot;Inicio de Imagen&quot; marcador (0xFF, 0xd8) y el primer &quot;Definir Cuantificación Tabla&quot; marcador (0xFF, 0xDB). </li></ol> 4. Microdissection <ol><li> Coloque la tapa del LCM en el centro de la región de interés, donde se capturaron las imágenes para el análisis SIVQ. </li><li> Calibrar y control de calidad (QC) los láseres de UV / IR y optimizar los parámetros, incluyendo la energía, la duración, las ubicaciones de láser, y la velocidad de corte de UV (tal como se recomienda por el fabricante). Realizar estas calibraciones antes de volver a importar la imagen analizada. </li><li> AutoScanXT abierto (software de selección automatizada) e importar la imagen analizada desde c :/ vq_test carpeta / fotos. </li><li> Capacitar al software de selección automatizado para reconocer la anotación SIVQ y crear el mapa de la disección. <ol><li> Para crear un traiarchivo ning, seleccione cuatro regiones de interés (marcados con &quot;círculos azules&quot;) en la &quot;pintura roja&quot; de la imagen analizada SIVQ. </li><li> Seleccione las áreas de fondo (marcados con &quot;cuadros rojos&quot;) que no se van a diseccionado. </li><li> Haga clic en el botón &quot;Analizar&quot; para generar el archivo de entrenamiento, que se pueden guardar para usos posteriores. </li></ol></li><li> Realizar microdisección mediante el (UV) láser de infrarrojos apropiado (IR) y / o ultravioleta. <ol><li> Copie las áreas seleccionadas en la imagen &quot;en vivo&quot;. </li><li> En la caja de herramientas &quot;microdissect&quot;, seleccione la captura IR apropiada o botones de corte UV. </li></ol></li><li> Después de la disección está completa, mueva el tapón LCM a la estación de control de calidad y la captura de una imagen de los tejidos / células disecadas. Otro enfoque consiste en colocar la tapa en un área en blanco de la diapositiva antes de mudarse a la estación de control de calidad, lo que permite al usuario tomar fotografías con distintos aumentos. </li><li>Captura de una imagen de la zona de tejido de interés después de microdisección para evaluar la eficiencia de elevación. </li><li> Si las células deseadas han sido disecados correctamente, haga clic en el botón &quot;estado actual&quot; en el software ArcturusXT y quitar el tapón LCM para iniciar el procedimiento de extracción molecular para el análisis de aguas abajo. </li></ol>

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	<li>Bonner, R. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection:+molecular+analysis+of+tissue.">Laser capture microdissection: molecular analysis of tissue.</a> Science. 278, 1481-1483 (1997).</li><li>Emmert-Buck, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection.">Laser capture microdissection.</a> Science. 274, 998-1001 (1996).</li><li>Edwards, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection+of+mammalian+tissue.">Laser capture microdissection of mammalian tissue.</a> J Vis Exp. (8), (2007).</li><li>El-Serag, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+expression+in+Barrett's+esophagus:+laser+capture+versus+whole+tissue.">Gene expression in Barrett's esophagus: laser capture versus whole tissue.</a> Scandinavian journal of gastroenterology. 44, 787-795 (2009).</li><li>Espina, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser-capture+microdissection.">Laser-capture microdissection.</a> Nature. 1, 586-603 (2006).</li><li>Harrell, J. C., Dye, W. W., Harvell, D. M., Sartorius, C. A., Horwitz, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Contaminating+cells+alter+gene+signatures+in+whole+organ+versus+laser+capture+microdissected+tumors:+a+comparison+of+experimental+breast+cancers+and+their+lymph+node+metastases.">Contaminating cells alter gene signatures in whole organ versus laser capture microdissected tumors: a comparison of experimental breast cancers and their lymph node metastases.</a> Clinical &amp; experimental metastasis. 25, 81-88 (2008).</li><li>Rodriguez-Canales, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimal+molecular+profiling+of+tissue+and+tissue+components:+defining+the+best+processing+and+microdissection+methods+for+biomedical+applications.">Optimal molecular profiling of tissue and tissue components: defining the best processing and microdissection methods for biomedical applications.</a> Methods in molecular biology. 980, 61-120 (2013).</li><li>Silvestri, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+pathway+biomarker+analysis+of+human+cancer+reveals+requirement+for+upfront+cellular-enrichment+processing.">Protein pathway biomarker analysis of human cancer reveals requirement for upfront cellular-enrichment processing.</a> Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology. 90, 787-796 (2010).</li><li>Eberle, F. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunoguided+laser+assisted+microdissection+techniques+for+DNA+methylation+analysis+of+archival+tissue+specimens.">Immunoguided laser assisted microdissection techniques for DNA methylation analysis of archival tissue specimens.</a> The Journal of molecular diagnostics : JMD. 12, 394-401 (2010).</li><li>Kim, H. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinctions+in+gastric+cancer+gene+expression+signatures+derived+from+laser+capture+microdissection+versus+histologic+macrodissection.">Distinctions in gastric cancer gene expression signatures derived from laser capture microdissection versus histologic macrodissection.</a> BMC medical genomics. 4, 48 (2011).</li><li>Klee, E. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+sample+acquisition+and+linear+amplification+on+gene+expression+profiling+of+lung+adenocarcinoma:+laser+capture+micro-dissection+cell-sampling+versus+bulk+tissue-sampling.">Impact of sample acquisition and linear amplification on gene expression profiling of lung adenocarcinoma: laser capture micro-dissection cell-sampling versus bulk tissue-sampling.</a> BMC medical genomics. 2, 13 (2009).</li><li>Zheng, J., Garg, S., Wang, J., Loose, D. S., Hauer-Jensen, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissected+mucosa+versus+whole+tissue+specimens+for+assessment+of+radiation-induced+dynamic+molecular+and+pathway+changes+in+the+small+intestine.">Laser capture microdissected mucosa versus whole tissue specimens for assessment of radiation-induced dynamic molecular and pathway changes in the small intestine.</a> PloS one. 8, e53711 (2013).</li><li>Boone, D. R., Sell, S. L., Hellmich, H. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection+of+enriched+populations+of+neurons+or+single+neurons+for+gene+expression+analysis+after+traumatic+brain+injury.">Laser capture microdissection of enriched populations of neurons or single neurons for gene expression analysis after traumatic brain injury.</a> J Vis Exp. (74), (2013).</li><li>Iyer, E. P., Cox, D. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection+of+Drosophila+peripheral+neurons.">Laser capture microdissection of Drosophila peripheral neurons.</a> J Vis Exp. (39), (2010).</li><li>Hipp, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SIVQ-aided+laser+capture+microdissection:+A+tool+for+high-throughput+expression+profiling.">SIVQ-aided laser capture microdissection: A tool for high-throughput expression profiling.</a> Journal of pathology informatics. 2, 19 (2011).</li><li>Hipp, J. D., Cheng, J. Y., Toner, M., Tompkins, R. G., Balis, U. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatially+Invariant+Vector+Quantization:+A+pattern+matching+algorithm+for+multiple+classes+of+image+subject+matter+including+pathology.">Spatially Invariant Vector Quantization: A pattern matching algorithm for multiple classes of image subject matter including pathology.</a> J Pathol Inform. 2, 13 (2011).</li><li>Hipp, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimization+of+complex+cancer+morphology+detection+using+the+SIVQ+pattern+recognition+algorithm.">Optimization of complex cancer morphology detection using the SIVQ pattern recognition algorithm.</a> Anal Cell Pathol (Amst). , (2011).</li><li>Hipp, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integration+of+architectural+and+cytologic+drive+n+image+algorithms+for+prostate+adenocarcinoma+identification.">Integration of architectural and cytologic drive n image algorithms for prostate adenocarcinoma identification.</a> Analytical cellular pathology. 35, 251-265 (2012).</li><li>Hipp, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+area+calculation+of+histopathologic+features+using+SIVQ.">Automated area calculation of histopathologic features using SIVQ.</a> Anal Cell Pathol (Amst. 34, (2011).</li><li>Cheng, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+vector+selection+of+SIVQ+and+parallel+computing+integration+MATLAB:+Innovations+supporting+large-scale+and+high-throughput+image+analysis+studies.">Automated vector selection of SIVQ and parallel computing integration MATLAB: Innovations supporting large-scale and high-throughput image analysis studies.</a> Journal of pathology. 2, 37 (2011).</li><li>Roy Chowdhuri, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Semiautomated+laser+capture+microdissection+of+lung+adenocarcinoma+cytology+samples.">Semiautomated laser capture microdissection of lung adenocarcinoma cytology samples.</a> Acta Cytol. 56, 622-631 (2012).</li><li>Hipp, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Image+Microarrays+(IMA):+Digital+Pathology's+Missing+Tool.">Image Microarrays (IMA): Digital Pathology's Missing Tool.</a> Journal of pathology. 2, (2011).</li><li>Hanson, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+microdissection+adapted+to+commercial+laser+dissection+instruments.">Expression microdissection adapted to commercial laser dissection instruments.</a> Nature. 6, 457-467 (2011).</li></ol>

Michael R. Emmert-Buck es un inventor de patentes de los NIH que cubren láser captura microdissection y recibe los pagos en forma de regalías a través del Programa de Transferencia de Tecnología de NIH.

Se presenta un protocolo para la aplicación de SIVQ-LCM a microdissect células epiteliales immunostained de FFPE tejido mamario humano. El uso de un algoritmo de análisis de imágenes, tales como SIVQ, reduce la cantidad de manos sobre el tiempo requerido para el proceso de microdisección. Este es un avance potencialmente importante para el campo desde el tiempo del operador y esfuerzo es típicamente el paso limitante de la velocidad para la disección precisa de las células de interés. En el presente protocolo, ...

Originalmente desarrollado en la década de 1990, la microdisección de captura por láser (LCM) permite al usuario capturar con precisión las células específicas o regiones celulares de una sección de tejido histológico mediante visualización microscópica 1, 2. Muchos estudios que comparan el análisis molecular de LCM contra raspaduras de tejido ilustran el valor del método de 3-12. Además, hay tres publicaciones de protocolo de vídeo sobre la tecnología que están disponibles para su visualización 13, 14. Sin embargo, a pesar de su acreditado valor, LCM puede ser tedioso y laborioso cuando el objetivo de interés es una población de células dispersas en una sección de tejido heterogéneo, o cuando un gran número de células se necesitan para las aplicaciones posteriores específicos como la proteómica. La carga que supone para el operador humano nos ha llevado a desarrollar un enfoque disección semi-automatizado para LCM mediante la combinación de un potente algoritmo de análisis de imágenes para guiar el proceso de LCM 15. &lt;p class = &quot;jove_content&quot;&gt; En colaboración con la Universidad de Michigan, el laboratorio en el NIH extendió el previamente desarrollado y reportado espacialmente invariante cuantificación vectorial (SIVQ) algoritmo de una manera que le permita a semi-automatizar el proceso de selección de los tejidos intrínseca a microdisección guiada, con lo que dispone de una herramienta con el patólogo o científico vida en mente. Espacialmente invariantes cuantificación vectorial (SIVQ) es un algoritmo que permite al usuario simplemente &quot;clic&quot; en una característica histológica de interés para crear un vector de anillo (función de imagen de predicado) que se puede utilizar para buscar en toda la imagen histológica, ajustando el umbral estadístico según sea necesario 16-21. El mapa de calor resultante muestra la calidad de los partidos a la función inicial de la imagen predicado y se convierte posteriormente en un solo color (rojo) Mapa de la anotación en la que se puede importar en el instrumento LCM. El software de selección automatizado, AutoScanXT, entonces se utiliza para dibujar un mapa basadoen la anotación de SIVQ guiar la captura de las células diana de la muestra de tejido. El protocolo se detalla a continuación se describe la implementación de SIVQ al flujo de trabajo de microdisección.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="586">
	<tbody>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">Positive Charged Glass Slides</td>
			<td style="width:84px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">4951Plus-001</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="64">
			<td height="64" style="height:64px;width:216px;">Xylenes, ACS reagent, &#8805;98.5% xylenes + ethylbenzene basis&#160;</td>
			<td style="width:84px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">247642</td>
			<td style="width:167px;">CAUTION: PLEASE USE PROPER SAFETY PROCEDURES.</td>
		</tr>
		<tr height="64">
			<td height="64" style="height:64px;width:216px;">Ethyl Alcohol, U.S.P. 200 Proof, Anhydrous</td>
			<td style="width:84px;">The Warner-Graham Company</td>
			<td style="width:119px;">6.505E+12</td>
			<td style="width:167px;">CAUTION: PLEASE USE PROPER SAFETY PROCEDURES.</td>
		</tr>
		<tr height="64">
			<td height="64" style="height:64px;width:216px;">Arcturus CapSure Macro LCM Caps</td>
			<td style="width:84px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;">LCM0211</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="64">
			<td height="64" style="height:64px;width:216px;">ArcturusXT Laser Microdissection Instrument</td>
			<td style="width:84px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;">ARCTURUSXT</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="127">
			<td height="127" style="height:127px;width:216px;">AutoScanXT Software</td>
			<td style="width:84px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;">An optional image analysis program for the ArcturusXT Laser Microdissection Device. This is software is required for SIVQ-LCM.</td>
		</tr>
		<tr height="169">
			<td height="169" style="height:169px;width:216px;">Spatially Invariant Vector Quantization (SIVQ)</td>
			<td style="width:84px;">University of Michigan</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;">This tool suite is publicly available for academic collaborations. For access to the SIVQ algorithm, please contact Dr. Ulysses Balis [Ulysses@med.umich.edu]</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

sivq-lcm protocol for the arcturusxt instrument

SIVQ-LCM es una nueva metodología que automatiza y simplifica el proceso de disección con láser depende del usuario más tradicional. Su objetivo es crear una avanzada tecnología de la plataforma de disección láser, rápido personalizable. En este reporte se describe la integración del software de análisis de imágenes espacialmente invariante cuantificación vectorial (SIVQ) en el instrumento ArcturusXT. El sistema ArcturusXT contiene tanto un puerto de infrarrojos (IR) y ultravioleta (UV) de láser, lo que permite celular específico o grandes disecciones de la zona. El objetivo principal es mejorar la velocidad, la precisión y reproducibilidad de la disección con láser para aumentar el rendimiento de la muestra. Este nuevo enfoque facilita la microdisección de animales y tejidos humanos en la investigación y los flujos de trabajo clínicos.

Una sección de tejido de mama humana FFPE se inmunotiñó para citoqueratina AE1/AE3 utilizando un protocolo estándar IHC 23. Después de la tinción, la diapositiva de tejido se colocó en el escenario ArcturusXT y el protocolo SIVQ-LCM se inició como se describe anteriormente. Dado que el tejido no puede ser coverslipped para microdisección, las células teñidas + IHC pueden ser difíciles de discernir visualmente (Figura 1A). Por lo tanto, para proporcionar una mejor adaptación de í...

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SIVQ-LCM Protocol for the ArcturusXT Instrument

SIVQ-LCM es un enfoque innovador que aprovecha un algoritmo informático, espacialmente invariante cuantificación vectorial (SIVQ), para conducir el proceso de microdisección láser captura (LCM). El flujo de trabajo SIVQ-LCM mejora en gran medida la velocidad y la exactitud de microdisección, con aplicaciones tanto en la investigación y ajustes clínicos.

Protocolo SIVQ-LCM para el Instrumento ArcturusXT

SIVQ-LCM is a new methodology that automates and streamlines the more traditional, user-dependent laser dissection process.&#160;It aims to create an ...

sivq-lcm-protocol-for-the-arcturusxt-instrument

Research

JoVE Journal

Biology

8.6K vistas.  National Institutes of Health.  SIVQ-LCM es un enfoque innovador que aprovecha un algoritmo informático, espacialmente invariante cuantificación vectorial (SIVQ), para conducir el proceso de microdisección láser captura (LCM). El flujo de trabajo SIVQ-LCM mejora en gran medida la velocidad y la exactitud de microdisección, con aplicaciones tanto en la investigación y ajustes clínicos. 

Video: SIVQ-LCM Protocol for the ArcturusXT Instrument

Protocol for Mosquito Rearing (A. gambiae)

This protocol describes mosquito rearing in the insectary. The insectary rooms are maintained at 28&deg;C and ~80% humidity, with a 12 hr. day/night cycle. For this procedure, you'll need mosquito cages, 10% sterile sucrose solution, paper towels, beaker, whatman filter paper, glass feeders, human blood and serum, water bath, parafilm, distilled water, clean plastic trays, mosquito food (described below), mosquito net to cover the trays, vacuum, and a collection chamber to collect adults.

Protocol for Mosquito Rearing A. gambiae

This video illustrates the general techniques used to rear Anopheles gambiae in the laboratory. The methods for caring for laboratory mosquitoes are demonstrated through all stages of the organism's life cycle from larvae to pupae to blood-feeding adults.

Protocolo para la cría de los mosquitos (A. gambiae)

This protocol describes mosquito rearing in the insectary. The insectary rooms are maintained at 28&deg;C and ~80% humidity, with a 12 hr. day/night ...

Investigación

Biología

Neutrophil Isolation Protocol

Neutrophil polymorphonuclear granulocytes (PMN) are the most abundant leukocytes in humans and among the first cells to arrive on the site of inflammatory immune response. Due to their key role in inflammation, neutrophil functions such as locomotion, cytokine production, phagocytosis, and tumor cell combat are extensively studied. To characterize the specific functions of neutrophils, a clean, fast, and reliable method of separating them from other blood cells is desirable for in vitro studies, especially since neutrophils are short-lived and should be used within 2-4 hours of collection. Here, we demonstrate a standard density gradient separation method to isolate human neutrophils from whole blood using commercially available separation media that is a mixture of sodium metrizoate and Dextran 500. The procedure consists of layering whole blood over the density gradient medium, centrifugation, separation of neutrophil layer, and lysis of residual erythrocytes. Cells are then washed, counted, and resuspended in buffer to desired concentration. When performed correctly, this method has been shown to yield samples of >95% neutrophils with >95% viability.

Neutrophils are among the first cells to arrive on the site of inflammatory immune response, and their functions and mechanisms have been studied extensively in vitro. We demonstrate a standard density gradient separation method to isolate human neutrophils from whole blood using commercially available separation media.

Aislamiento de neutrófilos Protocolo

Neutrophil polymorphonuclear granulocytes (PMN) are the most abundant leukocytes in humans and among the first cells to arrive on the site of inflammatory ...

The Preparation of Drosophila Embryos for Live-Imaging Using the Hanging Drop Protocol

Green fluorescent protein (GFP)-based timelapse live-imaging is a powerful technique for studying the genetic regulation of dynamic processes such as tissue morphogenesis, cell-cell adhesion, or cell death. Drosophila embryos expressing GFP are readily imaged using either stereoscopic or confocal microscopy. A goal of any live-imaging protocol is to minimize detrimental effects such as dehydration and hypoxia. Previous protocols for preparing Drosophila embryos for live-imaging analysis have involved placing dechorionated embryos in halocarbon oil and sandwiching them between a halocarbon gas-permeable membrane and a coverslip1-3. The introduction of compression through mounting embryos in this manner represents an undesirable complication for any biomechanical-based analysis of morphogenesis. Our method, which we call the hanging drop protocol, results in excellent viability of embryos during live imaging and does not require that embryos be compressed. Briefly, the hanging drop protocol involves the placement of embryos in a drop of halocarbon oil that is suspended from a coverslip, which is, in turn, fixed in position over a humid chamber. In addition to providing gas exchange and preventing dehydration, this arrangement takes advantage of the buoyancy of embryos in halocarbon oil to prevent them from drifting out of position during timelapse acquisition. This video describes in detail how to collect and prepare Drosophila embryos for live imaging using the hanging drop protocol. This protocol is suitable for imaging dechorionated embryos using stereomicroscopy or any upright compound fluorescence microscope.

The Preparation of Drosophila Embryos for Live-Imaging Using the Hanging Drop Protocol

A simple, inexpensive, and effective method of preparing Drosophila embryos for live-imaging analysis is presented. Our protocol provides humidity and gas exchange and does not compress the Drosophila embryo. This method is suitable for GFP-based live imaging of Drosophila embryos using a stereomicroscope or upright compound microscope.

La preparación de los Drosophila Los embriones para Live-Imaging utilizando el protocolo de gota

Green fluorescent protein (GFP)-based timelapse live-imaging is a powerful technique for studying the genetic regulation of dynamic processes such as ...

A Protocol for the Production of KLRG1 Tetramer

Killer cell lectin-like receptor G1 (KLRG1) is a type II transmembrane glycoprotein inhibitory receptor belonging to the C type lectin-like superfamily. KLRG1 exists both as a monomer and as a disulfide-linked homodimer. This well-conserved receptor is found on the most mature and recently activated NK cells as well as on a subset of effector/memory T cells.
Using KLRG1 tetramer as well as other methods, E-, N-, and R-cadherins were identified as KLRG1 ligands. These Ca2+-dependent cell-cell adhesion molecules comprises of an extracellular domain containing five cadherin repeats responsible for cell-cell interactions, a transmembrane domain and a cytoplasmic domain that is linked to the actin cytoskeleton. 
Generation of the KLRG1 tetramer was essential to the identification of the KLRG1 ligands. KLRG1 tetramer is also a unique tool to elucidate the roles cadherin and KLRG1 play in regulating the immune response and tissue integrity.

This protocol describes the production of KLRG1 tetramer, which is a powerful tool for the analysis of KLRG1 ligands.

Un protocolo para la producción de KLRG1 Tetramer

Killer cell lectin-like receptor G1 (KLRG1) is a type II transmembrane glycoprotein inhibitory receptor belonging to the C type lectin-like superfamily. ...

A Simple Protocol for Extracting Hemocytes from Wild Caterpillars

Insect hemocytes (equivalent to mammalian white blood cells) play an important role in several physiological processes throughout an insect's life cycle 1. In larval stages of insects belonging to the orders of Lepidoptera (moths and butterflies) and Diptera (true flies), hemocytes are formed from the lymph gland (a specialized hematopoietic organ) or embryonic cells and can be carried through to the adult stage. Embryonic hemocytes are involved in cell migration during development and chemotaxis regulation during inflammation. They also take part in cell apoptosis and are essential for embryogenesis 2. Hemocytes mediate the cellular arm of the insect innate immune response that includes several functions, such as cell spreading, cell aggregation, formation of nodules, phagocytosis and encapsulation of foreign invaders 3. They are also responsible for orchestrating specific insect humoral defenses during infection, such as the production of antimicrobial peptides and other effector molecules 4, 5. Hemocyte morphology and function have mainly been studied in genetic or physiological insect models, including the fruit fly, Drosophila melanogaster 6, 7, the mosquitoes Aedes aegypti and Anopheles gambiae 8, 9 and the tobacco hornworm, Manduca sexta 10, 11. However, little information currently exists about the diversity, classification, morphology and function of hemocytes in non-model insect species, especially those collected from the wild 12.
Here we describe a simple and efficient protocol for extracting hemocytes from wild caterpillars. We use penultimate instar Lithacodes fasciola (yellow-shouldered slug moth) (Figure 1) and Euclea delphinii (spiny oak slug) caterpillars (Lepidoptera: Limacodidae) and show that sufficient volumes of hemolymph (insect blood) can be isolated and hemocyte numbers counted from individual larvae. This method can be used to efficiently study hemocyte types in these species as well as in other related lepidopteran caterpillars harvested from the field, or it can be readily combined with immunological assays designed to investigate hemocyte function following infection with microbial or parasitic organisms 13.

Insect hemocytes carry out many important functions, both immune and non-immune, throughout all stages of insect development. Our present knowledge of hemocyte types and function comes from studies on insect genetic models. Here, we present a method for extracting, quantifying and visualizing hemocytes from wild caterpillars.

Un protocolo simple para la extracción de hemocitos de orugas silvestres

Insect hemocytes (equivalent to mammalian white blood cells) play an important role in several physiological processes throughout an insect's life cycle ...

Clock Scan Protocol for Image Analysis: ImageJ Plugins

The clock scan protocol for image analysis is an efficient tool to quantify the average pixel intensity within, at the border, and outside (background) a closed or segmented convex-shaped region of interest, leading to the generation of an averaged integral radial pixel-intensity profile. This protocol was originally developed in 2006, as a visual basic 6 script, but as such, it had limited distribution. To address this problem and to join similar recent efforts by others, we converted the original clock scan protocol code into two Java-based plugins compatible with NIH-sponsored and freely available image analysis programs like ImageJ or Fiji ImageJ. Furthermore, these plugins have several new functions, further expanding the range of capabilities of the original protocol, such as analysis of multiple regions of interest and image stacks. The latter feature of the program is especially useful in applications in which it is important to determine changes related to time and location. Thus, the clock scan analysis of stacks of biological images may potentially be applied to spreading of Na+ or Ca++ within a single cell, as well as to the analysis of spreading activity (e.g., Ca++ waves) in populations of synaptically-connected or gap junction-coupled cells. Here, we describe these new clock scan plugins and show some examples of their applications in image analysis.

This paper describes two novel ImageJ plugins for &#39;Clock Scan&#39; image analysis. These plugins expand the functionality of the original visual basic 6 program and, most importantly, make the program available to a large research community by bundling it with the ImageJ free image analysis software package.

Protocolo de análisis de reloj para análisis de imagen: Plugins de ImageJ

The clock scan protocol for image analysis is an efficient tool to quantify the average pixel intensity within, at the border, and outside (background) a ...

A Protocol for Laboratory Housing of Turquoise Killifish (Nothobranchius furzeri)

The development of husbandry practices in non-model laboratory fish used for experimental purposes has greatly benefited from the establishment of reference fish model systems, such as zebrafish and medaka. In recent years, an emerging fish &#8211; the turquoise killifish (Nothobranchius furzeri) &#8211; has been adopted by a growing number of research groups in the fields of biology of aging and ecology. With a captive life span of 4 - 8 months, this species is the shortest-lived vertebrate raised in captivity and allows the scientific community to test &#8211; in a short time &#8211; experimental interventions that can lead to alterations of the aging rate and life expectancy. Given the unique biology of this species, characterized by embryonic diapause, explosive sexual maturation, marked morphological and behavioral sexual dimorphism - and their relatively short adult life span -&#160;ad hoc husbandry practices are in urgent demand. This protocol reports a set of key husbandry measures that allow optimal turquoise killifish laboratory care, enabling the scientific community to adopt this species as a powerful laboratory animal model.

A Protocol for Laboratory Housing of Turquoise Killifish Nothobranchius furzeri

Laboratory housing of turquoise killifish can be scaled up&#160;to house and efficiently raise thousands of individual fish in a centralized water filtration system, employing the same infrastructure used for standard zebrafish facilities. Here we detail a list of standardized procedures that allow efficient killifish maintenance.

Un protocolo de laboratorio vivienda de turquesa killis (Nothobranchius furzeri)

The development of husbandry practices in non-model laboratory fish used for experimental purposes has greatly benefited from the establishment of ...

Experimental Protocol for Using Drosophila As an Invertebrate Model System for Toxicity Testing in the Laboratory

Emergent properties and external factors (population-level and ecosystem-level interactions, in particular) play important roles in mediating ecologically-important endpoints, though they are rarely considered in toxicological studies. D. melanogaster is emerging as a toxicology model for the behavioral, neurological, and genetic impacts of toxicants, to name a few. More importantly, species in the genus Drosophila can be utilized as a model system for an integrative framework approach to incorporate emergent properties and answer ecologically-relevant questions in&#160;toxicology research. The aim of this paper is to provide a protocol for exposing species in the genus Drosophila to pollutants to be used as a model system for a range of phenotypic outputs and ecologically-relevant questions. More specifically, this protocol can be used to 1) link multiple biological levels of organization and understand the impact of toxicants on both individual- and population-level fitness; 2) test the impact of toxicants at different stages of developmental exposure; 3) test multigenerational and evolutionary implications of pollutants; and 4) test multiple contaminants and stressors simultaneously.

Experimental Protocol for Using Drosophila As an Invertebrate Model System for Toxicity Testing in the Laboratory

In this paper, we provide a detailed protocol for exposing species in the genus Drosophila to pollutants with the goal of studying the impact of exposure on a range of phenotypic outputs at different developmental stages and for more than one generation.

Protocolo experimental para el uso de Drosophila como sistema modelo de invertebrado para ensayos de toxicidad en el laboratorio

Emergent properties and external factors (population-level and ecosystem-level interactions, in particular) play important roles in mediating ...

A Labor-saving and Repeatable Touch-force Signaling Mutant Screen Protocol for the Study of Thigmomorphogenesis of a Model Plant Arabidopsis thaliana

Plants responding to both intracellular and extracellular mechanical stimulations (or force signals) and develop special morphological changes, a called thigmomorphogenesis. In past decades, several signaling components have been identified and reported for being involved in the mechanotransduction (e.g., calcium ion binding proteins and jasmonic acid biosynthesis enzymes). However, the relatively slow pace of research in the study of force signaling or thigmomorphogenesis is largely attributed to two reasons: the requirement for laborious human hand-manipulated touch induction of thigmomorphogenesis and the force strength errors associated with people&#8217;s hand-touch. To enhance the efficiency of external force loading on a plant organism, an automatic touch-force loading machine was built. This robotic arm-driven hair brush touches provide a labor-saving and easily repeatable touch-force simulation, unlimited rounds of touch repetition and adjustable touch strength. This hair touch-force loading machine can be used for both large scale screening of touch-force signaling mutants and the phenomics study of plant thigmomorphogenesis. In addition, touch materials such as human hair, can be replaced with other natural materials like animal hair, silk threads and cotton fibers. The automated moving arms on the machine may be equipped with water sprinkling nozzles and air blowers to mimic the natural forces of rain drops and wind, respectively. By using this automatic hair touch-force loading machine in combination with the hand-performed cotton swab touching, we have investigated the touch response of two force signaling mutants, MAP KINASE KINASE 1 (MKK1) and MKK2 plants. The phenomes of the touch-force loaded wild type plants and two mutants were evaluated statistically. They have exhibited significant differences in touch response.

A Labor-saving and Repeatable Touch-force Signaling Mutant Screen Protocol for the Study of Thigmomorphogenesis of a Model Plant Arabidopsis thaliana

A gentle touch-force loading machine is built from human hair brushes, robotic arms and a controller. The hair brushes are driven by robotic arms installed on the machine and move periodically to apply touch-force on plants. The strength of machine-driven hair touches is comparable to that of manually applied touches.

Un Protocolo de Pantalla Mutante de Señalización de Señalización de Fuerza Táctil Y Repetible para el Estudio de la Thigmomorfogénesis de una Planta Modelo Arabidopsis thaliana

Plants responding to both intracellular and extracellular mechanical stimulations (or force signals) and develop special morphological changes, a called ...

A Simple Protocol for Mapping the Plant Root System Architecture Traits

Comprehensive knowledge of plant root system architecture (RSA) development is critical for improving nutrient use efficiency and increasing crop cultivar tolerance to environmental challenges. An experimental protocol is presented for setting up the hydroponic system, plantlet growth, RSA spreading, and imaging. The approach used a magenta box-based hydroponic system containing polypropylene mesh supported by polycarbonate wedges. Experimental settings are exemplified by assessing the RSA of the plantlets under varying nutrient (phosphate [Pi]) supply. The system was established to examine the RSA of Arabidopsis, but it is readily adaptable to study other plants like Medicago sativa (Alfalfa). Arabidopsis thaliana (Col-0) plantlets are used in this investigation as an example to understand the plant RSA. Seeds are surface sterilized by treating ethanol and diluted commercial bleach, and kept at 4 &#176;C for stratification. The seeds are germinated and grown on a liquid half-MS medium on a polypropylene mesh supported by polycarbonate wedges. The plantlets are grown under standard growth conditions for the desired number days, gently picked out from the mesh, and submersed in water-containing agar plates. Each root system of the plantlets is spread gently on the water-filled plate with the help of a round art brush. These Petri plates are photographed or scanned at high resolution to document the RSA traits. The root traits, such as primary root, lateral roots, and branching zone, are measured using the freely available ImageJ software. This study provides techniques for measuring plant root characteristics in controlled environmental settings. We discuss how to (1) grow the plantlets, and collect and spread root samples, (2) obtain pictures of spread RSA samples, (3) capture the images, and (4) use image analysis software to quantify root attributes. The advantage of the present method is the versatile, easy, and efficient measurement of the RSA traits.

We use simple laboratory tools to examine the root system architecture (RSA) of Arabidopsis and Medicago. The plantlets are grown hydroponically over mesh and spread using an art brush to reveal the RSA. Images are taken using scanning or a high-resolution camera, then analyzed with ImageJ to map traits.

Un protocolo simple para mapear los rasgos de arquitectura del sistema radicular de la planta

Comprehensive knowledge of plant root system architecture (RSA) development is critical for improving nutrient use efficiency and increasing crop cultivar ...

Methods Article

Protocolo SIVQ-LCM para el Instrumento ArcturusXT