El laboratorio HTX ofrece acceso en línea a proteínas totalmente automatizadas a tuberías estructuradas que se pueden aplicar para resolver nuevas estructuras y para llevar a cabo un cribado de fragmentos y leganes a mayor escala. A través de la combinación de la tecnología CrystalDirect para la recolección automatizada de cristales y el enfriamiento CRI en el software CRIM, donde los científicos pueden controlar todo el proceso de cristalografía a través de Internet. Comience abriendo e iniciando sesión en Crystal Graphic Information Management System en un navegador web y haga clic en el menú Muestras para abrir una interfaz con el proyecto en Sample Management Tools.
Haga clic en nueva muestra y, en la ventana de muestra, introduzca la información solicitada y haga clic en Guardar y realizar la solicitud. En el Panel de solicitud, seleccione el protocolo de cristalización, la temperatura de incubación, las pantallas de cristalización que se utilizarán y la fecha deseada para los experimentos que deben ser compatibles con el tiempo requerido para el envío de la muestra. Utilice los campos de comentarios para proporcionar indicaciones sobre las muestras que son importantes para que los operadores de laboratorio HDX las conozcan.
Después del envío, la solicitud de cristalización será validada por el equipo del Laboratorio de cristalización de alto rendimiento. Se enviará una confirmación sobre la programación del experimento por correo electrónico. A la llegada de la muestra a la instalación.
El personal del laboratorio configurará el experimento, enviará la confirmación de la configuración por correo electrónico y transferirá las bandejas de cristalización a los procesadores de imágenes automatizados. CRIMS proporcionará acceso a todos los parámetros experimentales y realizará un seguimiento de las nuevas sesiones de imágenes en tiempo real. Cuando haya nuevas imágenes disponibles, las notificaciones por correo electrónico se enviarán automáticamente.
Para ver las imágenes de las placas de cristalización, abra el menú Placas y navegue hasta la muestra. Haga clic en ver para ver la última sesión de imágenes o haga clic en el símbolo de expansión para seleccionar una sesión de imágenes diferente y comprobar el historial de caídas. Para filtrar muestras de un proyecto seleccionado.
Haga clic en el cuadro del proyecto específico. Las funciones de búsqueda también están disponibles para la mayoría de las columnas de la tabla. Para evaluar y calificar los resultados de los experimentos de cristalización, seleccione la interfaz de vista de placas y navegue por las diferentes paredes de las placas de cristalización.
Seleccione el tipo de imagen y seleccione la calidad de la imagen o grabe las puntuaciones. La interfaz de vista también proporciona todos los parámetros experimentales utilizados para los experimentos de cristalización, incluida la composición de la solución de cristalización. Para diseñar pantallas de optimización de cristales en función de las condiciones de acierto principales identificadas a través de la proyección inicial, abra el menú Refinamiento y seleccione el submenú Pantallas.
Seleccione el tipo de placa, las soluciones de stock o las configuraciones de gradiente que mejor se adapten al diseño experimental. Es posible pedir a CRIMS que envíe un archivo directamente compatible con el robot formulatrix formulador para pipetear automáticamente las pantallas en la placa o para emitir un documento imprimible pero los volúmenes para la operación manual. Una vez que el cristal sea adecuado para los experimentos de difracción de rayos X, navegue hasta la interfaz de vista de placas y use las puntuaciones pre almacenadas para seleccionar la imagen correspondiente a la caída de cristalización correcta.
Haga clic en la recolección de cristales para registrar un plan automatizado de recolección de cristales del robot de cosecha directa de cristales. CRIMS registrará y almacenará automáticamente la ubicación de los cristales cosechados en la columna vertebral o en los discos unitarios. A continuación, los operadores de nuestra instalación retirarán las placas con los planes de cosecha de los imagers y las transferirán al robot CrystalDirect.
Una vez completada la recolección de cristales, los discos que contienen las muestras se colocan en un CX 100 Dewar o se transfieren al sincrotrón de su elección. Para inspeccionar las muestras crioenfriadas, abra el menú Crystal Manager y seleccione Cristales cosechados. Las imágenes del proceso de cosecha, incluidas las imágenes de los pines con los cristales cosechados estarán disponibles allí.
Para crear envíos de muestra para el análisis de difracción de rayos X, abra el menú Envíos y haga clic en crear envío para seleccionar el sincrotrón de interés y el número de bolsa. También se pueden introducir comentarios para apoyar la recopilación de datos, así como parámetros predefinidos para la recopilación de datos en líneas de haz totalmente automatizadas. El laboratorio HDX también proporciona acceso a la detección de fragmentos a gran escala totalmente automatizada.
Los recursos de CRIMS para el procesamiento automatizado de datos y la identificación de golpes basados en el software de fase global, Pipeline Pipe Dream, permiten evaluar y priorizar rápidamente los resultados en cientos o miles de conjuntos de datos en un solo proyecto. CRIMS se comunica con los sistemas de gestión de información de Sincrotrón y recupera información sobre los experimentos de difracción reales. Abra el menú crystal Manager y seleccione datos de difracción de cristal para ver la información resumida y los resultados del procesamiento de datos inicial en el sincrotrón.
En este análisis representativo, se utilizaron las tuberías de cristalografía automatizada como se demostró, para la identificación estructural de diferentes proteínas. Como se observó, se identificaron tres estados de confirmación diferentes de una proteasa de una bacteria patógena en muy poco tiempo, gracias a la rápida sucesión de la optimización del cribado de cristales y las mediciones de difracción. Esta tubería también se aplicó recientemente a la identificación de fragmentos, uniéndose tanto al activo en varios sitios alastéricos de Trypanosoma brucei.
Farnesil pirofosfato sintasa una enzima clave del parásito que causa la tripanosomiasis africana humana. Este proceso minimiza el retraso entre el crecimiento de los cristales y la medición, acelerando el progreso. También libera a los científicos de operaciones complejas como el manejo de cristales y la operación de línea de haz que la cristalografía sea más accesible para los no expertos.
Este enfoque puede contribuir a fomentar la investigación traslacional y luego acelerar el proceso de descubrimiento de fármacos. Contribuir al desarrollo de medicamentos mejores y más seguros contra un mayor número de objetivos.
