O laboratório HTX oferece acesso on-line a proteínas totalmente automatizadas a dutos estruturados que podem ser aplicados para resolver novas estruturas e para realizar fragmentos de maior escala e triagem de legan. Através da combinação da tecnologia CrystalDirect para colheita automatizada de cristais e resfriamento CRI no software CRIM, onde os cientistas podem controlar todo o processo de cristalografia pela internet. Comece abrindo e fazendo login no Crystal Graphic Information Management System em um navegador da Web e clique no Menu de Amostras para abrir uma interface com o projeto em Ferramentas de Gerenciamento de Amostras.
Clique em nova amostra e na janela de amostra, insira as informações solicitadas e clique em salvar e fazer solicitação. No Painel de Solicitação, selecione o protocolo de cristalização, a temperatura de incubação, as telas de cristalização a serem utilizadas e a data desejada para os experimentos que devem ser compatíveis com o tempo necessário para o envio da amostra. Use os campos de comentários para fornecer indicações sobre as amostras que são importantes para os operadores de laboratório HDX saberem.
Após a apresentação, o pedido de cristalização será validado pela equipe do Laboratório de Cristalização de Alto Rendimento. Uma confirmação sobre o agendamento do experimento será enviada por e-mail. Após a chegada da amostra à instalação.
O pessoal do laboratório configurará o experimento, enviará a confirmação da configuração por e-mail e transferirá as bandejas de cristalização para os imagers automatizados. O CRIMS fornecerá acesso a todos os parâmetros experimentais e acompanhará novas sessões de imagem em tempo real. Quando novas imagens estiverem disponíveis, as notificações por e-mail serão enviadas automaticamente.
Para ver as imagens das placas de cristalização, abra o Menu de Placas e navegue até a amostra. Clique em exibir para ver a última sessão de imagem ou clique no símbolo expandir para selecionar uma sessão de imagem diferente e verificar o histórico de queda. Para filtrar amostras para um projeto selecionado.
Clique na caixa de projeto específica. As funções de pesquisa também estão disponíveis para a maioria das colunas de tabela. Para avaliar e pontuar os resultados dos experimentos de cristalização, selecione a interface de visualização da placa e navegue pelas diferentes paredes das placas de cristalização.
Selecione o tipo de imagem e selecione a qualidade da imagem ou regise as pontuações. A interface de visão também fornece todos os parâmetros experimentais utilizados para os experimentos de cristalização, incluindo a composição da solução de cristalização. Para projetar telas de otimização de cristal com base nas condições de impacto primárias identificadas através da triagem inicial, abra o Menu de Refinamento e selecione o sub menu Telas.
Selecione o tipo de placa, soluções de estoque ou configurações gradientes que melhor se encaixam no design experimental. É possível pedir ao CRIMS para produzir um arquivo diretamente compatível com o formulador formulatrix robô para pipetizar automaticamente as telas na placa ou para produzir um documento imprimível, mas os volumes para operação manual. Uma vez que o cristal seja adequado para experimentos de difração de raios-X foram identificados, navegue até a Interface de exibição da placa e use os escores pré-armazenados para selecionar a imagem correspondente à gota de cristalização correta.
Clique na colheita de cristais para registrar um plano automatizado de colheita de cristais do robô colheitadeira direto de cristal. O CRIMS gravará e armazenará automaticamente a localização dos cristais colhidos em discos de coluna ou unidade. Em seguida, operadores que nossa instalação removerá as placas com os planos de colheita dos imagers e transferi-las para o robô CrystalDirect.
Após a colheita de cristal ser concluída, os discos contendo as amostras são colocados em um CX 100 Dewar ou transferidos para o Síncrotron de sua escolha. Para inspecionar as amostras resfriadas criogenas, abra o Menu do Gestor de Cristal e selecione Cristais Colhidos. As imagens do processo de colheita, incluindo as imagens dos pinos com os cristais colhidos estarão disponíveis lá.
Para criar remessas de amostras para análise de difração de raios-X, abra o Menu de Remessas e clique em criar envio para selecionar o Síncrotron de interesse e o número da bolsa. Comentários para apoiar a coleta de dados, bem como parâmetros predefinidos para coleta de dados em linhas de feixe totalmente automatizadas também podem ser inseridos. O laboratório HDX também fornece acesso à triagem de fragmentos de grande escala totalmente automatizada.
Os recursos do CRIMS para processamento automatizado de dados e identificação de hits com base no software global de eliminação, Pipeline Pipe Dream, possibilitam avaliar e priorizar rapidamente resultados sobre centenas a milhares de conjuntos de dados em um único projeto. O CRIMS se comunica com os sistemas de gerenciamento de informações do Synchrotron e recupera informações sobre os experimentos de difração reais. Abra o Menu do Gestor de Cristal e selecione dados de difração de cristal para exibir informações de resumo e os resultados do processamento inicial de dados no Synchrotron.
Nesta análise representativa, foram utilizados os gasodutos de cristalografia automatizadas, como demonstrado, para a identificação estrutural de diferentes proteínas. Como observado, três diferentes estados de confirmação de uma protease de uma bactéria patogênica foram identificados em muito pouco tempo, graças à rápida sucessão de otimização de triagem de cristal e medições de difração. Este gasoduto também foi recentemente aplicado à identificação de fragmentos, ligando ambos aos ativos em vários sítios alastericos de Trypanosoma brucei.
Farnesyl pyrophosphate sintetiza uma enzima chave do parasita causando triplosomiase africana humana. Esse processo minimiza o atraso entre o crescimento do cristal e a medição, acelerando o progresso. Também liberta cientistas de operações complexas como manuseio de cristais e operação de linha de vigas que renderizam cristalografia, mais acessível a não especialistas.
Essa abordagem pode contribuir para fomentar a pesquisa translacional e, em seguida, acelerar o processo de descoberta de drogas. Contribuindo para o desenvolvimento de drogas melhores e mais seguras contra um número maior de alvos.
