Лаборатория HTX предлагает онлайн-доступ к полностью автоматизированным белковым структурированным трубопроводам, которые могут быть применены для решения новых структур и для проведения более масштабного скрининга фрагментов и легана. Благодаря сочетанию технологии CrystalDirect для автоматизированного сбора кристаллов и охлаждения CRI на программном обеспечении CRIM, где ученые могут контролировать весь процесс кристаллографии через Интернет. Начните с открытия и входа в систему управления графической информацией Crystal в веб-браузере и щелкните меню Примеры, чтобы открыть интерфейс с проектом в средствах управления образцами.
Щелкните Новый образец и в окне примера введите запрашиваемую информацию и нажмите кнопку Сохранить и сделать запрос. На панели запросов выберите протокол кристаллизации, температуру инкубации, используемые кристаллизационные экраны и желаемую дату экспериментов, которая должна быть совместима со временем, необходимым для отгрузки образца. Используйте поля комментариев, чтобы предоставить сведения о образцах, которые важно знать операторам лаборатории HDX.
После отправки запрос на кристаллизацию будет проверен командой лаборатории кристаллизации высокой пропускной способности. Подтверждение о планировании эксперимента будет отправлено по электронной почте. По прибытии образца на объект.
Персонал лаборатории настроит эксперимент, отправит подтверждение настройки по электронной почте и передаст кристаллизационные лотки автоматизированным тепловизоприятелям. CRIMS обеспечит доступ ко всем экспериментальным параметрам и будет отслеживать новые сеансы визуализации в режиме реального времени. Когда новые изображения будут доступны, уведомления по электронной почте будут отправляться автоматически.
Чтобы просмотреть изображения с пластин кристаллизации, откройте меню «Пластины» и перейдите к образцу. Щелкните Вид, чтобы просмотреть последний сеанс обработки изображений, или щелкните символ разворачивать, чтобы выбрать другой сеанс обработки изображений и проверить журнал перетаскивания. Фильтрация образцов для выбранного проекта.
Нажмите на поле конкретного проекта. Функции поиска также доступны для большинства столбцов таблицы. Чтобы оценить и оценить результаты экспериментов по кристаллизации, выберите интерфейс представления пластин и переместитесь по различным стенкам кристаллизационных пластин.
Выберите тип изображения и выберите качество изображения или запишите оценки. Интерфейс представления также предоставляет все экспериментальные параметры, используемые для экспериментов кристаллизации, включая состав кристаллизационного раствора. Чтобы спроектировать экраны оптимизации кристаллов на основе основных условий попадания, определенных в ходе первоначального скрининга, откройте меню «Уточнение» и выберите подменю «Экраны».
Выберите тип пластины, стандартные решения или конфигурации градиента, которые наилучшим образом соответствуют экспериментальному проекту. Можно попросить CRIMS вывести файл, непосредственно совместимый с формуляром-роботом formulatrix, чтобы автоматически пипетировать экраны в пластину или вывести печатный документ, но тома для ручного управления. После того, как кристалл подходит для экспериментов по дифракции рентгеновских лучей, перейдите к интерфейсу просмотра пластин и используйте предварительно сохраненные баллы для выбора изображения, соответствующего правильному падению кристаллизации.
Нажмите «Сбор кристаллов», чтобы записать автоматический план сбора кристаллов с помощью робота прямого сбора кристаллов. CRIMS автоматически записывает и сохраняет местоположение собранных кристаллов в позвоночнике или единицах шайбы. Далее операторы нашего объекта снимут пластины с планами уборки с тепловизоров и передадут их роботу CrystalDirect.
После завершения сбора кристаллов шайбы, содержащие образцы, помещаются в CX 100 Dewar или передаются на синхротрон по вашему выбору. Чтобы проверить криоохлажденные образцы, откройте меню Crystal Manager и выберите Собранные кристаллы. Там будут доступны изображения процесса сбора урожая, в том числе изображения штифтов с собранными кристаллами.
Чтобы создать образцы отправлений для рентгеновского дифракционного анализа, откройте меню «Отправления» и нажмите «Создать отправление», чтобы выбрать интересующий синхротрон и номер сумки. Также могут быть введены комментарии для поддержки сбора данных, а также предопределенные параметры для сбора данных на полностью автоматизированных линиях луча. Лаборатория HDX также предоставляет доступ к полностью автоматизированному крупномасштабному скринингу фрагментов.
Ресурсы CRIMS для автоматизированной обработки данных и идентификации попаданий на основе глобального программного обеспечения для поэтапной реализации Pipeline Pipe Dream позволяют быстро оценивать и расставлять приоритеты результатов по сотням и тысячам наборов данных в одном проекте. CRIMS взаимодействует с системами управления информацией Синхротронов и извлекает информацию о фактических дифракционных экспериментах. Откройте меню Crystal Manager и выберите данные дифракции кристаллов для просмотра сводной информации и результатов первоначальной обработки данных на синхротроне.
В этом репрезентативном анализе автоматизированные кристаллографические конвейеры использовались, как показано, для структурной идентификации различных белков. Как было замечено, три различных подтверждающих состояния протеазы из патогенной бактерии были идентифицированы за очень короткое время, благодаря быстрой последовательности оптимизации скрининга кристаллов и дифракционных измерений. Этот конвейер также недавно был применен для идентификации фрагментов, связывающих оба с активными в нескольких аластерических участках Trypanosoma brucei.
Фарнезилпирофосфатсинтаза является ключевым ферментом паразита, вызывающим африканский трипаносомоз человека. Этот процесс сводит к минимуму задержку между ростом кристаллов и измерением, ускоряя прогресс. Это также освобождает ученых от сложных операций, таких как обработка кристаллов и работа с лучевой линией, делая кристаллографию более доступной для неспециалистов.
Этот подход может способствовать трансляционным исследованиям, а затем ускорить процесс открытия лекарств. Содействие разработке более совершенных и безопасных лекарств против большего числа мишеней.
