Secuenciación de ARN unicelular de embriones enteros de ratón mutantes: desde el epiblasto hasta el final de la gastrulación

Nos centramos en descifrar los mecanismos que controlan las decisiones tempranas sobre el destino de las células durante la diferenciación de células madre embrionarias, tanto in vitro como en modelos de ratón. Las complejas redes reguladoras guían la diferenciación durante el desarrollo, e investigamos cómo la interacción de las vías de señalización, los factores de transcripción y los reguladores epigenéticos promueven diferentes destinos celulares. El estudio del proceso dinámico y rápido de gastrulación en ratones es técnicamente desafiante debido al pequeño número de células por embrión y al número limitado de embriones con el genotipo deseado por camada.

Si bien la literatura muestra ampliamente el estudio de células individuales utilizando poblaciones de embriones de tipo salvaje o con células activadas por fluorescencia, un análisis exhaustivo de embriones con mutaciones de linaje aún es limitado. Nuestro protocolo ofrece la posibilidad de generar conjuntos de datos ómicos unicelulares a partir de embriones gastrulantes que albergan mutaciones en el linaje. Ayudará a los científicos que no tengan experiencia en el manejo de ratones o que quieran aprender la manipulación temprana de embriones o enfoques unicelulares.

Nuestro protocolo ayudará a responder a nuevas preguntas científicas sobre la gastrulación y la organogénesis temprana, incluido el desarrollo del corazón. Proporcionamos una línea para analizar embriones mutantes específicos de linaje a una resolución de una sola célula, lo que facilitará el análisis del papel de un gen específico en el compromiso del linaje. Esperamos utilizar esta metodología para comprender los mecanismos reguladores de las decisiones sobre el destino celular durante el proceso rápido y dinámico de gastrulación.