Секвенирование РНК одиночных клеток мутантных цельных эмбрионов мыши: от эпибласта до конца гаструляции

Мы сосредоточились на расшифровке механизмов, контролирующих ранние решения о судьбе клеток во время дифференцировки эмбриональных стволовых клеток, как in vitro, так и на мышиных моделях. Сложные регуляторные сети управляют дифференцировкой во время развития, и мы исследуем, как взаимодействие сигнальных путей, факторов транскрипции и эпигенетических регуляторов способствует различным судьбам клеток. Изучение динамического и быстрого процесса гаструляции у мышей является технически сложной задачей из-за малого количества клеток на эмбрион и ограниченного числа эмбрионов с желаемым генотипом в помете.

В то время как в литературе широко показано изучение одиночных клеток с использованием популяций эмбрионов, отсортированных по дикому типу или флуоресцентно-активируемым клеткам, всесторонний анализ эмбрионов с мутациями линии все еще ограничен. Наш протокол предлагает возможность создания омических наборов данных для одиночных клеток из гаструляционных эмбрионов, несущих линейные мутации. Это поможет ученым, не имеющим или ограниченного опыта работы с мышами, или тем, кто хочет изучить ранние манипуляции с эмбрионами или подходы к одиночным клеткам.

Наш протокол поможет ответить на новые научные вопросы в области гаструляции и раннего органогенеза, в том числе развития сердца. Мы предоставляем конвейер для анализа мутантных эмбрионов, специфичных для линии, с разрешением одной клетки, что облегчит анализ роли конкретных генов в приверженности линии. Мы надеемся использовать эту методологию для понимания регуляторных механизмов принятия решений о судьбе клеток во время быстрого и динамичного процесса гаструляции.