Nous remercions Adelle Murell et Wolf Reik beaucoup pour le partage de leur protocole 3C. Ce travail a été soutenu par le ministère de la Défense et le Service de recherche du ministère des Anciens Combattants.

1. Fixation de formaldéhyde des interactions chromatine longue portée <ol><li> Lignée cellulaire humaine Culture HL-60 au milieu RPMI1640 avec 15% de FBS et 1 x pénicilline / streptomycine à 80-90% de confluence dans un incubateur fourni avec 5% de CO 2 à 37 ° C. </li><li> Recueillir les cellules dans un tube de 50 ml Nunc, centrifuger à 1200 rpm pendant 15 minutes, puis retirez le support par aspiration </li><li> Ajouter 5 ml de milieu de culture pour remettre les culots cellulaires, et de compter les cellules en utilisant un hématimètre. Prenez environ 1 x 10 7 cellules pour un volume de 40 ml avec FBS RPMI1640 / 10%, puis ajouter 1,7 ml de formaldéhyde à 37% de fixer la chromatine diluer. </li><li> Incuber à température ambiante pendant 10 minutes en remuant doucement, puis trempe avec 2,4 ml de 2M glycine. Centrifuger pendant 15 minutes à 1200 rpm à 4 ° C, et retirer le surnageant. Laver le culot une fois avec 40 ml PBS glacé, puis le culot spin bas et retirer le CPE. </li></ol> 2. La lyse cellulaire à isoler les noyaux <ol><li> Resuspendre les cellules dans 40 ml de tampon de lyse de la glace froide (10 mM Tris-HCI, pH 8,0, NaCl 10 mM, 0,2% NP-40) avec des inhibiteurs de protéase fraîchement ajoutée (1:500 dilution) et 0,1 mM PMSF. Incuber dans une chambre froide avec une rotation de 90 minutes, centrifuger à 2500 rpm pendant 15 minutes, et retirer le surnageant. </li></ol> 3. La digestion par enzyme de restriction avec Bgl II <ol><li> Resuspendre les noyaux dans 0,5 ml d&#39;une mémoire tampon x ONE 3, et ajouter 15 μlof SDS à 10%. Incuber à 37 ° C pendant 1 heure en agitant, puis ajouter 45 ul de 20% de Triton X-100 pour séquestrer le SDS. Incuber à 37 ° C pendant 1 heure avec agitation. </li><li> Utilisez une aliquote de 1 x 10 6 noyaux (environ 15 mg, soit un dixième des cellules d&#39;origine) pour la digestion des enzymes de restriction. Sortez 55 pi de solution de noyaux de l&#39;étape 3.1 et compléter à 500 ul avec 433 ul de 1 x ONE tampon 3 et 12 pl d&#39;Bgl II (50U/ul). Incuber à 37 ° C pendant la nuit. </li></ol> 4. La ligature des segments d&#39;ADN interagissant <ol><li> Inactiver les enzymes de restriction en ajoutant 95 ul de 10% de SDS, et dénaturer par chauffage à 65 ° C pendant 20 minutes dans un bain d&#39;eau. </li><li> Ajouter 7 ml de tampon de ligation 1 x (30 mM Tris-HCI, pH 8,0, MgCl2 10 mM, DTT 10 mM, ATP 1 mM) et 360 ul de 20% de Triton X-100 et incuber à 37 ° C pendant 1 heure . </li><li> Baisser la température à 16 ° C et ajouter 50 l de 400 U / ul ADN ligase T4. Incuber l&#39;échantillon à 16 ° C pendant 4 heures puis à température ambiante pendant 30 minutes. </li></ol> 5. Purification d&#39;ADN <ol><li> Ajouter 300 ug de la protéinase K, et incuber à 65 ° C pendant la nuit. </li><li> Ajouter 5 ug de RNase A et incuber à 37 ° C pendant 30 minutes </li><li> Purifier l&#39;ADN par extraction au phénol / chloroforme, et précipiter l&#39;ADN dans l&#39;isopropanol. Dissoudre l&#39;ADN dans 150 ul d&#39;eau distillée stérile. </li></ol> 6. Digestion avec Msp I et ligature avec des lieurs oligonucléotidiques <ol><li> Incuber 2μg d&#39;ADN purifié avec 5 unités de Msp I à 37 ° C pendant 4-6 heures. Inactiver j&#39;ai Msp à 65 ° C pendant 10 minutes, puis précipiter l&#39;ADN dans de l&#39;éthanol avec 1 pi de 5 mg / ml de glycogène. Dissoudre le culot d&#39;ADN dans 50 ul d&#39;eau distillée stérile. </li><li> Mélanger 50 pl de Msp I-traitée ADN avec 2 pi d&#39;un L 20 uM oligonucléotidiques linker (5&#39;-gctgaccctgaattcgcacgtgcctgtcgttagcggacacagggcgattcac-3 &#39;), 1 pl d&#39;une 20 oligonucléotidiques uM S (5&#39;-cggtgaatc-3&#39;), 1 pl de l&#39;eau distillée stérile et 6 pl d&#39;ADN de 10 x tampon ligase T4. Couvrir le mélange avec de la cire liquide. </li><li> Oligonucléotides Dénaturer à 50 ° C pendant 1 minute et laisser refroidir progressivement à 10 ° C dans un 0,5 ° C / minute gradient dans un cycleur thermique. </li><li> Ajouter 1 l de 400 U / ul ADN ligase de T4 et incuber à 15 ° C pendant la nuit. Purifier l&#39;ADN linker-ligaturés en utilisant un kit QIAquick PCR Purification, et éluer dans 50 ul d&#39;eau distillée stérile. </li></ol> 7. Amplification par PCR et analyse de séquences <ol><li> Choisissez une amorce pour la région spécifique de l&#39;ADN que vous voulez examiner pour interactions à longue portée (c&#39;est à dire, le «appât»). Dans cet exemple, nous utilisons ABL-1. </li><li> Prendre 1 pl de l&#39;ADN purifié pour effectuer le premier tour de PCR utilisant 1 pl de 20 pM ABL -1 amorces spécifiques # 4656 (5&#39;-gttcaagcgattctcctgcctcga-3 &#39;), 1 pl de 20 pM linker amorces spécifiques # 2963 (5&#39;- gctgaccctgaattcgcacgtgcct-3 &#39;), 3μl de 3 x Klen Taq polymérase ADN I cocktail et 3 ul d&#39;eau distillée stérile. Deux ul de 32 P-dCTP est ajouté à 100 ul de 3 x Klen Taq ADN polymérase I cocktail avant l&#39;amplification par PCR. Le cycle thermique pour un démarrage à chaud PCR est de 72 ° C pendant 2 min, 95 ° CFOR 2 minutes, 18 cycles de 95 ° C pendant 20 secondes, 65 ° C pendant 40 secondes, et 72 ° C pendant 1 minute; l&#39;extension finale est effectué à 72 ° Cpendant 5 minutes. </li><li> Purifier le premier tour des produits de PCR utilisant un kit QIAquick PCR Purification, et l&#39;ADN éluer dans 30 ul d&#39;eau distillée stérile. </li><li> Prendre 1 l de 100 x diluée premier produit de PCR pour effectuer un deuxième tour de PCR utilisant des amorces imbriquées en ajoutant 1 pl de 20 pM ABL-1 amorces spécifiques # 4626 (5&#39;-ggagaatttttatctgcctctgtga-3 &#39;) (figure 1a), 1 pl de 20 uM d&#39;amorces spécifiques linker # 2961 (5&#39;-gtcgttagcggacacagggcgattc-3 &#39;), 3 pi de 3 x Klen Taq polymérase ADN I cocktail et 3 ul d&#39;eau distillée stérile. Le calendrier des cycles thermiques est de 25 cycles de 95 ° C pendant 20 secondes, 67 ° C pendant 40 secondes, et 72 ° C pendant 1 minute, puis par extension à 72 ° C pendant 5 minutes. </li><li> Visualisez les produits de PCR en exécutant un 5% d&#39;urée-PAGE sur gel et la numérisation de l&#39;écran exposé dans un Phosphoimager (figure 1b). Chaque bande de PCR peuvent être recyclés à partir du gel par la dissolution des bandes de gel dans un tube Eppendorf contenant 60 ul d&#39;eau distillée stérile, et l&#39;incubation à 95 ° C pendant 5 minutes. Centrifuger brièvement à 10000 rpm pendant 10 sec pour collecter tous les échantillons. Retirer 1 pl pour l&#39;utiliser comme matrice d&#39;ADN pour effectuer la PCR avec le couple d&#39;amorces 2961/4626 en utilisant les mêmes conditions que décrites ci-dessus. L&#39;analyse des séquences peut être effectuée après purification utilisant un kit QIAquick PCR Purification. </li><li> Séquences d&#39;ADN sont analysés en utilisant un outil en ligne pour déterminer leur localisation chromosomique sur le site web: http://genome.ucsc.edu (figure 1c). Cliquez sur &quot;BLAT &#39;pour entrer dans une nouvelle fenêtre qui permet de coller une séquence d&#39;ADN, une nouvelle fenêtre apparaît après avoir cliqué sur« soumettre », et montre les« Résultats de la recherche BLAT ». Cliquez sur &quot;navigateur&quot; de la frapper avec 100% d&#39;identité pour entrer dans une fenêtre de côté pour montrer l&#39;emplacement de la séquence d&#39;ADN. </li></ol> 8. Les résultats représentatifs 1. Test ACT utilisant ABL-1 région comme appât afin de déterminer sa longue interactions ADN large Comme illustré dans la figure 1a, deux sites Bgl II et un site BamH I ont été choisis pour le dosage de l&#39;ACT. Dans le second cycle de PCR, l&#39;amorce mis 4626/2961 a été utilisé pour amplifier ABL-M1, 4630/2961 a été utilisé pour ABL-M2 et 4636/2961 a été utilisé pour ABL-M3. Un motif de gel typique montre un à plusieurs bandes (figure 1b). Chaque fragment d&#39;un test ACT est constitué de deux segments d&#39;ADN combinés: un segment est dérivée de la région d&#39;ADN appâts, tandis que le second segment provient du partenaire associé, qui a été rejoint au segment région appât par la séquence de reconnaissance d&#39;enzyme de restriction premier. La séquence deuxième enzyme de reconnaissance apparaîtra à la fin de la séquence des partenaires associés (figure 1c). Le cloné ABL-M1 fragment contient l&#39;ADN de la région de ABL1 situé sur le chromosome 9q32.4 partir +133,592,306-133,592,399, et le partenaire associé est situé au chromosome 3p13 +71,869,882-71,870,107. L&#39;identité des partenaires associés sont découverts par le dynamitage de leurs séquences en utilisant le navigateur du génome UCSC (GRCh7/hg19 publié en Février 2009). PROK2 a été identifié comme le partenaire associé au locus chr3p13. De même, le partenaire ABL-M2 associé a été localisé à chr5q21.1, tout clone ABL-M3 a été identifiée comme une association intra-chromosomique à proximité de l&#39;ABL-1 locus. 2. Déterminer moins répandue interactions à longue portée utilisant test ACT D&#39;autres essais basés sur 3C ont rapporté beaucoup plus de partenaires que les interactions que nous avons montré dans la figure 1 et à l&#39;IGF2 / H19 le locus 12. La méthodologie que nous avons décrites sélectionnera les interactions les plus répandues de longue portée. Cependant, en augmentant le nombre de cycles de PCR, il est possible d&#39;identifier d&#39;autres, les associations moins fréquentes aussi bien (figure 2). 3. Les différences dans les interactions à longue portée dans les cellules cancéreuses par rapport aux tissus normaux. Le test ACT peut aussi être utilisé pour identifier les différences dans l&#39;architecture nucléaire et les interactions à longue portée entre les cellules normales et les cellules cancéreuses (figure 3). Ces différences peuvent refléter des changements d&#39;architecture nucléaire qui se produisent pendant la transformation cellulaire, et donc ce test pourrait finalement être applicables à des fins diagnostiques. Les modèles de gel similaires qui se produisent dans les deux normaux et tissus cancéreux ont indiqué que le test ACT est fiable et reproductible. Alors que le test ACT peut identifier l&#39;ADN des partenaires à long gamme, des analyses supplémentaires, tels que les poissons et les analyses de ChIP, sont tenus de vérifier la présence des associations identifiées entre loci lointain. Des études génétiques, physiologiques et biochimiques peuvent alors être effectuées pour élucider les implications biologiques de ces associations à long ADN gamme. <img src="/files/ftp_upload/2621/2621fig1.jpg" alt="Figure 1" /> Figure test ACT 1 en utilisant ABL-1 région comme appât dans l&#39;ADN cellules HL-60. a. Struct ADNUre de ABL-1 région. L&#39;enzyme de restriction d&#39;abord utilisé dans ACT dosage était Bgl II. Les amorces pour le deuxième tour de PCR sont également marqués par des flèches et des numéros amorce correspondant. b. Motif de gel de l&#39;essai ACT dans 5% d&#39;urée-PAGE. La paire d&#39;amorces 4626/2961 a été utilisé pour amplifier clone ABL-M1 à la PCR nichée, 4630/2961 a été utilisée pour cloner ABL-M2 et 4636/2961 a été utilisée pour cloner ABL-M3. C. Séquence d&#39;ADN du clone ABL-M1. Fragment d&#39;ADN de l&#39;ADN-1 ABL appât est étiqueté en rouge, et le partenaire d&#39;ADN associées est étiqueté en cyan. BglII site (AGACTC) a été marqué en vert, et le site Msp I (CCBG) est étiquetée en violet. <img src="/files/ftp_upload/2621/2621fig2.jpg" alt="Figure 2" /> Figure 2 cycles de PCR affecter les résultats d&#39;essai ACT. Utilisation de la région de contrôle impression (ICR) au niveau du locus Igf2/H19 que l&#39;ADN d&#39;appât dans les cellules de fibroblastes de souris, programmes de cyclisme différents ont été appliqués dans les premier et deuxième tours de la PCR dans le dosage de l&#39;ACT. 18-20 cycles dans le premier cycle de PCR n&#39;a pas amplifier le signal suffisant pour être visualisées. Vingt cinq cycles dans les résultats de la PCR deuxième bandes claires, tout en augmentant le nombre de cycles pour le deuxième tour de PCR induit un modèle de diffamation, en plus de plusieurs bandes. <img src="/files/ftp_upload/2621/2621fig3.jpg" alt="Figure 3" /> Figure 3 Détection des différences dans l&#39;architecture nucléaire entre les tissus du côlon normal et le tissu du cancer du côlon dans l&#39;essai ACT. A. Structure de l&#39;ADN de la région de l&#39;ICR au IGF2/H19 locus et le gène IGF2. Dpn les sites II pour le dosage de l&#39;ACT sont étiquetés. Amorces utilisées dans le second cycle de PCR sont marquées par des flèches et des numéros de différentes couleurs qui correspondent à chaque voie dans le volet B de la figure. b. Motif de gel de l&#39;essai ACT dans 5% d&#39;urée-PAGE. Tissus du côlon normal MAD03-1423 et les tissus du cancer du côlon MAD04-149 a été obtenu à partir de tissus du Réseau coopératif de l&#39;homme (CHTN) Division de l&#39;Ouest. Après chaque tissu du côlon a été homogénéisé, test ACT a été réalisé en suivant les procédures décrites ici. Voie 1 représente les résultats PCR en utilisant la paire d&#39;amorces # # 2961and 4161 (5&#39;-tctgcgccatcagggcagtgagac-3 &#39;) marqué en rose dans le panneau a; piste 2 représente les résultats de la PCR en utilisant la paire d&#39;amorces # 2961 et # 4163 (5&#39;-gccgcgcggccacttccgattcc-3 ») marqué en orange dans le panneau a; piste 3 représente les résultats de la PCR en utilisant la paire d&#39;amorces # 2961 et # 5145 (5&#39;-gccatgcaggtaggatttgagctg-3 &#39;) marqué en bleu dans le panneau a; piste 4 représente les résultats de la PCR en utilisant la paire d&#39;amorces # 2961 et # 5151 (5&#39;-gtctcaaataggggccagctagcttgg-3 &#39;) marqué en vert sur le panneau a. Des bandes uniques qui apparaissent uniquement dans les tissus du côlon normal sont étiquetés par des flèches jaunes, et les bandes qui n&#39;est apparu que dans les tissus du cancer du côlon sont étiquetés dans les flèches rouges. ICR, région de contrôle empreinte; DMR, différentes régions méthylées.

<ol>
	<li>Dekker, J., Rippe, K., Dekker, M., Kleckner, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Capturing+chromosome+conformation.">Capturing chromosome conformation.</a> Science. 295, 1306-1311 (2002).</li><li>Apostolou, E., Thanos, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Virus+Infection+Induces+NF-kappaB-dependent+interchromosomal+associations+mediating+monoallelic+IFN-beta+gene+expression.">Virus Infection Induces NF-kappaB-dependent interchromosomal associations mediating monoallelic IFN-beta gene expression.</a> Cell. 134, 85-96 (2008).</li><li>Duan, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+three-dimensional+model+of+the+yeast+genome.">A three-dimensional model of the yeast genome.</a> Nature. 465, 363-367 (2010).</li><li>Lomvardas, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interchromosomal+interactions+and+olfactory+receptor+choice.">Interchromosomal interactions and olfactory receptor choice.</a> Cell. 126, 403-413 (2006).</li><li>Murrell, A., Heeson, S., Reik, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interaction+between+differentially+methylated+regions+partitions+the+imprinted+genes+Igf2+and+H19+into+parent-specific+chromatin+loops.">Interaction between differentially methylated regions partitions the imprinted genes Igf2 and H19 into parent-specific chromatin loops.</a> Nat Genet. 36, 889-893 (2004).</li><li>Schoenfelder, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preferential+associations+between+co-regulated+genes+reveal+a+transcriptional+interactome+in+erythroid+cells.">Preferential associations between co-regulated genes reveal a transcriptional interactome in erythroid cells.</a> Nat Genet. 42, 53-61 (2010).</li><li>Spilianakis, C. G., Lalioti, M. D., Town, T., Lee, G. R., Flavell, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interchromosomal+associations+between+alternatively+expressed+loci.">Interchromosomal associations between alternatively expressed loci.</a> Nature. 435, 637-645 (2005).</li><li>Vakoc, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proximity+among+distant+regulatory+elements+at+the+beta-globin+locus+requires+GATA-1+and+FOG-1.">Proximity among distant regulatory elements at the beta-globin locus requires GATA-1 and FOG-1.</a> Mol Cell. 17, 453-462 (2005).</li><li>Xu, N., Tsai, C. L., Lee, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transient+homologous+chromosome+pairing+marks+the+onset+of+X+inactivation.">Transient homologous chromosome pairing marks the onset of X inactivation.</a> Science. 311, 1149-1152 (2006).</li><li>Lieberman-Aiden, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+mapping+of+long-range+interactions+reveals+folding+principles+of+the+human+genome.">Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome.</a> Science. 326, 289-293 (2009).</li><li>Berkum, N. L. v. a. n. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hi-C:+a+method+to+study+the+three-dimensional+architecture+of+genomes.">Hi-C: a method to study the three-dimensional architecture of genomes.</a> J Vis Exp. , (2010).</li><li>Ling, J. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CTCF+mediates+interchromosomal+colocalization+between+Igf2/H19+and+Wsb1/Nf1.">CTCF mediates interchromosomal colocalization between Igf2/H19 and Wsb1/Nf1.</a> Science. 312, 269-272 (2006).</li><li>Dekker, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+three+'C's+of+chromosome+conformation+capture:+controls,+controls,+controls.">The three 'C's of chromosome conformation capture: controls, controls, controls.</a> Nat Methods. 3, 17-21 (2006).</li></ol>

Dekker et al. Développée la conformation capture de chromosomes (3C) approche pour détecter la fréquence de l&#39;interaction entre deux locus génomiques 1, et 3C a été largement utilisée pour étudier les associations intra-et inter-chromosomique chromosomiques entre deux régions de l&#39;ADN des cellules de mammifères connues 2 -9. Bien que nouvellement développé Salut-C méthodologie peut être appliquée pour l&#39;étude de l&#39;ADN du génome entier d&#39;association, dosage de loi est encore une technique efficace pour l&#39;étude des interactions ADN spécifiques de locus 10-11. Nous avons modifié cette approche pour identifier les régions d&#39;ADN inconnus qui sont associés à une région d&#39;ADN connues chez la souris et les cellules humaines en culture (figure 1). Nous avons nommé cette méthode, le piège de chromosomes associés (ACT) de dosage, comme il nous a fourni une méthode fiable et reproductible pour identifier de nouveaux partenaires l&#39;ADN inconnu qui associent à une région d&#39;ADN cible connue 12. Un test réussi 3C avec des contrôles appropriés sont effectués avant l&#39;exécution des nouveaux aspects de l&#39;essai ACT 13. Afin tofind que de nombreuses régions d&#39;ADN associées que possible, il est nécessaire d&#39;utiliser différentes combinaisons d&#39;enzymes de restriction premier et deuxième. Il est particulièrement important d&#39;utiliser des enzymes de restriction qui sont insensibles à la méthylation CpG pour effectuer l&#39;étape de ligation premier 3C. La liaison aux protéines et de méthylation de l&#39;ADN peuvent également influer sur l&#39;efficacité de digestion d&#39;enzymes de restriction et peut conduire à l&#39;échec de la ligature des régions d&#39;ADN associées à certaines digestions d&#39;enzyme de restriction. La survenue d&#39;une ligature intra-ou inter-chromosomique dépend de protéine-ADN de réticulation et appropriée des cartes physiques des deux régions d&#39;ADN associées. Ainsi, certaines expériences préliminaires sont indispensables pour établir une concentration de formaldéhyde possible efficace et temps de traitement dans l&#39;essai de l&#39;ACT. Une gamme de concentrations finales de formaldéhyde (from1.5% à 2%) ont été utilisés dans plusieurs laboratoires lors de la partie 3C de l&#39;essai 7,9. Alternativement, les oligonucléotides utilisés comme agents de liaison peuvent être conçus pour correspondre à la fin de cohésion coupé par l&#39;enzyme de restriction secondes. Bien que nous avons constaté que 18 à 20 cycles dans le premier cycle de PCR et 20-25 cycles dans le second cycle de PCR pourrait fournir des bandes claires, il est nécessaire d&#39;établir les meilleures conditions de PCR pour chaque expérience (figure 2). Intra-molécule recuit entre la séquence adaptateur extrémité 5 &#39;et 3&#39;-end complémentaire d&#39;un brin d&#39;ADN peut se produire dans la PCR, il inhibe l&#39;adaptateur amorce spécifique de recuit avec la molécule d&#39;ADN, et conduit à l&#39;efficacité d&#39;amplification beaucoup plus faible dans les premiers cycles de plusieurs. Après l&#39;ADN cible a été amplifié par cycles, son montant peut être beaucoup plus grande que ces réactions non spécifiques, et peuvent faciliter la concurrence des hybridation des amorces à des molécules d&#39;ADN cible. C&#39;est aussi pourquoi nous pouvons voir l&#39;amplification de fond, et pourquoi le premier produit de PCR rondes doit être dilué pour diminuer amplification.It fond est important d&#39;enlever les amorces en excès de la réaction PCR afin de diminuer le fond dans le second cycle de PCR. Comme dans toutes les expériences basées sur la PCR, il est essentiel de concevoir des amorces qui ne sont pas situés dans des régions séquence de répétition, qui constituent la majorité de l&#39;ADN humain et la souris. Bien que nouvellement développé Salut-C méthodologie peut être appliquée pour l&#39;étude de l&#39;ADN du génome entier d&#39;association, dosage de loi est encore une technique efficace pour l&#39;étude des interactions ADN spécifiques de locus.

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		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
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		<tbody>
		
<tr>
<td>RPMI1640 medium</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>22400-105</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>acrylamide</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>15512-023</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>ATP solution, 10mM</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>AM8110G</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>fetal bovine serum</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>16000-044</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>penicillin-streptomycin</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>15140-122</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>1M Tris pH8.0</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>AM9856</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNase A</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>12091-039</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>SDS</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>15525-017</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>urea</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>15505-035</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>BamH I</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>NEB Biolabs</td>
<td>R0136T</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Bgl II</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>NEB Biolabs</td>
<td>R0144M</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Dpn II</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>NEB Biolabs</td>
<td>R0543T</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Msp I</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>NEB Biolabs</td>
<td>R0106S</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>dNTPs</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>NEB Biolabs</td>
<td>N0447L</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>proteinase K</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>NEB Biolabs</td>
<td>P8102S</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>T4 DNA ligase</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>NEB Biolabs</td>
<td>M0202T</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>37% formaldehyde</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma-Aldrich</td>
<td>F8775</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Bis-acrylamide</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma-Aldrich</td>
<td>146072</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>dithiothreitol</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma-Aldrich</td>
<td>43815</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>glycine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma-Aldrich</td>
<td>50046</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PMSF</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma-Aldrich</td>
<td>93482</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>proteinase inhibitor</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma-Aldrich</td>
<td>S8830</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Nonidet P-40</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche Applied Science</td>
<td>11754599001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>KlenTaq1</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Ab peptides</td>
<td>1001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>dCTP alpha P32</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>PerkinElmer</td>
<td>BLU513H250UC</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PTC-100 Thermal Cycler</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>MJ Research</td>
<td>mjptc100</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Power Supply</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Bio-Rad</td>
<td>164-5056</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>OmniPAGE Maxi</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Aurogene Life Science</td>
<td>VS20D</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Typhoon 9400</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>GE Healthcare </td>
<td>63-0055-78</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

associated chromosome trap for identifying long-range dna interactions

L&#39;information génétique codée par l&#39;ADN est organisé en une structure complexe et très réglementé chromatine. Chaque chromosome occupe un territoire spécifique, qui peut changer selon le stade de développement ou du cycle cellulaire. L&#39;expression des gènes peut se produire dans des usines spécialisées transcriptionnelle où les segments de chromatine peut en boucle à partir de différents territoires chromosomiques, conduisant à la co-localisation des segments d&#39;ADN qui peuvent exister sur les chromosomes différents ou très éloignés sur le même chromosome. Le piège Associated chromosomes (ACT) test fournit une méthodologie efficace pour identifier l&#39;ADN de ces associations à long terme de façon impartiale en étendant et en modifiant la technique de capture des chromosomes conformation. Le dosage de loi rend possible pour nous d&#39;étudier les mécanismes de la régulation transcriptionnelle en trans, et peut aider à expliquer la relation de l&#39;architecture nucléaire à l&#39;expression des gènes dans la physiologie normale et pendant les états pathologiques.

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Associated Chromosome Trap for Identifying Long-range DNA Interactions

Le piège de chromosomes associés (ACT) dosage est une nouvelle méthode impartiale pour identifier les interactions ADN à longue portée. La caractérisation des interactions ADN à long gamme va nous permettre de déterminer la relation de l&#39;architecture nucléaire à l&#39;expression des gènes dans les deux physiologie normale et dans des états pathologiques.

Piège chromosomes associés pour identifier les interactions ADN à longue distance

Genetic information encoded by DNA is organized in a complex and highly regulated chromatin structure.  Each chromosome occupies a specific territory, ...

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Research

JoVE Journal

Biology

14.4K vues.  Stanford University School of Medicine. Le piège de chromosomes associés (ACT) dosage est une nouvelle méthode impartiale pour identifier les interactions ADN à longue portée. La caractérisation des interactions ADN à long gamme va nous permettre de déterminer la relation de l'architecture nucléaire à l'expression des gènes dans les deux physiologie normale et dans des états pathologiques.

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Split-Ubiquitin Based Membrane Yeast Two-Hybrid (MYTH) System: A Powerful Tool For Identifying Protein-Protein Interactions

The fundamental biological and clinical importance of integral membrane proteins prompted the development of a yeast-based system for the high-throughput identification of protein-protein interactions (PPI) for full-length transmembrane proteins. To this end, our lab developed the split-ubiquitin based Membrane Yeast Two-Hybrid (MYTH) system. This technology allows for the sensitive detection of transient and stable protein interactions using Saccharomyces cerevisiae as a host organism. MYTH takes advantage of the observation that ubiquitin can be separated into two stable moieties: the C-terminal half of yeast ubiquitin (Cub) and the N-terminal half of the ubiquitin moiety (Nub). In MYTH, this principle is adapted for use as a 'sensor' of protein-protein interactions. Briefly, the integral membrane bait protein is fused to Cub which is linked to an artificial transcription factor. Prey proteins, either in individual or library format, are fused to the Nub moiety. Protein interaction between the bait and prey leads to reconstitution of the ubiquitin moieties, forming a full-length 'pseudo-ubiquitin' molecule. This molecule is in turn recognized by cytosolic deubiquitinating enzymes, resulting in cleavage of the transcription factor, and subsequent induction of reporter gene expression. The system is highly adaptable, and is particularly well-suited to high-throughput screening. It has been successfully employed to investigate interactions using integral membrane proteins from both yeast and other organisms.

Split-Ubiquitin Based Membrane Yeast Two-Hybrid MYTH System: A Powerful Tool For Identifying Protein-Protein Interactions

MYTH allows the sensitive detection of transient and stable interactions between proteins that are expressed in the model organism Saccharomyces cerevisiae. It has been successfully applied to study exogenous and yeast integral membrane proteins in order to identify their interacting partners in a high throughput manner.

Split-ubiquitine membrane à base de levure double hybride (MYTH) Système: Un outil puissant pour identifier les interactions entre protéines

The fundamental biological and clinical importance of integral membrane proteins prompted the development of a yeast-based system for the high-throughput ...

Recherche

Biologie

Preparation of Drosophila Polytene Chromosome Squashes for Antibody Labeling

Drosophila has long been a favorite model system for studying the relationship between chromatin structure and gene regulation due to the cytological advantages provided by the giant salivary gland polytene chromosomes of third instar larvae.  In this tissue the chromosomes undergo many rounds of replication in the absence of cell division giving rise to approximately 1000 copies.  The DNA remains aligned after each replicative cycle resulting in greatly enlarged chromosomes that provide a unique opportunity to correlate chromatin morphology with the localization of specific proteins.  Consequently, there has been a high level of interest in defining the epigenetic modifications present at different genes and at different stages of the transcription process. An important tool for such studies is the labeling of polytene chromosomes with antibodies to the enzyme, transcription factor, or histone modification of interest. This video protocol illustrates the squash technique used in the Johansen laboratory to prepare Drosophila polytene chromosomes for antibody labeling.

This video protocol illustrates the squash technique used in the Johansen laboratory to prepare Drosophila polytene chromosomes for antibody labeling.

Préparation des Courges drosophile chromosomes polytènes pour marquage de l&#39;anticorps

Drosophila has long been a favorite model system for studying the relationship between chromatin structure and gene regulation due to the cytological ...

Measuring the Bending Stiffness of Bacterial Cells Using an Optical Trap

We developed a protocol to measure the bending rigidity of filamentous rod-shaped bacteria. Forces are applied with an optical trap, a microscopic three-dimensional spring made of light that is formed when a high-intensity laser beam is focused to a very small spot by a microscope's objective lens. To bend a cell, we first bind live bacteria to a chemically-treated coverslip. As these cells grow, the middle of the cells remains bound to the coverslip but the growing ends are free of this restraint. By inducing filamentous growth with the drug cephalexin, we are able to identify cells in which one end of the cell was stuck to the surface while the other end remained unattached and susceptible to bending forces. A bending force is then applied with an optical trap by binding a polylysine-coated bead to the tip of a growing cell. Both the force and the displacement of the bead are recorded and the bending stiffness of the cell is the slope of this relationship.

We present a protocol for bending filamentous bacterial cells attached to a cover-slip surface with an optical trap to measure the cellular bending stiffness.

Mesure de la rigidité à la flexion des cellules bactériennes utilisant un piège optique

We developed a protocol to measure the bending rigidity of filamentous rod-shaped bacteria. Forces are applied with an optical trap, a microscopic ...

Chromosome Preparation From Cultured Cells

Chromosome (cytogenetic) analysis is widely used for the detection of chromosome instability. When followed by G-banding and molecular techniques such as fluorescence in situ hybridization (FISH), this assay has the powerful ability to analyze individual cells for aberrations that involve gains or losses of portions of the genome&#160;and rearrangements involving one or more chromosomes. In humans, chromosome abnormalities occur in approximately 1 per 160 live births1,2, 60-80% of all miscarriages3,4, 10% of stillbirths2,5, 13% of individuals with congenital heart disease6, 3-6% of infertility cases2, and in many patients with developmental delay&#160;and birth defects7. Cytogenetic analysis of malignancy is routinely used by researchers and clinicians, as observations of clonal chromosomal abnormalities have been shown to have both diagnostic and prognostic significance8,9.&#160; Chromosome isolation is invaluable for gene therapy and stem cell research of organisms including nonhuman primates and rodents10-13.
Chromosomes can be isolated from cells of live tissues, including blood lymphocytes, skin fibroblasts, amniocytes, placenta, bone marrow, and tumor specimens. Chromosomes are analyzed at the metaphase stage of mitosis, when they are most condensed and therefore more clearly visible. The first step of the chromosome isolation technique involves the disruption of the spindle fibers by incubation with Colcemid, to prevent the cells from proceeding to the subsequent anaphase stage. The cells are then treated with a hypotonic solution and preserved in their swollen state with Carnoy&#39;s fixative. The cells are then dropped on to slides and can then be utilized for a variety of procedures. G-banding involves trypsin treatment followed by staining with Giemsa to create characteristic light and dark bands. The same procedure to isolate chromosomes can be used for the preparation of cells for procedures such as fluorescence in situ hybridization (FISH), comparative genomic hybridization (CGH), and spectral karyotyping (SKY)14,15.

Chromosomes can be isolated from live cells such as lymphocytes or skin fibroblasts, and from organisms including humans or mice. These chromosome preparations can be further utilized for routine G-banding and molecular cytogenetic procedures such as fluorescence in situ hybridization (FISH), comparative genomic hybridization (CGH), and spectral karyotyping (SKY).

Chromosome Préparation partir des cellules cultivées

Chromosome (cytogenetic) analysis is widely used for the detection of chromosome instability. When followed by G-banding and molecular techniques such as ...

Combining Single-molecule Manipulation and Imaging for the Study of Protein-DNA Interactions

The paper describes the combination of optical tweezers and single molecule fluorescence detection for the study of protein-DNA interaction. The method offers the opportunity of investigating interactions occurring in solution (thus avoiding problems due to closeby surfaces as in other single molecule methods), controlling the DNA extension and tracking interaction dynamics as a function of both mechanical parameters and DNA sequence. The methods for establishing successful optical trapping and nanometer localization of single molecules are illustrated. We illustrate the experimental conditions allowing the study of interaction of lactose repressor (lacI), labeled with Atto532, with a DNA molecule containing specific target sequences (operators) for LacI binding. The method allows the observation of specific interactions at the operators, as well as one-dimensional diffusion of the protein during the process of target search. The method is broadly applicable to the study of protein-DNA interactions but also to molecular motors, where control of the tension applied to the partner track polymer (for example actin or microtubules) is desirable.

Here we describe the instrumentation and methods for detecting single fluorescently-labeled protein molecules interacting with a single DNA molecule suspended between two optically trapped microspheres.

La combinaison unique molécule manipulation et d&#39;imagerie pour l&#39;étude des interactions protéine-ADN

The paper describes the combination of optical tweezers and single molecule fluorescence detection for the study of protein-DNA interaction. The method ...

Combined DNA-RNA Fluorescent In situ Hybridization (FISH) to Study X Chromosome Inactivation in Differentiated Female Mouse Embryonic Stem Cells

Fluorescent in situ hybridization (FISH) is a molecular technique which enables the detection of nucleic acids in cells. DNA FISH is often used in cytogenetics and cancer diagnostics, and can detect aberrations of the genome, which often has important clinical implications. RNA FISH can be used to detect RNA molecules in cells and has provided important insights in regulation of gene expression. Combining DNA and RNA FISH within the same cell is technically challenging, as conditions suitable for DNA FISH might be too harsh for fragile, single stranded RNA molecules. We here present an easily applicable protocol which enables the combined, simultaneous detection of Xist RNA and DNA encoded by the X chromosomes. This combined DNA-RNA FISH protocol can likely be applied to other systems where both RNA and DNA need to be detected.

Combined DNA-RNA Fluorescent In situ Hybridization FISH to Study X Chromosome Inactivation in Differentiated Female Mouse Embryonic Stem Cells

Fluorescent in situ hybridization (FISH) allows the detection of nucleic acids in their native environment within cells. We here describe a protocol for the combined, simultaneous detection of RNA and DNA by means of FISH, which can be used to study X chromosome inactivation in mouse embryonic stem cells.

ADN-ARN combiné Fluorescent<em&gt; In situ</em&gt; Hybridation (FISH) à étudier inactivation du chromosome X dans différencié Femme Souris cellules souches embryonnaires

Fluorescent in situ hybridization (FISH) is a molecular technique which enables the detection of nucleic acids in cells. DNA FISH is often used in ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and silencing of genes mediate the response of plants to environmental signals and developmental cues. Therefore, insights into the mechanisms that control plant gene expression are essential to gain a deep understanding of how biological processes are regulated in plants. The chromatin immunoprecipitation (ChIP) technique described here is a procedure to identify the DNA-binding sites of proteins in genes or genomic regions of the model species Arabidopsis thaliana. The interactions with DNA of proteins of interest such as transcription factors, chromatin proteins or posttranslationally modified versions of histones can be efficiently analyzed with the ChIP protocol. This method is based on the fixation of protein-DNA interactions in vivo, random fragmentation of chromatin, immunoprecipitation of protein-DNA complexes with specific antibodies, and quantification of the DNA associated with the protein of interest by PCR techniques. The use of this methodology in Arabidopsis has contributed significantly to unveil transcriptional regulatory mechanisms that control a variety of plant biological processes. This approach allowed the identification of the binding sites of the Arabidopsis chromatin protein EBS to regulatory regions of the master gene of flowering FT. The impact of this protein in the accumulation of particular histone marks in the genomic region of FT was also revealed through ChIP analysis.

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin immunoprecipitation is a powerful technique for the identification of DNA binding sites of Arabidopsis proteins in vivo. This procedure includes chromatin cross-linking and fragmentation, immunoprecipitation with selective antibodies against the protein of interest, and qPCR analysis of bound DNA. We describe a simple ChIP assay optimized for Arabidopsis plants.

Immunoprécipitation de la chromatine test pour l&#39;identification de Arabidopsis interactions protéine-ADN<em&gt; In Vivo</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...

DamID-seq: Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions by High Throughput Sequencing of Adenine-methylated DNA Fragments

The DNA adenine methyltransferase identification (DamID) assay is a powerful method to detect protein-DNA interactions both locally and genome-wide. It is an alternative approach to chromatin immunoprecipitation (ChIP). An expressed fusion protein consisting of the protein of interest and the E. coli DNA adenine methyltransferase can methylate the adenine base in GATC motifs near the sites of protein-DNA interactions. Adenine-methylated DNA fragments can then be specifically amplified and detected. The original DamID assay detects the genomic locations of methylated DNA fragments by hybridization to DNA microarrays, which is limited by the availability of microarrays and the density of predetermined probes. In this paper, we report the detailed protocol of integrating high throughput DNA sequencing into DamID (DamID-seq). The large number of short reads generated from DamID-seq enables detecting and localizing protein-DNA interactions genome-wide with high precision and sensitivity. We have used the DamID-seq assay to study genome-nuclear lamina (NL) interactions in mammalian cells, and have noticed that DamID-seq provides a high resolution and a wide dynamic range in detecting genome-NL interactions. The DamID-seq approach enables probing NL associations within gene structures and allows comparing genome-NL interaction maps with other functional genomic data, such as ChIP-seq and RNA-seq.

We describe herein an assay by coupling DNA adenine methyltransferase identification (DamID) to high throughput sequencing (DamID-seq). This improved method provides a higher resolution and a wider dynamic range, and allows analyzing DamID-seq data in conjunction with other high throughput sequencing data such as ChIP-seq, RNA-seq, etc.

DamID-seq: L&#39;échelle du génome Cartographie des protéine-ADN Interactions par séquençage à haut débit de fragments d&#39;ADN adénine-méthylé

The DNA adenine methyltransferase identification (DamID) assay is a powerful method to detect protein-DNA interactions both locally and genome-wide. It is ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of diverse libraries of retroviral integration sites using ligation-mediated PCR (LM-PCR) amplification and next-generation sequencing (NGS), (2) mapping the genomic location of each virus-host junction using BEDTools, and (3) analyzing the data for statistical relevance. Genomic DNA extracted from infected cells is fragmented by digestion with restriction enzymes or by sonication. After suitable DNA end-repair, double-stranded linkers are ligated onto the DNA ends, and semi-nested PCR is conducted using primers complementary to both the long terminal repeat (LTR) end of the virus and the ligated linker DNA. The PCR primers carry sequences required for DNA clustering during NGS, negating the requirement for separate adapter ligation. Quality control (QC) is conducted to assess DNA fragment size distribution and adapter DNA incorporation prior to NGS. Sequence output files are filtered for LTR-containing reads, and the sequences defining the LTR and the linker are cropped away. Trimmed host cell sequences are mapped to a reference genome using BLAT and are filtered for minimally 97% identity to a unique point in the reference genome. Unique integration sites are scrutinized for adjacent nucleotide (nt) sequence and distribution relative to various genomic features. Using this protocol, integration site libraries of high complexity can be constructed from genomic DNA in three days. The entire protocol that encompasses exogenous viral infection of susceptible tissue culture cells to integration site analysis can therefore be conducted in approximately one to two weeks. Recent applications of this technology pertain to longitudinal analysis of integration sites from HIV-infected patients.

We describe a protocol for amplifying retroviral integration sites from the genomic DNA of infected cells, sequencing the amplified virus-host junctions, and then mapping these sequences to a reference genome. We also describe techniques to quantify the distribution of integration sites relative to various genomic annotations using BEDTools.

Amplification, Séquençage de nouvelle génération, et l&#39;ADN génomique Cartographie des rétrovirales Sites d&#39;intégration

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...

The ChIP-exo Method: Identifying Protein-DNA Interactions with Near Base Pair Precision

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is an indispensable tool in the fields of epigenetics and gene regulation that isolates specific protein-DNA interactions. ChIP coupled to high throughput sequencing (ChIP-seq) is commonly used to determine the genomic location of proteins that interact with chromatin. However, ChIP-seq is hampered by relatively low mapping resolution of several hundred base pairs and high background signal. The ChIP-exo method is a refined version of ChIP-seq that substantially improves upon both resolution and noise. The key distinction of the ChIP-exo methodology is the incorporation of lambda exonuclease digestion in the library preparation workflow to effectively footprint the left and right 5&#39; DNA borders of the protein-DNA crosslink site. The ChIP-exo libraries are then subjected to high throughput sequencing. The resulting data can be leveraged to provide unique and ultra-high resolution insights into the functional organization of the genome. Here, we describe the ChIP-exo method that we have optimized and streamlined for mammalian systems and next-generation sequencing-by-synthesis platform.

Here, we present a protocol to achieve near base pair resolution of protein-DNA interactions. This is obtained by exonuclease treatment of DNA fragments selectively enriched by chromatin immunoprecipitation (ChIP-exo) followed by high throughput sequencing.