Dans notre laboratoire, nous cherchons à comprendre quels lipides et quelles machines protéiques sont impliqués dans le trafic des vésicules ATG9A. L’ATG9A est cruciale dans la voie de l’autophagie pour la formation et la maturation des phagophores. Cependant, nous avons récemment étudié l’impact de l’ATG9A sur l’homéostasie des organites.
Le plus grand défi est de découvrir les détails moléculaires du fonctionnement des protéines et des machines protéiques. Des technologies telles que l’ingénierie des protéines, basée sur AlphaFold et la cryo-EM in situ haute résolution sont actuellement celles qui offrent le plus d’avancées. Les travaux de mon laboratoire ont permis de mieux comprendre comment les autophagosomes se forment.
Ces connaissances ont été étayées par des techniques avancées de biologie cellulaire moléculaire telles que celle décrite ici. Nous décrivons certains inconvénients de l’utilisation de certains marqueurs de protéines et comment le comportement d’ATG9A peut changer en fonction de la localisation du tag. Donc, soit N ou C-terminus.
Nous suggérons également des moyens de détecter ces inconvénients et de les éviter. En plus de cela, nous fournissons également un flux de travail permettant de quantifier la dispersion de l’ATG9A de manière reproductible. Ici, nous fournissons un flux de travail allant de l’immunofluorescence et de l’imagerie en direct à l’acquisition et à l’analyse d’images pour l’analyse de la dispersion de l’ATG9 entre différents compartiments cellulaires.
Et nous pensons que la standardisation des pipelines pour l’analyse d’images est une priorité pour les biologistes cellulaires afin de pouvoir augmenter la fiabilité et la reproductibilité de nos résultats.
