Nel nostro laboratorio, siamo interessati a capire quali lipidi e proteine sono coinvolti nel traffico delle vescicole ATG9A. ATG9A è fondamentale nella via dell'autofagia per la formazione e la maturazione dei fagofori. Tuttavia, recentemente abbiamo studiato l'impatto di ATG9A nell'omeostasi degli organelli.
La sfida più grande è scoprire i dettagli molecolari di come funzionano le proteine e i macchinari proteici. Tecnologie come l'ingegneria proteica, basata su AlphaFold e la crio-EM in situ ad alta risoluzione stanno attualmente fornendo i maggiori progressi. Il lavoro del mio laboratorio ha stabilito una visione fondamentale di come si formano gli autofagosomi.
Queste intuizioni sono state supportate da tecniche avanzate di biologia cellulare molecolare come quella qui descritta. Descriviamo alcuni svantaggi dell'utilizzo di determinati tag proteici e come il comportamento di ATG9A può cambiare a seconda della localizzazione del tag. Quindi, o N o C-terminale.
Suggeriamo anche modi per rilevare questi inconvenienti e come evitarli. Oltre a questo, forniamo anche un flusso di lavoro per quantificare la dispersione di ATG9A in modo riproducibile. Qui, forniamo un flusso di lavoro che va dall'immunofluorescenza e dall'imaging dal vivo all'acquisizione e all'analisi delle immagini per l'analisi della dispersione di ATG9 tra i diversi compartimenti cellulari.
E pensiamo che la standardizzazione delle pipeline per l'analisi delle immagini sia una priorità per i biologi cellulari per essere in grado di aumentare l'affidabilità e la riproducibilità dei nostri risultati.
