In unserem Labor sind wir daran interessiert zu verstehen, welche Lipide und Proteinmaschinerien am Transport von ATG9A-Vesikeln beteiligt sind. ATG9A ist entscheidend im Autophagie-Signalweg für die Bildung und Reifung von Phagophoren. In letzter Zeit haben wir jedoch den Einfluss von ATG9A auf die Homöostase von Organellen untersucht.
Die größte Herausforderung besteht darin, die molekularen Details der Funktionsweise von Proteinen und Proteinmaschinerien aufzudecken. Technologien wie das Protein-Engineering, das auf AlphaFold basiert, und die hochauflösende In-situ-Kryo-EM bieten derzeit die größten Fortschritte. Die Arbeit meines Labors hat grundlegende Erkenntnisse darüber gewonnen, wie Autophagosomen gebildet werden.
Diese Erkenntnisse wurden durch fortschrittliche molekulare zellbiologische Techniken wie die hier beschriebene unterstützt. Wir beschreiben einige Nachteile der Verwendung bestimmter Protein-Tags und wie sich das Verhalten von ATG9A je nach Lokalisierung des Tags ändern kann. Also entweder N- oder C-Terminus.
Wir schlagen auch Möglichkeiten vor, diese Nachteile zu erkennen und zu vermeiden. Darüber hinaus bieten wir auch einen Workflow zur reproduzierbaren Quantifizierung der ATG9A-Ausbreitung an. Hier bieten wir einen Workflow von Immunfluoreszenz und Live-Bildgebung bis hin zur Bildaufnahme und -analyse für die Analyse der Ausbreitung von ATG9 zwischen verschiedenen zellulären Kompartimenten.
Und wir denken, dass die Standardisierung von Pipelines für die Bildanalyse eine Priorität für Zellbiologen ist, um die Zuverlässigkeit und Reproduzierbarkeit unserer Ergebnisse erhöhen zu können.
