Em nosso laboratório, estamos interessados em entender quais máquinas de lipídios e proteínas estão envolvidas no tráfico de vesículas ATG9A. A ATG9A é crucial na via da autofagia para a formação e maturação do fagoforo. No entanto, recentemente temos estudado o impacto da ATG9A na homeostase das organelas.
O maior desafio é descobrir os detalhes moleculares de como as proteínas e as máquinas de proteínas funcionam. Tecnologias como engenharia de proteínas, baseada em AlphaFold e crio-EM in situ de alta resolução são atualmente as que mais avançam. O trabalho do meu laboratório estabeleceu uma visão fundamental sobre como os autofagossomos são formados.
Esses insights têm sido apoiados por técnicas avançadas de biologia celular molecular, como a aqui descrita. Descrevemos algumas desvantagens do uso de determinadas etiquetas de proteína e como o comportamento do ATG9A pode mudar dependendo da localização da tag. Então, ou N ou C-terminus.
Também sugerimos maneiras de detectar esses inconvenientes e como evitá-los. Além disso, também fornecemos um fluxo de trabalho de quantificação da dispersão de ATG9A de forma reprodutível. Aqui, fornecemos um fluxo de trabalho desde imunofluorescência e imagens ao vivo até aquisição e análise de imagens para a análise da dispersão de ATG9 entre diferentes compartimentos celulares.
E achamos que a padronização de pipelines para análise de imagens é uma prioridade para que os biólogos celulares possam aumentar a confiabilidade e a reprodutibilidade de nossos resultados.
