Laboratuvarımızda, ATG9A vezikül kaçakçılığında hangi lipitlerin ve protein makinelerinin yer aldığını anlamakla ilgileniyoruz. ATG9A, fagofor oluşumu ve olgunlaşması için otofaji yolunda çok önemlidir. Bununla birlikte, son zamanlarda ATG9A'nın organel homeostazındaki etkisini inceliyoruz.
En büyük zorluk, proteinlerin ve protein makinelerinin nasıl çalıştığının moleküler ayrıntılarını ortaya çıkarmaktır. AlphaFold ve yüksek çözünürlüklü yerinde kriyo-EM tabanlı protein mühendisliği gibi teknolojiler şu anda en fazla ilerlemeyi sağlıyor. Laboratuvarımın çalışması, otofagozomların nasıl oluştuğuna dair temel bilgiler edindi.
Bu içgörüler, burada açıklananlar gibi gelişmiş moleküler hücre biyolojisi teknikleriyle desteklenmiştir. Belirli protein etiketlerini kullanmanın bazı dezavantajlarını ve etiketin lokalizasyonuna bağlı olarak ATG9A'nın davranışının nasıl değişebileceğini açıklıyoruz. Yani, ya N ya da C-terminali.
Ayrıca bu dezavantajları tespit etmenin yollarını ve bunlardan nasıl kaçınılacağını da öneriyoruz. Bunun yanı sıra, ATG9A dağılımını tekrarlanabilir bir şekilde ölçmek için bir iş akışı da sağlıyoruz. Burada, ATG9'un farklı hücresel bölmeler arasında dağılımının analizi için immünofloresan ve canlı görüntülemeden görüntü elde etme ve analizine kadar bir iş akışı sağlıyoruz.
Ayrıca, görüntü analizi için boru hatlarının standardizasyonunun, hücre biyologlarının sonuçlarımızın güvenilirliğini ve tekrarlanabilirliğini artırabilmeleri için bir öncelik olduğunu düşünüyoruz.
