Optimisation de l’isolement des noyaux à partir d’échantillons de tumeurs solides fraîches et congelées pour le séquençage multiome

Au fur et à mesure que nos connaissances sur la biologie des tumeurs se développent et que nous nous intéressons à la compréhension des subtilités de la façon dont les cellules interagissent au sein de la tumeur et influencent les résultats des patients, l’importance de l’analyse des cellules hétérogènes dans le microenvironnement tumoral a également augmenté. Le séquençage multiome, qui permet l’acquisition d’ARN d’une seule cellule et le séquençage d’attaque à partir de la même cellule de manière appariée, constitue une avancée significative vers cette fin. Cependant, la qualité des données obtenues à partir de ces expériences dépend fortement de la qualité des conditions expérimentales et du matériel biologique introduit.

Ce protocole fournit une approche fiable et optimisée de l’isolement des noyaux à partir d’échantillons de tumeurs solides pour le séquençage multiome à l’aide de la plateforme 10x Genomics. Ce protocole est fiable en utilisant des suspensions unicellulaires fraîches ou congelées. Nous fournissons des recommandations pour les conditions de dissociation des tissus, la cryoconservation des suspensions de cellules uniques et l’évaluation des noyaux isolés.

Dans ce protocole, nous avons utilisé des échantillons d’adénocarcinome canalaire pancréatique humain, qui sont un type de tissu principal dans notre laboratoire. Le cancer du pancréas représente un type de tumeur hautement desmoplastique, ce qui laisse présager des tissus relativement collants ainsi que des cellules. De plus, comme les échantillons de tumeurs pancréatiques disponibles pour la recherche ont également tendance à être relativement petits, des efforts sont faits pour maximiser la quantité de cellules capturées.