Synthèse d’acides aminés modifiés avec des carbonyles réactifs in silico pour évaluer les effets structurels à l’aide de simulations de dynamique moléculaire

Nos travaux montrent une voie pour la création in silico d’acides aminés carbonylés avec des produits finaux de peroxydation lipidique et sur la façon de les incorporer dans une protéine. Cela peut nous aider à comprendre comment cette modification post-traductionnelle peut modifier la fonction structurelle des protéines carbonylées. Les programmes basés sur des algorithmes d’intelligence artificielle sont aujourd’hui les outils de calcul les plus puissants pour prédire la structure tertiaire des protéines.

Cependant, ils ne reconnaissent pas encore les acides aminés carbonylés et, par conséquent, ils ne peuvent pas prédire leurs effets sur la structure des protéines. Pour étudier l’impact de la modification post-traductionnelle sur la structure et la fonction d’une protéine, il existe un large éventail de méthodes de paramètres qui sont combinées à des approches computationnelles pour accélérer et approfondir la découverte souhaitée. D’importants défis doivent être relevés dans l’étude de la modification post-traductionnelle des protéines, tant in vivo, in vitro qu’in silico.

Au niveau in silico, l’amélioration des champs de force et des programmes d’analyse de données est encore nécessaire, ainsi que la création de nouveaux paramètres. En raison de l’augmentation des protéines carbonylées dans les infections métaboliques et les maladies liées au vieillissement, entre autres, nos résultats peuvent contribuer à comprendre le changement structurel qui se produit dans ce domaine et comment cela peut affecter la fonction in silico