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Qui, presentiamo un protocollo per la rilevazione e la quantificazione delle molecole abbondanti bassi in soluzioni complesse utilizzando molecolare imprinting in combinazione con un biosensore di capacitanza.
La capacità di rilevare e quantificare biomolecole in soluzioni complesse è sempre stato molto ricercata all'interno delle scienze naturali; utilizzato per l'individuazione di biomarcatori, contaminanti e altre molecole di interesse. Una tecnica comunemente utilizzata per questo scopo è l'enzima-collegata dell'immunosorbente Assay (ELISA), dove spesso un anticorpo è diretto verso una molecola specifica dell'obiettivo, e un secondo anticorpo marcato viene utilizzato per la rilevazione dell'anticorpo primario, consentendo la Quantificazione assoluta di biomolecole in fase di studio. Tuttavia, l'utilizzo di anticorpi come elementi di riconoscimento limita la robustezza del metodo; così come l'esigenza di usare molecole con etichettate. Per superare queste limitazioni, imprinting molecolare è stata implementata, creazione di siti di riconoscimento artificiale complementari alla molecola del modello e alla necessità dell'uso di anticorpi per l'associazione iniziale. Ulteriormente, per ancora più elevata sensibilità, l'anticorpo secondario marcato può essere sostituita da biosensori affidarsi la capacità per la quantificazione della molecola target. In questo protocollo, descriviamo un metodo per rapidamente e privo di etichetta rilevare e quantificare basso-abbondanti biomolecole (proteine e virus) in campioni complessi, con una sensibilità che è significativamente migliore rispetto ai sistemi di rilevamento comunemente usati come l'ELISA. Tutto questo è mediato dall'imprinting molecolare in combinazione con un biosensore di capacitanza.
La quantificazione delle biomolecole è utilizzata in molti campi di ricerca diversi all'interno delle scienze, che impiegano metodi come la radioimmunoanalisi (RIA) o ELISA1. Alcuni di questi metodi richiedono un etichettati reagente come un radioisotopo o enzima etichettato anticorpi e antigeni, che li rende laborioso e dispendioso con procedure complesse2. Ulteriormente, la robustezza, la selettività e la sensibilità di questi metodi non sono sufficienti per tutte le analisi; in particolare non sono sufficienti quando attogram quantitativi devono essere analizzati, piuttosto che di pittogramma quantità3. Per questo scopo, biosensori hanno guadagnato notevole interesse4,5, in particolare in combinazione con imprinting molecolare per una maggiore robustezza.
Imprinting molecolare si basa sulla creazione di cavità di polimerizzazione di monomeri funzionali intorno al modello6, creazione di siti di riconoscimento artificiale che assomigliano perfettamente il modello7. Questa tecnica è stata utilizzata per diverse applicazioni, tra cui sistemi di drug delivery e separazione analitica, ma anche come elementi di presta in biosensori8,9,10. Tuttavia, ci sono ancora alcune difficoltà nella progettazione di stampati molecolare Polimeri (MIPs) per i modelli macromolecolari come proteine e cellule11,12. A causa di questo, molti ricercatori si sono concentrati sull'imprinting la proteina modello direttamente su un substrato, creando così una superficie che verrà riconosciuta dalla proteina bersaglio12. Questa tecnica di rivestimento di superficie utilizzata per impiegare cavità di riconoscimento per assembly tra cui proteine e molecole di grandi dimensioni viene chiamata microcontatto imprinting13,14. La procedura generale del metodo dipende la polimerizzazione tra due superfici - un timbro di modello e un supporto di polimero - su cui il modello è adsorbito su una superficie di15,16e portato in contatto con il superficie trattata monomero. In questo modo, un film polimerico sottile è formato sul supporto tramite polimerizzazione UV. Infine, il modello viene rimosso, lasciando dietro di sé il cavità specifiche modello sulla superficie dell'elettrodo impresso. Questo metodo presenta alcuni vantaggi, tra cui una perdita ridotta attività della molecola impressa, anche come che richiedono piccole quantità di molecole di modello per l'imprinting elaborare16,17. Così, queste superfici conveniente, stabile, sensibile e selettive possono essere create sulle superfici sensore, targeting per qualsiasi modello di scelta dell'utente.
Il biosensore può essere utilizzato per la rilevazione di singole proteine e biomacromolecole molto più grandi, compresi i virus. Un gruppo specifico di virus guadagnando interesse recente è il batteriofago, che è un virus che infetta i batteri. Rilevamento rapido e sensibile dei batteriofagi è importante durante biotecnologiche e biofarmaceutica processi al fine di determinare le infezioni di colture batteriche con batteriofagi18. Il saggio biologico più comunemente utilizzato per il rilevamento del batteriofago è il doppio strato agar metodo19, che è laboriosa e richiede tempo. Parecchi tentativi sono stati fatti per sviluppare nuovi strumenti diagnostici per virus (compresi i batteriofagi) come forza atomica (AFM) la microscopia20, interferometria21, elettrochimica22e sensore sistema23, 24. un sacco di lavoro è stato incentrato su biosensori a causa di loro vantaggi come essendo facile da usare, altamente sensibile e capace di misurazione in tempo reale15,25. Un tipo specifico di biosensore è basato su variazioni di capacità. Questi biosensori capacitivi sono i sensori elettrochimici che misurano i cambiamenti nelle proprietà del dielettrica quando un analita interagisce con un elemento inoltre sulla superficie del sensore, causando una diminuzione nella capacità2,4 . Capacitivi biosensori sono stati utilizzati per la rilevazione di vari analiti come antigeni, anticorpi, proteine e metalli pesanti ioni6,26,27,28. Questi tipi di biosensori hanno molti vantaggi come intrinseca rapidità, alta sensibilità, semplicità, basso costo, facile manipolazione e misura in tempo reale senza etichettatura29.
Il metodo descritto nel presente documento mira a consentire l'individuazione e la quantificazione di basso-abbondanti biomolecole in campioni altamente complessi, senza la necessità dell'utilizzo di qualsiasi etichettatura. In particolare, la tecnica è più utile nella gamma atto-picogrammo di biomolecole, dove altri strumenti commercialmente esistenti non riescono a quantificare con precisione la loro destinazione.
1. modifica del coprioggetto in vetro (modello francobolli)
2. modifica delle sonde capacitive di oro
3. preparazione del modello impresso capacitive di oro
4. caratterizzazione della superficie dell'elettrodo con microscopia elettronica (SEM)
5. in tempo reale misurazioni capacitivi con modello impresso capacitive di oro
Seguendo il protocollo, seguendo lo schema in Figura 1, nudo elettrodo d'oro sarà improntato con un modello, che rappresentano la struttura di un biomacromolecule. Questo elettrodo può essere applicato in un biosensore capacitivo (Figura 2), consentendo l'applicazione stabile di un modello sull'elettrodo e la misurazione delle variazioni della capacità all'associazione del modello.
Una rappresentazione schematica del biosensore capacitivo è illustrata nella Figura 2. La pompa centris, che è responsabile per iniezione continua del buffer in esecuzione (fosfato 10 mM, pH 7.4) e il buffer di rigenerazione (25 mM glicina-HCl, pH 2.5) durante la rigenerazione in cella di flusso, può essere visto chiaramente nella figura. La cella di flusso è costituito da lavoro, riferimento ed elettrodi contatore. La valvola di iniezione è composta da soluzioni standard della proteina/del batteriofago, che passano attraverso il degassificatore prima e poi iniettato in sequenza nel sistema. Appena le soluzioni raggiungono l'elettrodo di lavoro inserito nella cella di flusso, il risultato è monitorato in tempo reale. I valori di capacità possono essere registrati seguendo la sensorgrams sullo schermo del computer.
Figura 3 e Figura 4 raffigurano le differenze tra la superficie del nudo e impressi elettrodi d'oro. Questo passaggio di caratterizzazione è importante assicurare che ci sono cavità polimerici, visto come rugosità sulla superficie dell'elettrodo dopo imprinting. Oltre a SEM, ci sono anche altri metodi di caratterizzazione tra cui AFM, misure di angolo di contatto, ellissometria ecc., che può essere usato per caratterizzare la superficie dopo imprinting. In questo modo, è possibile garantire che il processo di imprinting è successo e che modello nelle cavità si formata sulla superficie. All'interno di queste cavità, il modello possibile associare con affinità e alta specificità.
Dopo l'iniezione delle soluzioni standard nel sistema capacitivo, una media delle ultime cinque letture è stata calcolata automaticamente dal software, e i grafici di calibrazione sono stati ottenuti tracciando il cambiamento nella capacità contro la concentrazione dei analita. La diminuzione della capacità registrati è sorto da un'associazione del modello. Le altre molecole che si legano all'elettrodo d'oro in superficie, maggiore la riduzione di capacità totale, secondo il principio generale di misurazione capacitivi. Figura 5 e Figura 6 indicano che con l'aumento della concentrazione dell'analita, la ΔC aumenta come previsto. La gamma dinamica (fra cui è l'intervallo di concentrazione dove il sistema è utile per l'individuazione di un target specifico) e il limite di rilevabilità (LOD) può essere valutate analizzando questi grafici. Secondo Figura 6, il biosensore capacitivo batteriofago improntato in grado di rilevare i batteriofagi nella gamma di concentrazione di 101 - 105 pfu/mL, con un valore LOD di pfu/mL 10 in questo studio. Si suppone che sia Figura 5 e Figura 6 anche evidenziare la necessità di misurare la curva di taratura nello stesso intervallo richiesto per la concentrazione di modello, poichè la linearità della regressione può variare sopra le concentrazioni ( Figura 5), o hanno diverse piste (Figura 6). Si deve inoltre osservare che, a causa delle basse concentrazioni utilizzate, il sistema è abbastanza sensibile alle fluttuazioni (torbidezza nel campione, progetto di aria, ecc.) e di conseguenza, si consiglia di eseguire almeno triplici copie per ridurre il potenziale di valori anomali, tra cui . Per lo stesso motivo, la deviazione standard può essere abbastanza significativa per campioni altamente diluiti, come si vede nella Figura 6.
Figura 1 . Rappresentazione schematica di microcontatto imprinting metodo. (A) preparazione dei vetro vetrini (francobolli di modello), (B) preparazione degli elettrodi d'oro capacitivi, (C) microcontatto imprinting del modello sulla superficie dell'elettrodo d'oro tramite polimerizzazione UV e (D) rimozione del modello dalla superficie dell'elettrodo (riprodotto da Ertürk et al., biotecnologia rapporti 2014 (3): 65-72 con il permesso). Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Nella figura 2. Rappresentazione schematica del biosensore capacitivo. Il layout generale del biosensore capacitivo utilizzato in questo studio (riprodotto da Ertürk et al., biotecnologia rapporti 2014 (3): 65-72 con il permesso). Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Nella figura 3. Scansione microscopia elettronica della proteina impresso elettrodi. Immagini di SEM di (A) nudo elettrodo d'oro (barra della scala = 20 µm), e (B), una proteina impresso capacitiva di oro (barra della scala = 10 µm). Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Nella figura 4. Scansione microscopia elettronica del batteriofago impresso elettrodi. Immagini di SEM di un elettrodo d'oro nudo (barra della scala = 20 µm) (A), e un batteriofago impresso capacitiva di oro in diversi livelli di ingrandimento (6600 x, barra della scala = 10 µm) (B) e 11, 500 X, scala bar = 5 µm) (C); le frecce indicano aderiti batteriofagi). Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Nella figura 5. Effetto della composizione di buffer per grafici di taratura. Grafico di taratura mostrando il cambiamento nella capacità vs una concentrazione nella proteina in condizioni ottimali (Buffer di esecuzione: 50 mM Tris-HCl, pH 7.4; Buffer di rigenerazione: 25 mM glicina-HCl, pH 2.5 includendo 50mm Tween-20; Portata: 100 µ l/min, volume del campione: 250 µ l; T: 25 ° C). Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Nella figura 6. Curva di calibrazione rappresentativo per grandi biomacromolecules. Grafico di taratura che mostra la variazione della capacità vs concentrazione batteriofago in condizioni ottimali (Running Buffer: 10 mM fosfato, pH 7.4; Buffer di rigenerazione: 25 mM glicina-HCl, pH 2.5 includendo 50mm Tween-20; Portata: 100 µ l/min, volume del campione: 250 µ l; T: 25 ° C) Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Quando questo metodo viene eseguito, ci sono alcuni passaggi critici che devono essere considerati mentre seguendo il protocollo. Un passaggio fondamentale è la fase di pulizia con soluzione acida piranha. Fase 2.1 non deve essere più di 10 min. La soluzione del modello per passo 1.4 non deve superare 0,1 mg/mL, dato che questi valori sono stati ottimizzati in precedenza. Voltametric ciclico scansioni non devono superare 15 cicli al fine di ottenere lo spessore ottimale. Per passo 3.1.3, 1,5 µ l è un valore ottimizzato. Questo valore non deve essere più alto per questo specifico tipo di elettrodo. Se il sistema di polimerizzazione UV ha una potenza di 400 W, la polimerizzazione deve essere eseguita per un massimo di 10-15 min. Non appena l'APS (iniziatore) viene aggiunto alla soluzione dopo TEMED, il passo successivo deve essere eseguito molto rapidamente per evitare immediata polimerizzazione (punto 3.2.5).
Una delle fasi più critiche è la rimozione del timbro modello dalla superficie dopo polimerizzazione UV. Se questo passaggio non viene eseguito correttamente, c'è il rischio che il film polimerico sulla superficie dell'elettrodo può essere rimosso con il timbro. Pertanto, si consiglia di immergere l'elettrodo e il timbro della proteina sulla parte superiore in una soluzione di acqua dopo la polimerizzazione, quindi rimuovere il timbro molto lentamente e con attenzione dalla superficie (punto 3.1.6).
In base al modello utilizzato, modifiche nel tipo e nel rapporto di monomeri usati (monomero funzionale e cross-linker) possono essere valutate in termini di generazione di sensibilità. Questo deve essere determinato empiricamente. Ulteriormente, il legame di affinità della molecola stampo solitamente coinvolge numerose interazioni differenti contemporaneamente. Di conseguenza, questo può portare a problemi durante la procedura di rigenerazione. Se il modello associato non viene rilasciato correttamente dalla superficie, questo può influenzare la possibilità di riutilizzo dell'elettrodo per ulteriori analisi. Queste affinità multipunto può anche derivare da associazione tramite interazioni più deboli. In tali sistemi, il legame non specifico può aver luogo, che possa influenzare negativamente la selettività del sistema16. Si tratta di comune e generale, limiti del metodo.
Oltre a queste limitazioni specifiche, ci sono molti vantaggi significativi del metodo discusso rispetto ai metodi esistenti. Mentre RIAs, Elisa e fluorometriche misurazioni sono molto sensibili, richiedono l'utilizzo di materiale con etichettato (modello o rivelatore), mentre il biosensore è completamente privo di etichetta. Questi metodi sono anche più costosi e che richiede tempo. Un approccio di biosensore consente sintesi rapida, parallela di MIPs in diverse composizioni al tempo stesso16. Poiché solo pochi microlitri di soluzione di monomero è necessaria per la preparazione, il metodo è conveniente quando si utilizza costosi o altrimenti limitati monomeri. Elettrodi di MIP più ulteriormente, singoli possono essere utilizzati per circa 80 analisi senza una significativa diminuzione delle prestazioni, che è significativamente superiore a altri metodi esistenti30. I metodi esistenti anche soffrono, in vari gradi, di bassa sensibilità e selettività, mentre il metodo descritto consente una rilevazione e quantificazione delle molecole nella gamma pM con elevata selettività.
A causa del rapporto costo-efficacia, la facilità di funzionamento dello strumento e la rilevazione in tempo reale e sensibile in tempi brevi rispetto ai metodi esistenti, i biosensori sono molto promettente punto di sistemi di rilevazione di cura in condizioni di campo; ad esempio, per il monitoraggio ambientale e per applicazioni nei paesi in via di sviluppo. In molte applicazioni all'interno di diagnosi della malattia, in tempo reale, sensibile, selettivo e rapido rilevamento di un biomarcatore in una miscela complessa come siero è richiesto15,25. Qui, i biosensori sono superiori a metodi esistenti, in particolare, grazie alla loro robustezza e sensibilità. In particolare per la rilevazione di agenti infettivi, batteriofagi recentemente sono considerati come elemento alternativo presta per biosensori a causa del loro ospite batteri specificità33,34,35. Sostituzione degli anticorpi con batteriofagi è molto promettente al fine di ridurre i costi e aumentare la stabilità anche altri36. Tale sistema permetterà anche per la rilevazione e la quantificazione dei fagi specifici nell'ambiente e da campioni clinici. A causa della prevalenza di batteriofagi e la loro capacità di trasdurre batteri con resistenza antibiotica geni37,38, tale metodo può essere utile studiare la diffusione di batteri resistenti.
Gli autori non hanno nulla a rivelare.
Maria Baumgarten (piattaforma biotecnologia IQ, infezione medicina, Università di Lund) è riconosciuto per eseguire e fornire scansione micrografi elettronici. Questo lavoro è stato sostenuto da sovvenzioni da The Swedish Research Consiglio Formas (2017-00100) come parte dell'europeo terza programmazione iniziativa congiunta su chiamata resistenza antimicrobica (JPIAMR) "Dinamica di trasmissione". I finanziatori non avevano alcun ruolo nel disegno dello studio, interpretazione, scrittura, preparazione del manoscritto, decisione di inviare, o la decisione di pubblicare il lavoro.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Glass Cover slips | ThermoFisher | 102222 | protein stamp |
HCl | Sigma-Aldrich | H1758-500ML | cleaning |
NaOH | Sigma-Aldrich | 72068-100ML | cleaning |
Ultrasonic cleaner | Branson Ultrasonic | BRANSONIC M1800- E | cleaning |
3-amino-propyl-triethoxysilane (APTES) | Sigma-Aldrich | A3648-100ML | modification |
EtOH | Sigma-Aldrich | 1009836010 | rinsing/cleaning |
glutaraldehyde | Sigma-Aldrich | G5882-100ML | cross-linker |
acetone | Sigma-Aldrich | 34850-1L-M | cleaning |
H2SO4 | Sigma-Aldrich | 339741-100ML | piranha solution |
H2O2 | Sigma-Aldrich | H1009-500ML | piranha solution |
tyramine | Sigma-Aldrich | T90344-5G | modification |
CompactStat | Ivium Technologies | CompactStat.h: 30mA@10V/3MHz | potentiostat |
Platinum Counter Electrode Kit | Equilabrium | AFCTR5 | potentiostat |
Reference Electrode | Equilabrium | RREF0021 | potentiostat |
acryloyl chloride | EMD Millipore | 8.00826.0100 | modification |
triethylamine | EMD Millipore | 8.08352.0100 | modification |
toluene | Sigma-Aldrich | 244511-100ML | modification |
N-hydroxymethyl acrylamide | Sigma-Aldrich | 245801-100G | functional monomer |
poly ethylene glycol-400-dimethacrylate | Sigma-Aldrich | 409510-250ML | cross-linker |
2-Hydroxy-4′-(2-hydroxyethoxy)-2-methylpropiophenone | Sigma-Aldrich | 410896-50G | functional monomer |
UV polymerizator | Dymax | Dymax 5000ECE | UV-polymerization |
forceps | Sigma-Aldrich | Z168777-1EA | consumable |
1-dodecanethiol | Sigma-Aldrich | 471364-100ML | blocking agent |
acrylamide | Sigma-Aldrich | A3553-100G | functional monomer |
N-hydroxymethylacrylamide | Sigma-Aldrich | 245801-100G | functional monomer |
N-isopropylacrylamide | Sigma-Aldrich | 415324-50G | functional monomer |
methylenebisacrylamide | Sigma-Aldrich | 146072-500G | cross-linking monomer |
N,N,N',N'-tetrametyhlethyldiamine (TEMED) | Sigma-Aldrich | T9281-25ML | catalyst |
ammonium persulphate | Sigma-Aldrich | A3678-25G | initiator |
Capacitive biosensor | CapSenze | Equipment | |
Glycine | Merck | 1042011000 | regeneration buffer |
Tween-20 | Sigma-Aldrich | P9416-50ML | regeneration buffer |
Trizma base | Sigma-Aldrich | 93352-1KG | running buffer |
Na2HPO4 • 2H2O | Calbiochem | 567547-1KG | running buffer |
NaH2PO4 • 2H2O | Calbiochem | 567549-1KG | running buffer |
DELPHI correlative light and electron microscope | Phenom-World | equipment | |
Capacitive gold electrodes | CapSenze Biosystems | consumables | |
2,2'-azobis(2-methypropionitrile) | Sigma-Aldrich | 441090-25G | photo-initiator |
CapSenze Smart Software | CapSenze Biosystems | software program |
Richiedi autorizzazione per utilizzare il testo o le figure di questo articolo JoVE
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