Gli autori ringraziano i membri del gruppo di Sharon per la loro revisione critica e per il loro contributo al manoscritto. Siamo grati per il sostegno dei Programmi Morasha e Bikura, la Israel Science Foundation (Grant numeri 1823-1807 e 378/08), Josef Cohn Minerva Centro per la Ricerca Biomembrane, il Programma per la Famiglia Chais Fellows nuovi scienziati, Abramo e Sonia Rochlin Fondazione, la famiglia Wolfson Charitable Trust, la Helen e Milton A. Kimmelman Centro per la Struttura Biomolecolari e dell&#39;Assemblea, la tenuta di Shlomo e Sabine Beirzwinsky; Meil ​​de Botton Aynsley, e Karen Siem, Regno Unito.

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	<li>Ruotolo, B. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ion+mobility-mass+spectrometry+analysis+of+large+proteincomplexes.">Ion mobility-mass spectrometry analysis of large proteincomplexes.</a> Nat Protoc. 3 (7), 1139-1152 (2008).</li><li>Scarff, C. A., Thalassinos, K., Hilton, G. R., Scrivens, J. 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Nessun conflitto di interessi dichiarati.

Il protocollo qui descritto consente di definire la sezione trasversale collisione di proteine ​​o complessi proteici con uno sconosciuto struttura tridimensionale, con l&#39;obiettivo di fornire informazioni sulla loro forma complessiva, l&#39;imballaggio subunità e topologia. A tal fine, una volta valori urto sezione sono descritti, è necessario convertire questi valori per i dettagli strutturali. Questo processo richiede ulteriori sforzi sperimentali e analisi computazionale, che sono brevemente discussi di seguito. Per cominciare, si consiglia di analizzare le proteine ​​o complessi di proteine ​​con strutture conosciute. Queste misure possono fornire un utile controllo qualità della metodologia e consentirà la valutazione accuratezza dei parametri di acquisizione confrontando teorici e valori misurati Ω. Il teorico aree delle sezioni trasversali possono essere calcolati dalla struttura cristallina coordinate utilizzando il MOBCAL 15,16 software, che è un software open source basato FORTRAN che permette la modifica del codice in base alle esigenze dell&#39;operatore. Per l&#39;esecuzione di tali calcoli è richiesto di modificare il programma in modo che il numero di calcoli iterativi eseguite per ogni struttura di ingresso è aumentata e che i file contenenti coordinare gran numero di atomi sono accettate 1. IM-MS strategia per la definizione di accordi topologica della subunità all&#39;interno di assemblee multicomponente è stato recentemente proposto 4,6. Il metodo prevede il monitoraggio dei percorsi di dissociazione delle assemblee proteina di componenti più piccoli. Questa dissociazione si ottiene attraverso la regolazione controllata di condizioni fase soluzione, che dà luogo ad una distribuzione di subcomplessi riflettente del &quot;mattoni&quot; delle assemblee. La misurazione simultanea di valori Ω sia del complesso intatto e prodotti smontaggio genera vincoli strutturali che vengono poi utilizzati per il calcolo dei modelli topologica dei complessi proteici. Il presupposto fondamentale di questa metodologia è che il subcomplessi generato conservano la loro madrelingua come conferme, e infatti recenti studi hanno dimostrato che la struttura soluzione dei prodotti smontaggio viene mantenuta e nessun riassetto importanti in entrambe le fasi di soluzione o di gas si sono verificati 4,6. L&#39;ultimo passo nella cessione della struttura quaternaria di ioni in fase gassosa complesso proteico si addice ai valori sezione collisione ai modelli generati al computer. Approcci di modellazione sono impiegati al fine di esplorare le diverse possibili soluzioni topologiche di subunità e il loro in silico Ω valori sono calcolati e confrontati con quelli sperimentali. Attualmente solo alcuni approcci computazionali sono utilizzati, come il spheretype grana grossa metodo che approssima il diametro della subunità 1,8. Nel complesso, questo campo è ancora agli inizi e l&#39;ulteriore sviluppo è necessario per rendere questo approccio generico ed applicabile ad una vasta gamma di complessi.

t-wave ion mobility-mass spectrometry: basic experimental procedures for protein complex analysis

Mobilità ionica (IM) è un metodo che misura il tempo impiegato per uno ione di viaggiare attraverso una cella sotto pressione sotto l&#39;influenza di un debole campo elettrico. La velocità con cui gli ioni attraversano la regione deriva dipende dalla loro grandezza: gli ioni di grande esperienza sarà un numero maggiore di collisioni con il gas di fondo inerte (in genere N 2) e quindi viaggiare più lentamente attraverso il dispositivo IM rispetto a quelli ioni che costituiscono una piccola sezione trasversale. In generale, il tempo necessario per gli ioni a migrare anche se la fase di gas denso li separa, in base alla loro collisione sezione (Ω). Recentemente, IM spettrometria stata accoppiata con spettrometria di massa e di un viaggio-onda (onda T) Synapt mobilità ionica spettrometro di massa (IM-MS) è stato rilasciato. L&#39;integrazione di spettrometria di massa con mobilità ionica consente una dimensione extra di separazione del campione e definizione, ottenendo un effetto tridimensionale dello spettro (di massa a tempo di carica, intensità, e deriva). Questa tecnica di separazione consente la sovrapposizione spettrale a diminuire, e consente la risoluzione di complessi eterogenei con massa molto simili, o di massa a carica rapporti, ma i tempi di deriva diverse. Inoltre, le misure deriva tempo forniscono un importante livello di informazioni strutturali, come Ω è legato alla forma complessiva e la topologia dello ione. La correlazione tra i valori misurati deriva tempo e Ω è calcolato utilizzando una curva di calibrazione generata dalle proteine ​​calibrante con definite sezioni 1. Il potere della IM-MS approccio risiede nella sua capacità di definire l&#39;imballaggio subunità e la forma complessiva delle assemblee proteine ​​a concentrazioni micromolari, e quasi fisiologica condizioni 1. Diversi studi recenti di IM sia singole proteine ​​2,3 e non covalenti complessi proteici 4-9, ha dimostrato con successo che la struttura della proteina quaternaria è mantenuta in fase gassosa, e ha evidenziato le potenzialità di questo approccio allo studio delle assemblee proteine ​​della geometria sconosciuto . Qui, fornire una descrizione dettagliata di IMS-MS analisi dei complessi proteici con il Synapt (quadrupolo-Ion Mobilità-Time-of-Flight) strumento HDMS (Waters Ltd, l&#39;unica commerciale IM-MS strumento attualmente disponibile) 10. Sono descritte le fasi di ottimizzazione di base, la taratura di collisione sezioni, e metodi per l&#39;elaborazione dei dati e l&#39;interpretazione. La fase finale del protocollo discute metodi di calcolo dei valori teorici Ω. Nel complesso, il protocollo non cerca di coprire ogni aspetto della IM-MS caratterizzazione delle assemblee proteine, anzi, il suo obiettivo è quello di introdurre gli aspetti pratici del metodo di nuovi ricercatori nel campo.

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T-wave Ion Mobility-mass Spectrometry: Basic Experimental Procedures for Protein Complex Analysis

Mobilità ionica, spettrometria di massa è un emergente tecnologia in fase gas che separa gli ioni, in base alla loro collisione sezione trasversale e di massa. Il metodo fornisce informazioni tridimensionali sulla topologia generale e la forma di complessi proteici. Qui, delineare una procedura di base per l&#39;impostazione dello strumento e l&#39;ottimizzazione, la taratura dei tempi di deriva, e l&#39;interpretazione dei dati.

T-wave mobilità ionica-spettrometria di massa: Basic procedure sperimentali per l&#39;analisi delle proteine ​​complesse

Ion mobility (IM) is a method that measures the time taken for an ion to travel through a pressurized cell under the influence of a weak electric field. ...

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24.3K Views.  Weizmann Institute of Science. Mobilità ionica, spettrometria di massa è un emergente tecnologia in fase gas che separa gli ioni, in base alla loro collisione sezione trasversale e di massa. Il metodo fornisce informazioni tridimensionali sulla topologia generale e la forma di complessi proteici. Qui, delineare una procedura di base per l'impostazione dello strumento e l'ottimizzazione, la taratura dei tempi di deriva, e l'interpretazione dei dati.

T-wave mobilità ionica-spettrometria di massa: Basic procedure sperimentali per l'analisi delle proteine ​​complesse

T-wave mobilità ionica-spettrometria di massa: Basic procedure sperimentali per l'analisi delle proteine complesse