まず、顕微鏡の画像キャプチャソフトウェアを起動します。マウスの心臓全体を覆うのに必要なタイルの数を計算します。タイル1から始まるハートの画像をキャプチャします。
ハート全体が覆われるまで、連続するタイル間のオーバーラップを10%にして、残りのタイルの画像を順番にキャプチャします。次に、BigStitcherプラグインを開き、必要なすべてのタイルを画像ファイルディレクトリからインポートします。データセットを HDF5 ファイルとして保存します。
タイルを通常のグリッドで移動機能を使用して、タイルを整理します。次に、ハートの移動に使用するパターンを選択し、各タイル間の10%のオーバーラップを選択します。ステッチウィザードオプションを使用してタイルをステッチします。
画像融合を使用して TIFF ファイルを作成し、ステッチしたデータをエクスポートします。サンプルのマルチビューデコンボリューション用。蛍光ビーズを使用して、心臓に沿ったマルチビュー再構成の画像レジストレーションを行います。
検出軸を横切って心臓アセンブリをスキャンして、照明部分からマウスの心臓の連続画像をキャプチャします。マウスの心臓をY軸に沿って60度回転させて、後続のスタックを複数の角度からキャプチャします。次に、BigStitcherプラグインを開き、画像ファイルディレクトリを介してすべての画像をインポートします。
データセットを HDF5 ファイルとして保存します。Detect Interest Pointsを選択し、登録するビードを手動で選択します。登録する細かい変換モデルを選択し、すべてのビューに PSF を割り当てます。
[マルチビューデコンボリューション]をクリックし、反復のタイプとして[効率的なベイズ]を選択します。反復回数を10と定義し、実行します。最後に、画像融合をクリックしてTIFFファイルをエクスポートします。
マルチビューデコンボリューション法は、15時間の計算後にほぼ等方性の解像度を達成しました。ETLベースの腋窩掃引ライトシート顕微鏡は、焦点が合っていない背景を最小限に抑え、画像のコントラストを高めることができました。ステッチングと軸方向に掃引されたライトシート顕微鏡の統合により、8週齢のマウス心臓全体を均一な解像度でカバーすることができました。
