의 유도 및 특성 형질 전환 유전자가없는 인간 유도 다 능성 정의 임상 수준의 조건으로 세포주 및 변환 줄기

요약

We describe a protocol for deriving lentiviral-based reprogrammed and characterized factor-free human induced pluripotent stem cells and conversion into putative clinical-grade conditions.

초록

유도 인간 다 능성 줄기 세포 (hiPSCs)는 렌티 기반 재 프로그래밍 방법론으로 생성 될 수있다. 그러나, 게놈의 적극적 전사 영역에 남아있는 잠재적 발암 유전자의 흔적은 인간의 치료 응용 프로그램 ^(1)에 사용하기 위해 자신의 잠재력을 제한 할 수 있습니다. 또한, 치료 학적으로 중요한 유도체 줄기 세포 분화 또는 재 프로그래밍 유래의 비 - 인간 항원 인간 ^임상이 문맥에서 사용되는 이러한 hiPSCs는 배제. 이 비디오에서는, 우리는 재 프로그래밍 및 외래 유전자의 무료 요인이없는 hiPSCs를 분석하는 절차를 제시한다. 이러한 hiPSCs이어서 렌티 바이러스를 포함하는 특정 인트론 유전자 발현의 이상에 대해 분석 할 수있다. 이러한 분석은 이전에 유전자 발현의 차이 ^(3)를 검출하는 데 덜 민감한 기술 위에 이점을 갖는다 민감한 정량적 폴리머 라제 연쇄 반응 (PCR)을 이용하여 수행 될 수있다. 로 전체 변환임상 등급의 우수 제조 기준 (GMP) 조건, 인간의 임상 적 관련성을 할 수 있습니다. 우리의 프로토콜은 제공하는 또 다른 방법이 제공하는 현재의 안전 항구 기준이 확장 인간의 치료 응용 프로그램-을 위해 만기가 인간이 아닌 항원에 어떤 면역 원성의 위험을 제거해야한다 GMP 수준의 hiPSCs를 유도하는 요인이없는 특성화 된 hiPSC 기반의 파생 상품을 포함 할 것이다. 이 프로토콜은 모든 유형의 세포로 재 프로그램 렌티 폭넓게 적용되며, GMP 수준의 조건으로 세포를 재 프로그램을 변환하기위한 재생 가능한 방법을 제공한다.

서문

Adult human cells have been shown to be capable of undergoing epigenetic remodeling and reprogramming, as a result of lentiviral-based expression of four key transcription factors^4,5. An important advancement in the reprogramming field was the use of a single excisable lentiviral stem cell cassette (STEMCCA), which housed all four reprogramming transcription factors that allowed a precise stoichiometric ratio of protein expression⁶. Additionally, when transduced in specific multiplicity of infection ranges, STEMCCA can lead to predominantly single genomic integration events during the reprogramming process⁷. The introduction of an excisable version of STEMCCA, which utilizes Cre/loxP technology followed by excision of the reprogramming vector after derivation of the stem cell line, enabled factor-free human induced pluripotent stem cell (hiPSC) lines to be derived⁸. Additionally, in order to enhance therapeutic applications of hiPSCs, a novel, quick, and readily applicable methodology for good manufacturing practice (GMP)-grade cell line conversion, from xeno-containing to xeno-free conditions, needed to be implemented. Here, we discuss a relevant methodology that more precisely assesses integrated gene expression differences, specifically when integrated into an intron, and clinical-grade cell conversion into putative GMP conditions.

Previous research has used only relatively insensitive microarray transcriptional analysis to analyze gene expression differences in integrated genes after STEMCCA transduction^3,9. Here, we introduce the methodology of sensitive quantitative polymerase chain reaction (PCR) analysis, to further examine integrated gene expression differences. Importantly, current safe-harbor criteria discard hiPSCs that have genes with viral integrations, thus limiting the applicability of these cells for downstream human cellular therapeutics⁹. We propose that the status quo may change with the use of fully characterized and transgene-free intronically reprogrammed hiPSCs. Additionally, we introduce a robust GMP-grade cell conversion protocol that can be readily applied to a variety of different cell types, which were originally derived under xeno-containing conditions¹⁰. This provides significant opportunities for the development of future cell reprogramming experiments, which require clinical-grade conditions to maintain human therapeutic relevance.

These methodologies provide a foundation upon which current safe-harbor criteria may be expanded to include characterized STEMCCA reprogrammed hiPSC lines that maintain a normal gene expression profile after STEMCCA excision from the integrated intron. Also, full conversion into clinical-grade conditions, free from non-human animal antigens, will help to incorporate many more cell types, which have previously been reprogrammed and characterized only in xeno-containing conditions. These methodologies combined, are persuasive grounds for the US Food and Drug Administration (FDA) to consider expanding their limited approval from human embryonic stem cell (ESC)-based therapeutics to hiPSC-based therapeutics¹¹.

We recently detailed the derivation of a factor-free hiPSC line that was fully characterized and converted into putative clinical-grade conditions¹⁰. Here, we detail the protocol for hiPSC derivation by utilizing the STEMCCA lentivirus. These stem cells then undergo an excision process followed by gene expression characterization. Finally, the hiPSCs are converted over into GMP-grade conditions by a slow conversion methodology.

프로토콜

주 :.이 방법은 경외 등 ^{(10)에보고} 된 연구에 사용 하였다.

STEMCCA 1. 재 프로그래밍 성인 인간 피부 섬유 아세포

1. 해동 성인 피부 인간 섬유 아세포 (한국 외대), 2 분 동안 37 ° C의 물을 욕조에 통로 (4) 이하, 물을 유리 병의 상단 잠수함 않도록주의.
2. 15 ML 원뿔 유리 병에 인간 섬유 아세포의 1 ml의 슬러리를 놓고 천천히 드롭 현명한 방식으로, 37 ° C로 미리 예열 표준 HUF 미디어, 4 ml의 배치, 디메틸 설폭 사이드 (DMSO)를 밖으로 희석하기 다시 중단 세포를.
3. 실온에서 10 분 동안 200 XG에서 바이알을 원심 분리기. 뜨는을 대기음 / ㎖ 100,000 세포 현탁액을 만들 매체의 적절한 볼륨에서 셀을 다시 중단하고 여섯 잘 플레이트 잘 하나에 2를 가하여, 0.2 % 젤라틴으로 20 분 동안 미리 코팅.
   참고 : 라인과 조건에 따라 세포의 동일한 수의 잘 자매 fo를 접종해야R 셀 카운팅 / 감염 (MOI) 계산의 다양성.
4. 세포를 균일하게 분배하는 전후 좌우하고 판측 락. 가습 인큐베이터에서 37 ° C, 5 % CO _2에서 밤새 인큐베이션.
5. 전달의 날, 세포 자매의 수 (들) 잘 초기 HUF 도금 후 (들) 약 24 시간을 구하십시오.
6. 2 × 10 ⁸ TU 또는 이와 동등한, 렌티 바이러스 농축 (STEMCCA)을 밖으로 해동 HUF 미디어 1 × 10 ⁸ TU / ㎖로 희석.
7. 8 ㎍ / ㎖의 트랜 스펙 션 제로 보충 HUF 배지에서 10 MOI 비율로 세포를 형질 도입. 균등 형질 우물을 혼합하고 가습 배양기에서 37 ° C, 5 % CO _2에서 밤새 품어.
8. 렌티 바이러스 전달 후 약 24 시간은 표준 인간 만능 줄기 세포 (PSC) 매체에 HUF 매체를 전환합니다.
9. 일 2 ~ 6 일, 인간의 PSC 매체 매일 미디어를 변경합니다.
10. 하루 6 일, 두 0.2 % 젤라틴 코팅 10 cm 판을 판HUF 미디어 ¹² CF1 마우스에서 파생 된 1.5 10 × 1.75 ⁶ MEFs에.
11. 7 일에, 조심 사이에 균등하게 세포를 도금, 1시 16분 비율로 6 웰 플레이트 및 통로의 한 우물에서 7 일 다시 프로그램 섬유 아세포를 들어 올릴 때는 100 개 이상의 XG, 사용 실온 트립신을 원심 분리하지 전날 MEFs에 도금 된 신선한 인간의 PSC 미디어, 두 10cm 플레이트. 37 ° C에서 시계 방향으로 나선형 운동과 장소에 세포 집합체를 배포, 5 % CO _{2 하룻밤} 인큐베이터를 가습.
12. 약 48 시간 이후 MEFs에 매일에 재 프로그램 세포를 파종 한 후, 신선한 매체와 소비 인간의 PSC 미디어를 변경합니다.
13. 3~4주 후, 21 게이지 바늘 형태처럼 전형적인 ESC 개별 콜로니를 선택하고 0.2 % 젤라틴 - 코팅 된 개별 웰에 특정 콜로니 약 8-10 개별적인 조각을 배치하여 24 웰 플레이트 아웃 서브 클로닝 24 웰 플레이트 전 씨인간의 PSC 매체 CF1 마우스에서 파생 된 MEFs에와 에드.
    주 : 촬상 콜로니 전개 후, 콜로니를 단백질 수준에서 배아 체 형성 및 다 능성 마커의 발현 분석에 의하여 다 능성 특징으로 할 수있다.

2. 벡터 통합 사이트 분석 및 STEMCCA 절제술

1. ¹⁰ 바와 같은 비 제한적인 선형 PCR에 의해 증폭 STEMCCA 통합 사이트를 분석한다.
2. 오래된 인간의 ESC 매체를 흡입하여 게놈, 소비세 STEMCCA의 원하는 영역으로 하나의 통합을 보장하기 위해 시금 후. 그 후, 24 시간 동안 표준 PSC 미디어 3 ㎖ 8 ㎍ / ㎖의 트랜 스펙 션 제로 농축 아데노 - 치운다 PuroR 바이러스의 45 μl를 결합한다.
3. 24 시간의 잠복기 후, 혼합 바이러스 뜨는을 대기음과 인간의 PSC 미디어로 두 번 세포를 씻으십시오. 5 일 동안 2 ㎍ / ㎖의 퓨로 마이신과 함께 신선한 인간의 PSC 매체를 놓고 미디어 매일 재치 변경시간 신선한 매체와 항생제.
4. 오일 후 서브 클론 12- 웰 플레이트에서 0.2 % 젤라틴 - 코팅 된 웰에 21 게이지 바늘을 가진 콜로니로부터 유도 된 잔류 CF1mice MEFs에 사전에 도포하고, 위에서 설명한 바와 같이 확장.
   참고 : 충분한 확장은 냉동 보관을 얻을 후, 공급이없는 상태로 변환이 필요합니다. 대부분의 세포가 성공적으로 형질 도입되지 않고 배양 오일 걸쳐 항생제에 굴복하는 바와 같이 95 % 이상의 줄기 세포 콜로니 사멸 예상된다. 아데노 Cre 호텔 - PuroR는 요인이없는 식민지의 샘플을 reexposing, 감염된 세포의 호스트 염색체에 0.001 %의 효율로 통합 있지만 더 통합 ¹³ 발생하지 확인합니다 100 % 세포 사멸을 보장하기 위해 퓨로 마이신합니다.
5. 매트릭스가 액체가 될 때까지 약 2 시간 (제조자의 권고)에 걸쳐, 얼음에 사전 분취 기저막 매트릭스의 한 바이알을 해동하고 차가운 기저 매체 1:30 최종 농도로 희석 아웃. 공동물론 당 1 mL를 여섯 웰 플레이트에 웰 원하는 번호로. 실온에서 1 시간 동안 앉아 보자.
6. 물론 이전에 MEFs에 코팅 30 식민지 적어도 20 (18 게이지 바늘, 또는 유리 또는 플라스틱 "팁"을 사용하여) 크로스 해치. MEF는 고양 줄이고 판에서 전송할주의하십시오.
   1. 멸균 플라스틱 피펫 팁의 간단한 사용법으로, 화염에, 더 복잡한 가열에서, 다른 접근 방법을 통해 유리 파스퇴르 피펫의 당김, 및 마무리를 해칭 장치를 생성하거나, 우리의 경우에서와 같이, 21- 및 / 또는 18 게이지 바늘.
7. 코팅 잘 후 배양에서 행렬을 기음.
8. 200 μL 피펫으로 이전 판에서 부드러운 스크랩하여 식민지의 조각을 제거하고 조심스럽게 매트릭스 코팅 접시에 신선한 결합 된 미디어 (1) 3 ㎖에 배치합니다. 37 ° C, 5 % CO ₂ 가습 배양기에서 하룻밤 품어. 미디어 변경, 48 시간 계대 후.
9. 상업 DNA 추출 키트를 사용하여 80 % 이상의 포화 상태에, 절제 포스트 및 피더없는 변환 된 hiPSCs에서 게놈 DNA를 추출합니다.
10. STEMCCA의 렌티 바이러스의 외생 적 통합을 위해 특정 프라이머와 적절한 절제에 대한 분석 : gDNA를-헨도-MycS 감기, 5'-acgagcacaagctcacctct-3 '; gDNA를-hWPRE-역, 5'-tcagcaaacacagtgcacacc-3 '. 10 μM 원액을 PCR 등급 물을 동결 건조 된 프라이머를 복원합니다.
11. 다음과 같은 5 단계 프로토콜 PCR을 실행하여 초기 변성을 3 분 동안 95 ° C에서; 15 초 동안 72 ° C에서 15 초, 및 확장을위한 62 ° C에서 20 초, 프라이머 어닐링 98 ° C에서 변성, 다음의 각 35주기 3 분 72 ° C에서 단일주기 최종 확장 하였다.
12. 아가 로스를 1.5 g 칭량하고 50 ㎖ 1X 트리스 - 아세테이트 - EDTA 버퍼에 배치하여 3 % 아가 로즈 젤을 확인. 아가로 오스 때까지 전자 레인지 용해 DNA 젤 얼룩의 장소는 p로퍼 희석, 혼합하고, 실온에서 1 시간 동안 고화 겔 카세트에 적절한 양을 분배.
13. PCR 산물의 부하 12 μl의 3 % 아가 로즈 겔에 로딩 염료 3 μL와 혼합 하였다. V. 80에서 30 분 동안 젤을 실행
14. 적절한 절제를 나타내는 밴드의 부재에 대한 자외선 시각화.

사전 및 사후 적출 hiPSCs에서 정량 PCR을 이용한 유전자 발현의 차이 3. 정량

1. 상업 RNA 추출 키트를 사용하여 절제 포스트 및 피더없는 변환 된 hiPSCs에서 총 RNA를 추출합니다.
2. - 역 전사 제조업체의 지침에 따라 상업 키트를 사용하여 총 RNA 1 μg의 최대. 고정 - 올리고 (DT) ₍₁₈₎ 임의 헥사 프라이머를 사용합니다.
   참고 : PCR 프로토콜은 4 KB보다보다 더 많은 이하의 유전자 성적 증명서에 맞게 조정되어 있는지 확인합니다. 특정 프라이머 중 유전자 STEMCCA 원래 통합 전을 위해 만든해야합니다NTO.
3. 20 μM 원액을 PCR 등급 물을 동결 건조 된 프라이머를 복원합니다.
4. 10 μM의 UPL 프로브로 구성되어 반응 20 μL, 2 배의 LightCycler 480 프로브 마스터 당 샘플의 5 NG를 사용하고, 앞으로 20 μM 및 역방향 프라이머.

GMP 수준의 조건으로 4. 변환

1. GMP 수준의 조건을 통해 후 절제 hiPSCs를 전환의 첫 날, 결합 된 인간의 PSC로 구성된 미디어의 혼합을 미디어 1 (결합 된 미디어 1) 임상 성적 우수 제조 기준 (GMP) 호환 미디어 (결합 된 미디어 2 ) 80 : 20의 비율로.
2. 대기음 오래 결합 매체 (1)과 80:20의 비율로 조합 된 새로운 매체 1 및 2, 예열 3 ㎖를 배치 오프. 이 특정 비율로 3 일 동안 매일 미디어를 변경합니다. 다시 37 ° C, 5 % CO ₂ 배양기에 장소 세포.
3. 하루에 4 일, 50 : 50의 비율로 결​​합 된 미디어 (1)과 (2)를 확인합니다. 기존 매체와 REPLAC 대기음50 대 50의 비율로 결​​합 된 미디어 1과 2와 미리 예열 미디어와 전자. 이 특정 비율로 3 일 동안 미디어를 변경합니다. 다시 37 ° C, 5 % CO ₂ 배양기에 장소 세포.
4. 7 일째, 20:80의 비율로 혼합 매체 1 및 2를 만든다. 대기음 기존 매체 오프와 20:80의 비율로 결​​합 된 미디어 1과 2, 예열 용지로 교체합니다. 이 특정 비율로 3 일 동안 미디어를 변경합니다. 다시 37 ° C, 5 % CO ₂ 배양기에 장소 세포.
5. 100 비 : 10 일에, 0에 결합 된 미디어 1과 2를합니다. 대기음 기존 매체 끄고 0 결합 된 미디어 1과 2, 미리 예열 용지로 교체 : 100 비율. 이 특정 비율로 매일 미디어를 변경합니다. 세포는 완전히 정의 이종 무료 매체에있다. 다시 37 ° C, 5 % CO ₂ 배양기에 장소 세포.
   주 :이 전체 변환 프로세스 중, 18 게이지 바늘로는 적절한 루틴 계대 콜로니 크기 및 밀도를 유지하기 위해 필요하다. 페이지에 계획콜로니 크기, 포화 상태, 및 분화에 기초하여 모든 4~5일 세포 assaging.
6. 제조업체에서 권장 정의 이종 무료 기판과 여섯 잘 플레이트에 잘 코트 하나.
7. 기계적 통로 합류가 아니라, 이미 18 게이지 바늘 여섯 웰 플레이트에서, 이종없는 미디어 조건을 변환. 중요한 것은, 미디어를 조건을 사전에 계대 전에, 1 시간 동안 1 배 ROCK 억제제와 세포에 새로운 미디어 (결합 된 미디어 2)를 배치합니다.
8. 세포로 전달되고 있다는 새로운 플레이트 오프 합성 기질 용액 기음. 이전 판에서 줄기 세포 덩어리를 포함하는 모든 용지를 제거하고 새로운 판에 전송합니다.
9. (한 번 인큐베이터 내부, 직접 방식으로 접촉하지 않는 이상적 판) 다시 최소한의 물리적 방해 2 일 동안 37 ° C, 5 % CO ₂ 배양기에 장소 세포는 최대 첨부를 허용합니다.
   참고 : 세포는 매일 미디어를 변경해야합니다. 지속적인 passaging 4 일마다이 중요 할 것이다. 21 게이지 바늘, 최적의 ESC와 같은 형태 (높은 nucleocytoplasmic 비율)와 식민지의 통로 부분 만 사용. 이것은 잘 성장하고 결국 동질적인 식민지를 얻을 것입니다 적절한 hiPSC 식민지에 대한 선택을 보장합니다. 식민지 같은 ESC의 유도에 전체 시간은 초기 결합 된 미디어를 변경 한 후 15~20일 사이에있다.
10. 18 게이지 바늘을 사용하여 첫 번째 크로스 해치에 의해 식민지를 모두 GMP 수준의 사후 적출 hiPSCs을 동결. 200 μL의 피펫을 사용하여 해제 모든 조각을 올리고 4 ℃에서 5 분 동안 200 XG에 15 ML 원뿔 유리 병 원심 분리기에 세포를 포함하는 모든 미디어를 전송합니다.
11. 세포를 원심 분리하는 동안 차가운 결합 매체 (2)의 같은 부피로 이루어진 7.5 %의 최종 DMSO 농도 매체 냉동 동결 매체를 만든다.
12. 세포 펠렛 후, 기존 매체를 대기음 및 냉동 매체와 펠렛을 다시 일시 중지 현명한 놓습니다. 즉시 TR동결 튜브에 ansfer와 C의 냉동고 °에서 -80했습니다.

5. 특성화 GMP 수준의 사후 적출 hiPSCs

1. 3 단계 QPCR 방법론에서 언급 한 다음 키 능성 마커 (SOX2, 인 Oct4, 및 NANOG) 같은 단계를 표 1에 프라이머를 사용하여의 발현을 정량화하는 QPCR를 사용 능성 마커 변환 후 적절한 표현을 보장하기 위해 3 단계에 나열된 같은 단계를 반복합니다.
2. 사용 이전에 ^(10)이 발표 한 키트에 나열된 표준 약관에 따라 인간이 아닌 시알 산 Neu5Gc (N -glycolylneuraminic 산)을 감지하는 유동 세포 계측법.
3. 부드럽게 1X 인산 완충 식염수 (PBS)를 사용하여 세포를 세포 배양 플레이트를 세척한다.
4. 실온에서 5 분 동안 1X 해리 시약을 사용하여 콜로니를 떼어 놓다.
5. 단계 5.4의 5 분의 배양 시간 동안에 설치된 차단 용액 (제조얼음 - 냉각 PBS로 차단제 0.5 %함으로써 키트).
6. 유동 세포 계측법 분석을위한 튜브의 다음 세트 레이블 : 흠을; 4 ', 6- Diamidino -2- 페닐 인돌 (DAPI) DAPI; 대조군 항체 1 : 200; 차 항체 1 : 200; 이차 항체 1 : 200 당나귀 안티 치킨의 IgG (H + L); 샘플 MEFs에; 매트릭스에 샘플 후 절제 세포; 및 샘플 합성 기판에 세포를 포스트 - 절제.
7. 조심스럽게 15 ML 원뿔 튜브에 솔루션 및 전송 내용을 차단 2 ㎖를 추가하여 단​​계 5.4에서 세포 집합체을 제거. 4 ℃에서 5 분 80 XG에 원심 분리기.
8. 단계 5.7에 명시된 솔루션과 원심 분리기를 차단로 두 번 세포를 씻으십시오.
9. 부드럽게 각 해당 항체의 희석 부피 차단 용액 100 ㎕에 약 1 × ¹⁰⁶ 세포를 다시 일시. 부드러운 1 시간 동안 4 ° C에서 락을 함께 품어.
10. 단계 5.8에서와 같이 세척을 세 번 반복합니다.
11. 희석제 니어 400 μL의 세포 펠렛을 다시 일시ffer은 1 (키트에서) : 튜브 2, 6, 7 DAPI 100, 8 단계 5.6 아래에 나열된.
12. 40 μm의 여과기를 통해 변형 세포와 사이토 흐름을 통해 실행합니다.

결과

우리 STEMCCA의 렌티 기반 리 프로그래밍 방법을 사용하여 임상 등급 인자없는 hiPSCs를 유도 프로토콜을 제안한다.도 1a는 MEFs에의 층에 STEMCCA 방식으로 재 프로그래밍 후, 세 가지 사전 절개 hiPSC 라인의 대표 사진을 보여준다. STEMCCA 재 프로그래밍 접근 방법의 주요 장점은 다른 연구 그룹 및 위치에, 여러 과학자들에 의해 달성 일관된 재 프로그램의 성공에있다. 그림 1B는 ?...

토론

우리는 인자없는 hiPSCs를 유도하고 미래의 인간 치료제 하류 세포 분화에 대한 GMP 수준의 조건으로 이들 세포를 변환하여이를 임상 적으로 만드는 방법을 설명합니다. 이 프로토콜은 다양한 종류의 세포에 광범위하게 적용 할 수 있지만, 우리는 인해 환자에서 추출의 용이성과 개인화 된 인간의 치료제에의 적용에 인간 피부 섬유 아 세포를 재 프로그래밍하기로 결정했습니다. 제한이 임상 적으?...

자료

Name	Company	Catalog Number	Comments
Media and reagents
DMEM/F12 (basal media)	Invitrogen (Carlsbad, CA, USA)	11330057
Fetal bovine serum	Invitrogen	16000044
Minimum essential medium (MEM) non-essential amino acids (NEAA), 100x	Invitrogen	11140050
Glutamax, 100x	Invitrogen	35050-061
PenStrep, penicillin-streptomycin, 100x	Invitrogen	15140-122	Thaw at 4 °C, aliquot and store at −20 °C
Knockout serum replacement	Invitrogen	10828028	Thaw at 4 °C, aliquot and store at −20 °C
Trypsin/EDTA, 0.5%	Invitrogen	15400-054	Dilute stock out to 0.05% in 1x PBS
Basic fibroblast growth factor	GlobalStem (Rockville, MD, USA)	GSR-2001	Reconstitute to 10 µg/ml stock in 0.1% bovine serum albumin dissolved in 1x PBS and store at −80 °C
β-mercaptoethanol	Millipore (Billerica, MA, USA)	ES-007-E
Matrigel (basement membrane matrix)	BD Biosciences (San Jose, CA, USA)	356231	Dilute stock Matrigel vial with 10 ml of DMEM/F12 while on ice for a 1:2 dilution. Aliquot and store at −20 °C.
CELLstart (Synthetic Substrate)	Invitrogen	A1014201
Stemmolecule Y27632	Stemgent (Cambridge, MA, USA)	04-0012-02
Puromycin	Invitrogen	A1113802
LightCycler 480 Probes Master	Roche (Basel, Switzerland)	4707494001
ProFreeze-CDM Medium/freezing medium	Lonza (Basel, Switzerland)	12-769E
Dimethyl sulfoxide	Sigma-Aldrich (St. Louis, MO, USA)	D8418
PBS	Invitrogen	14190-250
100 BP DNA Ladder	Invitrogen	15628019
SYBR Safe DNA Gel Stain 10,000x	Invitrogen	S33102
Agarose	Bio-Rad Laboratories, Inc. (Hercules, CA, USA)	161-3101
Gelatin, from porcine skin	Sigma-Aldrich	G1890-100G	Make stock at 0.2% in PBS, autoclave and store at room temperature.
mTeSR1	StemCell Technologies (Vancouver, BC, Canada)	5850	Combine Supplement 5x with the basic medium, aliquot and store at 4 °C for up to 2 weeks.
Stemedia NutriStem XF/FF Culture Medium	Stemgent	05-100-1A	Thaw at 4 °C O/N, aliquot and store at 4 °C for up to 2 weeks.
Primocin	InvivoGen (San Diego, CA, USA)	ant-pm-1
Accutase (Dissociation Reagent)	Invitrogen	A1110501
Donkey anti-Chicken IgG AlexaFluor 488	Jackson ImmunoResearch (West Grove, PA, USA)	703-546-155
Polybrene/transfection agent	Millipore	TR-1003-G
Plasticware
12-well plates	VWR (West Chester, PA, USA)	29442-038
6-well plates	VWR	29442-042
10-cm plates	Sigma-Aldrich	Z688819
18-gauge needle	Fisher Scientific (Pittsburgh, PA, USA)	148265D
21-gauge needle	Fisher Scientific	14-829-10D
Equipment
BD LSRII Flow Cytometer	KSystem by Nikon (Tokyo, Japan)
BD FACSDiva Version 6.1.3 Software	BD Biosciences
Kits
PureLink Genomic DNA Mini Kit	Invitrogen	K182000
KAPA HiFi Hotstart ReadyMix PCR Kit	KAPA Biosystems (Wilmington, MA, USA)	KK2601
High Pure RNA Isolation Kit	Roche	11828665001
Transcriptor First Strand cDNA Synthesis Kit	Roche	4379012001
Sialix anti-Neu5Gc Basic Pack Kit	Sialix (Newton, MA, USA)	Basic Pack
Media
Combined media 1	StemCell Technologies and Stemgent		Consists of equal parts mTeSR1 and Nutristem
Combined media 2	StemCell Technologies and Stemgent		Consists of equal parts TeSR2 and Nutristem
HUF Media			Dulbecco’s modified Eagle’s medium/F12 [DMEM/F12] supplemented with 10% fetal bovine serum, 1x non-essential amino acids, 1x Glutamax, and 1x Primocin
Human Pluripotent Stem Cell Media			DMEM/F12 supplemented with 20% knockout serum replacement, 1x Glutamax, 1x non-essential amino acids, 1x Primocin, 1x β-mercaptoethanol, and 10 ng/ml basic fibroblast growth factor.
DMEM/F12, Dulbecco’s modified Eagle’s medium/F12; PBS, phosphate-buffered saline.