SS Wang, M. Amar, A. Galla에게 원고를 읽는 것에 대해 감사드립니다. 이 간행물에보고 된 연구는 보너스 번호 RO1GM067837 및 RO1GM056006 (SAK로)하에 국립 보건원 국립 의학 종합 연구소 (National Institute of Health)의 지원을 받았다. 내용은 전적으로 저자의 책임이며 반드시 국립 보건원의 공식 의견을 나타내는 것은 아닙니다.

<html> 1. 플라스미드 준비 및 리포터 <ol><li> PCR은 대장균 (TOP10)을 사용하여 진입 벡터에 추가로 클로닝하기 위해 분석 될 표적 DNA의 프로모터 영역 / &quot;단편&quot;(바람직하게 ~ 250-500bp)을 증폭시킨다. </li><li> 시퀀싱 확인시 이전에 설명한 8 , 9 , 10 , 11 과 같이 호환 가능한 pGLacZi 발현 벡터 7 에서 양성 클론을 서브 클론합니다. </li><li> 이전 12 , 13에서 설명한대로 효모 리포터 변형을 생성 pGLacZi의 상 동성 재조합에 의해 발기인 통합 (YM4271)에 대한 효모 변형을 변환합니다. 매체의 제조법과 함께 DNA 영역을 갖는 효모 균주의 형질 전환 및 확인 단계는 단계가 고전적인 Y1H 프로토콜과 유사하기 때문에 여기서 설명하지 않는다ass = &quot;xref&quot;&gt; 9 , 10 , 11 , 12 , 13 . pEXP - AD502 제어 플라스미드는 정상화 목적으로 사용할 수 있으며 이전에 설명한대로 β - 갈 락토시다 아제 활성을 quantifiying 8 . </li><li> 관심있는 TF 또는 단백질을 클론하고 상호 작용하는 단백질 파트너를 pDEST22 및 pDEST32ΔDBD (pDEST32 마이너스 DNA 결합 도메인) 발현 벡터로 클로닝한다. 형질 전환 된 효모 프로모터 단편 및 TF 클론은 추후에 프로토콜에서 더 사용된다. </li></ol> 2. 수정 된 Y1.5H 프로토콜 <ol><li> 1 일 (오후), 페트리 접시 또는 글리세롤 주식에서 SD - Ura 의 문화의 5 ML로 시작하고 30 ° C 쉐이커에서 밤새 품어. 참고 :이 문화는 신선 줄무늬 접시 또는 효모의 25 % 또는 30 % 글리세롤 주식에서 직접 시작할 수 있습니다DNA 조각으로 복제하십시오. </li><li> 2 일차 (오후)에 YPDA 배지 10 mL에 밤새 배양액 500 μL를 접종하고 30 ° C 쉐이커에서 밤새 배양합니다. </li><li> 3 일차 (아침 일찍 및 오후 내내) : 능력있는 세포 준비 (아침 일찍). <ol><li> 밤새 문화 2 ML와 YPDA 미디어 100 ML을 접종하고 30 ° C의 쉐이 커에서 품어. OD 600 이 0.4-0.8 (3-5 h)에 도달 할 때까지이 신선한 배양 물을 성장시킵니다. 참고 : 하룻밤 문화의 OD 600을 확인하고이 단계의 시작 지점 OD 600 0.1 있는지 확인 - 0.2. 과도한 성장이나 미성숙 된 문화를 사용하면 실험 기간이 길어질 수 있습니다. </li><li> 1000 xg 및 21 ° C에서 5 분간 원심 분리하십시오. 뜨는 물을 버린다. </li><li> 소용돌이 또는 피펫 팅 (pipetting)을 사용하여 10 mL의 멸균 수로 펠렛을 재생한다. </li><li> 1000 xg 및 21 ° C에서 5 분간 원심 분리하십시오. 뜨는 물을 버린다. </li><li> 재구성2 mL의 Tris-Ethylenediaminetetraaceticacid (TE) / Lithium acetate (LiAc)에 vortex를 사용하거나 위아래로 pipetting하여 펠렛을 만든다. 참고 : 표 1의 TE / LiAc 제조법을 참조하십시오. </li><li> 1000 xg 및 21 ° C에서 5 분간 원심 분리하십시오. 뜨는 물을 버린다. </li><li> 4 ML의 TE / LiAc + 400 μL 연어 정자 DNA (10 MG / ML) pipetting 위아래로 펠렛을 다시 일시 중지하고 다음 단계로 진행합니다. </li></ol></li><li> 공동 변형 : 세포에 열 충격 (오후 늦게) <ol><li> 96 잘 혼합 접시 (U - 하단)에 잘 당 세포의 20 μL를 배포 할 수 있습니다. </li><li> 우물에 pDEST22 : TF 플라스미드, pDEST32ΔDBD : TF 플라스미드 및 pEXP - AD502 플러스 pDEST32ΔDBD : TF (정상화 제어)를 각각 150 ng (~ 1.5 μL)를 추가합니다. 참고 : ~ 150 ng 각각의 pDEST22 : TF 및 pDEST32ΔDBD : TF 플라스미드로 최적의 결과가 예상됩니다. 구조 및 플라스미드 표현에 따라 달라질 수 있으므로모든 실험마다 최적화해야합니다. 또 다른 컨트롤 인 pDEST22-TF와 pDEST32deltaDBD는 사용자의 재량에 따라 포함될 수 있습니다. </li><li> 웰 당 100 μL의 TE / LiAc / 폴리에틸렌 글리콜 (PEG)을 첨가한다 (3 회 혼합 ). 참고 : 표 1의 TE / LiAc / PEG 제조법을 참조하십시오. </li><li> 통기성이있는 뚜껑으로 플레이트를 덮고 30 ° C (교반 필요 없음)에서 20 - 30 분 (더 길어질 수 있음) 동안 배양하십시오. </li><li> 42 ° C에서 20 분 동안 열충격 ( 정밀 ). </li></ol></li><li> 세포를 판다. <ol><li> 1000 xg 및 21 ° C에서 5 분간 원심 분리하십시오. 멀티 채널 피펫을 사용하여 상징액을 제거하십시오. 110 μL의 TE를 넣고 섞는다. </li><li> 1000 xg 및 21 ° C에서 5 분간 원심 분리하십시오. 멀티 채널 피펫을 사용하여 뜨는의 100 μL를 제거합니다. 구멍을 뚫어 펠렛을 다시 매달아 라. </li><li> SD - Trp - Leu 한천 플레이트에 세포를 전송합니다. 플레이트를 부화시키다.30 ° C에서 다음 단계까지. </li></ol></li><li> 5 일 (오후) : 펀처 / 마이크로 플레이트 복제기를 사용하여 새 플레이트에 세포를 옮깁니다. <ol><li> 멀티 채널 피펫을 사용하여 멸균 96 - 웰 혼합 판 (U - 하단)에 50 μL의 TE를 채 웁니다. TE의 구멍을 미리 닦으십시오. 참고 :이 단계 전에 그리고 이후 프로토콜에서 펀처 또는 마이크로 플레이트 리플리케이터를 멸균해야합니다. 에 펀치 (100 %, 분자 생물학 등급이 아님)에 담그고 화염에 태우는 것과 같이 구멍을 뚫는 일반적인 방법이 적용될 수 있습니다. 펀처 핀을 식히기 위해 1 분 정도 기다리십시오. 주의 : 벤치에서 살균을 수행하는 경우; 벤치를 에탄올로 사전 청소하고 가연성 물질이 없어야합니다. 적절한 개인 보호 장비 (PPE)를 착용하십시오. </li><li> 식민지를 펀치하고 TE로 채워진 플레이트에 다시 부순다. 참고 : 플레이트에 부드럽게 성장하면 식민지를 직접 펀치 할 수 있습니다TE- 채워진 플레이트 또는 대안으로, 단일 콜로니 (다중 콜로니의 경우)는 TE 채워진 플레이트에 살균 된 이쑤시게를 사용하여 골라야하고,이어서 펀처를 사용하여 다음 단계에 사용할 수 있습니다. </li><li> 최적의 표면 커버리지를 위해 새로운 SD-Trp-Leu 한천 플레이트 로 옮기십시오 . 30 ° C에서 다음 단계까지 플레이트를 배양하십시오. </li></ol></li><li> 7 일 (오후) : β- 갈 락토시다 아제 활성을 측정하기위한 배양을 시작한다. <ol><li> 멀티 채널 피펫을 사용하여 SD - Trp - Leu 미디어 50 μL와 살균 96 - 웰 혼합 판 (U - 하단)을 작성하십시오. </li><li> 멀티 채널 피펫을 사용하여 180 μl의 SD-Trp-Leu 배지로 96 웰 멸균 블록을 채 웁니다. </li><li> 미디어에 구멍을 뚫어 미리 젖혀 놓은 다음 플레이트에서 식민지를 미디어 50 μL로 옮깁니다. </li><li> SD-Trp-Leu 배지 180 μL에 효모 20 μL를 옮기고 통기성이있는 막을 밀봉합니다. 품다30 ° C 쉐이커에서 36 시간 동안. </li></ol></li><li> 9 일째 (아침) : 효소 측정을위한 배양을 시작하십시오. <ol><li> 멸균 96 깊은 우물 블록에서 YPDA 미디어의 500 μL에 문화의 100 μL을 전송합니다. </li><li> 호흡 할 수있는 씰로 멸균 된 깊은 웰 플레이트를 덮고 200 rpm에서 교반하면서 30 ° C에서 3-5 시간 동안 배양합니다 (OD 600 0.3-0.6까지). </li><li> 문화를 다시 일시 중지하고 분광 광도계 플레이트 (측정 OD 600 )에 멀티 채널 피펫을 사용하여 125 μL를 전송합니다. 참고 :주의 : OD 600 이 0.3 - 0.6 미만인 경우 마지막 방울을 분사하지 마십시오. OD 600 이 판독 값에 따라 1 - 2 시간 동안 더 배양하십시오. 이 단계에서 사용 된 125 μL 배양 물은 폐기되거나 사용자의 재량에 따라 원래의 깊은 웰 블록으로 다시 옮길 수 있습니다. </li><li> 3000 XG 및 21 ° C에서 10 분 동안 깊은 우물 블록에 남아있는 세포를 원심 분리기. supernatan 제거t를 반전 시켜서. </li><li> Z 버퍼 및 와동의 200 μL를 추가합니다. 참고 : 표 1 에서 Z 버퍼의 제조법을 참조하십시오. </li><li> 3000 xg 및 21 ° C에서 5 분간 원심 분리하십시오. 거꾸로하여 뜨는을 제거합니다. </li><li> 20 μL Z-buffer와 vortex를 첨가한다. </li><li> 동결 융해 사이클에 견딜 수있는 밀봉 호일로 플레이트를 덮으십시오. 흄 후드에서 액체 질소를 사용하여 4 사이클의 동결 / 해동을 수행 한 다음 수조에서 42 ℃ (각 2 분)를 수행합니다. </li><li> 200 μL Z 버퍼 / 베타 - 머 캅토 에탄올 (β-ME) / 오르토 니트로 - β 갈 락토 (ONPG)에 추가 (12 ㎖, 21 μL를 8.4 mg을 각각 20 ㎖의 용액을 수득한다; 항상 신선한 준비). 참고 : ONPG는 올바르게 분해하기 위해 약간의 시간이 걸리므로이 단계에 도달하기 전에 1 시간 전에 용액을 준비하십시오. ONPG는 β- 갈 락토시다 아제 활성의 측정을위한 기질 역할을한다. </li><li> 30 ° C에서 최대 17 - 24 시간 동안 배양하십시오. (색상이 이전 pr다음 단계로 넘어가십시오). </li></ol></li><li> 10 일째 (아침) : 반응을 멈추고 측정하십시오. <ol><li> 110 μL 1M Na 2 CO 3 을 첨가하여 반응을 멈추고 시간을 기록하십시오. </li><li> 3000 xg 및 21 ° C에서 10 분 동안 와동과 원심 분리. </li><li> 멀티 채널을 사용하여 125 μl의 상층 액을 취하여 OD 420을 측정하십시오. 참고 : 거품이 발생하지 않도록 마지막 방울을 분사하지 마십시오. </li><li> 스프레드 시트에서 β-gal 활성 : 1000 x OD 420 / (시간 (분) x 체적 (mL) x OD 600) 을 계산한다. </li></ol></li></ol>

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저자는 이해 상충을 선언하지 않습니다.

기존의 Y1H 표준 절차는 DNA 미끼에 결합하는 단일 단백질 먹이를 확인하는 데 적합합니다. 다양한 기술적 변경에 따라, 기존의 시스템은 전사 조절 네트워크를 정의하는 데 이용되어왔다. 그러나 TF는 두 개 이상의 TF 또는 단백질을 포함하는 복합체의 일부로 기능하는 것으로 알려져 있으며 TF의 일부만이 DNA에 결합 할 수 있습니다. 단백질 결합 도메인만을 갖고 DNA에 결합하는 능력이 결핍 된 단백...

<html> 일반적으로 단백질 -DNA 상호 작용을 이해하기 위해 Y1H 분석이 실험실 환경에서 성공적으로 사용되는 선호 시스템입니다 1 . 기본적인 Y1H 분석은 두 가지 요소를 포함한다 : a) 리포터 단백질을 코딩하는 유전자의 상류에서 성공적으로 복제 된 관심 DNA를 갖는 리포터 구조; 및 b) 관심있는 TF와 효모 전사 활성화 도메인 (AD) 사이에 융합 단백질을 생성시킬 발현 구조물. 융합 단백질은 &#39;먹이&#39;로 알려진 반면, 관심있는 DNA는 일반적으로 &#39;미끼&#39;라고합니다. 지난 몇 년 동안, Y1H 분석법의 여러 버전이 자신의 장점을 지닌 특정 요구에 맞게 개발되었습니다 2 . 기존 Y1H 분석법은 한 번에 한 단백질의 DNA 미끼와의 상호 작용을 확인하고 확인하기 위해 성공적으로 구현 될 수 있지만 이종이 량체 또는 다중 단백질 단백질 -DNA 상호 작용을 식별 할 수있는 능력이 부족합니다. &quot;여기에 설명 된 방법은 기존 Y1H의 변형 된 버전으로 연구원은 표적 DNA 서열에 결합하는 여러 단백질을 동시에 연구 할 수 있습니다.이 분석의 목표는 활성화 도메인 (pDEST22 : TF)와 상호 작용하는 단백질 파트너 (pDEST32ΔDBD-TF)의 존재 및 / 또는 부재 하에서 리포터에 융합 된 후보 DNA 영역의 활성화를 효모 시스템에서 평가할 수있다. 단백질은 목표의 활성화에 필요합니다. 이것은 GATEWAY 복제 호환 시스템이므로 정기적 인 실험실 환경에서 사용할 수 있습니다.이 프로토콜은 효모 시스템에서 여러 TF의 용이 한 동시 변형을 제공하는 직접 변환을 기반으로합니다. 따라서 in vitro 분자 및 기능 검증을 위해 가능한 DNA 표적에 결합하는 단백질 복합체를 검증하는 것이 유리한 전략이다. f또는 어떤 시스템. Tandem affinity purification (TAP) 방법과 같은 현재의 기술은 값 비싸고 노동 집약적이지만 대규모로 단백질 hetrocomplexes를 검출 할 수 있습니다 3 , 4 , 5 . 이 변형 된 효모 원 하이브리드는 작은 규모의 정규 실험실 환경에서 성공적으로 수행 될 수 있으며 ( 그림 1 ) 또한 비용 효율적입니다. Y1.5H 분석은 이종 시스템을 사용하여 공통 DNA 표적에 결합하는 다중 단백질 복합체의 역할을 정의하는 방향으로 자신의 가설을 테스트하고 검증하기 위해 지역 사회 전체의 연구자를 용이하게 할 수 있습니다. 연구 결과에 따르면이 가설은 바람직한 연구 시스템 에서 생체 내 에서 검증 될 수있다. 최근 우리는이 접근법을 사용하여 TF의 역할과 Arabidopsis 6의 개화를 조절하는 작용 기전을 정의했습니다.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="846">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">pDEST22 vector</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">PQ1000101</td>
			<td style="width:332px;">Pro-Quest Two hybrid system kit</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">pDEST32delatDBD</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">PQ1000102</td>
			<td>Pro-Quest Two hybrid system kit; this vecor is modified. It is pDEST32 minus DNA binding Domain</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">pENTR/D-TOPO Cloning Kit</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">K240020</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">YM4271 Strain</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">K1603-1</td>
			<td>MATCHMAKER One-Hybrid System</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">pEXP-AD502</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">PQ1000101</td>
			<td>Pro-Quest Two hybrid system kit</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:225px;">GATEWAY LR Clonase II enzyme mix</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">11791020</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">YPDA media</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">630410</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">SD-Agar</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">630412</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">SD minimal media</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">630411</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Uracil DO Supplement</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">630416</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Tryptophan Do Supplement</td>
			<td style="width:132px;">Clontech</td>
			<td style="width:157px;">630413</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Tris Base</td>
			<td style="width:132px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:157px;">BP152-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">EDTA</td>
			<td style="width:132px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:157px;">S311-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">LiAc</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">L4158</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Saplmon Sperm (10mg/ml)</td>
			<td style="width:132px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:157px;">15632011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">96 well round bottom Plate</td>
			<td>Greiner bio-one</td>
			<td align="right">650101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">PEG3350</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">1546547</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">96-deep well block</td>
			<td style="width:132px;">USA Scientific</td>
			<td style="width:157px;">1896-2000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Sealable Foil</td>
			<td style="width:132px;">USA Scientific</td>
			<td style="width:157px;">2923-0110</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Araseal</td>
			<td style="width:132px;">Excel Scientific</td>
			<td style="width:157px;">B-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">2-mercaptoethanol</td>
			<td style="width:132px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:157px;">034461-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">ONPG</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">73660</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">Na2CO3</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">223484</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">Na2HPO4&#160;</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">S3264</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">NaH2PO4&#160;</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">S3139</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">KCL</td>
			<td style="width:132px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:157px;">BP366-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">MgSO4&#160;</td>
			<td style="width:132px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:157px;">83266</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">HCL</td>
			<td style="width:132px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:157px;">SA54-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Drybath</td>
			<td style="width:132px;">Thermo Fischer</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Voretx</td>
			<td style="width:132px;">Thermo Fischer</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Centrifgue</td>
			<td style="width:132px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:157px;">Centrifuge 5810R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Plate Reader</td>
			<td style="width:132px;">Molecular Device</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td>SPECTRAMAX PLUS Microplate Spectrophotometer</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:225px;">Incubator</td>
			<td style="width:132px;">Thermo Fisher</td>
			<td style="width:157px;">Model No. 5250- 37 Degree, 6250-30 degrees</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Shaker Incubator</td>
			<td style="width:132px;">New Brunswick</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Water Bath</td>
			<td style="width:132px;">Thermo Fisher</td>
			<td style="width:157px;">IsoTemp 205</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Puncher</td>
			<td style="width:132px;"></td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">50 ml Falocn</td>
			<td style="width:132px;">BD Falcon</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Beaker</td>
			<td style="width:132px;">Nalgene</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Flask</td>
			<td style="width:132px;">Nalgene</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:225px;">Petriplates (150mm)</td>
			<td style="width:132px;">Greiner bio-one</td>
			<td style="width:157px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a modified yeast-one hybrid system for heteromeric protein complex-dna interaction studies

지난 수년간 효모 one-hybrid assay는 전사 인자 (TFs)와 DNA 표적과 같은 단백질 간의 물리적 상호 작용을 확인하고 검증하는 중요한 기술로 입증되었습니다. 여기에 제시된 방법은 Y1H의 기본 개념을 사용하지만 대상 DNA에 결합하는 단백질 복합체를 연구하고 검증하기 위해 추가로 변형됩니다. 따라서, 이는 변형 된 효모 일 - 하이브리드 (Y1.5H) 분석으로 지칭된다. 이 분석법은 비용 효과적이며 정기적 인 실험실 환경에서 쉽게 수행 할 수 있습니다. 이종 시스템을 사용 함에도 불구 하고 기술 된 방법은 연구 시스템, 특히 식물 유전체학에서 기능적 유전체학을위한 DNA 표적 (들)에 결합하는 헤테로 성 단백질 복합체를 시험하고 검증하는 유용한 도구가 될 수 있습니다.

관심 단백질 ( 그림 2 )와 효모 세포에서 DNA 영역의 공동 변환을위한 일반적인 플레이트 설정 절차. 플레이트 셋업은 실험의 필요성 및 테스트 된 DNA 영역 / 단편의 수에 따라 수정 될 수있다. 프로토콜의 5 일 이후 well-grown 및 positive plate는 그림 3 과 같이 보여야합니다. 우리의 연구에서, 전사 시작 부위의 시작으로부터 2600 bp 상?...

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A Modified Yeast-one Hybrid System for Heteromeric Protein Complex-DNA Interaction Studies

이성질체 단백질 복합체 -DNA 상호 작용 연구를위한 수정 된 효모 원 하이브리드 시스템

여기에 설명 된 수정 된 효모 하나 - 하이브리드 분석은 기능적 유전체학 연구를위한 이종 시스템에서 헤테로 머 단백질 복합체 - DNA 상호 작용을 연구하고 검증하기위한 고전적인 효모 1- 하이브리드 (Y1H) 분석법의 확장이다.

Over the years, the yeast one-hybrid assay has proven to be an important technique for the identification and validation of physical interactions between ...

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Research

JoVE Journal

Biochemistry

11.2K 조회수.  University of Southern California.  여기에 설명 된 수정 된 효모 하나 - 하이브리드 분석은 기능적 유전체학 연구를위한 이종 시스템에서 헤테로 머 단백질 복합체 - DNA 상호 작용을 연구하고 검증하기위한 고전적인 효모 1- 하이브리드 (Y1H) 분석법의 확장이다. 

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Method for Identifying Small Molecule Inhibitors of the Protein-protein Interaction Between HCN1 and TRIP8b

Hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated (HCN) channels are expressed ubiquitously throughout the brain, where they function to regulate the excitability of neurons. The subcellular distribution of these channels in pyramidal neurons of hippocampal area CA1 is regulated by tetratricopeptide repeat-containing Rab8b interacting protein (TRIP8b), an auxiliary subunit. Genetic knockout of HCN pore forming subunits or TRIP8b, both lead to an increase in antidepressant-like behavior, suggesting that limiting the function of HCN channels may be useful as a treatment for Major Depressive Disorder (MDD). Despite significant therapeutic interest, HCN channels are also expressed in the heart, where they regulate rhythmicity. To circumvent off-target issues associated with blocking cardiac HCN channels, our lab has recently proposed targeting the protein-protein interaction between HCN and TRIP8b in order to specifically disrupt HCN channel function in the brain. TRIP8b binds to HCN pore forming subunits at two distinct interaction sites, although here the focus is on the interaction between the tetratricopeptide repeat (TPR) domains of TRIP8b and the C terminal tail of HCN1. In this protocol, an expanded description of a method for purifying TRIP8b and executing a high throughput screen to identify small molecule inhibitors of the interaction between HCN and TRIP8b, is described. The method for high throughput screening utilizes a Fluorescence Polarization (FP) -based assay to monitor the binding of a large TRIP8b fragment to a fluorophore-tagged eleven amino acid peptide corresponding to the HCN1 C terminal tail. This method allows &#39;hit&#39; compounds to be identified based on the change in the polarization of emitted light. Validation assays are then performed to ensure that &#39;hit&#39; compounds are not artifactual.

The interaction between HCN channels and their auxiliary subunit has been identified as a therapeutic target in Major Depressive Disorder. Here, a fluorescence polarization-based method for identifying small molecule inhibitors of this protein-protein interaction, is presented.

방법 및 HCN1 TRIP8b 간의 단백질 - 단백질 상호 작용의 작은 분자 억제제 식별

Hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated (HCN) channels are expressed ubiquitously throughout the brain, where they function to regulate the ...

연구

생화학

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

Studies of integral membrane proteins in vitro are frequently complicated by the presence of a hydrophobic transmembrane domain. Further complicating these studies, reincorporation of detergent-solubilized membrane proteins into liposomes is a stochastic process where protein topology is impossible to enforce. This paper offers an alternative method to these challenging techniques that utilizes a liposome-based scaffold. Protein solubility is enhanced by deletion of the transmembrane domain, and these amino acids are replaced with a tethering moiety, such as a His-tag. This tether interacts with an anchoring group (Ni2+ coordinated by nitrilotriacetic acid (NTA(Ni2+)) for His-tagged proteins), which enforces a uniform protein topology at the surface of the liposome. An example is presented wherein the interaction between Dynamin-related protein 1 (Drp1) with an integral membrane protein, Mitochondrial Fission Factor (Mff), was investigated using this scaffold liposome method. In this work, we have demonstrated the ability of Mff to efficiently recruit soluble Drp1 to the surface of liposomes, which stimulated its GTPase activity. Moreover, Drp1 was able to tubulate the Mff-decorated lipid template in the presence of specific lipids. This example demonstrates the effectiveness of scaffold liposomes using structural and functional assays and highlights the role of Mff in regulating Drp1 activity.

Using Scaffold Liposomes to Reconstitute Lipid-proximal Protein-protein Interactions In Vitro

This paper describes a method for assessing the interactions and assemblies of integral membrane proteins in vitro with various partner factors in a lipid-proximal environment.

비계 리포좀을 사용하여 근위 지질 단백질 - 단백질 상호 작용을 재구성<em&gt; 체외</em

Studies of integral membrane proteins in vitro are frequently complicated by the presence of a hydrophobic transmembrane domain. Further complicating ...

Recombinant Protein Expression, Crystallization, and Biophysical Studies of a Bacillus-conserved Nucleotide Pyrophosphorylase, BcMazG

To overcome safety restrictions and regulations when studying genes and proteins from true pathogens, their homologues can be studied. Bacillus anthracis is an obligate pathogen that causes fatal inhalational anthrax. Bacillus cereus is considered a useful model for studying B. anthracis due to its close evolutionary relationship. The gene cluster ba1554 - ba1558 of B. anthracis is highly conserved with the bc1531- bc1535 cluster in B. cereus, as well as with the bt1364-bt1368 cluster in Bacillus thuringiensis, indicating the critical role of the associated genes in the Bacillus genus. This manuscript describes methods to prepare and characterize a protein product of the first gene (ba1554) from the gene cluster in B. anthracis using a recombinant protein of its ortholog in B. cereus, bc1531.

Recombinant Protein Expression, Crystallization, and Biophysical Studies of a Bacillus-conserved Nucleotide Pyrophosphorylase, BcMazG

Bacillus anthracis is the obligate pathogen of fatal inhalational anthrax, so studies of its genes and proteins are strictly regulated. An alternative approach is to study orthologous genes. We describe biophysicochemical studies of a B. anthracis ortholog in B. cereus, bc1531, requiring minimal experimental equipment and lacking serious safety concerns.

재조합 단백질 발현, 결정화 및 생물 물리학 연구<em&gt; 바실러스</em&gt; 보존 된 뉴클레오티드 피로 인산화 효소, BcMazG

To overcome safety restrictions and regulations when studying genes and proteins from true pathogens, their homologues can be studied. Bacillus anthracis ...

A Yeast 2-Hybrid Screen in Batch to Compare Protein Interactions

Screening for protein-protein interactions using the yeast 2-hybrid assay has long been an effective tool, but its use has largely been limited to the discovery of high-affinity interactors that are highly enriched in the library of interacting candidates. In a traditional format, the yeast 2-hybrid assay can yield too many colonies to analyze when conducted at low stringency where low affinity interactors might be found. Moreover, without a comprehensive and complete interrogation of the same library against different bait plasmids, a comparative analysis cannot be achieved. Although some of these problems can be addressed using arrayed prey libraries, the cost and infrastructure required to operate such screens can be prohibitive. As an alternative, we have adapted the yeast 2-hybrid assay to simultaneously uncover dozens of transient and static protein interactions within a single screen utilizing a strategy termed DEEPN (Dynamic Enrichment for Evaluation of Protein Networks), which incorporates high-throughput DNA sequencing and computation to follow the evolution of a population of plasmids that encode interacting partners. Here, we describe customized reagents and protocols that allow a DEEPN screen to be executed easily and cost-effectively.

Batch processing of yeast 2-hybrid screens allows for direct comparison of the interaction profiles of multiple bait proteins with a highly complex set of prey fusion proteins. Here, we describe refined methods, new reagents, and how to implement their use for such screens.

단백질 상호 작용을 비교 하는 배치에 효 모 2 잡종 스크린

Screening for protein-protein interactions using the yeast 2-hybrid assay has long been an effective tool, but its use has largely been limited to the ...

High Sensitivity Measurement of Transcription Factor-DNA Binding Affinities by Competitive Titration Using Fluorescence Microscopy

Accurate quantification of transcription factor (TF)-DNA interactions is essential for understanding the regulation of gene expression. Since existing approaches suffer from significant limitations, we have developed a new method for determining TF-DNA binding affinities with high sensitivity on a large scale. The assay relies on the established fluorescence anisotropy (FA) principle but introduces important technical improvements. First, we measure a full FA competitive titration curve in a single well by incorporating TF and a fluorescently labeled reference DNA in a porous agarose gel matrix. Unlabeled DNA oligomer is loaded on the top as a competitor and, through diffusion, forms a spatio-temporal gradient. The resulting FA gradient is then read out using a customized epifluorescence microscope setup. This improved setup greatly increases the sensitivity of FA signal detection, allowing both weak and strong binding to be reliably quantified, even for molecules of similar molecular weights. In this fashion, we can measure one titration curve per well of a multi-well plate, and through a fitting procedure, we can extract both the absolute dissociation constant (KD) and active protein concentration. By testing all single-point mutation variants of a given consensus binding sequence, we can survey the entire binding specificity landscape of a TF, typically on a single plate. The resulting position weight matrices (PWMs) outperform those derived from other methods in predicting in vivo TF occupancy. Here, we present a detailed guide for implementing HiP-FA on a conventional automated fluorescent microscope and the data analysis pipeline.

Here we present a novel method for determining binding affinities at equilibrium and in solution with high sensitivity on a large scale. This improves the quantitative analysis of transcription factor-DNA binding. The method is based on automated fluorescence anisotropy measurements in a controlled delivery system.

경쟁 적정 형광 현미경 검사 법을 사용 하 여 녹음 방송 요인 DNA 바인딩 선호도의 높은 감도 측정

Accurate quantification of transcription factor (TF)-DNA interactions is essential for understanding the regulation of gene expression. Since existing ...

Application of Biolayer Interferometry (BLI) for Studying Protein-Protein Interactions in Transcription

A transcription factor&#160;(TF) is a protein that regulates gene expression by interacting with the RNA polymerase, another TF, and/or template DNA. GrgA is a novel transcription activator found specifically in the obligate intracellular bacterial pathogen Chlamydia. Protein pulldown assays using affinity beads have revealed that GrgA binds two &#963; factors, namely &#963;66 and &#963;28, which recognize different sets of promoters for genes whose products are differentially required at developmental stages. We have used BLI to confirm and further characterize the interactions. BLI demonstrates several advantages over pulldown: 1) It reveals real-time association and dissociation between binding partners, 2) It generates quantitative kinetic parameters, and 3) It can detect bindings that pulldown assays often fail to detect. These characteristics have enabled us to deduce the physiological roles of GrgA in gene expression regulation in Chlamydia, and possible detailed interaction mechanisms. We envision that this relatively affordable technology can be extremely useful for studying transcription and other biological processes.

Application of Biolayer Interferometry BLI for Studying Protein-Protein Interactions in Transcription

Interactions of transcription factors (TFs) with the RNA polymerase are usually studied using pulldown assays. We apply a Biolayer Interferometry (BLI) technology to characterize the interaction of GrgA with the chlamydial RNA polymerase. Compared to pulldown assays, BLI detects real-time association and dissociation, offers higher sensitivity, and is highly quantitative.

전사에서 단백질-단백질 상호 작용을 연구하기 위한 생체층 간섭측정기(BLI) 적용

A transcription factor&#160;(TF) is a protein that regulates gene expression by interacting with the RNA polymerase, another TF, and/or template DNA. GrgA ...

Quantification of Protein Interaction Network Dynamics using Multiplexed Co-Immunoprecipitation

Dynamic protein-protein interactions control cellular behavior, from motility to DNA replication to signal transduction. However, monitoring dynamic interactions among multiple proteins in a protein interaction network is technically difficult. Here, we present a protocol for Quantitative Multiplex Immunoprecipitation (QMI), which allows quantitative assessment of fold changes in protein interactions based on relative fluorescence measurements of Proteins in Shared Complexes detected by Exposed Surface epitopes (PiSCES). In QMI, protein complexes from cell lysates are immunoprecipitated onto microspheres, and then probed with a labeled antibody for a different protein in order to quantify the abundance of PiSCES. Immunoprecipitation antibodies are conjugated to different MagBead spectral regions, which allows a flow cytometer to differentiate multiple parallel immunoprecipitations and simultaneously quantify the amount of probe antibody associated with each. QMI does not require genetic tagging and can be performed using minimal biomaterial compared to other immunoprecipitation methods. QMI can be adapted for any defined group of interacting proteins, and has thus far been used to characterize signaling networks in T cells and neuronal glutamate synapses. Results have led to new hypothesis generation with potential diagnostic and therapeutic applications. This protocol includes instructions to perform QMI, from the initial antibody panel selection through to running assays and analyzing data. The initial assembly of a QMI assay involves screening antibodies to generate a panel, and empirically determining an appropriate lysis buffer. The subsequent reagent preparation includes covalently coupling immunoprecipitation antibodies to MagBeads, and biotinylating probe antibodies so they can be labeled by a streptavidin-conjugated fluorophore. To run the assay, lysate is mixed with MagBeads overnight, and then beads are divided and incubated with different probe antibodies, and then a fluorophore label, and read by flow cytometry. Two statistical tests are performed to identify PiSCES that differ significantly between experimental conditions, and results are visualized using heatmaps or node-edge diagrams.

Quantitative Multiplex Immunoprecipitation (QMI) uses flow cytometry for sensitive detection of differences in the abundance of targeted protein-protein interactions between two samples. QMI can be performed using a small amount of biomaterial, does not require genetically engineered tags, and can be adapted for any previously defined protein interaction network.

멀티플렉스 동시 면역 침전을 이용한 단백질 상호 작용 네트워크 역학의 정량화

Dynamic protein-protein interactions control cellular behavior, from motility to DNA replication to signal transduction. However, monitoring dynamic ...

Creating Highly Specific Chemically Induced Protein Dimerization Systems by Stepwise Phage Selection of a Combinatorial Single-Domain Antibody Library

Protein dimerization events that occur only in the presence of a small-molecule ligand enable the development of small-molecule biosensors for the dissection and manipulation of biological pathways. Currently, only a limited number of chemically induced dimerization (CID) systems exist and engineering new ones with desired sensitivity and selectivity for specific small-molecule ligands remains a challenge in the field of protein engineering. We here describe a high throughput screening method, combinatorial binders-enabled selection of CID (COMBINES-CID), for the de novo engineering of CID systems applicable to a large variety of ligands. This method uses the two-step selection of a phage-displayed combinatorial nanobody library to obtain 1) &#34;anchor binders&#34; that first bind to a ligand of interest and then 2) &#34;dimerization binders&#34; that only bind to anchor binder-ligand complexes. To select anchor binders, a combinatorial library of over 109 complementarity-determining region (CDR)-randomized nanobodies is screened with a biotinylated ligand and hits are validated with the unlabeled ligand by bio-layer interferometry (BLI). To obtain dimerization binders, the nanobody library is screened with anchor binder-ligand complexes as targets for positive screening and the unbound anchor binders for negative screening. COMBINES-CID is broadly applicable to select CID binders with other immunoglobulin, non-immunoglobulin, or computationally designed scaffolds to create biosensors for in vitro and in vivo detection of drugs, metabolites, signaling molecules, etc.

Creating chemically induced protein dimerization systems with desired affinity and specificity for any given small molecule ligand would have many biological sensing and actuation applications. Here, we describe an efficient, generalizable method for de novo engineering of chemically induced dimerization systems via the stepwise selection of a phage-displayed combinatorial single-domain antibody library.

결합 단일 도메인 항체 라이브러리의 단계별 파지 선택에 의해 고도로 특이적 화학적으로 유도된 단백질 이분화 시스템 생성

Protein dimerization events that occur only in the presence of a small-molecule ligand enable the development of small-molecule biosensors for the ...

In Vivo Hydroxyl Radical Protein Footprinting for the Study of Protein Interactions in Caenorhabditis elegans

Fast oxidation of proteins (FPOP) is a hydroxyl radical protein footprinting (HRPF) method used to study protein structure, protein-ligand interactions, and protein-protein interactions. FPOP utilizes a KrF excimer laser at 248 nm for photolysis of hydrogen peroxide to generate hydroxyl radicals which in turn oxidatively modify solvent-accessible amino acid side chains. Recently, we expanded the use of FPOP of in vivo oxidative labeling in Caenorhabditis elegans (C. elegans), entitled IV-FPOP. The transparent nematodes have been used as model systems for many human diseases. Structural studies in C. elegans by IV-FPOP is feasible because of the animal&#8217;s ability to uptake hydrogen peroxide, their transparency to laser irradiation at 248 nm, and the irreversible nature of the modification. The assembly of a microfluidic flow system for IV-FPOP labeling, IV-FPOP parameters, protein extraction, and LC-MS/MS optimized parameters are described herein.

In Vivo Hydroxyl Radical Protein Footprinting for the Study of Protein Interactions in Caenorhabditis elegans

In vivo fast photochemical oxidation of proteins (IV-FPOP) is a hydroxyl radical protein footprinting technique that allows for mapping of protein structure in their native environment. This protocol describes the assembly and set-up of the IV-FPOP microfluidic flow system.

체노하브디염 예쁜꼬마선충의 단백질 상호작용 연구를 위한 생체내 하이드록실 라디칼 단백질 발자국

Fast oxidation of proteins (FPOP) is a hydroxyl radical protein footprinting (HRPF) method used to study protein structure, protein-ligand interactions, ...

Monitoring Protein-RNA Interaction Dynamics In Vivo at High Temporal Resolution Using &#967;CRAC

The interaction between RNA-binding proteins (RBPs) and their RNA substrates exhibits fluidity and complexity. Within its lifespan, a single RNA can be bound by many different RBPs that will regulate its production, stability, activity, and degradation. As such, much has been done to understand the dynamics that exist between these two types of molecules. A particularly important breakthrough came with the emergence of &#8216;cross-linking and immunoprecipitation&#8217; (CLIP). This technique allowed stringent investigation into which RNAs are bound by a particular RBP. In short, the protein of interest is UV cross-linked to its RNA substrates in vivo, purified under highly stringent conditions, and then the RNAs covalently cross-linked to the protein are converted into cDNA libraries and sequenced. Since its conception, many derivative techniques have been developed in order to make CLIP amenable to particular fields of study. However, cross-linking using ultraviolet light is notoriously inefficient. This results in extended exposure times that make the temporal study of RBP-RNA interactions impossible. To overcome this issue, we recently designed and built much-improved UV irradiation and cell harvesting devices. Using these new tools, we developed a protocol for time-resolved analyses of RBP-RNA interactions in living cells at high temporal resolution: Kinetic CRoss-linking and Analysis of cDNAs (&#967;CRAC). We recently used this technique to study the role of yeast RBPs in nutrient stress adaptation. This manuscript provides a detailed overview of the &#967;CRAC method and presents recent results obtained with the Nrd1 RBP.

Kinetic cross-linking and analysis of cDNA is a method that allows investigation of the dynamics of protein-RNA interactions in living cells at high temporal resolution. Here the protocol is described in detail, including the growth of yeast cells, UV cross-linking, harvesting, protein purification, and next generation sequencing library preparation steps.

χCRAC를 사용하여 높은 시간 분해능에서 생체 내 단백질-RNA 상호 작용 역학 모니터링

The interaction between RNA-binding proteins (RBPs) and their RNA substrates exhibits fluidity and complexity. Within its lifespan, a single RNA can be ...