Name: standardized method for high-throughput sterilization of arabidopsis seeds
Uploaded: 2017-10-17T15:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 13 s
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우리는 실험 재료 준비에서 그녀의 지원을 Gauri Datta 감사 하 고 싶습니다. 우리는 또한 베티 Wittler과 제임스만 원고의 중요 한 검토를 위해 감사입니다. 이 작품은 NSF 보조금 DBI-1049341 인 m c B-1143813에 의해 지원 되었다.

1. Skoog (MS)와 村 重 매체 x 1의 준비 <ol><li>추가 4.31 g 10 g 자당 기저 소금 혼합물 MS, 2-(N-Morpholino) ethanesulfonic의 0.5 g의 산 (MES) 증류수와 해산 저 어 0.8 L를 포함 하는 비 커. 확인 하 고 1m 수산화 칼륨 (KOH)를 사용 하 여 5.7에 pH를 조정. 1 수 있도록 증류수를 추가 L.</li>
	<li>1 L 병, 500ml 각 미디어를 나눕니다. 각 병에의 한 천 5 g을 추가 합니다. 뚜껑을 느슨하게 유지.</li>
	<li>121 ° C, 병에 자기 볶음 바 15 psi에서 20 분 압력솥.</li>
	<li>압력가 마로 소독, 후 병 낮은 속도로 저 어 접시에 놓고 (때까지 병 맨 손으로 개최 될 수 있습니다) 45-50 ° C에 냉각 MS 매체 허용.</li>
	<li>층 류 두건에 있는 메 마른 조건에서 모든 단계를 수행 하는이 단계에서 시작 하십시오. 500 µ L를 추가 Gamborg &#39; s 각 병을 균일 하 게 배포 비타민 솔루션 MS 매체를 저 어 비타민 솔루션.</li>
	<li>약 접시의 깊이의 절반을 커버 하는 접시로 충분 한 미디어를 부 어.</li>
	<li>허용을 공고히 한 천 수 있도록 약 1 시간에 대 한 실 온에서 냉각 판. 
	참고: 경우 판 하지 즉시 사용할 수, 플라스틱에 그들을 포장 하 고 4 ° C (냉장고 온도)에서 저장 합니다. 커버 플레이트, 상자, 또는 응고 한 튜브를 밀폐 용기에 4 ° C에서 몇 주 동안 저장 될 수 있다.</li>
</ol> 2. 살 균 표 백제와 애기 씨의 <ol><li>섹션 1 프로토콜의 준비는 MS 판. MS 미디어로 동시에 증류수 100 mL 압력솥. 사용 하 여이 나중에 린스 물과 씨앗을 중단할 수 있도록 도금에 도움. 
	참고: 원하는 경우 0.8 %agar 블렌드 (w/v) (예: phytagar) 또한 수 압력가 마로 소독이 단계에서. 한 천 혼합 도금 동안 증류수에 대 한 교체 될 수 있습니다 (단계 2.5.3.). 한 혼합의 추가 점도 쉽게 접시 또는 공장에 공간 씨 행에 필요한 경우.</li>
	<li>준비 50% (v/v) 씨앗을 살 균 하는 데 사용할 솔루션을 표 백제. 표 백제를 희석, 백제의 100 mL 증류수 100 mL를 추가 합니다. 50 µ L 트윈 20 세제의 표 백제 솔루션에 추가. 
	참고: 준비 표 백제 솔루션에 대 한 저장 될 수 있다 그것은 단지 무 균 조건에서 열로 한 달에 최대.</li>
	<li>1.5 mL microcentrifuge 튜브에 aliquot 100 씨.</li>
	<li>50% 표 백제 솔루션을 사용 하 여 씨앗 소독.
	<ol><li>층 류 두건에 추가 50% 표 백제 솔루션의 500 µ L 씨를 포함 하는 microcentrifuge 튜브. 표 백제 솔루션에서 씨앗을 중단 튜브의 아래쪽을 누릅니다. 
		참고: 또는, 회전 또는 플랫폼 통 사용할 수 있습니다 중단 씨앗을 유지.</li>
	</ol></li> <li>튜브에서 표 백제 솔루션을 씻어 내어 주세요.
	<ol><li>10 분 후에 피 펫 또는 끝에 피 펫 팁을 장착 한 흡 인기를 사용 하 여 microcentrifuge 튜브에서 표 백제 솔루션 제거.</li>
		<li>추가 500 µ L의 무 균 튜브에 증류수. 튜브를 닫고 혼합을 반전 합니다. 씨앗은 튜브의 하단에 정착을 허용 합니다. 일단 씨앗 신중 하 게 튜브의 하단에 정착 pipetting으로 표 백제 솔루션을 제거 합니다. 반복이 6 번 과정을 rinsing.</li>
		<li>씨앗 중단 튜브에 압력가 증류수 1 mL을 추가.</li>
	</ol></li> <li>MS 접시에 소독된 씨앗 판.
	<ol><li>층 흐름 후드에서 재고 이름과 현재 날짜와 MS 판의 하단 라벨.</li>
		<li>MS 플레이트에 microcentrifuge 튜브에서 씨앗을 부 어. 멸 균, 일회용 inoculating 루프 또는 살 균 피 펫 팁을 사용 하 여 MS 플레이트 주위 씨앗을 확산. 
		참고: 지금까지 씨앗 행에 뿌려 져야 하는, 경우에 200 µ L 팁 피펫은 개별적으로 원하는 위치에 씨앗을 배치 하 사용할 수 있습니다. 씨앗의 흐름을 개선 하기 위해, 피 펫 팁의 끝 3-5 m가 위를 사용 하 여 트리밍 수 있습니다. 어떤 잘못된 씨앗이 나 씨앗의 클러스터 다음 위치를 변경할 수 또는 멸 균 일회용 inoculating 루프를 사용 하 여 분리.</li>
		<li>배치 MS 격판덮개의 뒤에 층 류 두건 절반 닫힌 뚜껑의. MS 판에서 증발을 초과 하는 물을 허용.</li>
		<li>MS 접시에 뚜껑을 배치. 인감 외과 미소 한 구멍이 있는 종이 접시를 포장 하 여 MS 판 테이프 (재료의 표 참조).</li>
	</ol></li></ol> 3. 염소 가스와 애기 씨의 살 균 <ol><li>섹션 1 프로토콜의 준비는 MS 판. 압력솥 MS 미디어; 동시에 증류수 100 mL 이 나중 도금에 도움 씨앗을 일시 중단 하려면 사용 됩니다. 
	참고: 원하는 경우 0.8 %agar 블렌드 (w/v) (예: phytagar) 또한 수 압력가 마로 소독이 단계에서. 한 천 혼합 도금 동안 증류수에 대 한 교체 될 수 있습니다 (단계 3.6.2.). 한 혼합의 추가 점도 쉽게 접시 또는 공장에 공간 씨 행에 필요한 경우.</li>
	<li>시작 하기 전에 살 균, 염소 가스를 생산 하는 데 필요한 표 백제 및 염 산 (HCl)의 양을 계산.
	<ol><li>6.1% Cl 2 살 균을 위한 필요를 생산 하기 위해 필요한 HCl의 양을 계산.</li>
		<li>다음 수식을 사용 하 여: 
		<img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/56587/56587eq1.jpg" /> 6.1% Cl 2;로 살 균 컨테이너의 볼륨으로 7000 mL와 HCl의 볼륨은 계산 3 mL. 
		참고: 컨테이너 및 % Cl 2의 다른 볼륨에 대 한 계산을 수행 하는 프로그램 스프레드시트 추가 표 1로 제공 됩니다.</li>
	</ol></li> <li>0.5 mL microcentrifuge 튜브에 aliquot 100 씨앗. 각 유리병의 뚜껑을 닫고, 튜브에 플라스틱 랙 하 고 따로 설정. 
	참고: 씨앗 만큼 그들은 적절 한 조건에 저장 된이 시점에서 시간의 오랜된 기간 동안 저장할 수 있습니다. 저장 조건 Rivero, 동료 4 섹션 3.3.2 프로토콜의에서 찾을 수 있습니다. 96 잘 접시 포맷을 사용할 수 있습니다.</li>
	<li>염소 가스 살 균을 수행 하는 데 필요한 자료를 준비.
	<ol><li>표 백제와 HCl 저장소 위치에서 얻기.</li>
		<li>대형 파라핀의 스트립 영화 (재료의 표 참조) 단계 3.5.3에서에서 사용 하는 컷. 살 균 컨테이너를 봉인 하.</li>
		<li>있는 살 균 열린다 증기 두건 안쪽 뚜껑을 가진 플라스틱 컨테이너를 놓습니다. 모든 씨앗 튜브에 열고 플라스틱 컨테이너 안에 전체 씨앗 랙 배치.</li>
	</ol></li> <li>수행 상 온에서 염소 가스 살 균. 
	주의: 표 백제와 산 별도로 작동 합니다. 유출의 위험을 줄이기 위해 세척제 중 병을 두지 마십시오. 적절 한 개인 보호 장비 (PPE) 장갑과 실험실 외 투를 포함 하 여 사용 합니다. 표 백제 또는 산 장갑에 밝아진, 다른 자료를 취급 하기 전에 장갑을 변경 합니다. 항상 장갑의 경우에 표 백제 또는 산 오염 증기 두건에서 제거.
	<ol><li>컨테이너 안에 250 mL 비 커를 배치 하 고 백제의 100ml 추가. 
		참고: 표 백제와 HCl 사이의 반응 백제의 적어도 22 볼륨 초과를 필요합니다. 반응은 HCl을 사용 하 고 부산물으로 염화 나트륨 (NaCl)와 물 Cl 2 가스를 방출 하 여 표 백제. 블리치의 큰 과잉을 사용 하면 추가 HCl d의 소비uring 나트륨 중 탄산염 (NaHCO 3) 양이 감소 배기 기간 처리를 위한 솔루션을 무력화 하는 데 필요한. 
		주의: 비 커 표 백제 + HCl의 총 액체 볼륨을 두 번 이상 이어야 한다. 그러면 씨앗 손상, 옷, 표 백제 또는 노출 된 피부를 구울 수 있는 다음 단계는 비 커를 탈출 밝아진.</li>
		<li>표 백제를 포함 하는 비이 커에 HCl 3 mL을 추가. 
		주의: 초기 반응 가스 농도 보다 높은 6.1%에서 특히 거품을 생산할 예정 이다. 긴 팔 랩 코트는이 단계에 대 한 필요.</li>
		<li>살 균 컨테이너를 닫고 즉시 파라핀 영화와 함께 인감.</li>
		<li>가스 축적 되도록 살 균 시간 동안 살 균 컨테이너 모니터링, 염소 가스의 축적은 컨테이너 안의 희미 한 노란색 연 무로 표시 되어야 합니다. 
		주의: 정기적으로 확인 하는 내부 압력 뚜껑 대통령직 하지는 보장 하기 위해 살 균 컨테이너 또는 파라핀 영화. 뚜껑 unseated 왔다 또는 파라핀 영화 느슨한 왔다, 뚜껑 닫고 파라핀 영화의 추가 층으로 컨테이너를 신중 하 게 포장.</li>
		<li>1 후 h-살 균 기간, 파라핀 필름을 제거 하 고 한 모서리에 뚜껑을 열고 여 컨테이너를 엽니다. 3 h 반응 완료 하 고 염소 가스 제거를 위한 환기 컨테이너 허용.</li>
		<li>닫고는 모든 microcentrifuge 튜브의 씨앗 랙에 모자. 
		참고: 멸 균된 씨는 건조 상태에서 저장으로 도금의 시간까지 저장할 수 있습니다.</li>
		<li>시드 랙 제거 하 고 층 류 두건에.</li>
		<li>염소 가스 반응 <ol><li>추가 1.5 g NaHCO 3 분말 표 백제/HCl 솔루션을 포함 하는 비이 커에 천천히 중화 고 NaHCO 3 솔루션으로 분해 하는 유리 막대와 저 어. NaHCO 3 때까지 계속 추가 이산화탄소 (CO 2) 가스 거품 형성 중지. 
			주의: 천천히 밝아진을 방지 하기 위해 추가 합니다. 장갑 및 실험실 외 투를 포함 하 여 적절 한 보호구를 사용 하 여.</li>
			<li>산도 스트립 또는 pH 미터를 사용 하 여 솔루션의 산도 테스트 합니다. 솔루션의 pH까지 필요한 중립 이면 추가 NaHCO 3 추가 (pH 7.0). 솔루션을 증기 두건에서 제거 하 고 모든 적용 가능한 처리 지침에 따라 폐기 수 있습니다이 시점에서. 
			주의: 처리 하는 동안 어떤 냄새를 발견 하는 경우 다음 솔루션 즉시에 반환 되어야 증기 두건.</li>
		</ol></li></ol></li> <li>MS 접시에 소독된 씨앗 판.
	<ol><li>층 흐름 후드에서 재고 이름과 현재 날짜와 MS 판의 하단 라벨.</li>
		<li>추가 500 µ L 씨를 일시 중단 하려면 각 microcentrifuge 튜브에 멸 균된 증류수의. MS 판에 씨앗을 부 어 하 고 멸 균, 일회용 inoculating 루프 또는 살 균 피 펫 팁을 사용 하 여 접시 주위에 균등 하 게 씨앗을 확산.</li>
		<li>배치 MS 격판덮개의 뒤에 층 류 두건 절반 닫힌 뚜껑의. MS 판에서 증발을 초과 하는 물을 허용.</li>
		<li>MS 접시에 뚜껑을 배치. 미소 한 구멍이 있는 종이 수술 테이프와 플레이트를 포장 하 여 MS 접시를 봉인.</li>
	</ol></li></ol> 4. MS 판에 애기의 성장 <ol><li>4 ˚C와 주위 습도에서 3 일 동안 위에 뚜껑 접시를 놓습니다. 
	참고:이 프로세스 계층 이라고 하 고 개별 씨앗의 발 아를 동기화 하는 역할.</li>
	<li>성장 환경에 격판덮개 전송.
	<ol>23 ° C에서 유지 온도 빛의 강도 120-150 µ / m 2 s 16 h 빛 / 8 h 어두운 <li>photoperiod. 뿌리 성장 매체에 접시 위에 뚜껑 성장 환경에 평면 배치.</li>
	</ol></li> <li>접시에 모 종 8 일 동안 성장 하자. 
	참고: 8 주 성장 기간 늦게 발 아 씨앗을 출 수 있습니다. 모든 씨는 출 아 했다 경우 접시 8 일 보다 빨리 득점 될 수 있습니다.</li>
	<li>발 아 속도 점수.
	<li>레코드 수가 씨를 출 아 했다 그리고 그가 안 출 아 했다 <ol>. 출 아 했다 종자의 수를 분할 하 여 발 아 율을 계산 판에 씨앗의 총 수. 
		주: 발 아는 radicle 씨 코트 밖에 서 예상은 하 고 두 cotyledons 표시 계산 됩니다.</li>
		<li>종자 살 균 조건의 효과 결정 하는 형에 의해 영향을의 수를 계산 하는 또한.</li>
	</ol>
	</li>
</ol>

<ol>
	<li>Weigel, D., Glazebrook, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Arabidopsis: a laboratory manual. , (2002).</li><li>Koornneef, M., Meinke, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+development+of+Arabidopsis+as+a+model+plant.">The development of Arabidopsis as a model plant.</a> Plant J. 61 (6), 909-921 (2010).</li><li>The Arabidopsis Genome Initiative. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=+Analysis+of+the+genome+sequence+of+the+flowering+plant+Arabidopsis+thaliana."> Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana.</a> Nature. 408 (6814), 796-815 (2000).</li><li>Rivero, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Handling+Arabidopsis+plants:+growth,+preservation+of+seeds,+transformation,+and+genetic+crosses.">Handling Arabidopsis plants: growth, preservation of seeds, transformation, and genetic crosses.</a> Methods Mol Biol. 1062, 3-25 (2014).</li><li>Yamada, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Empirical+analysis+of+transcriptional+activity+in+the+Arabidopsis+genome.">Empirical analysis of transcriptional activity in the Arabidopsis genome.</a> Science. 302 (5646), 842-846 (2003).</li><li>Alonso, J. 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저자는 공개 없다.

메 마른 매체에 애기 씨, 성장 하는 때 살 균의 일종이 적용 되어야 한다. 표 백제와 염소 가스 살 균 치료 결과 비슷한 발 아 율 및 금형 성장 저해. 어느 살 균 방법 잠재적인; 높은 발 아 씨앗 발 아 율에 상당한 감소를 발생 그러나, 표 백제 살 균 것이 좋습니다 줄 때문에 소형, 낮은 발 아 가능성 (20-70%), 비-중요 한, 발 아 율 향상 (그림 3A) 가스 살 균에 비해 이기는 하지만.
애기 씨 최대 10 분 동안 40-100%에서 표 백제 농도와 살 균 만족 발 아 비율 및 효과적인 몰드 억제를 제공 한다. 비록 40% 미만 표 백제 농도 40%의 농도 또는 제비 조차 무 겁 게 오염 된 씨앗의 높은 보장 효과적인 살 균을 사용 하 여 대부분 씨앗 많은 대 한 적절 한 살 균을 제공. 그것은 살 균의 10 분을 초과 하는 표 백제 농도 동등한을 사용 하는 경우 중요 또는 높은 씨 사망률과 종묘 개발에 결함을 피하기 위해 80% 보다 더 높은.
6.1% 나 높은 발 아 속도 적절 한 금형 제거에 1 h 결과 16.5%의 염소 가스 농도와 애기 씨를 치료. 살 균 3 h의 기간을 증가 시켜 낮은 염소 가스 농도 (2.1%)을 성공적으로 사용할 수 있습니다.
몇 줄 소독 될 필요가 있다, 10 분에 대 한 50% 표 백제의 솔루션에 액체 살 균 것이 좋습니다. 라인의 큰 숫자, 1 h 6.1%의 가스 농도와 살 균 가스 때문에 많은 라인 수 멸 균 수 신속 하 고 쉽게 적은 조작으로 더 나은 옵션입니다.
우리의 결과 다른 genotypes의 씨앗의 많은 수와 잠재적인 낮은 발 아 된 씨앗을 살 균에 대 한 표준화 조건을 제공 합니다. 이러한 살 균 기술에 대 한 유일한 제한은 그들이 씨앗 발 아 률 광범위 한 씨 사망으로 인해 20% 미만에 적용할 수 없습니다입니다. 쥡니다17, 살 균의 부재에 발 아 율을 높이기 위해 같은 대체 방법, 이러한 경우에 도움이 될 수 있습니다.

애기 thaliana (애기) 식물 생물학1,,23기초 및 응용 연구에 대 한 주요 모델 생물 이다. 동안 애기 성장에 대 한 표준 조건 잘 설립된4, 씨앗 씨앗 생존에 살 균의 효과 엄격 하 게 테스트 되지. 단단한 미디어 판 또는 상자에 정기적으로 레이어에서 인구, 초기에 촬영 및 루트 고기의 관찰에서에서 homozygous 치명적인 돌연변이의 식별 등 많은 실험적인 응용 프로그램에 대 한 애기 묘의 성장을 촉진 하 사용 단계, 병원 체 자유로운 조직, 많은 양의 묘 종 조직, transformants 또는 약물 내성 식물의 선택과 발 아1,2,3,4의 평가의 컬렉션의 격리 . 온실에서 자란 식물에서 수확 한 씨앗 또는 성장 챔버는 때때로 미생물과 먼지 오염. 메 마른 매체의 종류에 애기 묘의 성장 이전 종자 살 균을 곰 팡이 씨앗 표면에 박테리아 등 미생물 오염 물질을 제거 하 요구 한다. 효과적인 종자 살 균 정권의 사용이 높은 발, 최소 오염, 그리고 활기찬 식물의 성장을의 균형에 대 한 중요 합니다.
애기 씨 살 균을 위해 사용 하는 두 가장 일반적인 방법 상업적인 표 백제 (액체 상)와 염소 가스 (기상)를 기반으로 합니다. 다양 한 절차 두 액체 단계 살 균1,4,5,6,7,,89 고용 되었습니다. , 애기의 10 및 증기 위상 살 균 씨8,10,11,12,13,,1415 16. 그러나,이 절차 사용된 genotypes의 종자 살 균 달성에 효과가 있다, 하는 동안 다른 genotypes의 씨앗에 다른 살 균 처리의 효과 대 한 상세한 분석 되지 보고 되었습니다. 따라서, 이러한 살 균 절차의 최적화 효율적인 살 균 높은 발 아 속도와 결합 하는 조건을 정의 해야 합니다.
애기 생물 자원 센터 (ABRC)는 고유) 테스트의 다양 한 다른 genotypes 씨 생존 컬렉션 및 b) 활용 품질 관리 절차를 내부적으로 적용 및 사용자 피드백에 대응에서 하는 위치 씨 발 아에 대 한. 여기에 제시 된 실험의 목표 범위의 애기 genotypes의 종자 발 아에는 다양 한 살 균 방법의 효과 확인 했다. 최소한의 병원 체 오염 유지 하면서 높은 종자 발 아 율에서을 최적화 된 살 균 절차는 표 백제와 염소 가스 살 균에 대 한 표시 됩니다.

standardized method for high-throughput sterilization of arabidopsis seeds

애기 thaliana (애기) 묘는 종종 메 마른 매체에 성장 될 필요가 있다. 이 사전 종자 소독 씨앗 표면에 오염 물질을 미생물의 성장을 방지 하기 위해 필요 합니다. 현재, 애기 씨는 실험실 사이 다를 약간 하 고 표준화 되지 조건에서 두 가지 살 균 기술을 사용 하 여, 자주 발생 하는 과도 한 씨 사망 또는 유일 하 게 부분적으로 효과적인 살 균에 살 균. 이러한 방법 중 대부분은도 쉽게 확장 가능한 다양 한 genotypes의 씨앗 라인의 다 수 없습니다. 애기의 높은 처리량 분석을 위한 기술 확산을 계속, 다 수 다른 genotypes의 씨앗의 살 균에 대 한 표준화 된 기술을 이러한 유형의 실험 수행을 위한 필수 되고있다. 두 개의 다른 살 균 기술 애기 줄 수의 응답 종자 발 아 율 및 씨앗 오염 미생물와 다른 병원 체의 수준에 따라 평가 했다. 치료 요원과 결합 애기 씨 살 균에 대 한 최적의 조건을 확인 하 여 노출의 시간을 살 균의 다른 농도 포함. 최적화 된 프로토콜 개발 되었으며, 두 가지 다른 살 균 방법: 표 백제 (액체 상)과 염소 (Cl2) 가스 (기상), 둘 다의 결과로 높은 씨앗 발 아 속도 최소한의 미생물 오염. 이러한 프로토콜의 유틸리티 야생 유형 및 돌연변이 씨앗의 발 아 전위의 범위 테스트를 통해 설명 했다. 우리의 결과 씨앗 수 있습니다 효과적으로 살 균 될 과도 한 씨 사망 하지 않고 메서드 중 하나를 사용 하 여 살 균의 해로운 효과와 최적의 발 아 가능성 보다는 더 낮은 씨를 위해 관찰 했다 비록 표시 됩니다. 또한, 방정식 연구원은 다양 한 크기의 밀폐 용기에 표준화 된 염소 가스 살 균 조건을 적용할 수 있도록 개발 되었다. 여기에 설명 된 프로토콜 애기 라인의 많은 수를 위해 쉽게, 효율적이 고 저렴 한 종자 살 균을 수 있습니다.

애기 씨 오픈 필드, 온실 또는 성장 챔버 로부터 수집 때로는 곰 팡이 및 박테리아1,4처럼 다양 한 미생물에 의해 오염. 따라서, 메 마른 매체에 씨를 출 아 특히 도전 수는 접시의 오염으로 인해 씨앗 공급이 제한 하는 경우에 특히. 표 백제와 염소 가스 살 균을 위해, 결과 아래 제공 됩니다, 최적화 된 프로토콜이이 문제를 최소화 하 고 높은 처리 응용 프로그램에 필요한 씨앗의 생존 능력을 유지.
애기 열 0 씨앗의 발 아에 표 백제 살 균의 효과
표 백제는 수많은 식물 종의 살 균 씨에 대 한 가장 일반적으로 사용 되는 에이전트입니다. 노출 시간과 살 균 에이전트의 최적 농도 종 사이 변화 한다. 애기 씨1,,45,6,7,,89 의 살 균을 위해 표 백제를 사용 하 여 여러 프로토콜 고용 되었습니다. , 10. 표 백제 5 다른 노출 시간 기간 테스트와 결과의 4 개의 다른 농도에 선물 된다 그림 1. 치료는 컬럼비아 야생-타입 (열 0) 씨앗에 적용 했다. 표 백제 농도 살 균의 시간 사이 중요 한 상호 작용에 의해 증명으로 Col 0 씨앗의 발 아에 표 백제 농도의 효과 살 균에 따라 다양 한 (그림 1, P &#60; 0.001, ANOVA-분산 분석).
5 그리고 10 분 사이 살 균 시간을 가진 실험에서 모든 표 백제 농도와 치료 열 0 씨앗 (그림 1)의 동등 하 게 높은 발 아 율 귀착되는. 높은 발 아 율 또한 항상 살 균에 대 한 40% 및 50% 가구 표 백제 농도 대 한 관찰 되었다. 80%와 100% 표백 치료 10 분 보다 더 긴 기간 결과 중요 한에 대 한 짧은 몸을 담글 시간에 비해 발 아 비율 감소 (P &#60; 0.01, ANOVA). 또한, 80%와 100 %20 분에 대 한 치료, 표 백제에 대 한 발 아 크게 감소 했다 해당 40%와 50% 표 백제 치료에 비해 (P &#60; 0.001, ANOVA).
씨앗의 표백 및 shriveling 높은 표 백제 농도 15 분 이상 사용 하는 경우 다양 한 수준의 표시. 또한 상대적으로 높은 (최대 32%까지) 씨 사망, 세균된 씨 자주 cotyledons 전개 및 연장, hypocotyls의 실패에 반영 성장 결함을 보여 이러한 조건에서 살 균 개발 체포 결과. 대부분 치료 (14 중에 20)은 완전히 형 무료, 전체 몰드 레벨 평균 0.21% ± 0.003의 (표 1)의 결과로.
50% 표 백제와 몸을 담글 시간 10 분을 치료 하기 때문에 그것은 높은 발 아 비율 함께 표면 병원 체 성장의 좋은 억제 최고의 살 균 정권으로 선정 됐다. 이 치료는 아래 설명 된 대로 다른 돌연변이 라인에 표 백제 살 균의 효과 테스트 선정 됐다.
Col 0 씨앗의 발 아에 염소 가스 살 균의 효과
염소 가스 살 균 조건 최적화, 염소 가스의 3 개의 다른 농도 두 기간 (표 2)에 대 한 열-0 씨앗 소독 하 사용 되었다. 가스 농도 집중된 HCl의 볼륨에 다음과 같은 수식을 사용 하 여 살 균 컨테이너의 볼륨을 기준으로 계산 했다:
<img alt="Equation 2" src="/files/ftp_upload/56587/56587eq2.jpg">
이 방정식은 12.3 M HCl, 23 ° C의 온도, 표준 기 압 101.3 kPa의 가정 이상 기체 법칙을 사용 하 여 파생 되었다.
Col 0 씨앗의 발 아에 염소 가스 농도의 효과 시간과 농도 요인 사이의 중요 한 상호 작용에 의해 표시 된 대로 살 균의 시간에 따라 표시 했다 (그림 2A, P &#60; 0.01, ANOVA) . 염소 가스 농도 1 시간 살 균 대상이 열 0 씨앗의 발 아에 더 큰 영향을 했다. 이 살 균 시간으로 염소 가스의 모든 농도 승진 마찬가지로 85% 이상의 발 아의 높은 수준 (P &#62; 0.05, ANOVA). 다른 한편으로, 3 h 긴 살 균 귀착되 었 다 두 더 낮은 가스 농도와 비교 하는 염소 가스의 최고 농도 대 한 발 아 율에 큰 감소 (P &#60; 0.05, ANOVA). 이 결과 나타냅니다 애기 씨앗 1 h에 대 한 테스트 염소 가스 농도 또는 3 h 16.5% 아래 가스 농도의 치료 때문에 발 아 율은 항상 큰 씨앗 생존을 보존에 동등 하 게 효과적인 보다 82%. 그러나, 16.5% 가스 3 h에 대 한 씨앗을 살 균 했다 씨앗 발 아에 해로운.
금형의 발생률 또한 가스 농도 및 노출 시간에 의존 했다. 1 h 동안 치료에 대 한 염소 가스를 6.1%와 16.5%의 상대적으로 높은 농도 3 h (그림 2B)에 대 한 모든 가스 농도 효과적으로 형 성장을 저해 했다.
1 h (표 2) 6.1%의 가스 농도와 치료 최고의 기상 살 균 조건으로 선정 되었다 높은 발 아 율 (결합 이후 다른 돌연변이 선에 가스 살 균의 효과 테스트 이러한 결과 바탕으로, 85%) 금형 오염 (0.02%)의 매우 낮은 수준.
잠재적인 다른 발 아 씨앗에 표 백제와 염소 가스 살 균의 효과
통계 분석 했다 살 균 방법 발 아 응답 라인의 발 아 가능성에 의존 했다 (그림 3A, P &#60; 0.01, ANOVA). 표 백제도 염소 가스 살 균 높은 발 아 잠재적인 (그룹 4와 5)와 씨앗의 발 아 율 감소. 어느 치료가 했다 최저 발 아와 그룹의 이미 낮은 발 아 율에 영향을잠재력 (그룹 1)입니다. 반면, 염소 가스 살 균 결과 상당한 감소 약 12-18% (P &#60; 0.01, ANOVA) 중간 발 아 가능성 (그룹 2와 3) 종자의 발 아에. 표 백제 살 균 또한 그룹 2의 13% 발 아 속도 감소 하지만 그룹 3의 발 아 율을 감소 하지 않았다. 비록 어떤 발 아 그룹에서 가스 치료 표 백제와 염소 사이의 발 아 속도에 큰 차이 없었다 (그림 3A, P &#62; 0.442, ANOVA), 씨앗 소독 표 백제를 사용 하 여 약간 더 높은 있었나요 모든 발 그룹에 가스 소독 씨앗 보다 발 아 속도입니다.
크게 변경 하는 살 균 처리 (P &#60; 0.001, ANOVA) 씨앗 형 (그림 3B)에 의해 영향을의 %. 적은 금형 성장 귀착되 었 다 두 염소 가스와 표 백제 살 균 (P &#60; 0.05, ANOVA) 아무 살 균에 비해. 어떤 그룹에서 가스와 표 백제 살 균 사이 감지 형 수준에 차이가 없었다 (그림 3B, P &#62; 0.4, ANOVA).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56587/56587fig1.jpg"> 
그림 1: 애기 열 0 씨앗의 발 아에 표 백제 농도 살 균의 효과. 값은 수단 ± SD 5 독립 복제 실험에서 얻은입니다. 표 백제 농도의 범위에 대 한 기간을 몸을 담근 채 5 분을 기준으로 상당한 차이 나타냅니다 (P &#60; 0.01, ANOVA). #기간 80%와 40% 및 20 분에 대 한 50% 100% 표 백제 농도의 중요 한 차이 나타냅니다 (P &#60; 0.01, ANOVA). <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56587/56587fig1large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56587/56587fig2.jpg"> 
그림 2: 염소의 효과 가스 농도 살 균 시간 애기 열 0 씨에. (A) 발 아 율 및 (B) 형 수준. 오차 막대 수단 ±를 SD 5 생물학 및 실험의 5 기술 복제에서 가져온 나타냅니다. 편지를 공유 하지 않는 의미는 크게 다른 (P &#60; 0.05, ANOVA). <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56587/56587fig2large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56587/56587fig3.jpg"> 
그림 3: 잠재적인 다른 발 아 씨앗에 표 백제와 염소 가스 살 균의 효과. (A) 발 아 율 및 (B) 형 수준. 100 솔 크 T DNA 라인은 어떤 살 균 제의 부재에 발 아 율으로 정의 잠재적인 그들의 발에 따라 5 개의 그룹으로 분류 했다. 발 아 율에 따라 그룹은 다음과 같습니다: 그룹 1 (0-20%), 그룹 2 (21-50%), 그룹 3 (51-70%), 그룹 4 (71-90%)와 그룹 5 (91-100%). 라인 무작위로 선택 했다 고 그들의 발 아 잠재적인 유전자 형에 의존 하지 않았다. 값은 수단 ± SD 3 개의 독립적인 복제 실험에서 얻은입니다. 각 값 위에 문자 ("a", "ab", "c", 등등) 분류 방법의 통계 그룹을 나타냅니다. 편지를 공유 하지 않는 의미는 크게 다른 (P &#60; 0.05, ANOVA). <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56587/56587fig3large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td rowspan="2">살 균 시간 (분)</td>
			<td colspan="4">표 백제 농도 (%)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>40</td>
			<td>50</td>
			<td>80</td>
			<td>100</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5</td>
			<td>0.00%</td>
			<td>0.00%</td>
			<td>0.00%</td>
			<td>2.13%</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>8</td>
			<td>0.00%</td>
			<td>0.00%</td>
			<td>0.00%</td>
			<td>0.00%</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10</td>
			<td>0.00%</td>
			<td>0.50%</td>
			<td>0.00%</td>
			<td>0.36%</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15</td>
			<td>0.00%</td>
			<td>0.00%</td>
			<td>0.00%</td>
			<td>0.68%</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>20</td>
			<td>0.19%</td>
			<td>0.28%</td>
			<td>0.00%</td>
			<td>0.00%</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
표 1: 표 백제 살 균 열-0 씨의 금형 수준.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>표 백제</td>
			<td>HCl</td>
			<td>시간</td>
			<td rowspan="2">% 염소 가스 (Cl2/mol 총 가스 몰)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>(mL)</td>
			<td>(mL)</td>
			<td>(h)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>25</td>
			<td>1</td>
			<td>1</td>
			<td>2.1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>25</td>
			<td>1</td>
			<td>3</td>
			<td>2.1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>100</td>
			<td>3</td>
			<td>1</td>
			<td>6.1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>100</td>
			<td>3</td>
			<td>3</td>
			<td>6.1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>200</td>
			<td>9</td>
			<td>1</td>
			<td>16.5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>200</td>
			<td>9</td>
			<td>3</td>
			<td>16.5</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
표 2: 염소 (Cl2) 컬럼비아 야생-타입 씨앗 7 L 컨테이너를 사용 하 여 살 균 처리 가스.
보충 표 1: 스프레드 시트 컨테이너 및 % Cl2의 다른 볼륨에 대 한 계산을 수행 하는 프로그램. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56587/Supplemental_Table _1.xlsx" target="_blank">이 파일을 다운로드 하려면 여기를 클릭 하십시오.</a>

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Standardized Method for High-throughput Sterilization of Arabidopsis Seeds

애기 씨의 높은 처리 살 균에 대 한 표준화 된 방법

이 연구의 목적은 메 마른 매체에 성장 범위의 애기 genotypes의 종자 발 아에 표 백제와 염소 가스 살 균의 효과 확인 했다. 최적화 된 살 균 프로토콜 제공 만족 스러운 씨 생존 하면서 오염 물질을 미생물의 성장을 방지 하기 위해 개발 되었습니다.

Arabidopsis thaliana (Arabidopsis) seedlings often need to be grown on sterile media. This requires prior seed sterilization to prevent the growth of ...

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Research

JoVE Journal

Biology

29.4K 조회수.  The Ohio State University. 이 연구의 목적은 메 마른 매체에 성장 범위의 애기 genotypes의 종자 발 아에 표 백제와 염소 가스 살 균의 효과 확인 했다. 최적화 된 살 균 프로토콜 제공 만족 스러운 씨 생존 하면서 오염 물질을 미생물의 성장을 방지 하기 위해 개발 되었습니다.

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Adherence of Bacteria to Plant Surfaces Measured in the Laboratory

This manuscript describes a method to measure bacterial binding to axenic plant surfaces in the light microscope and through the use of viable cell counts. Plant materials used include roots, sprouts, leaves, and cut fruits. The methods described are inexpensive, easy, and suitable for small sample sizes. Binding is measured in the laboratory and a variety of incubation media and conditions can be used. The effect of inhibitors can be determined. Situations that promote and inhibit binding can also be assessed. In some cases it is possible to distinguish whether various conditions alter binding primarily due to their effects on the plant or on the bacteria.

An easy method for measuring and characterizing bacterial adhesion to plants, particularly roots and sprouts, is described in this article.

공장 실험실에서 측정 하는 표면에 박테리아의 부착

This manuscript describes a method to measure bacterial binding to axenic plant surfaces in the light microscope and through the use of viable cell ...

연구

환경과학

A Flexible Low Cost Hydroponic System for Assessing Plant Responses to Small Molecules in Sterile Conditions

A wide range of studies in plant biology are performed using hydroponic cultures. In this work, an in vitro hydroponic growth system designed for assessing plant responses to chemicals and other substances of interest is presented. This system is highly efficient in obtaining homogeneous and healthy seedlings of the C3 and C4 model species Arabidopsis thaliana and Setaria viridis, respectively. The sterile cultivation avoids algae and microorganism contamination, which are known limiting factors for plant normal growth and development in hydroponics. In addition, this system is scalable, enabling the harvest of plant material on a large scale with minor mechanical damage, as well as the harvest of individual parts of a plant if desired. A detailed protocol demonstrating that this system has an easy and low-cost assembly, as it uses pipette racks as the main platform for growing plants, is provided. The feasibility of this system was validated using Arabidopsis seedlings to assess the effect of the drug AZD-8055, a chemical inhibitor of the target of rapamycin (TOR) kinase. TOR inhibition was efficiently detected as early as 30 min after an AZD-8055 treatment in roots and shoots. Furthermore, AZD-8055-treated plants displayed the expected starch-excess phenotype. We proposed this hydroponic system as an ideal method for plant researchers aiming to monitor the action of plant inducers or inhibitors, as well as to assess metabolic fluxes using isotope-labeling compounds which, in general, requires the use of expensive reagents.

A simple, versatile, and low-cost in vitro hydroponic system was successfully optimized, enabling large-scale experiments under sterile conditions. This system facilitates the application of chemicals in a solution and their efficient absorption by roots for molecular, biochemical, and physiological studies.

유연한 저비용 수경 시스템 살 균 조건에서 작은 분자에 식물 응답을 평가 하기 위한

A wide range of studies in plant biology are performed using hydroponic cultures. In this work, an in vitro hydroponic growth system designed for ...

Isolation of Protoplasts from Tissues of 14-day-old Seedlings of Arabidopsis thaliana

Protoplasts are plant cells that have had their cell walls enzymatically removed. Isolation of protoplasts from different plant tissues was first reported more than 40 years ago 1 and has since been adapted to study a variety of cellular processes, such as subcellular localization of proteins, isolation of intact organelles and targeted gene-inactivation by double stranded RNA interference (RNAi) 2-5. Most of the protoplast isolation protocols use leaf tissues of mature Arabidopsis (e.g. 35-day-old plants) 2-4. We modified existing protocols by employing 14-day-old Arabidopsis seedlings. In this procedure, one gram of 14-day-old seedlings yielded 5 106-107 protoplasts that remain intact at least 96 hours. The yield of protoplasts from seedlings is comparable with preparations from leaves of mature Arabidopsis, but instead of 35-36 days, isolation of protoplasts is completed in 15 days. This allows decreasing the time and growth chamber space that are required for isolating protoplasts when mature plants are used, and expedites the downstream studies that require intact protoplasts.

Isolation of Protoplasts from Tissues of 14-day-old Seedlings of Arabidopsis thaliana

This video shows a procedure for isolating intact protoplasts from tissues of 14-day-old seedlings of Arabidopsis. Given that the isolated protoplasts remain intact for at least 96h and are isolated from seedlings instead of one-month-old mature plants, this procedure expedites assays requiring intact protoplasts.

14 일 된 모종의 조직에서 Protoplasts의 분리 Arabidopsis thaliana</em

Protoplasts are plant cells that have had their cell walls enzymatically removed. Isolation of protoplasts  from different plant tissues was first ...

생물학

Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP) to Investigate Arabidopsis thaliana Root Development at a Cell Type-Specific Scale

In this article, we give hands-on instructions to obtain translatome data from different Arabidopsis thaliana root cell types via the translating ribosome affinity purification (TRAP) method and consecutive optimized low-input library preparation.
As starting material, we employ plant lines that express GFP-tagged ribosomal protein RPL18 in a cell type-specific manner by use of adequate promoters. Prior to immunopurification and RNA extraction, the tissue is snap frozen, which preserves tissue integrity and simultaneously allows execution of time series studies with high temporal resolution. Notably, cell wall structures remain intact, which is a major drawback in alternative procedures such as fluorescence-activated cell sorting-based approaches that rely on tissue protoplasting to isolate distinct cell populations. Additionally, no tissue fixation is necessary as in laser capture microdissection-based techniques, which allows high-quality RNA to be obtained.
However, sampling from subpopulations of cells and only isolating polysome-associated RNA severely limits RNA yields. It is, therefore, necessary to apply sufficiently sensitive library preparation methods for successful data acquisition by RNA-seq.
TRAP offers an ideal tool for plant research as many developmental processes involve cell wall-related and mechanical signaling pathways. The use of promoters to target specific cell populations is bridging the gap between organ and single-cell level that in turn suffer from little resolution or very high costs. Here, we apply TRAP to study cell-cell communication in lateral root formation.

Translating Ribosome Affinity Purification TRAP to Investigate Arabidopsis thaliana Root Development at a Cell Type-Specific Scale

Translating ribosome affinity purification (TRAP) offers the possibility to dissect developmental programs with minimal processing of organs and tissues. The protocol yields high-quality RNA from cells targeted with a green fluorescent protein (GFP)-labeled ribosomal subunit. Downstream analysis tools, such as qRT-PCR or RNA-seq, reveal tissue and cell type-specific expression profiles.

세포 유형 별 척도에서 애기장대 뿌리 개발을 조사하기 위해 리보솜 친화성 정제 (TRAP) 번역

In this article, we give hands-on instructions to obtain translatome data from different Arabidopsis thaliana root cell types via the translating ribosome ...

발생학

Long-term, High-resolution Confocal Time Lapse Imaging of Arabidopsis Cotyledon Epidermis during Germination

Imaging in vivo dynamics of cellular behavior throughout a developmental sequence can be a powerful technique for understanding the mechanics of tissue patterning. During animal development, key cell proliferation and patterning events occur very quickly. For instance, in Caenorhabditis elegans all cell divisions required for the larval body plan are completed within six hours after fertilization, with seven mitotic cycles1; the sixteen or more mitoses of Drosophila embryogenesis occur in less than 24 hr2. In contrast, cell divisions during plant development are slow, typically on the order of a day 3,4,5 . This imposes a unique challenge and a need for long-term live imaging for documenting dynamic behaviors of cell division and differentiation events during plant organogenesis. Arabidopsis epidermis is an excellent model system for investigating signaling, cell fate, and development in plants. In the cotyledon, this tissue consists of air- and water-resistant pavement cells interspersed with evenly distributed stomata, valves that open and close to control gas exchange and water loss. Proper spacing of these stomata is critical to their function, and their development follows a sequence of asymmetric division and cell differentiation steps to produce the organized epidermis (Fig. 1).
This protocol allows observation of cells and proteins in the epidermis over several days of development. This time frame enables precise documentation of stem-cell divisions and differentiation of epidermal cells, including stomata and epidermal pavement cells. Fluorescent proteins can be fused to proteins of interest to assess their dynamics during cell division and differentiation processes. This technique allows us to understand the localization of a novel protein, POLAR6, during the proliferation stage of stomatal-lineage cells in the Arabidopsis cotyledon epidermis, where it is expressed in cells preceding asymmetric division events and moves to a characteristic area of the cell cortex shortly before division occurs. Images can be registered and streamlined video easily produced using public domain software to visualize dynamic protein localization and cell types as they change over time.

Long-term, High-resolution Confocal Time Lapse Imaging of Arabidopsis Cotyledon Epidermis during Germination

We describe a protocol using chamber slides and media to immobilize plant cotyledons for confocal imaging of the epidermis over several days of development, documenting stomatal differentiation. Fluorophore-tagged proteins can be tracked dynamically by expression and subcellular localization, increasing understanding of their possible roles during cell division and cell-type differentiation.

의 장기, 고해상도 공 촛점 시간 경과 영상<em&gt; Arabidopsis 떡잎</em발아시&gt; 표피

Imaging in vivo dynamics of cellular behavior throughout a developmental sequence can be a powerful technique for understanding the mechanics of tissue ...

Efficient and Rapid Isolation of Early-stage Embryos from Arabidopsis thaliana Seeds

In flowering plants, the embryo develops within a nourishing tissue - the endosperm - surrounded by the maternal seed integuments (or seed coat). As a consequence, the isolation of plant embryos at early stages (1 cell to globular stage) is technically challenging due to their relative inaccessibility. Efficient manual dissection at early stages is strongly impaired by the small size of young Arabidopsis seeds and the adhesiveness of the embryo to the surrounding tissues. Here, we describe a method that allows the efficient isolation of young Arabidopsis embryos, yielding up to 40 embryos in 1 hr to 4 hr, depending on the downstream application. Embryos are released into isolation buffer by slightly crushing 250-750 seeds with a plastic pestle in an Eppendorf tube. A glass microcapillary attached to either a standard laboratory pipette (via a rubber tube) or a hydraulically controlled microinjector is used to collect embryos from droplets placed on a multi-well slide on an inverted light microscope. The technical skills required are simple and easily transferable, and the basic setup does not require costly equipment. Collected embryos are suitable for a variety of downstream applications such as RT-PCR, RNA sequencing, DNA methylation analyses, fluorescence in situ hybridization (FISH), immunostaining, and reporter gene assays.

Efficient and Rapid Isolation of Early-stage Embryos from Arabidopsis thaliana Seeds

We report an efficient and simple method to isolate embryos at early stages of development from Arabidopsis thaliana seeds. Up to 40 embryos can be isolated in 1 hr to 4 hr, depending on the downstream application. The procedure is suitable for transcriptome, DNA methylation, reporter gene expression, immunostaining and fluorescence in situ hybridization analyses.

에서 초기 단계의 배아의 효율적이고 신속한 분리<em&gt; 애기 장대</em&gt; 씨앗

In flowering plants, the embryo develops within a nourishing tissue - the endosperm - surrounded by the maternal seed integuments (or seed coat). As a ...

A Seed Coat Bedding Assay to Genetically Explore In Vitro How the Endosperm Controls Seed Germination in Arabidopsis thaliana

The Arabidopsis endosperm consists of a single cell layer surrounding the mature embryo and playing an essential role to prevent the germination of dormant seeds or that of nondormant seeds irradiated by a far red (FR) light pulse. In order to further gain insight into the molecular genetic mechanisms underlying the germination repressive activity exerted by the endosperm, a &#34;seed coat bedding&#34; assay (SCBA) was devised. The SCBA is a dissection procedure physically separating seed coats and embryos from seeds, which allows monitoring the growth of embryos on an underlying layer of seed coats. Remarkably, the SCBA reconstitutes the germination repressive activities of the seed coat in the context of seed dormancy and FR-dependent control of seed germination. Since the SCBA allows the combinatorial use of dormant, nondormant and genetically modified seed coat and embryonic materials, the genetic pathways controlling germination and specifically operating in the endosperm and embryo can be dissected. Here we detail the procedure to assemble a SCBA.

A Seed Coat Bedding Assay to Genetically Explore In Vitro How the Endosperm Controls Seed Germination in Arabidopsis thaliana

We present the procedure to assemble a seed coat bedding assay (SCBA) from Arabidopsis thaliana seeds. The SCBA was shown to be a powerful tool to explore genetically and in vitro how the endosperm controls seed germination in dormant seeds and in response to light cues. The SCBA is in principle applicable under any situation where the endosperm is suspected to influence embryonic growth.

유전자 탐구하는 종피 침구 분석<em&gt; 체외</em&gt; 어떻게 배젖 컨트롤 종자 발아에<em&gt; 애기 장대</em

The Arabidopsis endosperm consists of a single cell layer surrounding the mature embryo and playing an essential role to prevent the germination of ...

Lateral Root Inducible System in Arabidopsis and Maize

Lateral root development contributes significantly to the root system, and hence is crucial for plant growth. The study of lateral root initiation is however tedious, because it occurs only in a few cells inside the root and in an unpredictable manner. To circumvent this problem, a Lateral Root Inducible System (LRIS) has been developed. By treating seedlings consecutively with an auxin transport inhibitor and a synthetic auxin, highly controlled lateral root initiation occurs synchronously in the primary root, allowing abundant sampling of a desired developmental stage. The LRIS has first been developed for Arabidopsis thaliana, but can be applied to other plants as well. Accordingly, it has been adapted for use in maize (Zea mays). A detailed overview of the different steps of the LRIS in both plants is given. The combination of this system with comparative transcriptomics made it possible to identify functional homologs of Arabidopsis lateral root initiation genes in other species as illustrated here for the CYCLIN B1;1 (CYCB1;1) cell cycle gene in maize. Finally, the principles that need to be taken into account when an LRIS is developed for other plant species are discussed.

Lateral Root Inducible System in Arabidopsis and Maize

The Lateral Root Inducible System (LRIS) allows for synchronous induction of lateral roots and is presented for Arabidopsis thaliana and maize.

의 측면 루트 유도 성 시스템<em&gt; 애기 장대</em&gt;과 옥수수

Lateral root development contributes significantly to the root system, and hence is crucial for plant growth. The study of lateral root initiation is ...

Hydroponics: A Versatile System to Study Nutrient Allocation and Plant Responses to Nutrient Availability and Exposure to Toxic Elements

Hydroponic systems have been utilized as one of the standard methods for plant biology research and are also used in commercial production for several crops, including lettuce and tomato. Within the plant research community, numerous hydroponic systems have been designed to study plant responses to biotic and abiotic stresses. Here we present a hydroponic protocol that can be easily implemented in laboratories interested in pursuing studies on plant mineral nutrition.
This protocol describes the hydroponic system set up in detail and the preparation of plant material for successful experiments. Most of the materials described in this protocol can be found outside scientific supply companies, making the set up for hydroponic experiments less expensive and convenient.
The use of a hydroponic growth system is most advantageous in situations where the nutrient media need to be well controlled and when intact roots need to be harvested for downstream applications. We also demonstrate how nutrient concentrations can be modified to induce plant responses to both essential nutrients and toxic non-essential elements.

Here, we present an easy-to-follow protocol to establish a successful hydroponic system for plant nutrition studies. This protocol has been extensively tested in Arabidopsis and can easily be adapted to other plant species to study specific nutritional requirements or the effect of non-essential elements on plant growth and development.

수경법, • 다목적 시스템은 유해 요소에 영양소 가용성 및 노출에 영양 할당 및 플랜트 응답을 공부하기

Hydroponic systems have been utilized as one of the standard methods for plant biology research and are also used in commercial production for several ...

High-throughput, Robust and Highly Time-flexible Method for Surface Sterilization of Arabidopsis Seeds

Arabidopsis is by far the plant model species most widely used for functional studies. The surface sterilization of Arabidopsis seeds is a fundamental step required towards this end. Thus, it is paramount to establish high-throughput Arabidopsis seed surface sterilization methods to handle tens to hundreds of samples (e.g., transgenic lines, ecotypes, or mutants) at once. A seed surface sterilization method based on the efficient elimination of liquid in tubes with a homemade suction device constructed from a common vacuum pump is presented in this study. By dramatically reducing labor-intensive hands-on time with this method handling several hundreds of samples in one day is possible with little effort. Series time-course analyses further indicated a highly flexible time range of surface sterilization by maintaining high germination rates. This method could be easily adapted for surface sterilization of other kinds of small seeds with simple customization of the suction device according to the seed size, and the speed desired to eliminate the liquid.

A high-throughput protocol for the surface sterilization of Arabidopsisthaliana (Arabidopsis) seeds is provided, optimizing the liquid handling steps with a simple suction device constructed with a vacuum pump. Hundreds of seed samples can be surface-sterilized in one day.

애기장염 씨앗의 표면 살균을 위한 높은 처리량, 견고하고 매우 시간 유연한 방법

Arabidopsis is by far the plant model species most widely used for functional studies. The surface sterilization of Arabidopsis seeds is a fundamental ...

애기 씨의 높은 처리 살 균에 대 한 표준화 된 방법

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