<p class="jove_content"> Whitehead Institute Fellows Fundos </p>

<p class="jove_title"> Parte 1: ARNA rotulagem: acoplamento alílico amino dos corantes </p><ol><li> Adicionar 1μg das amostras em tubos de microcentrífuga ARNA 1,5 ml. </li><li> Vácuo seco as amostras em fogo baixo ou nenhum até que estejam completamente secos. Cap cada tubo assim que estiver seca - <strong>não overdry!</strong> </li><li> Adicionar tampão de acoplamento 9μl a cada tubo e ressuspender o ARNA suavemente vórtex por 1 minuto. Centrifugar brevemente para coletar a amostra no fundo do tubo, e depois deixar a amostra sentar no gelo. </li><li> Adicionar 22μl DMSO qualidade alta a cada tubo de Cy3 ou Cy5 corante. Um tubo de tinta é suficiente para duas amostras. O corante é Cy3 para a rotulagem suas amostras de referência, e os corantes Cy5 é para a rotulagem de amostras de teste. </li><li> Vortex os corantes para misturar bem. Manter os corantes no escuro até que esteja pronto para uso. Não preparar tintura antes de 1 hora antes de usar. Verifique se não há água fica na mistura de corante / DMSO em qualquer ponto. </li><li> Adicionar 11μl do corante DMSO / Cy preparados para cada amostra. Misture bem em vórtice suavemente. </li><li> Incubar durante 30-45 minutos em temperatura ambiente. Cobrir as amostras com papel alumínio ou mantê-los em uma gaveta para minimizar a exposição à luz. </li><li> Após a incubação, adicionar 4.5μl hydroxlyamine a cada amostra para saciar a reação. Misture bem em vórtice suavemente. </li><li> Incubar por mais 15 minutos em temperatura ambiente. Cobrir as amostras com papel alumínio ou mantê-los em uma gaveta para minimizar a exposição à luz. </li></ol><p class="jove_title"> Parte 2: rotuladas ARNA clean-up </p><ol><li> Vortex as contas RNA ligação rapidamente para obter uma mistura mesmo antes do uso. </li><li> Preparar a mistura ARNA Binding à temperatura ambiente. <strong>(Tabela 1)</strong> </li><li> Misture bem em vórtice. </li><li> Aliquote o tampão de eluição ARNA em um tubo de 1,5 ml e incubar a 50-60 ° C durante pelo menos 10 minutos. </li><li> Adicionar 70μl da mistura ARNA vinculativo para cada amostra e misture bem por pipetagem cima e para baixo 3-4 vezes. </li><li> Transferência das amostras da placa de PCR para uma placa de 96 poços de fundo redondo. </li><li> Adicionar 50μl de isopropanol 100% a cada amostra e misture bem por pipetagem cima e para baixo 3-4 vezes. </li><li> Agitar suavemente a placa em agitador orbital por pelo menos 2 minutos para misturar as amostras. </li><li> Mova a placa para um suporte magnético para capturar a esferas magnéticas. Deixar a placa no stand até que a mistura torna-se transparente e os cordões de ligação a peletizada. </li><li> Aspirar cuidadosamente o sobrenadante com um aspirador a vácuo, sem perturbar a esferas magnéticas. Como alternativa, remova cuidadosamente o sobrenadante com uma pipeta e desprezar o sobrenadante. O sobrenadante deve ser um brilhante rosa ou um azul brilhante neste momento devido à moléculas de corante não incorporado. </li><li> Retire a placa do suporte magnético. </li><li> Adicionar 100μl de solução de lavagem ARNA a cada poço e agitar a placa por 1 minuto no agitador orbital a uma velocidade moderada. Contas não pode se dispersar totalmente nesta etapa. </li><li> Mova a placa para um suporte magnético para capturar a esferas magnéticas. </li><li> Aspirar cuidadosamente o sobrenadante com um aspirador a vácuo, sem perturbar a esferas magnéticas. Como alternativa, remova cuidadosamente o sobrenadante com uma pipeta e desprezar o sobrenadante. </li><li> Retire a placa do suporte magnético. </li><li> Repita a lavagem de cada vez <sup>2</sup> º com 100μl de solução de lavagem ARNA. </li><li> Após a lavagem <sup>2</sup> º, seca as contas agitando a placa por 1 minuto no agitador orbital à velocidade máxima. Não overdry as amostras! </li><li> Eluir a ARNA dos grânulos adicionando 20μl tampão de eluição ARNA pré-aquecido para cada amostra. </li><li> Agitar vigorosamente a placa no agitador orbital por 3 minutos, em seguida, verifique se a esferas magnéticas estão totalmente dispersos. Se não, continue a tremer. </li><li> Uma vez que a esferas magnéticas têm totalmente disperso, mova a placa a um suporte magnético para capturar as esferas magnéticas. O sobrenadante contém a limpo, amostras ARNA rotulados, e deve ser uma pálida cor de rosa ou um azul pálido. </li><li> Transferir cuidadosamente o ARNA eluída a uma placa de PCR nova (ou tubos de PCR). </li><li> (Passo opcional) Verificar a concentração de RNA e da quantidade de corante nas amostras medindo 1.5μl em um espectrofotômetro NanoDrop usando o módulo Microarray. </li><li> Imediatamente hibridizar o ARNA rotulados em uma plataforma de microarray de sua escolha ou, alternativamente, você pode armazenar o ARNA rotulados a -80 ° C até que esteja pronto para a hibridização. </li></ol><p class="jove_step"> Tabela 1 Mix ARNA Binding </p><table border="1"><tbody><tr><td> Reagente </td><td> Montante para uma reação </td></tr><tr><td> Beads RNA Binding * </td><td> 10μl </td></tr><tr><td> Bead * Solução ressuspensão </td><td> 4μl </td></tr><tr><td> Isopropanol 100% ** </td><td> 6μl </td></tr><tr><td> ARNA Concentrado de tampão de ligação </td><td> 50μl </td></tr></tbody></table><p class="jove_content"> * Mix as contas de ligação com a RNAtalão solução ressuspensão primeiro <br /> ** Adicione o isopropanol e misturar bem antes de adicionar o ARNA concentrado de tampão de ligação. </p>

<ol>
	<li>Rubins, K. H., Hensley, L. E., Bell, G. W., Wang, C., Lefkowitz, E. J., Brown, P. O., Relman, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+analysis+of+viral+gene+expression+programs+during+poxvirus+infection:+a+transcriptional+map+of+the+vaccinia+and+monkeypox+genomes.">Comparative analysis of viral gene expression programs during poxvirus infection: a transcriptional map of the vaccinia and monkeypox genomes.</a> <em style='font-style: italic'>PLoS ONE</em>. <b>3</b> (7), e2628-e2628 (2008).</li><li>Assarsson, E., Greenbaum, J. A., Sundstr&#246;m, M., Schaffer, L., Hammond, J. A., Pasquetto, V., Oseroff, C., Hendrickson, R. C., Lefkowitz, E. J., Tscharke, D. C., Sidney, J., Grey, H. M., Head, S. R., Peters, B., Sette, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kinetic+analysis+of+a+complete+poxvirus+transcriptome+reveals+an+immediate-early+class+of+genes.">Kinetic analysis of a complete poxvirus transcriptome reveals an immediate-early class of genes.</a> <em style='font-style: italic'>Proc. Natl. Acad. Sci</em>. <b>105</b> (6), 2140-2145 (2008).</li><li>Satheshkumar, P. S., Moss, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Poxvirus+transcriptome+analysis.">Poxvirus transcriptome analysis.</a> <em style='font-style: italic'>Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A</em>. <b>105</b>, E62-E62 (2008).</li><li>Assarsson, E., Greenbaum, J. A., Sundstr&#246;m, M., Schaffer, L., Hammond, J. A., Pasquetto, V., Oseroff, C., Hendrickson, R. C., Lefkowitz, E. J., Tscharke, D. C., Sidney, J., Grey, H. M., Head, S. R., Peters, B., Sette, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A.+Reply+to+Satheshkumar+and+Moss:+Poxvirus+transcriptome+analysis.">A. Reply to Satheshkumar and Moss: Poxvirus transcriptome analysis.</a> <em style='font-style: italic'>Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A</em>. <b>105</b>, E63-E64 (2008).</li><li>Guerra, S., L&#243;pez-Fern&#225;ndez, L. A., Pascual-Montano, A., Mu&#241;oz, M., Harshman, K., Esteban, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cellular+gene+expression+survey+of+vaccinia+virus+infection+of+human+HeLa+cells.">Cellular gene expression survey of vaccinia virus infection of human HeLa cells.</a> <em style='font-style: italic'>J Virol</em>. <b>77</b> (11), 6493-6506 (2003).</li><li>Guerra, S., L&#243;pez-Fern&#225;ndez, L. A., Conde, R., Pascual-Montano, A., Harshman, K., Esteban, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray+analysis+reveals+characteristic+changes+of+host+cell+gene+expression+in+response+to+attenuated+modified+vaccinia+virus+Ankara+infection+of+human+HeLa+cells.">Microarray analysis reveals characteristic changes of host cell gene expression in response to attenuated modified vaccinia virus Ankara infection of human HeLa cells.</a> <em style='font-style: italic'>J Virol</em>. <b>78</b> (11), 5820-5824 (2004).</li><li>Guerra, S., L&#243;pez-Fern&#225;ndez, L. A., Pascual-Montano, A., N&#225;jera, J. L., Zaballos, A., Esteban, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+response+to+the+attenuated+poxvirus+vector+NYVAC:+upregulation+of+apoptotic+genes+and+NF-kappaB-responsive+genes+in+infected+HeLa+cells.">Host response to the attenuated poxvirus vector NYVAC: upregulation of apoptotic genes and NF-kappaB-responsive genes in infected HeLa cells.</a> <em style='font-style: italic'>J Virol</em>. <b>80</b> (2), 985-998 (2006).</li><li>Guerra, S., N&#225;jera, J. L., Gonz&#225;lez, J. M., L&#243;pez-Fern&#225;ndez, L. A., Climent, N., Gatell, J. M., Gallart, T., Esteban, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+gene+expression+profiling+after+infection+of+immature+human+monocyte-derived+dendritic+cells+by+the+attenuated+poxvirus+vectors+MVA+and+NYVAC.">Distinct gene expression profiling after infection of immature human monocyte-derived dendritic cells by the attenuated poxvirus vectors MVA and NYVAC.</a> <b>81</b> (16), 8707-8721 (2007).</li></ol>

<p class="jove_content">The authors have nothing to disclose.</p>

<p class="jove_title"> Passos crítica </p><p class="jove_content"> Ao realizar o acoplamento amino alil, é fundamental para voltar a suspender o corante em DMSO em breve (menos de 1 hora) antes de acoplamento e garantir que não haja água fica na mistura de corante / DMSO, como ele vai reagir com o grupo ativo no corante. Não overdry o RNA (podem ser secas até 1-2uL ao invés de completamente seca), e ressuspender bem no buffer de acoplamento. Durante a reação de acoplamento, manter a reação no escuro, com flicking ocasionais e spin do...

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		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>CyDye Post-Labeling Reactive Dye Pack</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>RPN5661</td>
<td>Contains both Cy3 and Cy5 dyes</td>
</tr>
<tr>
<td>NanoDrop ND-1000 UV-VIS spectrophotometer</td>
<td>Other</td>
<td>NanoDrop</td>
<td>ND-1000</td>
<td>Or equivalent spectrophotometer</td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

vaccinia virus infection &amp; temporal analysis of virus gene expression: part 3

<p class="jove_content">A família<em&gt; Poxviridae</em&gt; Consiste de DNA double-stranded grandes contendo vírus que se replicam exclusivamente no citoplasma das células infectadas. Membros da<em&gt; Orthopox</em&gt; Gênero incluem a varíola, o agente causador da varíola humana, macacos, e vaccinia (VAC), o membro protótipo da família de vírus. Dentro do relativamente grande (~ 200 kb) vaccinia genoma, três classes de genes são codificados: precoce, intermediária e final. Enquanto todas as três classes são transcritos pela polimerase viral codificado RNA, cada classe tem uma função diferente no ciclo de vida do vírus. Poxvírus utilizar múltiplas estratégias para a modulação do ambiente celular do hospedeiro durante a infecção. A fim de compreender a regulação de ambos os host e expressão do gene do vírus, nós utilizamos genome-wide abordagens para analisar a abundância transcrição de ambos os vírus e células hospedeiras. Aqui, demonstramos infecções tempo de percurso de células HeLa com Vaccinia vírus RNA e amostragem em vários intervalos de tempo pós-infecção. Ambos os host e viral RNA total é isolado e amplificado para a hibridização de microarrays para a análise da expressão gênica.</p>

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Vaccinia Virus Infection &amp; Temporal Analysis of Virus Gene Expression: Part 3

<p class="jove_content">Protocolo para Vaccinia infecção de células HeLa e análise de host e expressão gênica viral. Parte 3 descreve o processo de rotulagem fluorescente do RNA amplificado a partir do host e as amostras virais por acoplamento alílico amino de corantes. Parte 3 de 3.</p>

Infecção pelo Vírus Vaccinia e Análise Temporal da Expressão Gênica de Vírus: Parte 3

The family Poxviridae consists of large double-stranded DNA containing viruses that replicate exclusively in the cytoplasm of infected cells.  Members of ...

vaccinia-virus-infection-temporal-analysis-virus-gene-expression-part

Research

JoVE Journal

Biology

8.1K visualizações.  MIT - Massachusetts Institute of Technology. Protocolo para Vaccinia infecção de células HeLa e análise de host e expressão gênica viral. Parte 3 descreve o processo de rotulagem fluorescente do RNA amplificado a partir do host e as amostras virais por acoplamento alílico amino de corantes. Parte 3 de 3.