Autor em destaque: um fluxo de trabalho genômico econômico para o avanço do controle da raiva em ambientes com recursos limitados

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August 18th, 2023

DOI :

10.3791/65414-v

August 18th, 2023

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Criselda Bautista¹^,², Gurdeep Jaswant¹^,³^,⁴^,⁵, Hollie French¹^,⁶, Kathryn Campbell¹, Rowan Durrant¹, Robert Gifford¹^,⁶, Grace S. N. Kia⁷^,⁸, Brian Ogoti³^,⁹, Katie Hampson¹, Kirstyn Brunker¹^,⁶

¹School of Biodiversity, One Health & Veterinary Medicine, University of Glasgow, ²Research Institute for Tropical Medicine, ³University of Nairobi, Institute of Tropical and Infectious Diseases, ⁴Tanzania Industrial Research Development Organization, ⁵Ifakara Health Institute, ⁶MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research, ⁷Department of Veterinary Public health, Ahmadu Bello University, ⁸African Centre of Excellence for Neglected Tropical Diseases and Forensic Biotechnology, Ahmadu Bello University, ⁹University of Nairobi, Kenya and Center for Epidemiological Modelling and Analysis, University of Nairobi

Transcrição

Nossa pesquisa usa genômica avançada para melhorar a vigilância de patógenos em países de baixa e média renda. E isso nos ajuda a capacitar pesquisadores locais para responder a cinco grandes perguntas, quem, o que, onde, por que e quando. E isso pode informar soluções práticas no terreno.

Usamos a tecnologia de nanoporos para descentralizar o sequenciamento. Sua facilidade de uso, portabilidade e custos mais baratos em relação a outras plataformas o tornam ideal para configurações com poucos recursos. E a capacidade de sequenciar rapidamente na fonte da amostra significa que podemos fazer vigilância na interface ambiente-animal-humano.

Enfrentamos desafios na obtenção de genomas inteiros a partir de amostras com qualidade variável. Muitas vezes, as submissões de áreas remotas eram transportadas em más condições de armazenamento. Além disso, temos experiência limitada em ferramentas de bioinformática que seriam úteis na interpretação de dados.

Então essas ferramentas seriam como o MADDOG e o drug-V GLUE. Isso poderia ser usado na interpretação de dados de forma universal para ajudar a iniciar o controle. Estamos tentando demonstrar como eles otimizam o protocolo para sequências rápidas ou para sequências genômicas inteiras da raiva e ver como ele pode ser adaptado e usado nos países de baixa renda para sequenciamento da raiva, de modo a responder a diferentes perguntas sobre como ela realmente está circulando, o que está circulando e quando está circulando?

E essas informações são necessárias para estratégias de eliminação da raiva. A vigilância genômica viral está agora mais acessível. No entanto, as orientações para análise e interpretação dos dados para os esforços de controle local são mais limitadas.

Nosso protocolo oferece um pipeline de ponta a ponta, capacitando cientistas locais com recursos de vigilância na linha de frente. A maior disponibilidade de genomas virais e métodos para interpretar esses dados permite que os pesquisadores traduzam insights epidemiológicos em informações acionáveis para ministérios governamentais ou programas de controle de doenças e orientem o processo de tomada de decisão.