تسلسل الجينوم الكامل للتوصيف السريع لفيروس داء باستخدام تقنية النانو

يستخدم بحثنا علم الجينوم المتقدم لتعزيز مراقبة مسببات الأمراض في البلدان المنخفضة والمتوسطة الدخل. وهذا يساعدنا على تمكين الباحثين المحليين من الإجابة على خمسة أسئلة كبيرة ، من وماذا وأين ولماذا ومتى. وهذا يمكن أن يسترشد به في إيجاد حلول عملية على أرض الواقع.

نحن نستخدم تقنية المسام النانوية لتحقيق اللامركزية في التسلسل. إن سهولة الاستخدام وقابلية النقل والتكاليف الأرخص مقارنة بالأنظمة الأساسية الأخرى تجعلها مثالية للإعدادات منخفضة الموارد. والقدرة على التسلسل السريع في مصدر العينة تعني أنه يمكننا القيام بالمراقبة في واجهة البيئة بين والإنسان.

نحن نواجه تحديات في الحصول على جينومات كاملة من عينات ذات جودة متفاوتة. وفي كثير من الأحيان، تنقل الطلبات من المناطق النائية في ظروف تخزين سيئة. وأيضا ، لدينا خبرة محدودة في أدوات المعلوماتية الحيوية التي ستكون مفيدة في تفسير البيانات.

لذلك ستكون هذه الأدوات مثل MADDOG و drug-V GLUE. يمكن استخدام هذا في تفسير البيانات بطريقة عالمية للمساعدة في بدء التحكم. نحن نحاول أن نوضح كيف يقومون بتحسين بروتوكول التسلسلات السريعة أو للتسلسلات الجينومية الكاملة لداء ونرى كيف يمكن تكييفه واستخدامه في البلدان منخفضة الدخل لتسلسل داء وذلك للإجابة على أسئلة مختلفة حول كيفية تداوله حقا ، وما الذي يتم تداوله ، ومتى يتم تداوله؟

وهذه المعلومات ضرورية لاستراتيجيات القضاء على داء. أصبح الترصد الجينومي الفيروسي الآن أكثر سهولة. ومع ذلك، فإن التوجيه لتحليل البيانات وتفسيرها لجهود المكافحة المحلية محدود أكثر.

يوفر بروتوكولنا خط أنابيب شامل ، مما يمكن العلماء المحليين من قدرات المراقبة في الخطوط الأمامية. يسمح التوافر الأكبر للجينومات الفيروسية وطرق تفسير هذه البيانات للباحثين بترجمة البصيرة الوبائية إلى معلومات قابلة للتنفيذ للوزارات الحكومية أو برامج مكافحة الأمراض وتوجيه عملية صنع القرار.