著者スポットライト:リソースが限られている環境で狂犬病制御を進めるための費用対効果の高いゲノムワークフロー

私たちの研究は、低・中所得国における病原体サーベイランスを強化するために、高度なゲノミクスを用いています。これにより、現地の研究者は、誰が、何を、どこで、なぜ、いつという5つの大きな疑問に答えることができるようになります。そして、これは現場での実用的な解決策を知らせることができます。

ナノポア技術を用いてシーケンシングを分散化しています。使いやすさ、移植性、他のプラットフォームに比べてコストが安いため、低リソースの設定に最適です。また、サンプルソースで迅速にシーケンシングできるため、動物と人間の環境界面でのサーベイランスを行うことができます。

私たちは、さまざまな品質のサンプルから全ゲノムを取得するという課題に直面しています。多くの場合、遠隔地からの提出物は、保管条件の悪い状態で輸送されます。また、データの解釈に役立つバイオインフォマティクスツールの専門知識も限られています。

したがって、これらのツールはMADDOGやdrug-V GLUEのようなものです。これは、制御を開始するのに役立つ普遍的な方法でデータを解釈するために使用できます。私たちは、狂犬病の迅速配列または全ゲノム配列に対してプロトコルを最適化する方法を実証し、狂犬病が実際にどのように循環しているか、何が循環しているか、いつ循環しているかというさまざまな質問に答えるために、狂犬病の配列決定に低所得国でどのように適応して使用できるかを確認しようとしています。

そして、この情報は狂犬病撲滅戦略に必要です。ウイルスゲノムサーベイランスは、今やより身近なものとなっています。ただし、ローカル制御の取り組みに関するデータ分析と解釈のガイダンスは、より限られています。

私たちのプロトコルは、エンドツーエンドのパイプラインを提供し、地元の科学者に最前線の監視機能を提供します。ウイルスゲノムとこれらのデータを解釈する方法の可用性が高まると、研究者は疫学的な洞察を政府省庁や疾病管理プログラムのための実用的な情報に変換し、意思決定プロセスを導くことができます。