Sequenzierung des gesamten Genoms zur schnellen Charakterisierung des Tollwutvirus mittels Nanoporentechnologie

Unsere Forschung nutzt fortschrittliche Genomik, um die Überwachung von Krankheitserregern in Ländern mit niedrigem und mittlerem Einkommen zu verbessern. Und das hilft uns, lokale Forscher in die Lage zu versetzen, fünf große Fragen zu beantworten: wer, was, wo, warum und wann. Und dies kann zu praktischen Lösungen vor Ort führen.

Wir verwenden die Nanoporentechnologie, um die Sequenzierung zu dezentralisieren. Die Benutzerfreundlichkeit, Portabilität und die im Vergleich zu anderen Plattformen günstigeren Kosten machen es ideal für Umgebungen mit geringen Ressourcen. Und die Fähigkeit, schnell an der Probenquelle zu sequenzieren, bedeutet, dass wir eine Überwachung an der Schnittstelle zwischen Tier und Mensch durchführen können.

Wir stehen vor der Herausforderung, ganze Genome aus Proben unterschiedlicher Qualität zu gewinnen. Oft wurden Einreichungen aus abgelegenen Gebieten unter schlechten Lagerbedingungen transportiert. Außerdem verfügen wir nur über begrenztes Fachwissen über bioinformatische Werkzeuge, die bei der Interpretation von Daten nützlich wären.

Diese Werkzeuge wären also wie MADDOG und Drug-V GLUE. Dies könnte bei der universellen Interpretation von Daten verwendet werden, um die Steuerung zu initiieren. Wir versuchen zu zeigen, wie sie das Protokoll für schnelle Sequenzen oder für ganze genomische Sequenzen von Tollwut optimieren und wie es angepasst und in den Ländern mit niedrigem Einkommen für die Sequenzierung von Tollwut verwendet werden kann, um verschiedene Fragen zu beantworten, wie es wirklich zirkuliert, was zirkuliert und wann es zirkuliert.

Und diese Informationen sind notwendig für Strategien zur Eliminierung der Tollwut. Die Überwachung des viralen Genoms ist jetzt leichter zugänglich. Die Leitlinien für die Datenanalyse und -interpretation für lokale Kontrollbemühungen sind jedoch begrenzter.

Unser Protokoll bietet eine End-to-End-Pipeline, die lokale Wissenschaftler mit Überwachungsfunktionen an vorderster Front ausstattet. Die größere Verfügbarkeit von viralen Genomen und Methoden zur Interpretation dieser Daten ermöglicht es Forschern, epidemiologische Erkenntnisse in umsetzbare Informationen für Regierungsministerien oder Krankheitsbekämpfungsprogramme umzuwandeln und den Entscheidungsprozess zu steuern.